FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3816, 2012 aa
1>>>pF1KB3816 2012 - 2012 aa - 2012 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6731+/-0.00161; mu= 8.2996+/- 0.094
mean_var=251.7406+/-52.931, 0's: 0 Z-trim(104.4): 212 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.080835
statistics sampled from 7670 (7888) to 7670 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.242), width: 16
Scan time: 4.350
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS42929.1 DSCAM gene_id:1826|Hs108|chr21 (2012) 13294 1566.5 0
CCDS8384.1 DSCAML1 gene_id:57453|Hs108|chr11 (2113) 8228 975.7 0
CCDS33790.1 CNTN3 gene_id:5067|Hs108|chr3 (1028) 852 115.2 1.4e-24
CCDS55153.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1192) 806 109.9 6.3e-23
CCDS54424.1 TTN gene_id:7273|Hs108|chr2 (33423) 787 109.2 3e-21
CCDS74610.1 TTN gene_id:7273|Hs108|chr2 (34350) 787 109.2 3.1e-21
CCDS59435.1 TTN gene_id:7273|Hs108|chr2 (35991) 787 109.2 3.2e-21
CCDS53957.1 NEO1 gene_id:4756|Hs108|chr15 (1408) 744 102.8 1.1e-20
CCDS58378.1 NEO1 gene_id:4756|Hs108|chr15 (1450) 744 102.8 1.1e-20
CCDS10247.1 NEO1 gene_id:4756|Hs108|chr15 (1461) 744 102.8 1.1e-20
CCDS75652.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1211) 715 99.3 1e-19
CCDS47686.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1304) 715 99.4 1e-19
CCDS14734.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1253) 669 94.0 4.2e-18
CCDS14733.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1257) 669 94.0 4.2e-18
CCDS48192.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1248) 665 93.5 5.8e-18
CCDS12140.1 PTPRS gene_id:5802|Hs108|chr19 (1910) 636 90.3 8.1e-17
CCDS43109.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1378) 622 88.5 2e-16
CCDS54609.1 ROBO2 gene_id:6092|Hs108|chr3 (1394) 622 88.5 2e-16
CCDS490.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1 (1898) 621 88.6 2.7e-16
CCDS44755.1 ROBO3 gene_id:64221|Hs108|chr11 (1386) 594 85.3 1.9e-15
CCDS489.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1 (1907) 530 78.0 4.3e-13
CCDS53461.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 ( 619) 514 75.6 7.1e-13
CCDS53460.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1240) 514 75.9 1.2e-12
CCDS5751.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1183) 507 75.1 2e-12
CCDS3160.1 IGSF10 gene_id:285313|Hs108|chr3 (2623) 502 74.8 5.1e-12
CCDS11952.1 DCC gene_id:1630|Hs108|chr18 (1447) 488 72.9 1.1e-11
>>CCDS42929.1 DSCAM gene_id:1826|Hs108|chr21 (2012 aa)
initn: 13294 init1: 13294 opt: 13294 Z-score: 8393.0 bits: 1566.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 13294; 100.0% identity (100.0% similar) in 2012 aa overlap (1-2012:1-2012)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MWILALSLFQSFANVFSEDLHSSLYFVNASLQEVVFASTTGTLVPCPAAGIPPVTLRWYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MWILALSLFQSFANVFSEDLHSSLYFVNASLQEVVFASTTGTLVPCPAAGIPPVTLRWYL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 ATGEEIYDVPGIRHVHPNGTLQIFPFPPSSFSTLIHDNTYYCTAENPSGKIRSQDVHIKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ATGEEIYDVPGIRHVHPNGTLQIFPFPPSSFSTLIHDNTYYCTAENPSGKIRSQDVHIKA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 