Result of FASTA (omim) for pF1KB4125
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4125, 1050 aa
  1>>>pF1KB4125 1050 - 1050 aa - 1050 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.6173+/-0.00043; mu= -6.7338+/- 0.027
 mean_var=393.0209+/-82.176, 0's: 0 Z-trim(122.4): 348  B-trim: 1387 in 1/59
 Lambda= 0.064694
 statistics sampled from 40125 (40556) to 40125 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.476), width:  16
 Scan time: 14.570

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_056989 (OMIM: 188550,603406) transcription inte (1050) 7175 684.7  7e-196
NP_003843 (OMIM: 188550,603406) transcription inte (1016) 3750 365.1 1.2e-99
NP_148980 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-prote (1110) 3161 310.1 4.4e-83
NP_056990 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-prote (1127) 2942 289.7 6.3e-77
XP_016856942 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 718) 2012 202.7 6.1e-51
XP_011539870 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1150) 1923 194.6 2.7e-48
XP_005270994 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1134) 1917 194.0   4e-48
XP_005270993 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u (1151) 1917 194.0 4.1e-48
XP_016856943 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 638) 1830 185.7 7.2e-46
XP_016856941 (OMIM: 188550,605769) PREDICTED: E3 u ( 735) 1793 182.3 8.8e-45
NP_005753 (OMIM: 601742) transcription intermediar ( 835)  949 103.6   5e-21
XP_011518829 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  ( 743)  912 100.1   5e-20
XP_011518828 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1001)  912 100.2 6.3e-20
XP_011518827 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1020)  819 91.5 2.6e-17
XP_011518826 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1032)  819 91.5 2.6e-17
XP_011518812 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1364)  819 91.6 3.3e-17
XP_011518811 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1367)  819 91.6 3.3e-17
XP_011518810 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1385)  819 91.6 3.3e-17
XP_011518809 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1392)  819 91.6 3.3e-17
XP_011518806 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1392)  819 91.6 3.3e-17
XP_016874118 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1392)  819 91.6 3.3e-17
XP_006718460 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1392)  819 91.6 3.3e-17
XP_011518816 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1306)  809 90.6   6e-17
XP_011518814 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1306)  809 90.6   6e-17
XP_011518815 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1306)  809 90.6   6e-17
XP_016874119 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1306)  809 90.6   6e-17
XP_011518813 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1355)  809 90.7 6.2e-17
NP_055633 (OMIM: 612000) tripartite motif-containi (1216)  768 86.8 8.1e-16
XP_011518819 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_011518817 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_006718461 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_011518824 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_011518818 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_011518820 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_011518825 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_011518821 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
XP_016874120 (OMIM: 612000) PREDICTED: tripartite  (1247)  768 86.8 8.3e-16
NP_001139107 (OMIM: 609318) tripartite motif-conta ( 562)  493 60.9 2.4e-08
NP_079464 (OMIM: 609318) tripartite motif-containi ( 580)  493 60.9 2.5e-08
XP_011540501 (OMIM: 609318) PREDICTED: tripartite  ( 476)  390 51.2 1.7e-05
NP_001073860 (OMIM: 604585) nuclear autoantigen Sp ( 885)  343 47.0 0.00056


>>NP_056989 (OMIM: 188550,603406) transcription intermed  (1050 aa)
 initn: 7175 init1: 7175 opt: 7175  Z-score: 3637.6  bits: 684.7 E(85289): 7e-196
Smith-Waterman score: 7175; 100.0% identity (100.0% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1050)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGPSAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAARLNLLDTCAVCH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGPSAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAARLNLLDTCAVCH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 QNIQSRAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QNIQSRAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFAT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 NQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 NQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVM
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 HFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINL
              370       380       390       400       410       420

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pF1KB4 GSLVIEDKESQPQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQVMAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GSLVIEDKESQPQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQVMAQ
              430       440       450       460       470       480

