Result of FASTA (omim) for
pF1KB4161
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4161, 471 aa
1>>>pF1KB4161 471 - 471 aa - 471 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.7879+/-0.000479; mu= -13.4775+/- 0.030
mean_var=610.5770+/-126.718, 0's: 0 Z-trim(124.5): 30 B-trim: 923 in 1/60
Lambda= 0.051904
statistics sampled from 46283 (46345) to 46283 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.801), E-opt: 0.2 (0.543), width: 16
Scan time: 11.750
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_005268647 (OMIM: 604979) PREDICTED: cleavage an ( 552) 827 76.6 1.9e-13
XP_005268645 (OMIM: 604979) PREDICTED: cleavage an ( 589) 827 76.6 2e-13
NP_008938 (OMIM: 604979) cleavage and polyadenylat ( 551) 812 75.5 4.2e-13
NP_001287876 (OMIM: 604979) cleavage and polyadeny ( 588) 812 75.5 4.4e-13
>>XP_005268647 (OMIM: 604979) PREDICTED: cleavage and po (552 aa)
initn: 473 init1: 473 opt: 827 Z-score: 362.2 bits: 76.6 E(85289): 1.9e-13
Smith-Waterman score: 1243; 45.3% identity (63.3% similar) in 510 aa overlap (43-469:48-539)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 DEEFNQDPEFNNTDQIDLYDDVLTATSQPSDDRSSSTEPPPPVRQEPSPKPNNKTPAILY
.::. :: : .. . .. .: ..:
XP_005 FNQEAEYGGHDQIDLYDDVISPSANNGDAPEDRDYMDTLPPTVGDDVG---KGAAPNVVY
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 TYSGLRNRRAAVYVGSFSWWTTDQQLIQVIRSIGVYDVVELKFAENRANGQSKGYAEVVV
::.: .: :.:.:...:::::..: ....:.:: :..:.:: ::::::::::.: : :
XP_005 TYTG---KRIALYIGNLTWWTTDEDLTEAVHSLGVNDILEIKFFENRANGQSKGFALVGV
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180
pF1KB4 ASENSVHKLLELLPGKVLNGEKVDVRPATRQNLSQFEAQARKRECVRVPRG---GIPPRA
.:: : .::..::: . :.:.. : : ..: ::::: :.:: : . :: .
XP_005 GSEASSKKLMDLLPKRELHGQNPVVTPCNKQFLSQFEMQSRKTTQSGQMSGEGKAGPPGG
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 HSRDS-SDSADGR-----ATPSENLVPSSARVDKPPSVLPYFNRPPSALPLMGLPPPPIP
:: . ... :: :.:. . :. : :: .: . :: : .: : :: :
XP_005 SSRAAFPQGGRGRGRFPGAVPGGDRFPGPAGPGGPPPPFPAGQTPPR--PPLGPPGPPGP
200 210 220 230 240
250 260
pF1KB4 P---------PPPLSSS-----------------FGVPP----------------PPPGI
: ::::.. :: :: ::::
XP_005 PGPPPPGQVLPPPLAGPPNRGDRPPPPVLFPGQPFGQPPLGPLPPGPPPPVPGYGPPPGP
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300
pF1KB4 HYQHLMPPPP----------------RL--PPHLAVPPPGAIPPALHLNPAFFPPPNAT-
. :::: : :::: ::::: ::: :.::::::::. .
