Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4166
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4166, 394 aa
1>>>pF1KB4166 394 - 394 aa - 394 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9325+/-0.000922; mu= 14.3810+/- 0.056
mean_var=82.4196+/-16.722, 0's: 0 Z-trim(106.5): 31 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.141273
statistics sampled from 9019 (9044) to 9019 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.278), width: 16
Scan time: 2.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34945.1 NDRG1 gene_id:10397|Hs108|chr8 ( 394) 2647 549.3 2.3e-156
CCDS59113.1 NDRG1 gene_id:10397|Hs108|chr8 ( 328) 2212 460.6 9.6e-130
CCDS59112.1 NDRG1 gene_id:10397|Hs108|chr8 ( 313) 2097 437.1 1e-122
CCDS13285.1 NDRG3 gene_id:57446|Hs108|chr20 ( 375) 1622 340.3 1.7e-93
CCDS13284.1 NDRG3 gene_id:57446|Hs108|chr20 ( 363) 1544 324.4 1e-88
CCDS10797.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 ( 371) 1497 314.9 7.8e-86
CCDS45500.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 ( 391) 1497 314.9 8.2e-86
CCDS58465.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 ( 357) 1485 312.4 4.1e-85
CCDS55999.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 ( 369) 1484 312.2 4.9e-85
CCDS58467.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 ( 339) 1477 310.8 1.2e-84
CCDS58466.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 ( 352) 1374 289.8 2.6e-78
CCDS9564.1 NDRG2 gene_id:57447|Hs108|chr14 ( 357) 1339 282.7 3.8e-76
CCDS61386.1 NDRG2 gene_id:57447|Hs108|chr14 ( 367) 1339 282.7 3.8e-76
CCDS9565.1 NDRG2 gene_id:57447|Hs108|chr14 ( 371) 1336 282.0 5.9e-76
CCDS73613.1 NDRG2 gene_id:57447|Hs108|chr14 ( 341) 966 206.6 2.8e-53
CCDS61384.1 NDRG2 gene_id:57447|Hs108|chr14 ( 360) 917 196.6 2.9e-50
>>CCDS34945.1 NDRG1 gene_id:10397|Hs108|chr8 (394 aa)
initn: 2647 init1: 2647 opt: 2647 Z-score: 2920.8 bits: 549.3 E(32554): 2.3e-156
Smith-Waterman score: 2647; 100.0% identity (100.0% similar) in 394 aa overlap (1-394:1-394)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSREMQDVDLAEVKPLVEKGETITGLLQEFDVQEQDIETLHGSVHVTLCGTPKGNRPVIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MSREMQDVDLAEVKPLVEKGETITGLLQEFDVQEQDIETLHGSVHVTLCGTPKGNRPVIL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQDGAASFPAGYMYPSMDQLAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQDGAASFPAGYMYPSMDQLAE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEMVEGLVLINVNPCAEGWMDWAASKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEMVEGLVLINVNPCAEGWMDWAASKI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIVNDMNPGNLHLFINAYNSRRDLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIVNDMNPGNLHLFINAYNSRRDLEIE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RPMPGTHTVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKLDPTKTTLLKMADCGGLPQISQPAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RPMPGTHTVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKLDPTKTTLLKMADCGGLPQISQPAK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 LAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTASGSSVTSLDGTRSRSHTSEGTRSRSHTSEGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTASGSSVTSLDGTRSRSHTSEGTRSRSHTSEGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390
pF1KB4 RSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
370 380 390
>>CCDS59113.1 NDRG1 gene_id:10397|Hs108|chr8 (328 aa)
initn: 2212 init1: 2212 opt: 2212 Z-score: 2442.8 bits: 460.6 E(32554): 9.6e-130
Smith-Waterman score: 2212; 100.0% identity (100.0% similar) in 328 aa overlap (67-394:1-328)
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 IETLHGSVHVTLCGTPKGNRPVILTYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDA
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDA
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 PGQQDGAASFPAGYMYPSMDQLAEMLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PGQQDGAASFPAGYMYPSMDQLAEMLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEM
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 VEGLVLINVNPCAEGWMDWAASKISGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 VEGLVLINVNPCAEGWMDWAASKISGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIV
