FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4088, 760 aa 1>>>pF1KB4088 760 - 760 aa - 760 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5393+/-0.00112; mu= 19.0666+/- 0.067 mean_var=72.4283+/-14.248, 0's: 0 Z-trim(102.8): 19 B-trim: 0 in 0/49 Lambda= 0.150702 statistics sampled from 7116 (7131) to 7116 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.565), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16 Scan time: 3.140 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3312.1 TFRC gene_id:7037|Hs108|chr3 ( 760) 5024 1102.3 0 CCDS82891.1 TFRC gene_id:7037|Hs108|chr3 ( 679) 4492 986.6 0 CCDS34707.1 TFR2 gene_id:7036|Hs108|chr7 ( 801) 834 191.4 4.9e-48 CCDS46960.1 NAALADL2 gene_id:254827|Hs108|chr3 ( 795) 448 107.4 8.9e-23 CCDS8288.1 NAALAD2 gene_id:10003|Hs108|chr11 ( 740) 444 106.6 1.5e-22 CCDS73364.1 NAALAD2 gene_id:10003|Hs108|chr11 ( 707) 435 104.6 5.7e-22 CCDS53627.1 FOLH1 gene_id:2346|Hs108|chr11 ( 704) 427 102.8 1.9e-21 CCDS31493.1 FOLH1 gene_id:2346|Hs108|chr11 ( 719) 427 102.9 1.9e-21 CCDS53628.1 FOLH1 gene_id:2346|Hs108|chr11 ( 735) 427 102.9 2e-21 CCDS7946.1 FOLH1 gene_id:2346|Hs108|chr11 ( 750) 427 102.9 2e-21 CCDS31604.1 NAALADL1 gene_id:10004|Hs108|chr11 ( 740) 381 92.9 2e-18 CCDS53626.1 FOLH1 gene_id:2346|Hs108|chr11 ( 442) 373 91.0 4.4e-18 >>CCDS3312.1 TFRC gene_id:7037|Hs108|chr3 (760 aa) initn: 5024 init1: 5024 opt: 5024 Z-score: 5899.6 bits: 1102.3 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5024; 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CCDS34 YGDVVLRHIGNLNEFSGDLKARGLTLQWVYSARGDYIRAAEKLRQEIYSSEERDERLTRM 650 660 670 680 690 700 680 690 700 710 720 pF1KB4 LNDRVMRVEYHFLSPYVSPKESPFRHVFWGSGSHTLPALLENLKLRKQNN----GA---- : :.::::..::: :::: .:::::.: : :.::: :::..:.: ..:. :: CCDS34 YNVRIMRVEFYFLSQYVSPADSPFRHIFMGRGDHTLGALLDHLRLLRSNSSGTPGATSST 710 720 730 740 750 760 730 740 750 760 pF1KB4 -FNETLFRNQLALATWTIQGAANALSGDVWDIDNEF :.:. :: :::: :::.::::::::::::.:::.: CCDS34 GFQESRFRRQLALLTWTLQGAANALSGDVWNIDNNF 770 780 790 800 >>CCDS46960.1 NAALADL2 gene_id:254827|Hs108|chr3 (795 aa) initn: 271 init1: 216 opt: 448 Z-score: 522.4 bits: 107.4 E(32554): 8.9e-23 Smith-Waterman score: 458; 22.1% identity (56.3% similar) in 687 aa overlap (45-702:101-734) 20 30 40 50 60 70 pF1KB4 GEPLSYTRFSLARQVDGDNSHVEMKLAVDEEENADNNTKANVTKPKRCSGSICYGTIAVI .:..: :. . . :: ..:. .. .. 