XP_005 PPPQQGPPPPPGPFPPRPPGPLGPPLTLAPPPHLPGPPPGAPPPAPHVNPAFFPPPTNSG
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340
pF1KB4 ------VGPPPDTYMKASAPYNHHGSRDSGPPP-------STVSEAEFEDIMKRNRAISS
:::: . ::.. : : ::: . .::::::.::.:::::::
XP_005 MPTSDSRGPPPTDPYGRPPPYDR-G--DYGPPGREMDTARTPLSEAEFEEIMNRNRAISS
370 380 390 400 410 420
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 SAISKAVSGASAGDYSDAIETLLTAIAVIKQSRVANDERCRVLISSLKDCLHGIEAKSYS
::::.::: ::::::..:::::.:::..::::.:. :.::.::::::.:::::::.:::
XP_005 SAISRAVSDASAGDYGSAIETLVTAISLIKQSKVSADDRCKVLISSLQDCLHGIESKSY-
430 440 450 460 470 480
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 VGASGSSSRKRHRSRERSPSRSRESSRRHRDLLHNEDRHDDYFQERNREHERHRDRERDR
::.::.:.:::::. :::::.::::.. ...::::::..::.::.::::::.:::
XP_005 ----GSGSRRRERSRERDHSRSREKSRRHKS--RSRDRHDDYYRERSRERERHRDRDRDR
490 500 510 520 530
470
pF1KB4 HH
XP_005 DRERDREREYRHR
540 550
>>XP_005268645 (OMIM: 604979) PREDICTED: cleavage and po (589 aa)
initn: 812 init1: 473 opt: 827 Z-score: 361.9 bits: 76.6 E(85289): 2e-13
Smith-Waterman score: 1118; 44.2% identity (60.8% similar) in 505 aa overlap (84-469:83-576)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 PVRQEPSPKPNNKTPAILYTYSGLRNRRAAVYVGSFSWWTTDQQLIQVIRSIGVYDVVEL
.:.:...:::::..: ....:.:: :..:.
XP_005 MDTLPPTVGDDVGKGAAPNVVYTYTGKRIALYIGNLTWWTTDEDLTEAVHSLGVNDILEI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 KFAENRANGQSKGYAEVVVASENSVHKLLELLPGKVLNGEKVDVRPATRQNLSQFEAQAR
:: ::::::::::.: : :.:: : .::..::: . :.:.. : : ..: ::::: :.:
XP_005 KFFENRANGQSKGFALVGVGSEASSKKLMDLLPKRELHGQNPVVTPCNKQFLSQFEMQSR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB4 KRECVRVPRG---GIPPRAHSRDS-SDSADGR-----ATPSENLVPSSARVDKPPSVLP-
: : . :: . :: . ... :: :.:. . :. : :: .:
XP_005 KTTQSGQMSGEGKAGPPGGSSRAAFPQGGRGRGRFPGAVPGGDRFPGPAGPGGPPPPFPG
180 190 200 210 220 230
230 240
pF1KB4 -------YFNRP-------P-------SALPLMGL---------------------PPPP
.:: : .:..:: ::::
XP_005 NLIKHLVKGTRPLFLETRIPWHMGHSIEEIPIFGLKAGQTPPRPPLGPPGPPGPPGPPPP
240 250 260 270 280 290
250 260
pF1KB4 ---IPPP------------PPL---SSSFGVPP----------------PPPGIHYQHLM
.::: ::. .. :: :: :::: .
XP_005 GQVLPPPLAGPPNRGDRPPPPVLFPGQPFGQPPLGPLPPGPPPPVPGYGPPPGPPPPQQG
300 310 320 330 340 350
270 280 290 300
pF1KB4 PPPP----------------RL--PPHLAVPPPGAIPPALHLNPAFFPPPNAT-------
:::: : :::: ::::: ::: :.::::::::. .
XP_005 PPPPPGPFPPRPPGPLGPPLTLAPPPHLPGPPPGAPPPAPHVNPAFFPPPTNSGMPTSDS
360 370 380 390 400 410
310 320 330 340 350
pF1KB4 VGPPP-DTYMKASAPYNHHGSRDSGPPP-------STVSEAEFEDIMKRNRAISSSAISK
:::: : : . ::.. : : ::: . .::::::.::.:::::::::::.
