Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3789
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3789, 1531 aa
1>>>pF1KB3789 1531 - 1531 aa - 1531 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7530+/-0.00122; mu= 20.9717+/- 0.073
mean_var=64.4121+/-13.470, 0's: 0 Z-trim(100.4): 80 B-trim: 337 in 1/50
Lambda= 0.159805
statistics sampled from 6021 (6101) to 6021 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.521), E-opt: 0.2 (0.187), width: 16
Scan time: 5.250
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531) 10019 2319.7 0
CCDS32681.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 (1527) 3333 778.3 0
CCDS7484.1 ABCC2 gene_id:1244|Hs108|chr10 (1545) 2474 580.2 1.7e-164
CCDS56430.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1492) 2452 575.2 5.4e-163
CCDS10568.1 ABCC6 gene_id:368|Hs108|chr16 (1503) 2021 475.8 4.5e-133
CCDS4896.1 ABCC10 gene_id:89845|Hs108|chr6 (1464) 1938 456.6 2.5e-127
CCDS10730.1 ABCC12 gene_id:94160|Hs108|chr16 (1359) 1717 405.7 5.1e-112
CCDS9474.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 (1325) 1597 378.0 1.1e-103
CCDS8693.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 1554 368.1 1.2e-100
CCDS8694.1 ABCC9 gene_id:10060|Hs108|chr12 (1549) 1524 361.2 1.4e-98
CCDS43176.1 ABCC5 gene_id:10057|Hs108|chr3 (1437) 1421 337.5 1.9e-91
CCDS31437.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1581) 1402 333.1 4.3e-90
CCDS73264.1 ABCC8 gene_id:6833|Hs108|chr11 (1582) 1402 333.1 4.3e-90
CCDS45061.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 ( 859) 1253 298.7 5.3e-80
CCDS10732.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1382) 1231 293.6 2.8e-78
CCDS76643.1 ABCC4 gene_id:10257|Hs108|chr13 ( 784) 1132 270.8 1.2e-71
CCDS45739.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 ( 572) 1053 252.5 2.8e-66
CCDS10733.1 ABCC11 gene_id:85320|Hs108|chr16 (1344) 755 183.9 2.9e-45
CCDS1580.1 ABCB10 gene_id:23456|Hs108|chr1 ( 738) 645 158.5 7.3e-38
CCDS5608.1 ABCB1 gene_id:5243|Hs108|chr7 (1280) 613 151.2 2e-35
CCDS5773.1 CFTR gene_id:1080|Hs108|chr7 (1480) 604 149.1 9.7e-35
CCDS64798.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 630) 584 144.4 1.1e-33
CCDS5913.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 718) 584 144.4 1.2e-33
CCDS64799.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 735) 584 144.4 1.2e-33
CCDS9241.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 766) 584 144.4 1.3e-33
CCDS75994.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 713) 575 142.3 5.1e-33
CCDS55090.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 (1257) 561 139.2 8e-32
CCDS65290.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 712) 553 137.3 1.7e-31
CCDS78129.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 686) 552 137.0 1.9e-31
CCDS4758.1 TAP1 gene_id:6890|Hs108|chr6 ( 808) 541 134.5 1.3e-30
CCDS65291.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 752) 536 133.3 2.7e-30
CCDS14428.1 ABCB7 gene_id:22|Hs108|chrX ( 753) 536 133.3 2.7e-30
CCDS5605.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1279) 531 132.2 9.9e-30
CCDS46444.1 ABCB11 gene_id:8647|Hs108|chr2 (1321) 509 127.2 3.4e-28
CCDS2436.1 ABCB6 gene_id:10058|Hs108|chr2 ( 842) 505 126.2 4.3e-28
CCDS64800.1 ABCB8 gene_id:11194|Hs108|chr7 ( 693) 492 123.2 2.9e-27
CCDS5607.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1232) 481 120.7 2.8e-26
CCDS4755.1 TAP2 gene_id:6891|Hs108|chr6 ( 653) 477 119.7 3e-26
CCDS58286.1 ABCB9 gene_id:23457|Hs108|chr12 ( 703) 414 105.2 7.5e-22
CCDS5606.1 ABCB4 gene_id:5244|Hs108|chr7 (1286) 399 101.8 1.4e-20
CCDS5371.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 812) 370 95.1 9.7e-19
CCDS55092.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 126) 253 67.9 2.3e-11
