FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4089, 1556 aa 1>>>pF1KB4089 1556 - 1556 aa - 1556 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 64942286 residues in 91783 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.9416+/-0.000556; mu= -6.1461+/- 0.035 mean_var=488.9209+/-98.931, 0's: 0 Z-trim(119.3): 107 B-trim: 1154 in 1/55 Lambda= 0.058004 statistics sampled from 34316 (34428) to 34316 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16 Scan time: 9.730 The best scores are: opt bits E(91783) NP_038476 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent to z (1556) 10251 874.4 0 XP_024305228 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent t (1556) 10251 874.4 0 XP_011534676 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent t (1463) 9364 800.2 0 XP_011534678 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent t (1152) 7063 607.5 2.1e-172 NP_872589 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent to z (1524) 6791 584.9 1.8e-165 XP_016876431 (OMIM: 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 PKRGRPQVRLPVKTRGKLSSSFSSRGQQQEPGRYPSRSQQSTPKTTVSSKTGRSLRKINS 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 pF1KB4 APPTETKSLRIASRSTRHSHGPLQADVFVELLSPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 APPTETKSLRIASRSTRHSHGPLQADVFVELLSPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVI 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KB4 ATKSSEQSRSVNIASKLSLQESESKRRCRKRQSPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 ATKSSEQSRSVNIASKLSLQESESKRRCRKRQSPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQ 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KB4 LVVELVRHDDSWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKKPIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIEL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_038 LVVELVRHDDSWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKKPIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIEL 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 pF1KB4 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VNEDVEEMEIDEQTKVIVKDRLLGIKTETPSTVSTNASTPQSVSSVVHYLAMALFQIEQG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 VNEDVEEMEIDEQTKVIVKDRLLGIKTETPSTVSTNASTPQSVSSVVHYLAMALFQIEQG 630 640 650 660 670 680 1100 1110 1120 1130 1140 1150 pF1KB4 IERRFLKAPLDASDSGRSYKTVLDRWRESLLSSASLSQVFLHLSTLDRSVIWSKSILNAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 IERRFLKAPLDASDSGRSYKTVLDRWRESLLSSASLSQVFLHLSTLDRSVIWSKSILNAR 690 700 710 720 730 740 1160 1170 1180 1190 1200 1210 pF1KB4 CKICRKKGDAENMVLCDGCDRGHHTYCVRPKLKTVPEGDWFCPECRPKQRSRRLSSRQRP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 CKICRKKGDAENMVLCDGCDRGHHTYCVRPKLKTVPEGDWFCPECRPKQRSRRLSSRQRP 750 760 770 780 790 800 1220 1230 1240 1250 1260 1270 pF1KB4 SLESDEDVEDSMGGEDDEVDGDEEEGQSEEEEYEVEQDEDDSQEEEEVSLPKRGRPQVRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 SLESDEDVEDSMGGEDDEVDGDEEEGQSEEEEYEVEQDEDDSQEEEEVSLPKRGRPQVRL 810 820 830 840 850 860 1280 1290 1300 1310 1320 1330 pF1KB4 PVKTRGKLSSSFSSRGQQQEPGRYPSRSQQSTPKTTVSSKTGRSLRKINSAPPTETKSLR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 PVKTRGKLSSSFSSRGQQQEPGRYPSRSQQSTPKTTVSSKTGRSLRKINSAPPTETKSLR 870 880 890 900 910 920 1340 1350 1360 1370 1380 1390 pF1KB4 IASRSTRHSHGPLQADVFVELLSPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVIATKSSEQSRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 IASRSTRHSHGPLQADVFVELLSPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVIATKSSEQSRS 930 940 950 960 970 980 1400 1410 1420 1430 1440 1450 pF1KB4 