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 NDMNPGNLHLFINAYNSRRDLEIERPMPGTHTVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 NDMNPGNLHLFINAYNSRRDLEIERPMPGTHTVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKL
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 DPTKTTLLKMADCGGLPQISQPAKLAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTASGSSVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 DPTKTTLLKMADCGGLPQISQPAKLAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTASGSSVTS
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 LDGTRSRSHTSEGTRSRSHTSEGTRSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LDGTRSRSHTSEGTRSRSHTSEGTRSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
280 290 300 310 320
>>CCDS59112.1 NDRG1 gene_id:10397|Hs108|chr8 (313 aa)
initn: 2097 init1: 2097 opt: 2097 Z-score: 2316.4 bits: 437.1 E(32554): 1e-122
Smith-Waterman score: 2097; 100.0% identity (100.0% similar) in 313 aa overlap (82-394:1-313)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 PKGNRPVILTYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQDGAASFPAGYM
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MQEITQHFAVCHVDAPGQQDGAASFPAGYM
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 YPSMDQLAEMLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEMVEGLVLINVNPCAEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 YPSMDQLAEMLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEMVEGLVLINVNPCAEG
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 WMDWAASKISGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIVNDMNPGNLHLFINAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 WMDWAASKISGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIVNDMNPGNLHLFINAY
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 NSRRDLEIERPMPGTHTVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKLDPTKTTLLKMADCGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 NSRRDLEIERPMPGTHTVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKLDPTKTTLLKMADCGG
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LPQISQPAKLAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTASGSSVTSLDGTRSRSHTSEGTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LPQISQPAKLAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTASGSSVTSLDGTRSRSHTSEGTR
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390
pF1KB4 SRSHTSEGTRSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SRSHTSEGTRSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
280 290 300 310
>>CCDS13285.1 NDRG3 gene_id:57446|Hs108|chr20 (375 aa)
initn: 1651 init1: 1130 opt: 1622 Z-score: 1792.0 bits: 340.3 E(32554): 1.7e-93
Smith-Waterman score: 1622; 65.3% identity (86.8% similar) in 372 aa overlap (4-368:3-372)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSREMQDVDLAEVKPLVEKGETITGLLQEFDVQEQDIETLHGSVHVTLCGTPKGNRPVIL
:.:::.:.:.:::.. .. : .:.:: ::.:::: :: ::::. : :::::::::
CCDS13 MDELQDVQLTEIKPLLND-KNGTRNFQDFDCQEHDIETTHGVVHVTIRGLPKGNRPVIL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQDGAASFPAGYMYPSMDQLAE
::::::.:::.:.: .::.:::::::::::::::::::::.:: :::.::.::.::.:::
CCDS13 TYHDIGLNHKSCFNAFFNFEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQEGAPSFPTGYQYPTMDELAE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEMVEGLVLINVNPCAEGWMDWAASKI
::: :: ...::::::.:.:::::::.:::::.::.:::::::::.:::.::.::::::.
CCDS13 MLPPVLTHLSLKSIIGIGVGAGAYILSRFALNHPELVEGLVLINVDPCAKGWIDWAASKL
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIVNDMNPGNLHLFINAYNSRRDLEIE
:: : . :....: ::.::.:.:.....:::.::..:.: ::.::.:.::.:::::::
CCDS13 SGLTTNVVDIILAHHFGQEELQANLDLIQTYRMHIAQDINQDNLQLFLNSYNGRRDLEIE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB4 RPMPGTH---TVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKLDPTKTTLLKMADCGGLPQISQ
::. : . . ::.: .::::::.::::.:::::::.:.: .::::::::::::::. :
CCDS13 RPILGQNDNKSKTLKCSTLLVVGDNSPAVEAVVECNSRLNPINTTLLKMADCGGLPQVVQ
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 PAKLAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTAS-GSSVTSLDGTRSRSHTS---EGTRSR
:.::.::::::.:::::.:::::::: :::: : .::. : .. ::: :: .::. .