XP_005 RGPPPTDPYGRPP-PYDR-G--DYGPPGREMDTARTPLSEAEFEEIMNRNRAISSSAISR
420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 AVSGASAGDYSDAIETLLTAIAVIKQSRVANDERCRVLISSLKDCLHGIEAKSYSVGASG
::: ::::::..:::::.:::..::::.:. :.::.::::::.:::::::.::: :
XP_005 AVSDASAGDYGSAIETLVTAISLIKQSKVSADDRCKVLISSLQDCLHGIESKSY-----G
470 480 490 500 510 520
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 SSSRKRHRSRERSPSRSRESSRRHRDLLHNEDRHDDYFQERNREHERHRDRERDRHH
:.::.:.:::::. :::::.::::.. ...::::::..::.::.::::::.:::
XP_005 SGSRRRERSRERDHSRSREKSRRHKS--RSRDRHDDYYRERSRERERHRDRDRDRDRERD
530 540 550 560 570 580
XP_005 REREYRHR
>>NP_008938 (OMIM: 604979) cleavage and polyadenylation (551 aa)
initn: 871 init1: 525 opt: 812 Z-score: 356.2 bits: 75.5 E(85289): 4.2e-13
Smith-Waterman score: 1228; 45.3% identity (63.1% similar) in 510 aa overlap (43-469:48-538)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 DEEFNQDPEFNNTDQIDLYDDVLTATSQPSDDRSSSTEPPPPVRQEPSPKPNNKTPAILY
.::. :: : .. . .. .: ..:
NP_008 FNQEAEYGGHDQIDLYDDVISPSANNGDAPEDRDYMDTLPPTVGDDVG---KGAAPNVVY
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 TYSGLRNRRAAVYVGSFSWWTTDQQLIQVIRSIGVYDVVELKFAENRANGQSKGYAEVVV
::.: .: :.:.:...:::::..: ....:.:: :..:.:: ::::::::::.: : :
NP_008 TYTG---KRIALYIGNLTWWTTDEDLTEAVHSLGVNDILEIKFFENRANGQSKGFALVGV
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180
pF1KB4 ASENSVHKLLELLPGKVLNGEKVDVRPATRQNLSQFEAQARKRECVRVPRG---GIPPRA
.:: : .::..::: . :.:.. : : ..: ::::: :.:: : . :: .
NP_008 GSEASSKKLMDLLPKRELHGQNPVVTPCNKQFLSQFEMQSRKTTQSGQMSGEGKAGPPGG
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 HSRDS-SDSADGR-----ATPSENLVPSSARVDKPPSVLPYFNRPPSALPLMGLPPPPIP
:: . ... :: :.:. . :. : :: .: . :: : .: : :: :
NP_008 SSRAAFPQGGRGRGRFPGAVPGGDRFPGPAGPGGPPPPFPAGQTPPR--PPLGPPGPPGP
200 210 220 230 240
250 260
pF1KB4 P---------PPPLSSS-----------------FGVPP----------------PPPGI
: ::::.. :: :: ::::
NP_008 PGPPPPGQVLPPPLAGPPNRGDRPPPPVLFPGQPFGQPPLGPLPPGPPPPVPGYGPPPGP
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300
pF1KB4 HYQHLMPPPP----------------RL--PPHLAVPPPGAIPPALHLNPAFFPPPNAT-
. :::: : :::: ::::: ::: :.::::::::. .
NP_008 PPPQQGPPPPPGPFPPRPPGPLGPPLTLAPPPHLPGPPPGAPPPAPHVNPAFFPPPTNSG
310 320 330 340 350 360
310 320 330 340
pF1KB4 ------VGPPPDTYMKASAPYNHHGSRDSGPPP-------STVSEAEFEDIMKRNRAISS
:::: . ::.. : : ::: . .::::::.::.:::::::
NP_008 MPTSDSRGPPPTDPYGRPPPYDR-G--DYGPPGREMDTARTPLSEAEFEEIMNRNRAISS
370 380 390 400 410 420
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 SAISKAVSGASAGDYSDAIETLLTAIAVIKQSRVANDERCRVLISSLKDCLHGIEAKSYS
::::.::: ::::::..:::::.:::..::::.:. :.::.::::::.:::::::.:::
NP_008 SAISRAVSDASAGDYGSAIETLVTAISLIKQSKVSADDRCKVLISSLQDCLHGIESKSY-
430 440 450 460 470 480
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 VGASGSSSRKRHRSRERSPSRSRESSRRHRDLLHNEDRHDDYFQERNREHERHRDRERDR
::.:: :.:::::. :::::.::::.. ...::::::..::.::.::::::.:::
NP_008 ----GSGSR-RERSRERDHSRSREKSRRHKS--RSRDRHDDYYRERSRERERHRDRDRDR
490 500 510 520 530
470
pF1KB4 HH
NP_008 DRERDREREYRHR
540 550
>>NP_001287876 (OMIM: 604979) cleavage and polyadenylati (588 aa)
initn: 1094 init1: 525 opt: 812 Z-score: 355.8 bits: 75.5 E(85289): 4.4e-13
Smith-Waterman score: 1103; 44.2% identity (60.6% similar) in 505 aa overlap (84-469:83-575)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 PVRQEPSPKPNNKTPAILYTYSGLRNRRAAVYVGSFSWWTTDQQLIQVIRSIGVYDVVEL
.:.:...:::::..: ....:.:: :..:.
