Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4058
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4058, 537 aa
1>>>pF1KB4058 537 - 537 aa - 537 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.2495+/-0.00111; mu= -19.0061+/- 0.067
mean_var=677.0113+/-137.769, 0's: 0 Z-trim(118.3): 132 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.049292
statistics sampled from 19082 (19216) to 19082 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.837), E-opt: 0.2 (0.59), width: 16
Scan time: 3.310
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 3792 284.4 2.3e-76
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 3752 281.5 1.7e-75
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 2119 165.3 1.4e-40
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 463) 1785 141.6 1.9e-33
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 340) 1728 137.4 2.6e-32
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 975 83.9 3.9e-16
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5 ( 423) 973 83.8 4.4e-16
>>CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 (537 aa)
initn: 3792 init1: 3792 opt: 3792 Z-score: 1484.4 bits: 284.4 E(32554): 2.3e-76
Smith-Waterman score: 3792; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSWAARPPFLPQRHAAGQCGPVGVRKEMHCGVASRWRRRRPWLDPAAAAAAAVAGGEQQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MSWAARPPFLPQRHAAGQCGPVGVRKEMHCGVASRWRRRRPWLDPAAAAAAAVAGGEQQT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 PEPEPGEAGRDGMGDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PEPEPGEAGRDGMGDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 PPPMPPPPLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PPPMPPPPLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PPVLGVRGLHCPPPPGGPGAGKRLCAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PPVLGVRGLHCPPPPGGPGAGKRLCAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 CRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRGKDKDGDGEGAGGAPEEMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 CRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRGKDKDGDGEGAGGAPEEMP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 VDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 SSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 LSRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LSRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB4 QKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 QKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
490 500 510 520 530
>>CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 (533 aa)
initn: 3037 init1: 3037 opt: 3752 Z-score: 1469.0 bits: 281.5 E(32554): 1.7e-75
Smith-Waterman score: 3752; 99.3% identity (99.3% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-533)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSWAARPPFLPQRHAAGQCGPVGVRKEMHCGVASRWRRRRPWLDPAAAAAAAVAGGEQQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MSWAARPPFLPQRHAAGQCGPVGVRKEMHCGVASRWRRRRPWLDPAAAAAAAVAGGEQQT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 PEPEPGEAGRDGMGDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PEPEPGEAGRDGMGDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 PPPMPPPPLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PPPMPPPPLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PPVLGVRGLHCPPPPGGPGAGKRLCAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PPVLGVRGLHCPPPPGGPGAGKRLCAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 CRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRGKDKDGDGEGAGGAPEEMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 CRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRGKDKDGDGEGAGGAPEEMP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 SSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFD--
370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 LSRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 --RVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCK
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530
pF1KB4 QKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
480 490 500 510 520 530
>>CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 (462 aa)
initn: 2099 init1: 707 opt: 2119 Z-score: 842.2 bits: 165.3 E(32554): 1.4e-40
Smith-Waterman score: 2119; 71.4% identity (83.7% similar) in 465 aa overlap (80-536:12-461)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 AAAVAGGEQQTPEPEPGEAGRDGMGDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPST
: . .:: .: .: : .: : ::
CCDS35 MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRG----SMAAPSLHPSL
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 APSLGGSGAPPPP----PMPPPPLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINST
.:..:. : : : .: :: :::: :: .. :. : .. ..:::..:
CCDS35 GPGIGSPGQLHSPISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSP
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 VSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRG-LHCPPPPGGPGAG--KRLCAICGDRSSGKHYGVYSC
.. : ..: ::.::: ::. : :. : :.: :. :..::::::::::::::::::
CCDS35 MN-PVSSS---EDIKPP-LGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSC
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 EGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRG
::::::::::.::::::.::::::: .:::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS35 EGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 KDKD-GDGEGAGGAPEEMPVDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQ
::.. .. :....: :.:::.:::::::::: :.. ::. . : . ::::::::::::
CCDS35 KDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEA--NMGLNPSSPNDPVTNICQ
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGL
:::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::: :.:::::::::
CCDS35 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGL
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 HVHRNSAHSAGVGAIFDRSLSRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNP
:::::::::::::::::: ::::::::::::.::::::::::::.:::::.::::::
CCDS35 HVHRNSAHSAGVGAIFDR----VLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNP
340 350 360 370 380
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 SEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTP
.:::.::::::::::.:::.::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTP
390 400 410 420 430 440
530
pF1KB4 IDTFLMEMLEAPHQLA
::::::::::::::.