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CCDS46 DLPGPSPSTVTL-SSSGQCFHPNGQPCSEEARKDSSQDLLYSYAAYSAKGTLKAEVIDVS 230 240 250 260 270 280 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 FGTKKDFEDLYT--PVNGSIVIVRAGKITFAEKVANAESLNAIGVLIYMDQTKFP-IVNA .: :.. . :...:.... ::. . :... :. . :::.:.: .: :: CCDS46 YGMADDLKRIRKIKNVTNQIALLKLGKLPLLYKLSSLEKAGFGGVLLYIDPCDLPKTVNP 290 300 310 320 330 340 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 ELSFFGHAHLGTGDPYTPGFPSFNHTQFPPSRSSGLPNIPVQTISRAAAEKLFGNMEGDC . : . ::: :::.:: ... : :::. : .. :: :: . ::... .. CCDS46 SHDTFMVSLNPGGDPSTPGYPSVDES-FRQSRSN-LTSLLVQPISAPLVAKLISSPKART 350 360 370 380 390 360 370 380 390 400 410 pF1KB4 PSDWKTDSTCRMVTSESKNVKLTVSNVLKEIKILNIFGVIKGFVEPDHYVVVGAQRD-AW .. . :. .. ..: . :.. :..: : . :. : . :.. ::.:..::... : CCDS46 KNE--ACSSLELPNNEIRVVSMQVQTVTKLKTVTNVVGFVMGLTSPDRYIIVGSHHHTAH 400 410 420 430 440 450 420 430 440 450 460 470 pF1KB4 GPGAAKSGVGTALLLKLAQMFSDMVLKDGFQPSRSIIFASWSAGDFGSVGATEWLEGYLS . .. . . .::.. . . . . : : :..:.:.:.: ::.. ::..:. :: : . . CCDS46 SYNGQEWASSTAIITAFIRALMSKV-KRGWRPDRTIVFCSWGGTAFGNIGSYEWGEDFKK 460 470 480 490 500 510 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 SLHLKAFTYINLDKAVLGTSNFKVSASPLLYTLI-EKTMQNVKHPVTGQFLYQDSNWASK :. .. .::.: . . :.:.. ::: : :. ::. : : . ..: CCDS46 VLQKNVVAYISLHSPIRGNSSLYPVASPSLQQLVVEKNNFN----CTRRAQCPETN---- 520 530 540 550 560 540 550 560 570 580 pF1KB4 VEKLTLDNAAFPFLAYSGIPAVSFCFCEDT---DYP-YLGTT-MDTYKELIERI-PELNK . .. ... : :. . :.: :.: . :: . : .:. . ..: ::.. : .: CCDS46 ISSIQIQGDADYFINHLGVPIVQFAY-EDIKTLEGPSFLSEARFSTRATKIEEMDPSFN- 570 580 590 600 610 620 590 600 610 620 630 640 pF1KB4 VARAAAEVAGQFVIKLTHDVELNLDYERYNSQLLSFVRDLNQYRADIKEMGLSLQWLYSA . .. ....:. ....... : .. .. . .. . .. :.: :. CCDS46 LHETITKLSGEVILQIANEPVLPFNALDIALEVQNNLKGDQPNTHQLLAMALRLR----E 630 640 650 660 670 680 650 660 670 680 690 700 pF1KB4 RGDFFRATSRLTTDFGNAEKTDRFVMKKLNDRVMRVEYHFLSPYVSPKESPFRHVFWGSG ...:.. .. . . :. : ::: .. .: :: . : . .:.... CCDS46 SAELFQSDEMRPANDPKERAPIRIRM--LNDILQDMEKSFLVKQAPP--GFYRNILYHLD 690 700 710 720 730 710 720 730 740 750 760 pF1KB4 SHTLPALLENLKLRKQNNGAFNETLFRNQLALATWTIQGAANALSGDVWDIDNEF CCDS46 EKTSRFSILIEAWEHCKPLASNETLQEALSEVLNSINSAQVYFKAGLDVFKSVLDGKN 740 750 