Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4082
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4082, 894 aa
1>>>pF1KB4082 894 - 894 aa - 894 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2919+/-0.000971; mu= 21.0238+/- 0.059
mean_var=60.2055+/-12.226, 0's: 0 Z-trim(103.6): 46 B-trim: 308 in 1/51
Lambda= 0.165294
statistics sampled from 7465 (7511) to 7465 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.231), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14605.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 5918 1420.2 0
CCDS14604.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 894) 5860 1406.4 0
CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 884) 4547 1093.3 0
CCDS8333.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 902) 4437 1067.1 0
CCDS3797.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 4342 1044.4 0
CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 883) 4285 1030.8 0
CCDS43275.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 ( 836) 4258 1024.4 0
CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 3891 936.9 0
CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 3891 936.9 0
CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 906) 3862 929.9 0
CCDS58987.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 916) 3862 929.9 0
CCDS58989.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 837) 3828 921.8 0
CCDS58986.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 ( 826) 3419 824.3 0
CCDS5049.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 869) 2007 487.6 4.3e-137
CCDS55045.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 892) 2007 487.6 4.4e-137
CCDS5048.1 GRIK2 gene_id:2898|Hs108|chr6 ( 908) 2007 487.6 4.4e-137
CCDS33530.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 905) 1951 474.2 4.6e-133
CCDS82656.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 934) 1951 474.2 4.8e-133
CCDS416.1 GRIK3 gene_id:2899|Hs108|chr1 ( 919) 1931 469.5 1.3e-131
CCDS41707.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 ( 433) 1834 446.2 6.1e-125
CCDS42913.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 918) 1805 439.4 1.4e-122
CCDS82658.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 920) 1805 439.4 1.4e-122
CCDS82659.1 GRIK1 gene_id:2897|Hs108|chr21 ( 949) 1805 439.4 1.5e-122
CCDS12595.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 980) 1636 399.1 2e-110
CCDS77305.1 GRIK5 gene_id:2901|Hs108|chr19 ( 981) 1632 398.2 3.9e-110
CCDS8433.1 GRIK4 gene_id:2900|Hs108|chr11 ( 956) 1619 395.1 3.3e-109
CCDS76017.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX ( 144) 588 148.9 6.5e-36
CCDS68758.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 ( 912) 586 148.7 4.5e-35
CCDS3637.1 GRID2 gene_id:2895|Hs108|chr4 (1007) 586 148.7 4.9e-35
CCDS31236.1 GRID1 gene_id:2894|Hs108|chr10 (1009) 564 143.5 1.9e-33
CCDS8662.1 GRIN2B gene_id:2904|Hs108|chr12 (1484) 557 141.9 8.4e-33
CCDS45407.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1281) 554 141.1 1.2e-32
CCDS10539.1 GRIN2A gene_id:2903|Hs108|chr16 (1464) 554 141.2 1.4e-32
CCDS62330.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 ( 873) 542 138.2 6.3e-32
CCDS32724.1 GRIN2C gene_id:2905|Hs108|chr17 (1233) 542 138.3 8.5e-32
CCDS12719.1 GRIN2D gene_id:2906|Hs108|chr19 (1336) 531 135.7 5.6e-31
CCDS43910.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 885) 362 95.3 5.3e-19
CCDS7032.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 901) 362 95.3 5.4e-19
CCDS55355.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 906) 362 95.3 5.4e-19
CCDS7031.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 938) 362 95.3 5.6e-19
CCDS55354.1 GRIN1 gene_id:2902|Hs108|chr9 ( 943) 362 95.3 5.6e-19
CCDS6758.1 GRIN3A gene_id:116443|Hs108|chr9 (1115) 311 83.2 3e-15
CCDS32861.1 GRIN3B gene_id:116444|Hs108|chr19 (1043) 307 82.2 5.4e-15
>>CCDS14605.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX (894 aa)
initn: 5918 init1: 5918 opt: 5918 Z-score: 7615.0 bits: 1420.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5918; 99.9% identity (99.9% similar) in 894 aa overlap (1-894:1-894)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MARQKKMGQSVLRAVFFLVLGLLGHSHGGFPNTISIGGLFMRNTVQEHSAFRFAVQLYNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MARQKKMGQSVLRAVFFLVLGLLGHSHGGFPNTISIGGLFMRNTVQEHSAFRFAVQLYNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 NQNTTEKPFHLNYHVDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NQNTTEKPFHLNYHVDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 HTSFVTPSFPTDADVQFVIQMRPALKGAILSLLGHYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIMEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HTSFVTPSFPTDADVQFVIQMRPALKGAILSLLGHYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIMEA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AVQNNWQVTARSVGNIKDVQEFRRIIEEMDRRQEKRYLIDCEVERINTILEQVVILGKHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AVQNNWQVTARSVGNIKDVQEFRRIIEEMDRRQEKRYLIDCEVERINTILEQVVILGKHS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RGYHYMLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEAKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RGYHYMLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEAKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 APLKYTSALTHDAILVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLANPAVPWSQGIDIERALKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 APLKYTSALTHDAILVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLANPAVPWSQGIDIERALKM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMKVSGSRKAGYWNEYERFVPFSDQQISNDSASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMKVSGSRKAGYWNEYERFVPFSDQQISNDSASS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 ENRTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ENRTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKY
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 GARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 KPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDNNEEPRDPQSPPDPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDNNEEPRDPQSPPDPP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 NEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVER
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 MVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTAD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::
CCDS14 GVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALRTPVNL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 AVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KB4 VALIEFCYKSRAESKRMKLTKNTQNFKPAPATNTQNYATYREGYNVYGTESVKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VALIEFCYKSRAESKRMKLTKNTQNFKPAPATNTQNYATYREGYNVYGTESVKI
850 860 870 880 890
>>CCDS14604.1 GRIA3 gene_id:2892|Hs108|chrX (894 aa)
initn: 5860 init1: 5860 opt: 5860 Z-score: 7540.3 bits: 1406.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5860; 98.9% identity (99.4% similar) in 894 aa overlap (1-894:1-894)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MARQKKMGQSVLRAVFFLVLGLLGHSHGGFPNTISIGGLFMRNTVQEHSAFRFAVQLYNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MARQKKMGQSVLRAVFFLVLGLLGHSHGGFPNTISIGGLFMRNTVQEHSAFRFAVQLYNT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 NQNTTEKPFHLNYHVDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NQNTTEKPFHLNYHVDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 HTSFVTPSFPTDADVQFVIQMRPALKGAILSLLGHYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIMEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HTSFVTPSFPTDADVQFVIQMRPALKGAILSLLGHYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIMEA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AVQNNWQVTARSVGNIKDVQEFRRIIEEMDRRQEKRYLIDCEVERINTILEQVVILGKHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AVQNNWQVTARSVGNIKDVQEFRRIIEEMDRRQEKRYLIDCEVERINTILEQVVILGKHS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RGYHYMLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEAKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RGYHYMLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEAKN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 APLKYTSALTHDAILVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLANPAVPWSQGIDIERALKM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 APLKYTSALTHDAILVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLANPAVPWSQGIDIERALKM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMKVSGSRKAGYWNEYERFVPFSDQQISNDSASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMKVSGSRKAGYWNEYERFVPFSDQQISNDSASS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 ENRTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ENRTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKY
430 440 450 460 470 480
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pF1KB4 GARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 KPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDNNEEPRDPQSPPDPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDNNEEPRDPQSPPDPP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 NEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVER
610 620 630 640 650 660
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pF1KB4 MVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTAD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: . :::
CCDS14 GVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALRNAVNL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 AVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMM
:::::.:::.::::::::::::::::. . :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMM
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KB4 VALIEFCYKSRAESKRMKLTKNTQNFKPAPATNTQNYATYREGYNVYGTESVKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VALIEFCYKSRAESKRMKLTKNTQNFKPAPATNTQNYATYREGYNVYGTESVKI
850 860 870 880 890
>>CCDS41706.1 GRIA4 gene_id:2893|Hs108|chr11 (884 aa)
initn: 3101 init1: 1773 opt: 4547 Z-score: 5848.2 bits: 1093.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4547; 74.6% identity (92.7% similar) in 887 aa overlap (11-894:4-884)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MARQKKMGQSVLRAVFFLVLGLLGHSHGGFPNTISIGGLFMRNTVQEHSAFRFAVQLYNT
. : . .: :. : . :.::....:::::.::: ::..:::.:. :.::
CCDS41 MRIISRQIVLLFSGFWGLAMGAFPSSVQIGGLFIRNTDQEYTAFRLAIFLHNT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 NQNTTEKPFHLNYHVDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGAL
. :..: ::.: :::.....:::.::::::::.::::.::::.::. :..::::::.::