NP_001 MDTLPPTVGDDVGKGAAPNVVYTYTGKRIALYIGNLTWWTTDEDLTEAVHSLGVNDILEI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 KFAENRANGQSKGYAEVVVASENSVHKLLELLPGKVLNGEKVDVRPATRQNLSQFEAQAR
:: ::::::::::.: : :.:: : .::..::: . :.:.. : : ..: ::::: :.:
NP_001 KFFENRANGQSKGFALVGVGSEASSKKLMDLLPKRELHGQNPVVTPCNKQFLSQFEMQSR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB4 KRECVRVPRG---GIPPRAHSRDS-SDSADGR-----ATPSENLVPSSARVDKPPSVLP-
: : . :: . :: . ... :: :.:. . :. : :: .:
NP_001 KTTQSGQMSGEGKAGPPGGSSRAAFPQGGRGRGRFPGAVPGGDRFPGPAGPGGPPPPFPG
180 190 200 210 220 230
230 240
pF1KB4 -------YFNRP-------P-------SALPLMGL---------------------PPPP
.:: : .:..:: ::::
NP_001 NLIKHLVKGTRPLFLETRIPWHMGHSIEEIPIFGLKAGQTPPRPPLGPPGPPGPPGPPPP
240 250 260 270 280 290
250 260
pF1KB4 ---IPPP------------PPL---SSSFGVPP----------------PPPGIHYQHLM
.::: ::. .. :: :: :::: .
NP_001 GQVLPPPLAGPPNRGDRPPPPVLFPGQPFGQPPLGPLPPGPPPPVPGYGPPPGPPPPQQG
300 310 320 330 340 350
270 280 290 300
pF1KB4 PPPP----------------RL--PPHLAVPPPGAIPPALHLNPAFFPPPNAT-------
:::: : :::: ::::: ::: :.::::::::. .
NP_001 PPPPPGPFPPRPPGPLGPPLTLAPPPHLPGPPPGAPPPAPHVNPAFFPPPTNSGMPTSDS
360 370 380 390 400 410
310 320 330 340 350
pF1KB4 VGPPP-DTYMKASAPYNHHGSRDSGPPP-------STVSEAEFEDIMKRNRAISSSAISK
:::: : : . ::.. : : ::: . .::::::.::.:::::::::::.
NP_001 RGPPPTDPYGRPP-PYDR-G--DYGPPGREMDTARTPLSEAEFEEIMNRNRAISSSAISR
420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 AVSGASAGDYSDAIETLLTAIAVIKQSRVANDERCRVLISSLKDCLHGIEAKSYSVGASG
::: ::::::..:::::.:::..::::.:. :.::.::::::.:::::::.::: :
NP_001 AVSDASAGDYGSAIETLVTAISLIKQSKVSADDRCKVLISSLQDCLHGIESKSY-----G
470 480 490 500 510 520
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 SSSRKRHRSRERSPSRSRESSRRHRDLLHNEDRHDDYFQERNREHERHRDRERDRHH
:.:: :.:::::. :::::.::::.. ...::::::..::.::.::::::.:::
NP_001 SGSR-RERSRERDHSRSREKSRRHKS--RSRDRHDDYYRERSRERERHRDRDRDRDRERD
530 540 550 560 570 580
NP_001 REREYRHR
471 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 05:40:34 2016 done: Sat Nov 5 05:40:36 2016
Total Scan time: 11.750 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]