760 770 780 790 >>CCDS8288.1 NAALAD2 gene_id:10003|Hs108|chr11 (740 aa) initn: 557 init1: 195 opt: 444 Z-score: 518.1 bits: 106.6 E(32554): 1.5e-22 Smith-Waterman score: 794; 26.6% identity (58.5% similar) in 751 aa overlap (72-749:16-736) 50 60 70 80 90 100 pF1KB4 VDEEENADNNTKANVTKPKRCSGSICYGTIAVIVFFLIGFMIGYLGYCKGVEPKTECERL :... ::.:::.:.. ..: : CCDS82 MAESRGRLYLWMCLAAALASFLMGFMVGWF-----IKPLKE---- 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KB4 AGTESPVREEPGEDFPAARRLYWDDLKRKLSEKLDSTDFTGTIKLLNENSYVPREAGSQK : . :: : .... :: .. . .. . .. ... .:. ::... CCDS82 --TTTSVR-------------YHQSIRWKLVSEMKAENIKSFLRSFTK---LPHLAGTEQ 40 50 60 70 170 180 190 200 210 pF1KB4 DENLALYVENQFREFKLSKVWRDQHFVKIQV-KDSAQNSVIIVDKNGRLV----YLVENP . :: ...:...: :... .. : .. ... : . :::.. . :: : CCDS82 NFLLAKKIQTQWKKFGLDSAKLVHYDVLLSYPNETNANYISIVDEHETEIFKTSYLEPPP 80 90 100 110 120 130 220 230 240 250 260 pF1KB4 GGYV----------AYSKAATVTGKLVHANFGTKKDFEDLYTPVN----GSIVIVRAGKI :: :.: . : ::..:.. .:: : .. :.:::.: ::: CCDS82 DGYENVTNIVPPYNAFSAQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLEREMGINCTGKIVIARYGKI 140 150 160 170 180 190 270 280 290 300 pF1KB4 TFAEKVANAESLNAIGVLIYMDQTKF--PIVNAE---LSFFGHAHL--------GTGDPY ..:: :: .:::...: : . . : :. .. : : :.::: CCDS82 FRGNKVKNAMLAGAIGIILYSDPADYFAPEVQPYPKGWNLPGTAAQRGNVLNLNGAGDPL 200 210 220 230 240 250 310 320 330 340 350 360 pF1KB4 TPGFPSFNHT-QFPPSRSSGLPNIPVQTISRAAAEKLFGNMEGDCPSD--WKTDSTCRM- :::.:. ..: .. .. :.: :::. :. :: :. . : : : :: . . CCDS82 TPGYPAKEYTFRLDVEEGVGIPRIPVHPIGYNDAEILLRYLGGIAPPDKSWKGALNVSYS 260 270 280 290 300 310 370 380 390 400 410 pF1KB4 -----VTSES-KNVKLTVSNVLKEIKILNIFGVIKGFVEPDHYVVVGAQRDAWGPGAAKS . :.: ..:.. : :. : .: :. :.:.: ::::.::..:..::.: :: CCDS82 IGPGFTGSDSFRKVRMHVYNINKITRIYNVVGTIRGSVEPDRYVILGGHRDSWVFGAIDP 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 pF1KB4 GVGTALLLKLAQMFSDMVLKDGFQPSRSIIFASWSAGDFGSVGATEWLEGYLSSLHLKAF :.:.: ..:. :. .. : :..: :.::::::.: .:: .:.::: : .. :. ... CCDS82 TSGVAVLQEIARSFGKLMSK-GWRPRRTIIFASWDAEEFGLLGSTEWAEENVKILQERSI 380 390 400 410 420 430 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 TYINLDKAVLGTSNFKVSASPLLYTLIEKTMQNVKHPVTG--------QFLYQDSNWASK .::: :... :. ...:. .:::: :. : ... : : ..: .: . .: CCDS82 AYINSDSSIEGNYTLRVDCTPLLYQLVYKLTKEIPSPDDGFESKSLYESWLEKDPSPENK 440 