Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4176
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4176, 451 aa
1>>>pF1KB4176 451 - 451 aa - 451 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7537+/-0.00111; mu= 14.9208+/- 0.067
mean_var=67.2525+/-13.898, 0's: 0 Z-trim(101.7): 78 B-trim: 304 in 1/50
Lambda= 0.156394
statistics sampled from 6535 (6616) to 6535 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.203), width: 16
Scan time: 2.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 2974 680.5 9.4e-196
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 2350 539.7 2.5e-153
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 2255 518.3 6.5e-147
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 2156 495.9 3.5e-140
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 1914 441.3 1e-123
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 1561 361.7 1.1e-99
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 1532 355.1 8.3e-98
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 1224 285.6 7.1e-77
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 1210 282.5 6.3e-76
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 1201 280.5 2.6e-75
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 1104 258.6 1e-68
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 983 231.3 1.6e-60
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 974 229.2 6.5e-60
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 973 229.0 7.7e-60
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 972 228.8 9.1e-60
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 971 228.6 1.1e-59
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 963 226.7 3.8e-59
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 963 226.8 4.1e-59
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 894 211.2 1.9e-54
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 886 209.4 6.5e-54
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 886 209.4 7e-54
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 874 206.7 4.2e-53
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 872 206.2 5.8e-53
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 867 205.1 1e-52
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 848 200.8 2.2e-51
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 838 198.5 1.2e-50
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 838 198.6 1.2e-50
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 823 195.1 1e-49
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 804 190.9 2.3e-48
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 801 190.2 3.6e-48
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 766 182.3 1.2e-45
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 762 181.4 1.5e-45
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 754 179.6 5.9e-45
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 741 176.6 3.8e-44
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 739 176.2 6.2e-44
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 725 173.1 5.8e-43
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 642 154.2 1.4e-37
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 608 146.6 3.3e-35
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 606 146.2 7.3e-35
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 573 138.7 7.6e-33
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 334 84.8 2.1e-16
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 315 80.6 4.1e-15
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 314 80.3 4.7e-15
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 313 80.1 5.4e-15
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 312 79.9 6.2e-15
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 297 76.5 6.9e-14
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 294 75.8 1.1e-13
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 291 75.1 1.6e-13
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 280 72.6 9.1e-13
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 274 71.3 2.3e-12
>>CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (451 aa)
initn: 2974 init1: 2974 opt: 2974 Z-score: 3627.8 bits: 680.5 E(32554): 9.4e-196
Smith-Waterman score: 2974; 100.0% identity (100.0% similar) in 451 aa overlap (1-451:1-451)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MKTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LGDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PLKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PLKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 TAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MIQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MIQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRM
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KB4 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
430 440 450
>>CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 (511 aa)
initn: 2960 init1: 2347 opt: 2350 Z-score: 2866.1 bits: 539.7 E(32554): 2.5e-153
Smith-Waterman score: 2651; 87.6% identity (87.6% similar) in 483 aa overlap (1-423:1-483)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MKTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LGDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LGDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PLKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PLKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 TAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB4 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDK-------
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKSPSIKAE
310 320 330 340 350 360
360
pF1KB4 -----------------------------------------------------KKEKASV
:::::::
CCDS82 GITLTYNSVKAILQGAKLIWSKYIAFSWPSLFQEKTLEYLEKWMDCLTFKQSSKKEKASV
370 380 390 400 410 420
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MIQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MIQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRM
430 440 450 460 470 480
430 440 450
pF1KB4 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
:::
CCDS82 SRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
490 500 510
>>CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 (456 aa)
initn: 2258 init1: 1888 opt: 2255 Z-score: 2751.0 bits: 518.3 E(32554): 6.5e-147
Smith-Waterman score: 2255; 81.3% identity (91.9% similar) in 418 aa overlap (32-447:32-449)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
.:: :.: :.::::::::::::::::::::
CCDS43 RKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
:. .::: :.:.::::::::: ::::::::::::.::::::::::::..:::::::::::
CCDS43 GERVTEVKTDIFVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
::::::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.:::::::::::::::.::
CCDS43 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
::::::::: .::.: :: . . :: :: :::::::::::::.. . ..::::::.:::
CCDS43 LKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVMT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 THFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDK-KKEKASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::: .: :: : .