CCDS35 IDTFLMEMLEAPHQMT
450 460
>>CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 (463 aa)
initn: 1938 init1: 678 opt: 1785 Z-score: 713.8 bits: 141.6 E(32554): 1.9e-33
Smith-Waterman score: 1966; 66.9% identity (81.1% similar) in 477 aa overlap (68-536:13-462)
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 RRRPWLDPAAAAAAAVAGGEQQTPEPEPGEAGRDGM-GDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVP
:: : : .: : ::... : : :
CCDS12 MYGNYSHFMKFPAGYGGSPGHTGSTSMSPSAA----LSTGKP
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 PPSPPGPPLPPSTAP-SLGGSGAPPPPPMPPPPLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFS-
: :. : .:: .:.. :.: ::::. ::.:.:: :. ::::..
CCDS12 MDSHPSYTDTPVSAPRTLSAVGTP------LNALGSPYRVITSAMGPPSGALAAPPGINL
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 -GPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVKP-PVL-GVRGLHCPPPPGGPGAG-KRLCAICGD
.: :: :.: . :. .. ::.:: : : :. ... : .::. :..::::::
CCDS12 VAPPSS-QLNVVNSVSSS-----EDIKPLPGLPGIGNMNYPST--SPGSLVKHICAICGD
100 110 120 130 140
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 RSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGM
::::::::::::::::::::::::::: :.::::::: .:::::::::::::::::. ::
CCDS12 RSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLIYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLVMGM
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320
pF1KB4 KREAVQEERQRGKDK-DGDGEGAGGAPEEMPVDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSG
:::::::::::.... ....: : .. :.:::.:::::::::: :... : .
CCDS12 KREAVQEERQRSRERAESEAECATSGHEDMPVERILEAELAVEPKTES-----YGDMNME
210 220 230 240 250
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 SSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSI
.: ::::::::.::::::::::::::::::::.: :.::::::::::::::::::::::.
CCDS12 NSTNDPVTNICHAADKQLFTLVEWAKRIPHFSDLTLEDQVILLRAGWNELLIASFSHRSV
260 270 280 290 300 310
390 400 410 420 430 440
pF1KB4 DVRDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRSLSRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAII
.:.:::::::::::::.::::::::.:::: :::::::::.::.:::.::::::::.
CCDS12 SVQDGILLATGLHVHRSSAHSAGVGSIFDR----VLTELVSKMKDMQMDKSELGCLRAIV
320 330 340 350 360 370
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 LFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLE
::::::::::::::::.:::::::.::.: ::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS12 LFNPDAKGLSNPSEVETLREKVYATLEAYTKQKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLE
380 390 400 410 420 430
510 520 530
pF1KB4 HLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQLA
::::::::::::::::::::::.: :.
CCDS12 HLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLETPLQIT
440 450 460
>>CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 (340 aa)
initn: 1826 init1: 678 opt: 1728 Z-score: 693.6 bits: 137.4 E(32554): 2.6e-32
Smith-Waterman score: 1819; 79.1% identity (91.0% similar) in 345 aa overlap (194-536:4-339)
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 STVSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRGLHCPPPPGGPGAG-KRLCAICGDRSSGKHYGVYSC
: .::. :..::::::::::::::::::
CCDS72 MNYPSTSPGSLVKHICAICGDRSSGKHYGVYSC
10 20 30
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 EGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRG
::::::::::::::: :.::::::: .:::::::::::::::::. :::::::::::::.