CCDS13 PGKLTEAFKYFLQGMGYIPSASMTRLARSRTHSTSSSLGSGESPFSRSVTSNQSDGTQ-E
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390
pF1KB4 SHTSEGTRSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
: : . .: .: :
CCDS13 SCESPDVLDRHQTMEVSC
360 370
>>CCDS13284.1 NDRG3 gene_id:57446|Hs108|chr20 (363 aa)
initn: 1578 init1: 1100 opt: 1544 Z-score: 1706.3 bits: 324.4 E(32554): 1e-88
Smith-Waterman score: 1573; 64.0% identity (84.7% similar) in 372 aa overlap (4-368:3-360)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSREMQDVDLAEVKPLVEKGETITGLLQEFDVQEQDIETLHGSVHVTLCGTPKGNRPVIL
:.:::.:.:.:::.. .:.:::: :: ::::. : :::::::::
CCDS13 MDELQDVQLTEIKPLLND-------------KEHDIETTHGVVHVTIRGLPKGNRPVIL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQDGAASFPAGYMYPSMDQLAE
::::::.:::.:.: .::.:::::::::::::::::::::.:: :::.::.::.::.:::
CCDS13 TYHDIGLNHKSCFNAFFNFEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQEGAPSFPTGYQYPTMDELAE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEMVEGLVLINVNPCAEGWMDWAASKI
::: :: ...::::::.:.:::::::.:::::.::.:::::::::.:::.::.::::::.
CCDS13 MLPPVLTHLSLKSIIGIGVGAGAYILSRFALNHPELVEGLVLINVDPCAKGWIDWAASKL
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 SGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIVNDMNPGNLHLFINAYNSRRDLEIE
:: : . :....: ::.::.:.:.....:::.::..:.: ::.::.:.::.:::::::
CCDS13 SGLTTNVVDIILAHHFGQEELQANLDLIQTYRMHIAQDINQDNLQLFLNSYNGRRDLEIE
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KB4 RPMPGTH---TVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKLDPTKTTLLKMADCGGLPQISQ
::. : . . ::.: .::::::.::::.:::::::.:.: .::::::::::::::. :
CCDS13 RPILGQNDNKSKTLKCSTLLVVGDNSPAVEAVVECNSRLNPINTTLLKMADCGGLPQVVQ
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 PAKLAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTAS-GSSVTSLDGTRSRSHTS---EGTRSR
:.::.::::::.:::::.:::::::: :::: : .::. : .. ::: :: .::. .
CCDS13 PGKLTEAFKYFLQGMGYIPSASMTRLARSRTHSTSSSLGSGESPFSRSVTSNQSDGTQ-E
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KB4 SHTSEGTRSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
: : . .: .: :
CCDS13 SCESPDVLDRHQTMEVSC
350 360
>>CCDS10797.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 (371 aa)
initn: 1505 init1: 1450 opt: 1497 Z-score: 1654.4 bits: 314.9 E(32554): 7.8e-86
Smith-Waterman score: 1497; 59.8% identity (84.7% similar) in 366 aa overlap (5-358:4-368)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSREMQDVDLAEVKPLVEKGETITGLLQ--------EFDVQEQDIETLHGSVHVTLCGTP
.:.. . : :::. .:. : : . . : .:.:::: .: .::.. :.:
CCDS10 MAGLQELRFPEEKPLL-RGQDATELESSDAFLLAADTDWKEHDIETPYGLLHVVIRGSP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 KGNRPVILTYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCHVDAPGQQDGAASFPAGYMY
:::::.::::::.:.::: :.: .::.:::::::.::.:::::::::: ::..:: ::..
