Result of FASTA (ccds) for
pF1KB3987
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3987, 381 aa
1>>>pF1KB3987 381 - 381 aa - 381 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9289+/-0.00102; mu= 19.7851+/- 0.062
mean_var=76.1727+/-14.960, 0's: 0 Z-trim(105.0): 55 B-trim: 0 in 0/47
Lambda= 0.146952
statistics sampled from 8156 (8206) to 8156 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.616), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16
Scan time: 2.470
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5335.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 381) 2496 538.7 3.2e-153
CCDS64584.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 322) 1848 401.3 6.3e-112
CCDS11661.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 377) 1575 343.5 1.9e-94
CCDS64583.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 305) 1372 300.3 1.5e-81
CCDS62302.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 282) 1254 275.3 4.7e-74
CCDS6658.1 GNAQ gene_id:2776|Hs108|chr9 ( 359) 999 221.3 1e-57
CCDS12103.1 GNA11 gene_id:2767|Hs108|chr19 ( 359) 978 216.9 2.3e-56
CCDS6657.1 GNA14 gene_id:9630|Hs108|chr9 ( 355) 948 210.5 1.9e-54
CCDS10756.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 933 207.3 1.7e-53
CCDS47625.1 GNAT3 gene_id:346562|Hs108|chr7 ( 354) 932 207.1 2e-53
CCDS803.1 GNAT2 gene_id:2780|Hs108|chr1 ( 354) 916 203.7 2.1e-52
CCDS10757.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 914 203.3 2.8e-52
CCDS5595.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 354) 912 202.9 3.7e-52
CCDS802.1 GNAI3 gene_id:2773|Hs108|chr1 ( 354) 902 200.8 1.6e-51
CCDS13804.1 GNAZ gene_id:2781|Hs108|chr22 ( 355) 895 199.3 4.5e-51
CCDS2812.1 GNAT1 gene_id:2779|Hs108|chr3 ( 350) 880 196.1 4e-50
CCDS2813.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 355) 871 194.2 1.5e-49
CCDS54587.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 318) 813 181.9 7.1e-46
CCDS63642.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 339) 813 181.9 7.5e-46
CCDS12104.1 GNA15 gene_id:2769|Hs108|chr19 ( 374) 804 180.0 3e-45
CCDS59061.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 302) 787 176.3 3.1e-44
CCDS63644.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 303) 743 167.0 2e-41
CCDS42892.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 379) 719 162.0 8.1e-40
CCDS46624.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 380) 716 161.4 1.3e-39
CCDS11851.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 458) 712 160.6 2.6e-39
CCDS11852.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 381) 681 153.9 2.2e-37
CCDS13472.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 394) 567 129.8 4.2e-30
CCDS46623.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 395) 567 129.8 4.2e-30
CCDS46622.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 (1037) 567 130.2 8.4e-30
CCDS58614.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 174) 327 78.6 4.8e-15
>>CCDS5335.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 (381 aa)
initn: 2496 init1: 2496 opt: 2496 Z-score: 2864.4 bits: 538.7 E(32554): 3.2e-153
Smith-Waterman score: 2496; 100.0% identity (100.0% similar) in 381 aa overlap (1-381:1-381)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSGVVRTLSRCLLPAEAGGARERRAGSGARDAEREARRRSRDIDALLARERRAVRRLVKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 MSGVVRTLSRCLLPAEAGGARERRAGSGARDAEREARRRSRDIDALLARERRAVRRLVKI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LLLGAGESGKSTFLKQMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LLLGAGESGKSTFLKQMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YSENEKHGMFLMAFENKAGLPVEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YSENEKHGMFLMAFENKAGLPVEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 YFLDNLDRIGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 YFLDNLDRIGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 CFDGITSILFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 CFDGITSILFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LVEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LVEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVR
310 320 330 340 350 360
370 380
pF1KB3 FVFHAVKDTILQENLKDIMLQ
:::::::::::::::::::::
CCDS53 FVFHAVKDTILQENLKDIMLQ
370 380
>>CCDS64584.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 (322 aa)
initn: 1848 init1: 1848 opt: 1848 Z-score: 2122.9 bits: 401.3 E(32554): 6.3e-112
Smith-Waterman score: 1848; 99.6% identity (100.0% similar) in 279 aa overlap (103-381:44-322)
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 FLKQMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQYSENEKHGMFLM
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MPGSRGSGSTPDGNRKCCRFEHLLIAHPGSRGSRVLVDARDKLGIPWQYSENEKHGMFLM
20 30 40 50 60 70
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 AFENKAGLPVEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVKYFLDNLDRIGQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 AFENKAGLPVEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVKYFLDNLDRIGQL
80 90 100 110 120 130
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 NYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQCFDGITSILFMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 NYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQCFDGITSILFMV
140 150 160 170 180 190
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 SSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLVEKVKTVSIKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 SSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLVEKVKTVSIKK
200 210 220 230 240 250
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 HFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVRFVFHAVKDTILQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 HFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVRFVFHAVKDTILQ
260 270 280 290 300 310
380
pF1KB3 ENLKDIMLQ
:::::::::
CCDS64 ENLKDIMLQ
320
>>CCDS11661.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 (377 aa)
initn: 1403 init1: 966 opt: 1575 Z-score: 1809.2 bits: 343.5 E(32554): 1.9e-94
Smith-Waterman score: 1575; 66.7% identity (87.3% similar) in 354 aa overlap (33-381:24-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 GVVRTLSRCLLPAEAGGARERRAGSGARDAEREARRRSRDIDALLARERRAVRRLVKILL
: : .:.:..:: :.::. :.:::::::
CCDS11 MADFLPSRSVLSVCFPGCLLTSGEAEQQRKSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LGAGESGKSTFLKQMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQYS
::::::::::::::::::::..:::.: ::: ::..:..:: :::::::.:: ::: .