VNIASKLSLQESESKRRCRKRQSPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQLVVELVRHDD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 VNIASKLSLQESESKRRCRKRQSPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQLVVELVRHDD 990 1000 1010 1020 1030 1040 1460 1470 1480 1490 1500 1510 pF1KB4 SWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKKPIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIELMFSNCFEYNP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 SWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKKPIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIELMFSNCFEYNP 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1520 1530 1540 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 LKKKEEKERLKVEREKEREKLREEKRKYVEYLKQWSKPREDMECDDLKELPEPTPVKTRL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB4 PPEIFGDALMVLEFLNAFGELFDLQDEFPDGVTLEVLEEALVGNDSEGPLCELLFFFLTA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 PPEIFGDALMVLEFLNAFGELFDLQDEFPDGVTLEVLEEALVGNDSEGPLCELLFFFLTA 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB4 IFQAIAEEEEEVAKEQLTDADTKDLTEALDEDADPTKSALSAVASLAAAWPQLHQGCSLK ::::::::::::::::::::::: ::::: NP_872 IFQAIAEEEEEVAKEQLTDADTK--------------------------------GCSLK 490 500 550 560 570 580 590 600 pF1KB4 SLDLDSCTLSEILRLHILASGADVTSANAKYRYQKRGGFDATDDACMELRLSNPSLVKKL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 SLDLDSCTLSEILRLHILASGADVTSANAKYRYQKRGGFDATDDACMELRLSNPSLVKKL 510 520 530 540 550 560 610 620 630 640 650 660 pF1KB4 SSTSVYDLTPGEKMKILHALCGKLLTLVSTRDFIEDYVDILRQAKQEFRELKAEQHRKER :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 APPTETKSLRIASRSTRHSHGPLQADVFVELLSPRRKRRGRKSANNTPENSPNFPNFRVI 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1390 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KB4 ATKSSEQSRSVNIASKLSLQESESKRRCRKRQSPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 ATKSSEQSRSVNIASKLSLQESESKRRCRKRQSPEPSPVTLGRRSSGRQGGVHELSAFEQ 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KB4 LVVELVRHDDSWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKKPIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIEL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 LVVELVRHDDSWPFLKLVSKIQVPDYYDIIKKPIALNIIREKVNKCEYKLASEFIDDIEL 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1510 1520 1530 1540 1550 pF1KB4 MFSNCFEYNPRNTSEAKAGTRLQAFFHIQAQKLGLHVTPSNVDQVSTPPAAKKSRI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_872 MFSNCFEYNPRNTSEAKAGTRLQAFFHIQAQKLGLHVTPSNVDQVSTPPAAKKSRI 1470 1480 1490 1500 1510 1520 >>XP_016876431 (OMIM: 605680) bromodomain adjacent to zi (1120 aa) initn: 6733 init1: 6733 opt: 6733 Z-score: 3067.5 bits: 579.9 E(91783): 4.3e-164 Smith-Waterman score: 6785; 95.5% identity (96.0% similar) in 1096 aa overlap (465-1556:57-1120) 440 450 460 470 480 490 pF1KB4 LNAFGELFDLQDEFPDGVTLEVLEEALVGNDSEGPLCELLFF----FLTAIFQAIAEEEE :: : .: :. .. . :::::::: XP_016 LLALLKPRPGIGTALLLPHSIGQSSERPPWDSTGLWNRLHFLSREWYMGVCRQAIAEEEE 30 40 50 60 70 80 500 510 520 530 540 550 pF1KB4 EVAKEQLTDADTKDLTEALDEDADPTKSALSAVASLAAAWPQLHQGCSLKSLDLDSCTLS ::::::::::::: ::::::::::::::: XP_016 EVAKEQLTDADTK--------------------------------GCSLKSLDLDSCTLS 90 100 110 560 570 580 590 600 610 pF1KB4 EILRLHILASGADVTSANAKYRYQKRGGFDATDDACMELRLSNPSLVKKLSSTSVYDLTP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 EILRLHILASGADVTSANAKYRYQKRGGFDATDDACMELRLSNPSLVKKLSSTSVYDLTP 120 130 140 150 160 170 620 630 640 650 660 670 pF1KB4 GEKMKILHALCGKLLTLVSTRDFIEDYVDILRQAKQEFRELKAEQHRKEREEAAARIRKR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 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