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pF1KB4 RQQVQRRPAPVGLPNPRMQGPIQQPSISHQQPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RQQVQRRPAPVGLPNPRMQGPIQQPSISHQQPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRY
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 PPNQNIPRQAIKPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTPSTTNSTSSTPSSPTITSAAGYD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PPNQNIPRQAIKPNPLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTPSTTNSTSSTPSSPTITSAAGYD
              550       560       570       580       590       600

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pF1KB4 GKAFGSPMIDLSSPVGGSYNLPSLPDIDCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 GKAFGSPMIDLSSPVGGSYNLPSLPDIDCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQS
              610       620       630       640       650       660

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pF1KB4 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
              670       680       690       700       710       720

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pF1KB4 RIKQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESRPQNANYPRSILTSLLLNSSQSSTSEETVLRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RIKQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESRPQNANYPRSILTSLLLNSSQSSTSEETVLRS
              730       740       750       760       770       780

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pF1KB4 DAPDSTGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGETRKEDDPNEDWCAVCQNGGELLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DAPDSTGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGETRKEDDPNEDWCAVCQNGGELLC
              790       800       810       820       830       840

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pF1KB4 CEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHNSEKKKTEGLVKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 CEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHNSEKKKTEGLVKL
              850       860       870       880       890       900

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pF1KB4 TPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYS
              910       920       930       940       950       960

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pF1KB4 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050
pF1KB4 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
             1030      1040      1050

>>NP_003843 (OMIM: 188550,603406) transcription intermed  (1016 aa)
 initn: 3730 init1: 3730 opt: 3750  Z-score: 1910.2  bits: 365.1 E(85289): 1.2e-99
Smith-Waterman score: 6856; 96.8% identity (96.8% similar) in 1050 aa overlap (1-1050:1-1016)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGPSAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAARLNLLDTCAVCH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MEVAVEKAVAAAAAASAAASGGPSAAPSGENEAESRQGPDSERGGEAARLNLLDTCAVCH
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 QNIQSRAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QNIQSRAPKLLPCLHSFCQRCLPAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFAT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QVGVIRCPVCSQECAERHIIDNFFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 EWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTVRQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEAFQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQ
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NQKQVEQDIKVAIFTLMVEINKKGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVM
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 HFSKWAVSSGSSTALLYSKRLITYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::    
NP_003 GSLVIEDKESQPQMPKQNPVVEQNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQ----
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                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ------------------------------QPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRY
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PNSSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPI
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKKRLQEDYSMYS
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pF1KB4 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKRFPKPEFRNESE
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pF1KB4 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK
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>>NP_148980 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-protein l  (1110 aa)
 initn: 2703 init1: 1139 opt: 3161  Z-score: 1612.6  bits: 310.1 E(85289): 4.4e-83
Smith-Waterman score: 3374; 50.9% identity (73.1% similar) in 1088 aa overlap (3-1046:67-1105)

                                           10        20            
pF1KB4                             MEVAVEKAVAAAAAASAAAS------GGPSAA
                                     ::. .. .: ::.: :::      ::  ..
NP_148 PLTAVLVEEEEEEGGRAGAEGGAAGPDDGGVAAASSGSAQAASSPAASVGTGVAGGAVST
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pF1KB4 PSGENEAESRQGPDS-ERGGEAARLNLLDTCAVCHQNIQSR---APKLLPCLHSFCQRCL
       :.    .    ::..    :  :  .::::::::.:..:::    ::::::::::: :::
NP_148 PAPAPASAPAPGPSAGPPPGPPA--SLLDTCAVCQQSLQSRREAEPKLLPCLHSFCLRCL
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pF1KB4 PAPQRYLMLPAPMLGSAETPPPVPAPGSPVSGSSPFATQVGVIRCPVCSQECAERHIIDN
       : :.: :               :: ::    ::.    :::::::::: ::: .  ..::
NP_148 PEPERQL--------------SVPIPG----GSNGDIQQVGVIRCPVCRQECRQIDLVDN
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pF1KB4 FFVKDTTEVPSSTVEKSNQVCTSCEDNAEANGFCVECVEWLCKTCIRAHQRVKFTKDHTV
       .:::::.:.:::. :::.:::::::::: : :::::: ::::::::.::::::::::: .
NP_148 YFVKDTSEAPSSSDEKSEQVCTSCEDNASAVGFCVECGEWLCKTCIEAHQRVKFTKDHLI
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pF1KB4 RQKEEVSPEAVGVTSQRPVFCPFHKKEQLKLYCETCDKLTCRDCQLLEHKEHRYQFIEEA
       :.::.:: :.::...::::::: ::.:::::.:::::.::::::::::::::::::.:::
NP_148 RKKEDVS-ESVGASGQRPVFCPVHKQEQLKLFCETCDRLTCRDCQLLEHKEHRYQFLEEA
        260        270       280       290       300       310     