CCDS55091.1 ABCB5 gene_id:340273|Hs108|chr7 ( 131) 252 67.7 2.8e-11
>>CCDS42122.1 ABCC1 gene_id:4363|Hs108|chr16 (1531 aa)
initn: 10019 init1: 10019 opt: 10019 Z-score: 12468.0 bits: 2319.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10019; 100.0% identity (100.0% similar) in 1531 aa overlap (1-1531:1-1531)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MALRGFCSADGSDPLWDWNVTWNTSNPDFTKCFQNTVLVWVPCFYLWACFPFYFLYLSRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MALRGFCSADGSDPLWDWNVTWNTSNPDFTKCFQNTVLVWVPCFYLWACFPFYFLYLSRH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DRGYIQMTPLNKTKTALGFLLWIVCWADLFYSFWERSRGIFLAPVFLVSPTLLGITMLLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DRGYIQMTPLNKTKTALGFLLWIVCWADLFYSFWERSRGIFLAPVFLVSPTLLGITMLLA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 TFLIQLERRKGVQSSGIMLTFWLVALVCALAILRSKIMTALKEDAQVDLFRDITFYVYFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TFLIQLERRKGVQSSGIMLTFWLVALVCALAILRSKIMTALKEDAQVDLFRDITFYVYFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LLLIQLVLSCFSDRSPLFSETIHDPNPCPESSASFLSRITFWWITGLIVRGYRQPLEGSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LLLIQLVLSCFSDRSPLFSETIHDPNPCPESSASFLSRITFWWITGLIVRGYRQPLEGSD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 LWSLNKEDTSEQVVPVLVKNWKKECAKTRKQPVKVVYSSKDPAQPKESSKVDANEEVEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LWSLNKEDTSEQVVPVLVKNWKKECAKTRKQPVKVVYSSKDPAQPKESSKVDANEEVEAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 IVKSPQKEWNPSLFKVLYKTFGPYFLMSFFFKAIHDLMMFSGPQILKLLIKFVNDTKAPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IVKSPQKEWNPSLFKVLYKTFGPYFLMSFFFKAIHDLMMFSGPQILKLLIKFVNDTKAPD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 WQGYFYTVLLFVTACLQTLVLHQYFHICFVSGMRIKTAVIGAVYRKALVITNSARKSSTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 WQGYFYTVLLFVTACLQTLVLHQYFHICFVSGMRIKTAVIGAVYRKALVITNSARKSSTV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 GEIVNLMSVDAQRFMDLATYINMIWSAPLQVILALYLLWLNLGPSVLAGVAVMVLMVPVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GEIVNLMSVDAQRFMDLATYINMIWSAPLQVILALYLLWLNLGPSVLAGVAVMVLMVPVN
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 AVMAMKTKTYQVAHMKSKDNRIKLMNEILNGIKVLKLYAWELAFKDKVLAIRQEELKVLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AVMAMKTKTYQVAHMKSKDNRIKLMNEILNGIKVLKLYAWELAFKDKVLAIRQEELKVLK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 KSAYLSAVGTFTWVCTPFLVALCTFAVYVTIDENNILDAQTAFVSLALFNILRFPLNILP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KSAYLSAVGTFTWVCTPFLVALCTFAVYVTIDENNILDAQTAFVSLALFNILRFPLNILP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 MVISSIVQASVSLKRLRIFLSHEELEPDSIERRPVKDGGGTNSITVRNATFTWARSDPPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MVISSIVQASVSLKRLRIFLSHEELEPDSIERRPVKDGGGTNSITVRNATFTWARSDPPT
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 LNGITFSIPEGALVAVVGQVGCGKSSLLSALLAEMDKVEGHVAIKGSVAYVPQQAWIQND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LNGITFSIPEGALVAVVGQVGCGKSSLLSALLAEMDKVEGHVAIKGSVAYVPQQAWIQND
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 SLRENILFGCQLEEPYYRSVIQACALLPDLEILPSGDRTEIGEKGVNLSGGQKQRVSLAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SLRENILFGCQLEEPYYRSVIQACALLPDLEILPSGDRTEIGEKGVNLSGGQKQRVSLAR
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 AVYSNADIYLFDDPLSAVDAHVGKHIFENVIGPKGMLKNKTRILVTHSMSYLPQVDVIIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AVYSNADIYLFDDPLSAVDAHVGKHIFENVIGPKGMLKNKTRILVTHSMSYLPQVDVIIV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 MSGGKISEMGSYQELLARDGAFAEFLRTYASTEQEQDAEENGVTGVSGPGKEAKQMENGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MSGGKISEMGSYQELLARDGAFAEFLRTYASTEQEQDAEENGVTGVSGPGKEAKQMENGM