450 460 470 480 490 540 550 560 570 580 pF1KB4 ----VEKLTLDNAAFPFLAYSGIPA--VSFCFCEDTD----YPYLGTTMDTYKELIERI- ..:: . .. :: . . . . :: :: : ..:. ::.:.. CCDS82 NLPRINKLGSGSDFEAYFQRLGIASGRARYTKNKKTDKYSSYPVYHTIYETF-ELVEKFY 500 510 520 530 540 550 590 600 610 620 630 pF1KB4 -PELNKVARAAAEVAGQFVIKLTHDVELNLDYERYNSQLLSF---VRDLNQ-YRADIKEM : ..: ..:.. : .: .:. . . .. . : : .. . .:.. . .. . CCDS82 DPTFKK-QLSVAQLRGALVYELVDSKIIPFNIQDYAEALKNYAASIYNLSKKHDQQLTDH 560 570 580 590 600 610 640 650 660 670 680 690 pF1KB4 GLSLQWLYSARGDFFRATSRLTTDFGNAEKTDRFVMKKLNDRVMRVEYHFLSPYVSPKES :.:.. :.:: .: .:.: . . ... .. .... .::..: .: :..: : . CCDS82 GVSFDSLFSAVKNFSEAASDFHKRLIQVDLNNPIAVRMMNDQLMLLERAFIDPLGLPGKL 620 630 640 650 660 670 700 710 720 730 740 pF1KB4 PFRHVFWGSGSH------TLPALLENL-KLRKQNNGAFNETLFRNQLALATWTIQGAANA .::.... .:: ..:.. . . .... :. . ......:..:::.::.. CCDS82 FYRHIIFAPSSHNKYAGESFPGIYDAIFDIENKANSRLAWKEVKKHISIAAFTIQAAAGT 680 690 700 710 720 730 750 760 pF1KB4 LSGDVWDIDNEF : CCDS82 LKEVL 740 >>CCDS73364.1 NAALAD2 gene_id:10003|Hs108|chr11 (707 aa) initn: 557 init1: 195 opt: 435 Z-score: 507.9 bits: 104.6 E(32554): 5.7e-22 Smith-Waterman score: 747; 26.0% identity (57.5% similar) in 742 aa overlap (72-749:16-703) 50 60 70 80 90 100 pF1KB4 VDEEENADNNTKANVTKPKRCSGSICYGTIAVIVFFLIGFMIGYLGYCKGVEPKTECERL :... ::.:::.:.. ..: : CCDS73 MAESRGRLYLWMCLAAALASFLMGFMVGWF-----IKPLKE---- 10 20 30 110 120 130 140 150 160 pF1KB4 AGTESPVREEPGEDFPAARRLYWDDLKRKLSEKLDSTDFTGTIKLLNENSYVPREAGSQK : . :: : .... :: .. . .. . .. ... .:. ::... CCDS73 --TTTSVR-------------YHQSIRWKLVSEMKAENIKSFLRSFTK---LPHLAGTEQ 40 50 60 70 170 180 190 200 210 pF1KB4 DENLALYVENQFREFKLSKVWRDQHFVKIQV-KDSAQNSVIIVDKNGRLV----YLVENP . :: ...:...: :... .. : .. ... : . :::.. . :: : CCDS73 NFLLAKKIQTQWKKFGLDSAKLVHYDVLLSYPNETNANYISIVDEHETEIFKTSYLEPPP 80 90 100 110 120 130 220 230 240 250 260 pF1KB4 GGYV----------AYSKAATVTGKLVHANFGTKKDFEDLYTPVN----GSIVIVRAGKI :: :.: . : ::..:.. .:: : .. :.:::.: ::: CCDS73 DGYENVTNIVPPYNAFSAQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLEREMGINCTGKIVIARYGKI 140 150 160 170 180 190 270 280 290 300 pF1KB4 TFAEKVANAESLNAIGVLIYMDQTKF--PIVNAE---LSFFGHAHL--------GTGDPY ..:: :: .:::...: : . . : :. .. : : :.::: CCDS73 FRGNKVKNAMLAGAIGIILYSDPADYFAPEVQPYPKGWNLPGTAAQRGNVLNLNGAGDPL 200 210 220 230 240 250 