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pF1KB4 FQNQKVIIDTLITKLMEKTKYIKFTGNQIQNRIIEVNQNQKQVEQDIKVAIFTLMVEINK
       :::::  :..:..::.:: .:..:...:.:::: :::...:.:::.::::::::. ::::
NP_148 FQNQKGAIENLLAKLLEKKNYVHFAATQVQNRIKEVNETNKRVEQEIKVAIFTLINEINK
         320       330       340       350       360       370     

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pF1KB4 KGKALLHQLESLAKDHRMKLMQQQQEVAGLSKQLEHVMHFSKWAVSSGSSTALLYSKRLI
       :::.::.:::...:...:::.:::....:::.:..:::.:..::..::::::::::::::
NP_148 KGKSLLQQLENVTKERQMKLLQQQNDITGLSRQVKHVMNFTNWAIASGSSTALLYSKRLI
         380       390       400       410       420       430     

            390       400       410       420       430       440  
pF1KB4 TYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINLGSLVIEDKESQPQMPKQNPVVE
       :..:::.:.::::  :..:..:.:::::.:::.:..:::.::::.: .    :  : :: 
NP_148 TFQLRHILKARCDPVPAANGAIRFHCDPTFWAKNVVNLGNLVIESKPAPGYTP--NVVVG
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            450       460       470       480             490      
pF1KB4 QNSQPPSGLSSNQLSKFPTQISLAQLRLQHMQQQVMAQRQQ------VQRRPAPVGLPNP
       :   ::.   .:..:: : ::.:::::::::::::.::..:      .:. ::::   . 
NP_148 Q--VPPG---TNHISKTPGQINLAQLRLQHMQQQVYAQKHQQLQQMRMQQPPAPVPTTTT
                500       510       520       530       540        

         500       510       520       530       540        550    
pF1KB4 R-MQGPIQQPSISHQQPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRYPPNQN-IPRQAIKPN
         .: : :      :: :::::. :. . . :      . .:.:   :   ::    . .
NP_148 TTQQHPRQAAPQMLQQQPPRLISVQTMQ-RGNMNCGAFQAHQMRLAQNAARIPGIPRHSG
      550       560       570        580       590       600       

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pF1KB4 PLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTP---STTNSTSSTPSSPTITSAAGYDGKAFGSP---M
       : :.... :  ... . . :.. :    ....:. .:.::: .. :. . ..  ::    
NP_148 P-QYSMM-QPHLQRQHSNPGHAGPFPVVSVHNTTINPTSPTTATMANAN-RGPTSPSVTA
        610        620       630       640       650        660    

      610       620             630       640       650       660  
pF1KB4 IDLSSPVGGSYNLPSLPDI------DCSSTIMLDNIVRKDTNIDHGQPRPPSNRTVQSPN
       :.:   : .  ::::::::      : .:.  :::.. .  . .:  :.: :. .  ::.
NP_148 IELIPSVTNPENLPSLPDIPPIQLEDAGSS-SLDNLLSRYISGSHLPPQPTSTMN-PSPG
          670       680       690        700       710        720  

            670       680       690       700       710       720  
pF1KB4 SSVPSPGLAGPVTMTSVHPPIRSPSASSVGSRGSSGSSSKPAGADSTHKVPVVMLEPIRI
        :. ::: .:   ... : :.: ::.::.::::: :::.. :   :         . ...
NP_148 PSALSPGSSG---LSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEKTSLS----FKSDQVKV
            730          740       750       760           770     

