FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4125, 1050 aa
1>>>pF1KB4125 1050 - 1050 aa - 1050 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.6173+/-0.00043; mu= -6.7338+/- 0.027
mean_var=393.0209+/-82.176, 0's: 0 Z-trim(122.4): 348 B-trim: 1387 in 1/59
Lambda= 0.064694
statistics sampled from 40125 (40556) to 40125 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.476), width: 16
Scan time: 14.570
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056989 (OMIM: 188550,603406) transcription inte (1050) 7175 684.7 7e-196
NP_003843 (OMIM: 188550,603406) transcription inte (1016) 3750 365.1 1.2e-99
NP_148980 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-prote (1110) 3161 310.1 4.4e-83
NP_056990 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-prote (1127) 2942 289.7 6.3e-77
XP_016856942 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 718) 2012 202.7 6.1e-51
XP_011539870 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1150) 1923 194.6 2.7e-48
XP_005270994 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1134) 1917 194.0 4e-48
XP_005270993 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1151) 1917 194.0 4.1e-48
XP_016856943 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 638) 1830 185.7 7.2e-46
XP_016856941 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 735) 1793 182.3 8.8e-45
NP_005753 (OMIM: 601742) transcription intermediar ( 835) 949 103.6 5e-21
XP_011518829 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite ( 743) 912 100.1 5e-20
XP_011518828 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1001) 912 100.2 6.3e-20
XP_011518827 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1020) 819 91.5 2.6e-17
XP_011518826 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1032) 819 91.5 2.6e-17
XP_011518812 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1364) 819 91.6 3.3e-17
XP_011518811 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1367) 819 91.6 3.3e-17
XP_011518810 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1385) 819 91.6 3.3e-17
XP_011518809 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 819 91.6 3.3e-17
XP_011518806 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 819 91.6 3.3e-17
XP_016874118 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 819 91.6 3.3e-17
XP_006718460 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1392) 819 91.6 3.3e-17
XP_011518816 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 809 90.6 6e-17
XP_011518814 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 809 90.6 6e-17
XP_011518815 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 809 90.6 6e-17
XP_016874119 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1306) 809 90.6 6e-17
XP_011518813 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1355) 809 90.7 6.2e-17
NP_055633 (OMIM: 612000) tripartite motif-containi (1216) 768 86.8 8.1e-16
XP_011518819 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_011518817 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_006718461 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_011518824 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_011518818 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_011518820 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_011518825 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_011518821 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
XP_016874120 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite (1247) 768 86.8 8.3e-16
NP_001139107 (OMIM: 609318) tripartite motif-conta ( 562) 493 60.9 2.4e-08
NP_079464 (OMIM: 609318) tripartite motif-containi ( 580) 493 60.9 2.5e-08
XP_011540501 (OMIM: 609318) PREDICTED: tripartite ( 476) 390 51.2 1.7e-05
NP_001073860 (OMIM: 604585) nuclear autoantigen Sp ( 885) 343 47.0 0.00056
>>NP_056989 (OMIM: 188550,603406) transcription intermed (1050 aa)
initn: 7175 init1: 7175 opt: 7175 Z-score: 3637.6 bits: 684.7 E(85289): 7e-196
Smith-Waterman score: 7175; 100.0% identity (100.0% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1050)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGPSAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAARLNLLDTCAVCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGPSAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAARLNLLDTCAVCH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QNIQSRAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QNIQSRAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFAT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 HFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GSLVIEDKESQPQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQVMAQ
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RQQVQRRPAPVGLPNPRMQGPIQQPSISHQQPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRY
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 PPNQNIPRQAIKPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTPSTTNSTSSTPSSPTITSAAGYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PPNQNIPRQAIKPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTPSTTNSTSSTPSSPTITSAAGYD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GKAFGSPMIDLSSPVGGSYNLPSLPDIDCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQS
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RIKQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESRPQNANYPRSILTSLLLNSSQSSTSEETVLRS
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pF1KB4 DAPDSTGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGETRKEDDPNEDWCAVCQNGGELLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DAPDSTGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGETRKEDDPNEDWCAVCQNGGELLC
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 CEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHNSEKKKTEGLVKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHNSEKKKTEGLVKL
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 TPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYS
910 920 930 940 950 960
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pF1KB4 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KB4 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
1030 1040 1050
>>NP_003843 (OMIM: 188550,603406) transcription intermed (1016 aa)
initn: 3730 init1: 3730 opt: 3750 Z-score: 1910.2 bits: 365.1 E(85289): 1.2e-99
Smith-Waterman score: 6856; 96.8% identity (96.8% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1016)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGPSAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAARLNLLDTCAVCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QNIQSRAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFAT
70 80 90 100 110 120
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pF1KB4 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
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pF1KB4 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
190 200 210 220 230 240
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pF1KB4 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
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310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 HFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GSLVIEDKESQPQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQVMAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GSLVIEDKESQPQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQ----
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490 500 510 520 530 540
pF1KB4 RQQVQRRPAPVGLPNPRMQGPIQQPSISHQQPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRY
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ------------------------------QPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRY
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pF1KB4 PPNQNIPRQAIKPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTPSTTNSTSSTPSSPTITSAAGYD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PPNQNIPRQAIKPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTPSTTNSTSSTPSSPTITSAAGYD
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pF1KB4 GKAFGSPMIDLSSPVGGSYNLPSLPDIDCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GKAFGSPMIDLSSPVGGSYNLPSLPDIDCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQS
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670 680 690 700 710 720
pF1KB4 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
630 640 650 660 670 680
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 RIKQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESRPQNANYPRSILTSLLLNSSQSSTSEETVLRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RIKQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESRPQNANYPRSILTSLLLNSSQSSTSEETVLRS
690 700 710 720 730 740
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 DAPDSTGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGETRKEDDPNEDWCAVCQNGGELLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DAPDSTGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGETRKEDDPNEDWCAVCQNGGELLC
750 760 770 780 790 800
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 CEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHNSEKKKTEGLVKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHNSEKKKTEGLVKL
810 820 830 840 850 860
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 TPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYS
870 880 890 900 910 920
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
930 940 950 960 970 980
1030 1040 1050
pF1KB4 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
990 1000 1010
>>NP_148980 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-protein l (1110 aa)
initn: 2703 init1: 1139 opt: 3161 Z-score: 1612.6 bits: 310.1 E(85289): 4.4e-83
Smith-Waterman score: 3374; 50.9% identity (73.1% similar) in 1088 aa overlap (3-1046:67-1105)
10 20
pF1KB4 MEVAVEKAVAAAAAASAAAS------GGPSAA
::. .. .: ::.: ::: :: ..
NP_148 PLTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVST
40 50 60 70 80 90
30 40 50 60 70 80
pF1KB4 PSGENEAESRQGPDS-ERGGEAARLNLLDTCAVCHQNIQSR---APKLLPCLHSFCQRCL
:. . ::.. : : .::::::::.:..::: ::::::::::: :::
NP_148 PAPAPASAPAPGPSAGPPPGPPA--SLLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
100 110 120 130 140 150
90 100 110 120 130 140
pF1KB4 PAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFATQVGVIRCPVCSQECAERHIIDN
: :.: : :: :: ::. :::::::::: ::: . ..::
NP_148 PEPERQL--------------SVPIPG----GSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDN
160 170 180 190
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pF1KB4 FFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECVEWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTV
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XP_005 YFVKDTSEAPSSSDEKSEQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLI
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]