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 LVTDSAGKQLQRQLSSSSSYSGDISRHHNSTAELQKAEAKKEETWKLMEADKAQTGQVKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LVTDSAGKQLQRQLSSSSSYSGDISRHHNSTAELQKAEAKKEETWKLMEADKAQTGQVKL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 SVYWDYMKAIGLFISFLSIFLFMCNHVSALASNYWLSLWTDDPIVNGTQEHTKVRLSVYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SVYWDYMKAIGLFISFLSIFLFMCNHVSALASNYWLSLWTDDPIVNGTQEHTKVRLSVYG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 ALGISQGIAVFGYSMAVSIGGILASRCLHVDLLHSILRSPMSFFERTPSGNLVNRFSKEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ALGISQGIAVFGYSMAVSIGGILASRCLHVDLLHSILRSPMSFFERTPSGNLVNRFSKEL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KB3 DTVDSMIPEVIKMFMGSLFNVIGACIVILLATPIAAIIIPPLGLIYFFVQRFYVASSRQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DTVDSMIPEVIKMFMGSLFNVIGACIVILLATPIAAIIIPPLGLIYFFVQRFYVASSRQL
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1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB3 KRLESVSRSPVYSHFNETLLGVSVIRAFEEQERFIHQSDLKVDENQKAYYPSIVANRWLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KRLESVSRSPVYSHFNETLLGVSVIRAFEEQERFIHQSDLKVDENQKAYYPSIVANRWLA
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1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB3 VRLECVGNCIVLFAALFAVISRHSLSAGLVGLSVSYSLQVTTYLNWLVRMSSEMETNIVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VRLECVGNCIVLFAALFAVISRHSLSAGLVGLSVSYSLQVTTYLNWLVRMSSEMETNIVA
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pF1KB3 VERLKEYSETEKEAPWQIQETAPPSSWPQVGRVEFRNYCLRYREDLDFVLRHINVTINGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VERLKEYSETEKEAPWQIQETAPPSSWPQVGRVEFRNYCLRYREDLDFVLRHINVTINGG
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1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB3 EKVGIVGRTGAGKSSLTLGLFRINESAEGEIIIDGINIAKIGLHDLRFKITIIPQDPVLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EKVGIVGRTGAGKSSLTLGLFRINESAEGEIIIDGINIAKIGLHDLRFKITIIPQDPVLF
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB3 SGSLRMNLDPFSQYSDEEVWTSLELAHLKDFVSALPDKLDHECAEGGENLSVGQRQLVCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SGSLRMNLDPFSQYSDEEVWTSLELAHLKDFVSALPDKLDHECAEGGENLSVGQRQLVCL
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pF1KB3 ARALLRKTKILVLDEATAAVDLETDDLIQSTIRTQFEDCTVLTIAHRLNTIMDYTRVIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ARALLRKTKILVLDEATAAVDLETDDLIQSTIRTQFEDCTVLTIAHRLNTIMDYTRVIVL
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530
pF1KB3 DKGEIQEYGAPSDLLQQRGLFYSMAKDAGLV
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DKGEIQEYGAPSDLLQQRGLFYSMAKDAGLV
1510 1520 1530
>>CCDS32681.1 ABCC3 gene_id:8714|Hs108|chr17 (1527 aa)
initn: 5815 init1: 2440 opt: 3333 Z-score: 4137.3 bits: 778.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5805; 56.8% identity (82.2% similar) in 1545 aa overlap (3-1530:1-1526)
10 20 30 40 50
pF1KB3 MALRGFC-SADGSDPLWDWNVTWNTSNPDFTKCFQNTVLVWVPCFYLWACFPFYFLYLSR
. ..: :.. .. .:: :.. .: :::.: ::::..:.::::.:::. .: :.::: .
CCDS32 MDALCGSGELGSKFWDSNLSVHTENPDLTPCFQNSLLAWVPCIYLWVALPCYLLYLRH
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 HDRGYIQMTPLNKTKTALGFLLWIVCWADLFYSFWERSRGIFLAPVFLVSPTLLGITMLL
: :::: .. :.: : .:: ::: : :::::::: .: ::::.:.: ..:.::::
CCDS32 HCRGYIILSHLSKLKMVLGVLLWCVSWADLFYSFHGLVHGRAPAPVFFVTPLVVGVTMLL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 ATFLIQLERRKGVQSSGIMLTFWLVALVCALAILRSKIMTALKEDAQVDLFRDITFYVYF
::.::: :: .::::::... ::.. .:::.. .::::. : : : :: :::..:
CCDS32 ATLLIQYERLQGVQSSGVLIIFWFLCVVCAIVPFRSKILLAKAEGEISDPFRFTTFYIHF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 SLLLIQLVLSCFSDRSPLFSETIHDPNPCPESSASFLSRITFWWITGLIVRGYRQPLEGS
.:.: :.:.:: .. :.:: :::: ::.::.::::. :::.: . . :::.::: .