            730       740               750       760       770    
pF1KB4 KQENSGPPENYDFPVVIVKQESDEESR--------PQNANYPRSILTSLLLNSSQSS-TS
       ::: .   :  .:    ::::. :..:        :...  :  . :.: :.:  .. .:
NP_148 KQEPGTEDEICSFSGG-VKQEKTEDGRRSACMLSSPESSLTP-PLSTNLHLESELDALAS
         780       790        800       810        820       830   

           780         790       800       810        820       830
pF1KB4 EETVLRSDAPD--STGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGE-TRKEDDPNEDWCA
        :. .. .  :   .  : ::  ..  ::::   .  ..:    :. . :.:::::::::
NP_148 LENHVKIEPADMNESCKQSGL--SSLVNGKSPIRSLMHRSARIGGDGNNKDDDPNEDWCA
           840       850         860       870       880       890 

              840       850       860       870       880       890
pF1KB4 VCQNGGELLCCEKCPKVFHLSCHVPTLTNFPSGEWICTFCRDLSKPEVEYDCDAPSHNSE
       ::::::.:::::::::::::.:::::: .::::.::::::::..:::::::::  .:...
NP_148 VCQNGGDLLCCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWICTFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKK
             900       910       920       930       940       950 

              900       910       920       930       940       950
pF1KB4 KKKTEGLVKLTPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKK
        : ..::   .:.:.::::::::.:::::.:. ::.::: ..:.::::::.::::::.::
NP_148 GKTAQGL---SPVDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPASIPNYYKIIKKPMDLSTVKK
                960       970       980       990      1000        

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pF1KB4 RLQEDYSM-YSKPEDFVADFRLIFQNCAEFNEPDSEVANAGIKLENYFEELLKNLYPEKR
       .::. .:. :. :.::::: ::::.:: .::: :::::.::  .  :::. : ..: .. 
NP_148 KLQKKHSQHYQIPDDFVADVRLIFKNCERFNEADSEVAQAGKAVALYFEDKLTEIYSDRT
     1010      1020      1030      1040      1050      1060        

    1010       1020      1030      1040      1050 
pF1KB4 F-PKPEFRNESEDNKFSDDSDDDFVQPRKKRLKSIEERQLLK 
       : : :::..: .:.. ..:::.::.:::.::::: .::     
NP_148 FAPLPEFEQEEDDGEVTEDSDEDFIQPRRKRLKS-DERPVHIK
     1070      1080      1090      1100       1110

>>NP_056990 (OMIM: 188550,605769) E3 ubiquitin-protein l  (1127 aa)
 initn: 2703 init1: 1139 opt: 2942  Z-score: 1502.0  bits: 289.7 E(85289): 6.3e-77
Smith-Waterman score: 3330; 50.1% identity (71.9% similar) in 1105 aa overlap (3-1046:67-1122)

                                           10        20            
pF1KB4                             MEVAVEKAVAAAAAASAAAS------GGPSAA
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pF1KB4 KKKTEGLVKLTPIDKRKCERLLLFLYCHEMSLAFQDPVPLTVPDYYKIIKNPMDLSTIKK
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       .    :  .: :  .. ::.   .:..:: : ::.:::::::::::::.::..:      
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pF1KB4 SLLLNSSQSS-TSEETVLRSDAPD--STGDQPGLHQDNSSNGKSEWLDPSQKSPLHVGE-
       .: :.:  .. .: :. .. .  :   .  : ::  ..  ::::   .  ..:    :. 
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pF1KB4 TYRLRHLLRARCDASPVTNNTIQFHCDPSFWAQNIINLGSLVIEDKESQPQMPKQNPVVE
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pF1KB4 R-MQGPIQQPSISHQQPPPRLINFQNHSPKPNGPVLPPHPQQLRYPPNQN-IPRQAIKPN
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pF1KB4 PLQMAFLAQQAIKQWQISSGQGTP---STTNSTSSTPSSPTITSAAGYDGKAFGSP---M
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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