CCDS72 EGCKGFFKRTIRKDLIYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLVMGMKREAVQEERQRS
40 50 60 70 80 90
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 KDK-DGDGEGAGGAPEEMPVDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQ
... ....: : .. :.:::.:::::::::: :... : . .: ::::::::.
CCDS72 RERAESEAECATSGHEDMPVERILEAELAVEPKTESY-----GDMNMENSTNDPVTNICH
100 110 120 130 140
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGL
::::::::::::::::::::.: :.::::::::::::::::::::::..:.:::::::::
CCDS72 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSDLTLEDQVILLRAGWNELLIASFSHRSVSVQDGILLATGL
150 160 170 180 190 200
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 HVHRNSAHSAGVGAIFDRSLSRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNP
::::.::::::::.::: ::::::::::.::.:::.::::::::.::::::::::::
CCDS72 HVHRSSAHSAGVGSIFD----RVLTELVSKMKDMQMDKSELGCLRAIVLFNPDAKGLSNP
210 220 230 240 250 260
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 SEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTP
::::.:::::::.::.: ::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SEVETLREKVYATLEAYTKQKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTP
270 280 290 300 310 320
530
pF1KB4 IDTFLMEMLEAPHQLA
::::::::::.: :.
CCDS72 IDTFLMEMLETPLQIT
330 340
>>CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 (414 aa)
initn: 974 init1: 408 opt: 975 Z-score: 403.1 bits: 83.9 E(32554): 3.9e-16
Smith-Waterman score: 996; 38.9% identity (64.4% similar) in 435 aa overlap (106-530:11-400)
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 SGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPSTAPSLGGSGAPPPPPMPPPPLGSPFPV
: . .:. :: : ::.: :: :.:
CCDS10 MAMVVSTWRDPQDEVPGSQGSQASQAPPVPGPPPGAPHT-
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 ISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINSTVSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRGLHCPPPP
: :: .::.:.: .. .::.: : :
CCDS10 ------------PQTPGQGGPASTP-----AQTAAGGQG----------G---------P
40 50 60
200 210 220 230 240
pF1KB4 GGPGAGKRL------CAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTV
::::. :. :..:::.::::::: ..:::::.::::..:..:.:.:: :..: .
CCDS10 GGPGSDKQQQQQHIECVVCGDKSSGKHYGQFTCEGCKSFFKRSVRRNLSYTCRANRNCPI
70 80 90 100 110 120
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRGKDKDGDGEGAGGAPEEMPVDRILEAEL
:...::.::::: .::: .::.:::::. :. . :. : . . : . .
CCDS10 DQHHRNQCQYCRLKKCLKVGMRREAVQRGRM-PPTQPTHGQFALTNGDPLNCHSYLSGYI
130 140 150 160 170 180
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AVEQKSDQGVEGPGGTGGSGS-SPND--PVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLD
.. ... : . :: .::. . :::. : ..::. ::::. :: : .: .
CCDS10 SLLLRAEP---YPTSRFGSQCMQPNNIMGIENICELAARMLFSAVEWARNIPFFPDLQIT
190 200 210 220 230
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 DQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLAT-GLHVHRNSAHSAGVGAIFDRSLSRVL
::: ::: :.::.. . .. :. .. . :::. :::. :: : :..:. :..
CCDS10 DQVALLRLTWSELFVLNAAQCSMPLHVAPLLAAAGLHASPMSADR--VVAFMDH--IRIF
240 250 260 270 280 290
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 TELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVEVLREKVYASLETYCKQKYPE
: : :.. ...:..: .::.::.::. :: :::. ..:: :.:: .:: : ...::.
CCDS10 QEQVEKLKALHVDSAEYSCLKAIVLFTSDACGLSDVAHVESLQEKSQCALEEYVRSQYPN
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