VLREPYTVRVEDQKTMRGNVAVFKCIIPSSVEAYITVVSWEKDTVSLVSGSRFLITSTGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VLREPYTVRVEDQKTMRGNVAVFKCIIPSSVEAYITVVSWEKDTVSLVSGSRFLITSTGA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LYIKDVQNEDGLYNYRCITRHRYTGETRQSNSARLFVSDPANSAPSILDGFEHRKAMAGQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS42 LYIKDVQNEDGLYNYRCITRHRYTGETRQSNSARLFVSDPANSAPSILDGFDHRKAMAGQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 RVELPCKALGHPEPDYRWLKDNMPLELSGRFQKTVTGLLIENIRPSDSGSYVCEVSNRYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RVELPCKALGHPEPDYRWLKDNMPLELSGRFQKTVTGLLIENIRPSDSGSYVCEVSNRYG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 TAKVIGRLYVKQPLKATISPRKVKSSVGSQVSLSCSVTGTEDQELSWYRNGEILNPGKNV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TAKVIGRLYVKQPLKATISPRKVKSSVGSQVSLSCSVTGTEDQELSWYRNGEILNPGKNV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 RITGINHENLIMDHMVKSDGGAYQCFVRKDKLSAQDYVQVVLEDGTPKIISAFSEKVVSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RITGINHENLIMDHMVKSDGGAYQCFVRKDKLSAQDYVQVVLEDGTPKIISAFSEKVVSP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 AEPVSLMCNVKGTPLPTITWTLDDDPILKGGSHRISQMITSEGNVVSYLNISSSQVRDGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 AEPVSLMCNVKGTPLPTITWTLDDDPILKGGSHRISQMITSEGNVVSYLNISSSQVRDGG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 VYRCTANNSAGVVLYQARINVRGPASIRPMKNITAIAGRDTYIHCRVIGYPYYSIKWYKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VYRCTANNSAGVVLYQARINVRGPASIRPMKNITAIAGRDTYIHCRVIGYPYYSIKWYKN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 SNLLPFNHRQVAFENNGTLKLSDVQKEVDEGEYTCNVLVQPQLSTSQSVHVTVKVPPFIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SNLLPFNHRQVAFENNGTLKLSDVQKEVDEGEYTCNVLVQPQLSTSQSVHVTVKVPPFIQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 PFEFPRFSIGQRVFIPCVVVSGDLPITITWQKDGRPIPGSLGVTIDNIDFTSSLRISNLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 PFEFPRFSIGQRVFIPCVVVSGDLPITITWQKDGRPIPGSLGVTIDNIDFTSSLRISNLS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB3 LMHNGNYTCIARNEAAAVEHQSQLIVRVPPKFVVQPRDQDGIYGKAVILNCSAEGYPVPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LMHNGNYTCIARNEAAAVEHQSQLIVRVPPKFVVQPRDQDGIYGKAVILNCSAEGYPVPT
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB3 IVWKFSKGAGVPQFQPIALNGRIQVLSNGSLLIKHVVEEDSGYYLCKVSNDVGADVSKSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 IVWKFSKGAGVPQFQPIALNGRIQVLSNGSLLIKHVVEEDSGYYLCKVSNDVGADVSKSM
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB3 YLTVKIPAMITSYPNTTLATQGQKKEMSCTAHGEKPIIVRWEKEDRIINPEMARYLVSTK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YLTVKIPAMITSYPNTTLATQGQKKEMSCTAHGEKPIIVRWEKEDRIINPEMARYLVSTK
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB3 EVGEEVISTLQILPTVREDSGFFSCHAINSYGEDRGIIQLTVQEPPDPPEIEIKDVKART
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 EVGEEVISTLQILPTVREDSGFFSCHAINSYGEDRGIIQLTVQEPPDPPEIEIKDVKART
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB3 ITLRWTMGFDGNSPITGYDIECKNKSDSWDSAQRTKDVSPQLNSATIIDIHPSSTYSIRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ITLRWTMGFDGNSPITGYDIECKNKSDSWDSAQRTKDVSPQLNSATIIDIHPSSTYSIRM
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB3 YAKNRIGKSEPSNELTITADEAAPDGPPQEVHLEPISSQSIRVTWKAPKKHLQNGIIRGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 YAKNRIGKSEPSNELTITADEAAPDGPPQEVHLEPISSQSIRVTWKAPKKHLQNGIIRGY