310 320 330 340 350 360 pF1KB4 TPGFPSFNHT-QFPPSRSSGLPNIPVQTISRAAAEKLFGNMEGDCPSDWKTDSTCRMVTS :::.:. ..: .. .. :.: :::. :. :: :. CCDS73 TPGYPAKEYTFRLDVEEGVGIPRIPVHPIGYNDAEILL---------------------- 260 270 280 290 370 380 390 400 410 420 pF1KB4 ESKNVKLTVSNVLKEIKILNIFGVIKGFVEPDHYVVVGAQRDAWGPGAAKSGVGTALLLK ..:.. : :. : .: :. :.:.: ::::.::..:..::.: :: :.:.: . CCDS73 --RKVRMHVYNINKITRIYNVVGTIRGSVEPDRYVILGGHRDSWVFGAIDPTSGVAVLQE 300 310 320 330 340 350 430 440 450 460 470 480 pF1KB4 LAQMFSDMVLKDGFQPSRSIIFASWSAGDFGSVGATEWLEGYLSSLHLKAFTYINLDKAV .:. :. .. : :..: :.::::::.: .:: .:.::: : .. :. ....::: :... CCDS73 IARSFGKLMSK-GWRPRRTIIFASWDAEEFGLLGSTEWAEENVKILQERSIAYINSDSSI 360 370 380 390 400 410 490 500 510 520 530 pF1KB4 LGTSNFKVSASPLLYTLIEKTMQNVKHPVTG--------QFLYQDSNWASK----VEKLT :. ...:. .:::: :. : ... : : ..: .: . .: ..:: CCDS73 EGNYTLRVDCTPLLYQLVYKLTKEIPSPDDGFESKSLYESWLEKDPSPENKNLPRINKLG 420 430 440 450 460 470 540 550 560 570 580 pF1KB4 LDNAAFPFLAYSGIPA--VSFCFCEDTD----YPYLGTTMDTYKELIERI--PELNKVAR . .. :: . . . . :: :: : ..:. ::.:.. : ..: CCDS73 SGSDFEAYFQRLGIASGRARYTKNKKTDKYSSYPVYHTIYETF-ELVEKFYDPTFKK-QL 480 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 pF1KB4 AAAEVAGQFVIKLTHDVELNLDYERYNSQLLSF---VRDLNQ-YRADIKEMGLSLQWLYS ..:.. : .: .:. . . .. . : : .. . .:.. . .. . :.:.. :.: CCDS73 SVAQLRGALVYELVDSKIIPFNIQDYAEALKNYAASIYNLSKKHDQQLTDHGVSFDSLFS 540 550 560 570 580 590 650 660 670 680 690 700 pF1KB4 ARGDFFRATSRLTTDFGNAEKTDRFVMKKLNDRVMRVEYHFLSPYVSPKESPFRHVFWGS : .: .:.: . . ... .. .... .::..: .: :..: : . .::.... CCDS73 AVKNFSEAASDFHKRLIQVDLNNPIAVRMMNDQLMLLERAFIDPLGLPGKLFYRHIIFAP 600 610 620 630 640 650 710 720 730 740 750 pF1KB4 GSH------TLPALLENL-KLRKQNNGAFNETLFRNQLALATWTIQGAANALSGDVWDID .:: ..:.. . . .... :. . ......:..:::.::..: CCDS73 SSHNKYAGESFPGIYDAIFDIENKANSRLAWKEVKKHISIAAFTIQAAAGTLKEVL 660 670 680 690 700 760 pF1KB4 NEF >>CCDS53627.1 FOLH1 gene_id:2346|Hs108|chr11 (704 aa) initn: 564 init1: 180 opt: 427 Z-score: 498.5 bits: 102.8 E(32554): 1.9e-21 Smith-Waterman score: 705; 26.6% identity (60.3% similar) in 610 aa overlap (128-670:40-645) 100 110 120 130 140 150 pF1KB4 CERLAGTESPVREEPGEDFPAARRLYWDDLKRKLSEKLDSTDFTGTIKLLNENSYVPREA :.... :: . :.: . . .:. : CCDS53 FLAAYACTGCLAERLGWFIKSSNEATNITPKHNMKAFLDELKAENIKKFLYNFTQIPHLA 10 20 30 40 50 60 160 170 