CCDS41 SPNASEAPFNLVPHVDNIETANSFAVTNAFCSQYSRGVFAIFGLYDKRSVHTLTSFCSAL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 HTSFVTPSFPTDADVQFVIQMRPALKGAILSLLGHYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIMEA
: :..::::::... :::.:.::.:.::.:::: ::.:. ::.::::.::.::::::::
CCDS41 HISLITPSFPTEGESQFVLQLRPSLRGALLSLLDHYEWNCFVFLYDTDRGYSILQAIMEK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AVQNNWQVTARSVGNIKDVQEFRRIIEEMDRRQEKRYLIDCEVERINTILEQVVILGKHS
: ::.:.:.: : :..::. .:...::.::::::...::::.::...::::.: .:::
CCDS41 AGQNGWHVSAICVENFNDVS-YRQLLEELDRRQEKKFVIDCEIERLQNILEQIVSVGKHV
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RGYHYMLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEAKN
.::::..::::: :: ::: .:::::.::::.:. ..::: ....:: .::.::.: ...
CCDS41 KGYHYIIANLGFKDISLERFIHGGANVTGFQLVDFNTPMVIKLMDRWKKLDQREYPGSET
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 APLKYTSALTHDAILVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLANPAVPWSQGIDIERALKM
: :::::::.:..::.::.:: ::::..:.::::.:::::::::.::.::::.::.::.
CCDS41 PP-KYTSALTYDGVLVMAETFRSLRRQKIDISRRGNAGDCLANPAAPWGQGIDMERTLKQ
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB4 VQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMKVSGSRKAGYWNEYERFVPFSD-QQISNDSAS
:..::.:::.::: ::::.:::.::.:.: .: ::.::::.....: ..: ..::.:.
CCDS41 VRIQGLTGNVQFDHYGRRVNYTMDVFELKSTGPRKVGYWNDMDKLVLIQDVPTLGNDTAA
360 370 380 390 400 410
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::::.:::::.::::::::::::..:::..::::::::: :::::. ::::..:: :::
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::::: .::::::::::::::.:.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: .:::.: ..: :
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::.:
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::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: .
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CCDS41 AMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKSAQTFNPTSSQNTQNLATYREGYNVYGTESIKI
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: ::.:.:.: : :..::. .:...::.::::::...::::.::...::::.: .:::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::::::.:
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CCDS83 AMLVALIEFCYKSRAEAKRMKLTFSEAIRNKARLSITGSVGENGRVLTPDCPKAVHTGTA
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:::::::: .::::::::::::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::
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. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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CCDS37 TVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVR
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CCDS37 TTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRT
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pF1KB4 PVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLG
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CCDS37 PVNLAVLKLSEQGVLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLG
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pF1KB4 LAMMVALIEFCYKSRAESKRMKLTKNTQNFKPAPATNTQNYATYREGYNVYGTESVKI
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CCDS37 LAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI
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>>CCDS43274.1 GRIA2 gene_id:2891|Hs108|chr4 (883 aa)
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pF1KB4 MARQKKMGQSVLRAVFFLVLGLLGHSHGGFPNTISIGGLFMRNTVQEHSAFRFAVQLYNT
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CCDS43 MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVSSNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFST
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pF1KB4 NQNTTEKPFHLNYHVDHLDSSNSFSVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDQMSMNTLTSFCGAL
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CCDS43 SE------FRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQFSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTL
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pF1KB4 HTSFVTPSFPTDADVQFVIQMRPALKGAILSLLGHYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIMEA
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CCDS43 HVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDS
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pF1KB4 AVQNNWQVTARSVGNIKDVQE---FRRIIEEMDRRQEKRYLIDCEVERINTILEQVVILG
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CCDS43 AAEKKWQVTAINVGNINNDKKDEMYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIG
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pF1KB4 KHSRGYHYMLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPE
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CCDS43 KHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPG
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CCDS43 AHTTTIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERA
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pF1KB4 LKMVQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMKVSGSRKAGYWNEYERFV-PFSDQQISND
::.:::.:..:::.:: :.: ::::...:.:..: :: :::.: ...: ... .::
CCDS43 LKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLTELPSGND
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CCDS43 TSGLENKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVG
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pF1KB4 DGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKK
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CCDS43 DGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKK
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pF1KB4 PQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHLEDNNEEPRDPQSP
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CCDS43 PQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHTEEF-EDGRETQSS
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pF1KB4 PDPPNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFL
. ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 -ESTNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFL
590 600 610 620 630 640
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pF1KB4 TVERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTK
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CCDS43 TVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVR
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pF1KB4 TTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGT
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CCDS43 TTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRN
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CCDS43 AVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGDSKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLG
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CCDS43 LAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIESVKI
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CCDS43 YAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQW
40 50 60 70 80 90
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.::.::::..::.: :::....:....::::: .::::.. .. .: ...... ..:.
CCDS43 DKFAYLYDSDRGLSTLQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNINNDKKDEMYRSLFQDLELKKER
100 110 120 130 140 150
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: ..::: ...: :..::. .::: .::::..::::::: : ... ::::..:::::.
CCDS43 RVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANLGFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDY
160 170 180 190 200 210
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.. .:..::.:: :.:.:.: :... .:::::::.::. :..:::: ::.::...::::
CCDS43 DDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTTTIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIEISRRG
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.::::::::::::.::..::::::.:::.:..:::.:: :.: ::::...:.:..: ::
CCDS43 NAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRK
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:::.: ...: ... .::... ::.:.::::::::::::.:::::.::::::::::
CCDS43 IGYWSEVDKMVVTLTELPSGNDTSGLENKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGY
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::::: ::::: .::::.::::::::::: .::::::::::::::.::::.::::::::
CCDS43 CVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 REEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVS
460 470 480 490 500 510
580 590 600 610 620 630
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:::::::: :. :. :. :: . ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 RFSPYEWHTEEF-EDGRETQSS-ESTNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVG
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS43 GVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRS
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::::..:::.::.:::::::..:::.:::::::::::.:.::::::::::::::::::::
CCDS43 KIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMK
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:::::::::::.::::::.: ::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.
CCDS43 VGGNLDSKGYGIATPKGSSLRTPVNLAVLKLSEQGVLDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKE
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pF1KB4 KTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMMVALIEFCYKSRAESKRMKLTKNTQNFKPAPATNT
:::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.::::..::.::..:. . :.
CCDS43 KTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNS
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pF1KB4 QNYATYREGYNVYGTESVKI
::.:::.::::::: :::::
CCDS43 QNFATYKEGYNVYGIESVKI
820 830
>>CCDS47318.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 (906 aa)
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10 20 30 40 50
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10 20 30 40
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. :: : .: ..: .. :.:: .: ::::::.:::::::::.. ..: ::::::
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..:...:::::: .. . . . .: .........:. ..::: ::.:.:: :.. : :
CCDS47 DTAAEKNWQVTAVNILTTTE-EGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEK
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.. ::::.:::::: :: :.. ..:::.::::.:: . . ...:.: : :. ..
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:::::::.:.. :.::::. :::::.:.::::.::::::::::::.:::::.:::
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..:. .:.:::.::. :::::::. : ::: .: :: ::::: ..::: .: : ..:.
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CCDS47 SSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSD
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::::::::.:: ::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GKYGARDPDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :. :: :: :.