CCDS11 LGAGESGKSTFLKQMRIIHGQDFDQRAREEFRPTIYSNVIKGMRVLVDAREKLHIPWGDN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB3 ENEKHGMFLMAFENKAGLP----VEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGES
:..:: .:.:...: . :: .: :.::. ::: ::::..:..:: :::::::
CCDS11 SNQQHGDKMMSFDTRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGES
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 VKYFLDNLDRIGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKW
:::::::::..:. .:.::.:::::::. :::: :.:: ::..::::::::::::.:..:
CCDS11 VKYFLDNLDKLGEPDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRW
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 FQCFDGITSILFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKM
:.:::..:::::.:::::.:::::::: ::::.::.:::::::::..: ::::::::::
CCDS11 FECFDSVTSILFLVSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKT
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 DLLVEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRS-KPLFHHFTTAIDTE
::: :::. :::: .: .:.:::: :.:::..::.:: :::... :::.:::::::.::
CCDS11 DLLEEKVQIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTE
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KB3 NVRFVFHAVKDTILQENLKDIMLQ
:.:.::. ::::::..:::..:::
CCDS11 NIRLVFRDVKDTILHDNLKQLMLQ
360 370
>>CCDS64583.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 (305 aa)
initn: 1360 init1: 1360 opt: 1372 Z-score: 1577.8 bits: 300.3 E(32554): 1.5e-81
Smith-Waterman score: 1372; 84.8% identity (89.8% similar) in 256 aa overlap (127-381:54-305)
100 110 120 130 140 150
pF1KB3 IFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQYSENEKHGM-FLMAFENKAGLPVEPATFQLYVPALS
:: : .:. . ... . : : :
CCDS64 GWEAALSAPPPFCTAWVERTGLVHFLREGGHGACFPLALLHPGSVVSFQMIYPLIVLPLC
30 40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KB3 ALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVKYFLDNLDRIGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHD
: :. . ::... . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 ASWHWGLIRKGIV----LFWGESVKYFLDNLDRIGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHD
90 100 110 120 130
220 230 240 250 260 270
pF1KB3 FVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQCFDGITSILFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 FVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQCFDGITSILFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMN
140 150 160 170 180 190
280 290 300 310 320 330
pF1KB3 IFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLVEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 IFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLVEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCF
200 210 220 230 240 250
340 350 360 370 380
pF1KB3 DRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVRFVFHAVKDTILQENLKDIMLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 DRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVRFVFHAVKDTILQENLKDIMLQ
260 270 280 290 300
>>CCDS62302.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 (282 aa)
initn: 1082 init1: 966 opt: 1254 Z-score: 1443.0 bits: 275.3 E(32554): 4.7e-74
Smith-Waterman score: 1254; 66.5% identity (87.5% similar) in 281 aa overlap (106-381:2-282)
80 90 100 110 120 130
pF1KB3 QMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQYSENEKHGMFLMAFE
:::::::.:: ::: . :..:: .:.:.
CCDS62 MRVLVDAREKLHIPWGDNSNQQHGDKMMSFD
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB3 NKAGLP----VEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVKYFLDNLDRIGQ
..: . :: .: :.::. ::: ::::..:..:: ::::::::::::::::..:.
CCDS62 TRAPMAAQGMVETRVFLQYLPAIRALWADSGIQNAYDRRREFQLGESVKYFLDNLDKLGE
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB3 LNYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQCFDGITSILFM
.:.::.:::::::. :::: :.:: ::..::::::::::::.:..::.:::..:::::.
CCDS62 PDYIPSQQDILLARRPTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSVTSILFL
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB3 VSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLVEKVKTVSIK
:::::.:::::::: ::::.::.:::::::::..: :::::::::: ::: :::. ::::
CCDS62 VSSSEFDQVLMEDRLTNRLTESLNIFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKVQIVSIK
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB3 KHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRS-KPLFHHFTTAIDTENVRFVFHAVKDTI
.: .:.:::: :.:::..::.:: :::... :::.:::::::.:::.:.::. :::::
CCDS62 DYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENIRLVFRDVKDTI
220 230 240 250 260 270
380
pF1KB3 LQENLKDIMLQ
:..:::..:::
CCDS62 LHDNLKQLMLQ
280
>>CCDS6658.1 GNAQ gene_id:2776|Hs108|chr9 (359 aa)
initn: 1012 init1: 750 opt: 999 Z-score: 1149.5 bits: 221.3 E(32554): 1e-57
Smith-Waterman score: 999; 45.0% identity (73.9% similar) in 349 aa overlap (34-380:16-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 VVRTLSRCLLPAEAGGARERRAGSGARDAEREARRRSRDIDALLARERRAVRRLVKILLL
.:::: . .:. : :..: .:: .:.:::
CCDS66 MTLESIMACCLSEEAKEARRINDEIERQLRRDKRDARRELKLLLL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 GAGESGKSTFLKQMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQYSE
:.::::::::.:::::::: .... : ...::. . .... : : : ::..: .
CCDS66 GTGESGKSTFIKQMRIIHGSGYSDEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMDTLKIPYKYEH
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 NEKHGMFLMAFE-NKAGLPVEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVKYF
:. :.... . .:.. .: :: :...:: : ::.: ..:: :.::..:.::.
CCDS66 NKAHAQLVREVDVEKVSAFENP-----YVDAIKSLWNDPGIQECYDRRREYQLSDSTKYY
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LDNLDRIGQLNYFPSKQDILLARKATKGIVEHDFVIKKIPFKMVDVGGQRSQRQKWFQCF
:..:::... :.:..::.: .: : ::.:. : .... :.:::::::::.:.::..::
CCDS66 LNDLDRVADPAYLPTQQDVLRVRVPTTGIIEYPFDLQSVIFRMVDVGGQRSERRKWIHCF
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DGITSILFMVSSSEYDQVLMEDRRTNRLVESMNIFETIVNNKLFFNVSIILFLNKMDLLV
...:::.:.:. :::::::.:. ::. :: .:.::.. : : :.:::::: :::
CCDS66 ENVTSIMFLVALSEYDQVLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKKDLLE
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 EKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQR-YLVQCFDRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVRF
::. . .::.. : :.: .. : .... : . .: .. ::: : ::::.::
CCDS66 EKIMYSHLVDYFPEYDG-PQRDAQAAREFILKMFVDLNPDSDKIIYSHFTCATDTENIRF
290 300 310 320 330
370 380
pF1KB3 VFHAVKDTILQENLKDIMLQ
:: :::::::: :::. :
CCDS66 VFAAVKDTILQLNLKEYNLV
340 350
>>CCDS12103.1 GNA11 gene_id:2767|Hs108|chr19 (359 aa)
initn: 944 init1: 752 opt: 978 Z-score: 1125.4 bits: 216.9 E(32554): 2.3e-56
Smith-Waterman score: 978; 43.9% identity (72.9% similar) in 351 aa overlap (31-380:13-358)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MSGVVRTLSRCLLPAEAGGARERRAGSGARDAEREARRRSRDIDALLARERRAVRRLVKI
: .:..: . .:. : :..: .:: .:.
CCDS12 MTLESMMACCLSDEVKESKRINAEIEKQLRRDKRDARRELKL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 LLLGAGESGKSTFLKQMRIIHGREFDQKALLEFRDTIFDNILKGSRVLVDARDKLGIPWQ
::::.::::::::.:::::::: .... : ...::. . .... : . : : ..
CCDS12 LLLGTGESGKSTFIKQMRIIHGAGYSEEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMETLKILYK
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 YSENEKHGMFLMAFENKAGLPVEPATFQLYVPALSALWRDSGIREAFSRRSEFQLGESVK
: .:. ..... . . : . :: :...::.: ::.: ..:: :.::..:.:
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CCDS66 VFAAVKDTILQLNLREFNLV
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CCDS10 YLDSLDRIGAADYQPTEQDILRTRVKTTGIVETHFTFKNLHFRLFDVGGQRSERKKWIHC
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CCDS10 FEDVTAIIFCVALSGYDQVLHEDETTNRMHESLMLFDSICNNKFFIDTSIILFLNKKDLF
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pF1KB3 VEKVKTVSIKKHFPDFRGDPHRLEDVQRYLVQCFDRKRRNRSKPLFHHFTTAIDTENVRF
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CCDS10 GEKIKKSPLTICFPEYTG-PNTYEDAAAYIQAQFESKNRSPNKEIYCHMTCATDTNNIQV
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pF1KB3 VFHAVKDTILQENLKDIMLQ
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CCDS10 VFDAVTDIIIANNLRGCGLY
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CCDS47 NPRSAEDQRQLYAMANTLEDG----GMTPQL-AEVIKRLWRDPGIQACFERASEYQLNDS
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CCDS47 DIFQEKVTKVHLSICFPEYTG-PNTFEDAGNYIKNQFLDLNLKKEDKEIYSHMTCATDTQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]