180 190 200 210 pF1KB4 GSQKDENLALYVENQFREFKLSKVWRDQHFVKIQVKDSAQ-NSVIIVDKNGRLVY---LV :.... .:: ...:..:: :..: .. : .. .... : . :....: .. : CCDS53 GTEQNFQLAKQIQSQWKEFGLDSVELAHYDVLLSYPNKTHPNYISIINEDGNEIFNTSLF 70 80 90 100 110 120 220 230 240 250 pF1KB4 ENPG-GY----------VAYSKAATVTGKLVHANFGTKKDF----EDLYTPVNGSIVIVR : : :: :.: . : ::..:.. .:: .:. .:.:::.: CCDS53 EPPPPGYENVSDIVPPFSAFSPQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLERDMKINCSGKIVIAR 130 140 150 160 170 180 260 270 280 290 300 pF1KB4 AGKITFAEKVANAESLNAIGVLIYMDQTKF--PIVNA-----ELSFFG--HAHL----GT ::. ..:: ::. .: ::..: : . . : :.. .: : .... :. CCDS53 YGKVFRGNKVKNAQLAGAKGVILYSDPADYFAPGVKSYPDGWNLPGGGVQRGNILNLNGA 190 200 210 220 230 240 310 320 330 340 350 360 pF1KB4 GDPYTPGFPSFNHT-QFPPSRSSGLPNIPVQTISRAAAEKLFGNMEGDCPSD--WKTDST ::: :::.:. ... . ... :::.:::. :. :.::. .: :. : : :. . CCDS53 GDPLTPGYPANEYAYRRGIAEAVGLPSIPVHPIGYYDAQKLLEKMGGSAPPDSSWRGSLK 250 260 270 280 290 300 370 380 390 400 410 pF1KB4 CRMVTSE-------SKNVKLTVSNVLKEIKILNIFGVIKGFVEPDHYVVVGAQRDAWGPG . .. ...::. . .. . .: :..:...: ::::.::..:..::.: : CCDS53 VPYNVGPGFTGNFSTQKVKMHIHSTNEVTRIYNVIGTLRGAVEPDRYVILGGHRDSWVFG 310 320 330 340 350 360 420 430 440 450 460 470 pF1KB4 AAKSGVGTALLLKLAQMFSDMVLKDGFQPSRSIIFASWSAGDFGSVGATEWLEGYLSSLH . :.:.. .... :. . :.:..: :.:.::::.: .:: .:.::: : :. CCDS53 GIDPQSGAAVVHEIVRSFGTLK-KEGWRPRRTILFASWDAEEFGLLGSTEWAEENSRLLQ 370 380 390 400 410 420 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 LKAFTYINLDKAVLGTSNFKVSASPLLYTLIEKTMQNVKHP---VTGQFLYQDSNWASK- .. .::: :... :. ...:. .::.:.:... ...: : :. ::. .:..: CCDS53 ERGVAYINADSSIEGNYTLRVDCTPLMYSLVHNLTKELKSPDEGFEGKSLYE--SWTKKS 430 440 450 460 470 480 540 550 560 570 pF1KB4 ----------VEKLTLDNAAFPFLAYSGIPAVSFCFCED------TDYPYLGTTMDTYKE . :: : :. :: . . .. . :: ....:: : CCDS53 PSPEFSGMPRISKLGSGNDFEVFFQRLGIASGRARYTKNWETNKFSGYPLYHSVYETY-E 490 500 510 520 530 540 580 590 600 610 620 630 pF1KB4 LIERIPE-LNKVARAAAEVAGQFVIKLTHDVELNLDYERYNSQLLSFVRDLN----QYRA :.:.. . . : ..:.: : .:..:.... : .: . : : ... . .. CCDS53 LVEKFYDPMFKYHLTVAQVRGGMVFELANSIVLPFDCRDYAVVLRKYADKIYSISMKHPQ 550 560 570 580 590 600 640 650 660 670 680 690 pF1KB4 DIKEMGLSLQWLYSARGDFFRATSRLTTDFGNAEKTDRFVMKKLNDRVMRVEYHFLSPYV ..: ...:.. :.:: .: . .:... . . .:. . . 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