CCDS47 QKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEF-EEGRD-QTTS
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: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLT
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pF1KB4 VERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKT
:::::::::::::::::::::::::..::::::::::::::.::::.::::::::::..:
CCDS47 VERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRT
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pF1KB4 TADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTP
: .:. ::::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: :
CCDS47 TEEGMIRVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGP
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::::::::::::.:::::.::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS47 VNLAVLKLSEQGVLDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGL
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CCDS47 AMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVV
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>>CCDS58988.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 (916 aa)
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10 20 30 40 50 60
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CCDS58 EPP-KLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFI
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:::::.:.. :::.:.:: :. :..:.. ::::.::::.::..::.:.:: ....:...:
CCDS58 TPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVLDTAAEKN
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::::: .. . . . .: .........:. ..::: ::.:.:: :.. : :.. ::::
CCDS58 WQVTAVNILTTTE-EGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEKNGIGYHY
180 190 200 210 220 230
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pF1KB4 MLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEAKNAPLKY
.:::::: :: :.. ..:::.::::.:: . . ...:.: : :. .. ::
CCDS58 ILANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRVDWKRPKY
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CCDS58 TSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEG
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.:::.::. :::::::. : ::: .: :: ::::: ..::: .: : ..:..: .:::
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.::::::.:::: ::: .:.:::.:::::::.:: :::::: .:.: ::.::::::::
CCDS58 YIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARD
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pF1KB4 PETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGV
:.:: ::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PDTKAWNGMVGELVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGV
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :. :: :: :. : ::::
CCDS58 FSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEF-EEGRD-QTTSDQSNEFG
540 550 560 570 580 590
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pF1KB4 IFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 IFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMVSP
600 610 620 630 640 650
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pF1KB4 IESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVAR
::::::::::::::::::..::::::::::::::.::::.::::::::::..:: .:. :
CCDS58 IESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIR
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pF1KB4 VRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLK
:::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: ::::::::
CCDS58 VRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLK
720 730 740 750 760 770
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pF1KB4 LSEQGILDKLKNKWWYDKGECGAKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMMVALI
:::::.:::::.::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.::::
CCDS58 LSEQGVLDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSALSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALI
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pF1KB4 EFCYKSRAESKRMKLTKNTQNFKPAPATNTQNYATYREGYNVYGTESVKI
:::::::.::::::
CCDS58 EFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASSGGSGENGRVVSHDFPKS
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>>CCDS4322.1 GRIA1 gene_id:2890|Hs108|chr5 (906 aa)
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CCDS43 MQHIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALS--
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CCDS43 ----QLTEPP-KLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSKGVYAIFGFYERRTVNMLTSFCG
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 ALHTSFVTPSFPTDADVQFVIQMRPALKGAILSLLGHYKWEKFVYLYDTERGFSILQAIM
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CCDS43 ALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQDALISIIDHYKWQKFVYIYDADRGLSVLQKVL
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EAAVQNNWQVTARSVGNIKDVQEFRRIIEEMDRRQEKRYLIDCEVERINTILEQVVILGK
..:...:::::: .. . . . .: .........:. ..::: ::.:.:: :.. : :
CCDS43 DTAAEKNWQVTAVNILTTTE-EGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIIKLEK
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 HSRGYHYMLANLGFTDILLERVMHGGANITGFQIVNNENPMVQQFIQRWVRLDEREFPEA
.. ::::.:::::: :: :.. ..:::.::::.:: . . ...:.: : :. ..
CCDS43 NGIGYHYILANLGFMDIDLNKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPAKIMQQWKNSDARDHTRV
230 240 250 260 270 280
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pF1KB4 KNAPLKYTSALTHDAILVIAEAFRYLRRQRVDVSRRGSAGDCLANPAVPWSQGIDIERAL
:::::::.:.. :.::::. :::::.:.::::.::::::::::::.:::::.:::
CCDS43 DWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNAGDCLANPAVPWGQGIDIQRAL
290 300 310 320 330 340
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pF1KB4 KMVQVQGMTGNIQFDTYGRRTNYTIDVYEMKVSGSRKAGYWNEYERFVPF-SDQQISNDS
..:. .:.:::.::. :::::::. : ::: .: :: ::::: ..::: .: : ..:.
CCDS43 QQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGDN
350 360 370 380 390 400
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CCDS43 SSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSD
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CCDS43 QKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRFSPYEWHSEEF-EEGRD-QTTS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]