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB3 QIGYREYSTGGNFQFNIISVDTSGDSEVYTLDNLNKFTQYGLVVQACNRAGTGPSSQEII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QIGYREYSTGGNFQFNIISVDTSGDSEVYTLDNLNKFTQYGLVVQACNRAGTGPSSQEII
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB3 TTTLEDVPSYPPENVQAIATSPESISISWSTLSKEALNGILQGFRVIYWANLMDGELGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TTTLEDVPSYPPENVQAIATSPESISISWSTLSKEALNGILQGFRVIYWANLMDGELGEI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB3 KNITTTQPSLELDGLEKYTNYSIQVLAFTRAGDGVRSEQIFTRTKEDVPGPPAGVKAAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KNITTTQPSLELDGLEKYTNYSIQVLAFTRAGDGVRSEQIFTRTKEDVPGPPAGVKAAAA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB3 SASMVFVSWLPPLKLNGIIRKYTVFCSHPYPTVISEFEASPDSFSYRIPNLSRNRQYSVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 SASMVFVSWLPPLKLNGIIRKYTVFCSHPYPTVISEFEASPDSFSYRIPNLSRNRQYSVW
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB3 VVAVTSAGRGNSSEIITVEPLAKAPARILTFSGTVTTPWMKDIVLPCKAVGDPSPAVKWM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 VVAVTSAGRGNSSEIITVEPLAKAPARILTFSGTVTTPWMKDIVLPCKAVGDPSPAVKWM
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB3 KDSNGTPSLVTIDGRRSIFSNGSFIIRTVKAEDSGYYSCIANNNWGSDEIILNLQVQVPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 KDSNGTPSLVTIDGRRSIFSNGSFIIRTVKAEDSGYYSCIANNNWGSDEIILNLQVQVPP
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB3 DQPRLTVSKTTSSSITLSWLPGDNGGSSIRGYILQYSEDNSEQWGSFPISPSERSYRLEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DQPRLTVSKTTSSSITLSWLPGDNGGSSIRGYILQYSEDNSEQWGSFPISPSERSYRLEN
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB3 LKCGTWYKFTLTAQNGVGPGRISEIIEAKTLGKEPQFSKEQELFASINTTRVRLNLIGWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 LKCGTWYKFTLTAQNGVGPGRISEIIEAKTLGKEPQFSKEQELFASINTTRVRLNLIGWN
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB3 DGGCPITSFTLEYRPFGTTVWTTAQRTSLSKSYILYDLQEATWYELQMRVCNSAGCAEKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DGGCPITSFTLEYRPFGTTVWTTAQRTSLSKSYILYDLQEATWYELQMRVCNSAGCAEKQ
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB3 ANFATLNYDGSTIPPLIKSVVQNEEGLTTNEGLKMLVTISCILVGVLLLFVLLLVVRRRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ANFATLNYDGSTIPPLIKSVVQNEEGLTTNEGLKMLVTISCILVGVLLLFVLLLVVRRRR
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB3 REQRLKRLRDAKSLAEMLMSKNTRTSDTLSKQQQTLRMHIDIPRAQLLIEERDTMETIDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 REQRLKRLRDAKSLAEMLMSKNTRTSDTLSKQQQTLRMHIDIPRAQLLIEERDTMETIDD
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB3 RSTVLLTDADFGEAAKQKSLTVTHTVHYQSVSQATGPLVDVSDARPGTNPTTRRNAKAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 RSTVLLTDADFGEAAKQKSLTVTHTVHYQSVSQATGPLVDVSDARPGTNPTTRRNAKAGP
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB3 TARNRYASQWTLNRPHPTISAHTLTTDWRLPTPRAAGSVDKESDSYSVSPSQDTDRARSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TARNRYASQWTLNRPHPTISAHTLTTDWRLPTPRAAGSVDKESDSYSVSPSQDTDRARSS
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KB3 MVSTESASSTYEELARAYEHAKMEEQLRHAKFTITECFISDTSSEQLTAGTNEYTDSLTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 MVSTESASSTYEELARAYEHAKMEEQLRHAKFTITECFISDTSSEQLTAGTNEYTDSLTS
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB3 STPSESGICRFTASPPKPQDGGRVMNMAVPKAHRPGDLIHLPPYLRMDFLLNRGGPGTSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 STPSESGICRFTASPPKPQDGGRVMNMAVPKAHRPGDLIHLPPYLRMDFLLNRGGPGTSR