CCDS10 KGNRPAILTYHDVGLNHKLCFNTFFNFEDMQEITKHFVVCHVDAPGQQVGASQFPQGYQF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 PSMDQLAEMLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNNPEMVEGLVLINVNPCAEGW
:::.::: :::.:.:.::.: .::.:.:::::.:..::: :..::::::.:..: ..::
CCDS10 PSMEQLAAMLPSVVQHFGFKYVIGIGVGAGAYVLAKFALIFPDLVEGLVLVNIDPNGKGW
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 MDWAASKISGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQHIVNDMNPGNLHLFINAYN
.::::.:.:: :..::: :.::::..::. .:.:.:..:::.: : .: .::.:: : ::
CCDS10 IDWAATKLSGLTSTLPDTVLSHLFSQEELVNNTELVQSYRQQIGNVVNQANLQLFWNMYN
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 SRRDLEIERPMPGTHTVTLQCPALLVVGDSSPAVDAVVECNSKLDPTKTTLLKMADCGGL
:::::.:.:: .. ::.::..:::::..:: :.::::::::::: ::.::::: :::
CCDS10 SRRDLDINRPGTVPNAKTLRCPVMLVVGDNAPAEDGVVECNSKLDPTTTTFLKMADSGGL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KB4 PQISQPAKLAEAFKYFVQGMGYMPSASMTRLMRSRTASGSSVTSLDGTR----SRSHTSE
::..::.::.::::::.:::::::::::::: :::::: .:..:.::.: ..:..::
CCDS10 PQVTQPGKLTEAFKYFLQGMGYMPSASMTRLARSRTASLTSASSVDGSRPQACTHSESSE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KB4 GTRSRSHTSEGTRSRSHTSEGAHLDITPNSGAAGNSAGPKSMEVSC
: . .:: :
CCDS10 GLGQVNHTMEVSC
360 370
>>CCDS45500.1 NDRG4 gene_id:65009|Hs108|chr16 (391 aa)
initn: 1505 init1: 1450 opt: 1497 Z-score: 1654.1 bits: 314.9 E(32554): 8.2e-86
Smith-Waterman score: 1497; 59.8% identity (84.7% similar) in 366 aa overlap (5-358:24-388)
10 20 30
pF1KB4 MSREMQDVDLAEVKPLVEKGETITGLLQ--------EFDVQ
.:.. . : :::. .:. : : . . : .
CCDS45 MKVLGHRLELLTGLLLHDVTMAGLQELRFPEEKPLL-RGQDATELESSDAFLLAADTDWK
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 EQDIETLHGSVHVTLCGTPKGNRPVILTYHDIGMNHKTCYNPLFNYEDMQEITQHFAVCH
:.:::: .: .::.. :.::::::.::::::.:.::: :.: .::.:::::::.::.:::
CCDS45 EHDIETPYGLLHVVIRGSPKGNRPAILTYHDVGLNHKLCFNTFFNFEDMQEITKHFVVCH
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 VDAPGQQDGAASFPAGYMYPSMDQLAEMLPGVLQQFGLKSIIGMGTGAGAYILTRFALNN
::::::: ::..:: ::..:::.::: :::.:.:.::.: .::.:.:::::.:..:::
CCDS45 VDAPGQQVGASQFPQGYQFPSMEQLAAMLPSVVQHFGFKYVIGIGVGAGAYVLAKFALIF
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 PEMVEGLVLINVNPCAEGWMDWAASKISGWTQALPDMVVSHLFGKEEMQSNVEVVHTYRQ
:..::::::.:..: ..::.::::.:.:: :..::: :.::::..::. .:.:.:..:::
CCDS45 PDLVEGLVLVNIDPNGKGWIDWAATKLSGLTSTLPDTVLSHLFSQEELVNNTELVQSYRQ
180 190 200 210 220 230
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CCDS58 SC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]