FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4019, 430 aa 1>>>pF1KB4019 430 - 430 aa - 430 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0607+/-0.00089; mu= 16.3584+/- 0.055 mean_var=150.5831+/-32.289, 0's: 0 Z-trim(110.6): 83 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.104517 statistics sampled from 11682 (11766) to 11682 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16 Scan time: 2.900 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 430) 2813 435.9 3.5e-122 CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 420) 2608 405.0 7e-113 CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 434) 2361 367.8 1.2e-101 CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 347) 2182 340.7 1.3e-93 CCDS48021.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 359) 2071 324.0 1.5e-88 CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 ( 430) 1864 292.9 4.2e-79 CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 351) 1823 286.6 2.7e-77 CCDS12406.1 PBX4 gene_id:80714|Hs108|chr19 ( 374) 1580 250.0 3e-66 >>CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (430 aa) initn: 2813 init1: 2813 opt: 2813 Z-score: 2307.0 bits: 435.9 E(32554): 3.5e-122 Smith-Waterman score: 2813; 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CCDS47 MPGLNGDSYSA--------SQVESLRHSMGP-GGYGDNLGGGQMYSPREMRANGSWQEAV 360 370 380 390 400 410 420 430 pF1KB4 TPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN ::::::::::::::::::::: CCDS47 TPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN 410 420 430 >>CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (351 aa) initn: 2045 init1: 1190 opt: 1823 Z-score: 1501.2 bits: 286.6 E(32554): 2.7e-77 Smith-Waterman score: 1823; 81.8% identity (91.5% similar) in 352 aa overlap (1-342:1-347) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHP---GLS----QHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTI ::.: :.... :::..::: :.. : ..:: : ::::::::::.::::: CCDS83 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADG----DGRKQDIGDILHQIMTI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 TDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLL ::::::::::.::::::::::::::.::::::::: :::::::::.: :::::::::::: CCDS83 TDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 AEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACN ::::.::::::::::::::::::::. ::::.:::::::::.:::::::::::::::::: CCDS83 AEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACN 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA ::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS83 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 RRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKK :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: CCDS83 RRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 NIGKFQEEANIYAAKTAVTATNVSA---HGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSV ::::::::::.:::::::::... : ...:.:::.::::.: : .:. 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