CCDS32 ALVLSALILACFREKPPFFSAKNVDPNPYPETSAGFLSRLFFWWFTKMAIYGYRHPLEEK
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 DLWSLNKEDTSEQVVPVLVKNWKKECAKTRKQPVKVVYSSKDPAQPKESSKVDANEEVEA
:::::..:: :..:: :.. :.:. .: .. : : : . .:. : :.
CCDS32 DLWSLKEEDRSQMVVQQLLEAWRKQEKQTARH--------KASAAPGK----NASGEDEV
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LIVKSPQKEWNPSLFKVLYKTFGPYFLMSFFFKAIHDLMMFSGPQILKLLIKFVNDTKAP
:. :. . .::..:.: ::: ::.: :: :.::. : .::.:..::.:... ::
CCDS32 LLGARPRPR-KPSFLKALLATFGSSFLISACFKLIQDLLSFINPQLLSILIRFISNPMAP
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 DWQGYFYTVLLFVTACLQTLVLHQYFHICFVSGMRIKTAVIGAVYRKALVITNSARKSST
.: :.. . :.:. . .:.:.:..:.: ::.:....:...:..::::::::::....::
CCDS32 SWWGFLVAGLMFLCSMMQSLILQHYYHYIFVTGVKFRTGIMGVIYRKALVITNSVKRAST
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 VGEIVNLMSVDAQRFMDLATYINMIWSAPLQVILALYLLWLNLGPSVLAGVAVMVLMVPV
::::::::::::::::::: ..:..::::::.:::.:.:: ::::::::::: :::..:.
CCDS32 VGEIVNLMSVDAQRFMDLAPFLNLLWSAPLQIILAIYFLWQNLGPSVLAGVAFMVLLIPL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 NAVMAMKTKTYQVAHMKSKDNRIKLMNEILNGIKVLKLYAWELAFKDKVLAIRQEELKVL
:...:.: ...:: .:: ::.:::::.::::::::::::::: .: .: .::: ::..:
CCDS32 NGAVAVKMRAFQVKQMKLKDSRIKLMSEILNGIKVLKLYAWEPSFLKQVEGIRQGELQLL
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 KKSAYLSAVGTFTWVCTPFLVALCTFAVYVTIDENNILDAQTAFVSLALFNILRFPLNIL
. .::: .. ::::.:.::::.: :. ::: .: ::.:::. ::::..::::::.:::.:
CCDS32 RTAAYLHTTTTFTWMCSPFLVTLITLWVYVYVDPNNVLDAEKAFVSVSLFNILRLPLNML
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 PMVISSIVQASVSLKRLRIFLSHEELEPDSIERRPVKDGGGTNSITVRNATFTWARSDPP
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CCDS32 PQLISNLTQASVSLKRIQQFLSQEELDPQSVERKTISPG---YAITIHSGTFTWAQDLPP
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CCDS94 EKSFSNLITNLRKKEISKILRSSCLRGMNLASFFSASKIIVFVTFTTYVLL--GSVITAS
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CCDS94 RVFVAVTLYGAVRLTVTLFFPSAIERVSEAIVSIRRIQTFLLLDEIS----QRNRQLPSD
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pF1KB3 GTNSITVRNATFTWAR-SDPPTLNGITFSIPEGALVAVVGQVGCGKSSLLSALLAEMDKV
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CCDS94 GKKMVHVQDFTAFWDKASETPTLQGLSFTVRPGELLAVVGPVGAGKSSLLSAVLGELAPS
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CCDS94 HGLVSVHGRIAYVSQQPWVFSGTLRSNILFGKKYEKERYEKVIKACALKKDLQLLEDGDL
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CCDS94 LSYWANKQSMLNVTVNGGGNVTE-KLDLNWYLGIYSGLTVATVLFGIARSLLVFYVLVNS
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CCDS94 SQTLHNKMFESILKAPVLFFDRNPIGRILNRFSKDIGHLDDLLPLTFLDFIQTLLQVVGV
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CCDS94 VSVAVAVIPWIAIPLVPLGIIFIFLRRYFLETSRDVKRLESTTRSPVFSHLSSSLQGLWT
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