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB3 DLSLGQACLEPQKSRTLKRPTVLEPIPMEAASSASSTREGQSWQPGAVATLPQREGAELG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 DLSLGQACLEPQKSRTLKRPTVLEPIPMEAASSASSTREGQSWQPGAVATLPQREGAELG
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010
pF1KB3 QAAKMSSSQESLLDSRGHLKGNNPYAKSYTLV
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QAAKMSSSQESLLDSRGHLKGNNPYAKSYTLV
1990 2000 2010
>>CCDS8384.1 DSCAML1 gene_id:57453|Hs108|chr11 (2113 aa)
initn: 4633 init1: 2653 opt: 8228 Z-score: 5199.8 bits: 975.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8230; 60.9% identity (84.2% similar) in 1991 aa overlap (1-1974:61-2032)
10 20
pF1KB3 MWILA-LSLFQSFANVFSEDLHSSLYFVNA
::... : :..:. .. ::. .::::::
CCDS83 GGWERAERGRGAAARPATGPPPRRIGPLYGMWLVTFLLLLDSLHKARPEDVGTSLYFVND
40 50 60 70 80 90
30 40 50 60 70 80
pF1KB3 SLQEVVFASTTGTLVPCPAAGIPPVTLRWYLATGEEIYDVPGIRHVHPNGTLQIFPFPPS
:::.:.:.:..:..::::::: : ..::::::::..::::: ::::: :::::..:: ::
CCDS83 SLQQVTFSSSVGVVVPCPAAGSPSAALRWYLATGDDIYDVPHIRHVHANGTLQLYPFSPS
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
pF1KB3 SFSTLIHDNTYYCTAENPSGKIRSQDVHIKAVLREPYTVRVEDQKTMRGNVAVFKCIIPS
.:...:::: :.::::: .::::: ....:::.:::::::::::..::::::::::.:::
CCDS83 AFNSFIHDNDYFCTAENAAGKIRSPNIRVKAVFREPYTVRVEDQRSMRGNVAVFKCLIPS
160 170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KB3 SVEAYITVVSWEKDTVSLVSGSRFLITSTGALYIKDVQNEDGLYNYRCITRHRYTGETRQ
::. :..::::::::::.. ::.:: :.:::.:::.::.: .:::::.:.:.:::::
CCDS83 SVQEYVSVVSWEKDTVSIIPEHRFFITYHGGLYISDVQKEDALSTYRCITKHKYSGETRQ
220 230 240 250 260 270
210 220 230 240 250 260
pF1KB3 SNSARLFVSDPANSAPSILDGFEHRKAMAGQRVELPCKALGHPEPDYRWLKDNMPLELSG
::.::: :.:::.: :.:::::. ... ::. ::::: : :.: : :::::. :: ..
CCDS83 SNGARLSVTDPAESIPTILDGFHSQEVWAGHTVELPCTASGYPIPAIRWLKDGRPLPADS
280 290 300 310 320 330
270 280 290 300 310 320
pF1KB3 RFQKTVTGLLIENIRPSDSGSYVCEVSNRYGTAKVIGRLYVKQPLKATISPRKVKSSVGS
:. : .::: : ..: :::.:.:::.: .:.:.. : :.: .::..:..:.:.:...::
CCDS83 RWTKRITGLTISDLRTEDSGTYICEVTNTFGSAEATGILMVIDPLHVTLTPKKLKTGIGS
340 350 360 370 380 390
330 340 350 360 370 380
pF1KB3 QVSLSCSVTGTEDQELSWYRNGEILNPGKNVRITGINHENLIMDHMVKSDGGAYQCFVRK
: :::..::. . . :::: :.. : . . : :...:.:.. :: .::::::. .
CCDS83 TVILSCALTGSPEFTIRWYRNTELVLPDEAISIRGLSNETLLITSAQKSHSGAYQCFATR
400 410 420 430 440 450
390 400 410 420 430 440
pF1KB3 DKLSAQDYVQVVLEDGTPKIISAFSEKVVSPAEPVSLMCNVKGTPLPTITWTLDDDPILK
.:::.. ..::::::.:.:.::::::.:.: :::: .::.: ::.::.:::.::..
CCDS83 KAQTAQDFAIIALEDGTPRIVSSFSEKVVNPGEQFSLMCAAKGAPPPTVTWALDDEPIVR
460 470 480 490 500 510
450 460 470 480 490 500
pF1KB3 GGSHRISQMITSEGNVVSYLNISSSQVRDGGVYRCTANNSAGVVLYQARINVRGPASIRP
:::: .:. :.:...:..:... :.:::::::::: : .: . :::::::::: :::
CCDS83 DGSHRTNQYTMSDGTTISHMNVTGPQIRDGGVYRCTARNLVGSAEYQARINVRGPPSIRA
520 530 540 550 560 570
510 520 530 540 550 560
pF1KB3 MKNITAIAGRDTYIHCRVIGYPYYSIKWYKNSNLLPFNHRQVAFENNGTLKLSDVQKEVD
:.::::.::::: :.:::::::::::::::.. ::: :::::.::: :::::.:::: .:
CCDS83 MRNITAVAGRDTLINCRVIGYPYYSIKWYKDALLLPDNHRQVVFEN-GTLKLTDVQKGMD
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CCDS55 KPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGVYQCTARNERGAA
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CCDS55 ERVSQGLNGD---LYFSNVLPEDTRED--YICYARFNHTQTIQQKQPISVKVISAKSSRE
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