CCDS43 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB4 MIQNNAYAVAVANYAPNLSK-DPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDR
. .::.:: ....:.:::.. :: :.::.:::: . :::.:: : ::::::::::::
CCDS43 IKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDR
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450
pF1KB4 MSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
.:::.::.::: :::::::::::::: :
CCDS43 LSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ
430 440 450
>>CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 (462 aa)
initn: 2174 init1: 1875 opt: 2156 Z-score: 2630.2 bits: 495.9 E(32554): 3.5e-140
Smith-Waterman score: 2156; 76.5% identity (89.9% similar) in 425 aa overlap (32-451:39-461)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
.::...:::::::::: :::::::::::::
CCDS45 FIMIKNLLLFCISMNLSSHFGFSQMPTSSVKDETNDNITIFTRILDGLLDGYDNRLRPGL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
:. ::.: :.::::::::::::.:::::::::::.::::::.:::::. : ::::.::::
CCDS45 GERITQVRTDIYVTSFGPVSDTEMEYTIDVFFRQSWKDERLRFKGPMQRLPLNNLLASKI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
:::::::::::::.::::: ::::::..::::::::::::..:::::.:::::::::.::
CCDS45 WTPDTFFHNGKKSIAHNMTTPNKLLRLEDDGTLLYTMRLTISAECPMQLEDFPMDAHACP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
:::::::: .:::.:.:: ... :: :: :::::::: :.::..: :.:..::::::.::
CCDS45 LKFGSYAYPNSEVVYVWTNGSTKSVVVAEDGSRLNQYHLMGQTVGTENISTSTGEYTIMT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.... : .: .
CCDS45 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKKALEAAKIKKKREV
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410
pF1KB4 IQN---NAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKID
: : ::.... .. ::. :. . . : :: : :.: .:.:::.::.::::
CCDS45 ILNKSTNAFTTGKMSHPPNIPKEQ--TPAGTSNTTSVSVKPSEEKTSESKKTYNSISKID
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450
pF1KB4 RMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVL--GVSP
.:::::::::::::::::::::::::::. ..::
CCDS45 KMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVIKGAASPK
430 440 450 460
>>CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX (492 aa)
initn: 2105 init1: 1859 opt: 1914 Z-score: 2334.7 bits: 441.3 E(32554): 1e-123
Smith-Waterman score: 2099; 75.1% identity (88.8% similar) in 429 aa overlap (33-447:58-485)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 TKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG
:.. .:::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GQGESRRQEPGDFVKQDIGGLSPKHAPDIPDDSTDNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLG
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIW
:..::: :.:::::::::::::::::::::::: :.:::::: :::.:: ::::.:::::
CCDS14 DAVTEVKTDIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQTWHDERLKFDGPMKILPLNNLLASKIW
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPL
:::::::::::::::::: ::::::. :.::::::::::..:::::::::::::.:.:::
CCDS14 TPDTFFHNGKKSVAHNMTTPNKLLRLVDNGTLLYTMRLTIHAECPMHLEDFPMDVHACPL
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTA
:::::::::.::.: :: . . ::.:: ::::::::::::. .: : :.::::::.:::.
CCDS14 KFGSYAYTTAEVVYSWTLGKNKSVEVAQDGSRLNQYDLLGHVVGTEIIRSSTGEYVVMTT
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARN
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350
pF1KB4 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSV---VNDKKKEKAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::.: .. ::: :.
CCDS14 SLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRSWAWEGKKVPEALEMKKKTPAA
330 340 350 360 370 380
360 370 380 390 400
pF1KB4 VMIQNNA-YAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSA-----TTPEPNKKP-----ENKPAEAK
.... . .. ..: ::.:: .:::::.: .:: .: ...:.:.:
CCDS14 PAKKTSTTFNIVGTTYPINLAKDTEFSTISKGAAPSASSTPTIIASPKATYVQDSPTETK
390 400 410 420 430 440
410 420 430 440 450
pF1KB4 KTFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
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CCDS14 -TYNSVSKVDKISRIIFPVLFAIFNLVYWATYVNRESAIKGMIRKQ
450 460 470 480 490
>>CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 (554 aa)
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Smith-Waterman score: 1561; 73.9% identity (89.9% similar) in 307 aa overlap (32-338:38-344)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 KTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGL
. : : :::::: ::::::::::::.
CCDS34 PAIALSAGVSFALLRFLCLAVCLNESPGQNQKEEKLCTENFTRILDSLLDGYDNRLRPGF
10 20 30 40 50 60
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pF1KB4 GDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKI
: .::: :.:::::::::::..::::.:::::: : :.:::. ::..::::::.:..:.
CCDS34 GGPVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWIDKRLKYDGPIEILRLNNMMVTKV
70 80 90 100 110 120
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pF1KB4 WTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCP
:::::::.::::::.:::: ::::.::. .::.:::::::..:::::.: :::::.:.::
CCDS34 WTPDTFFRNGKKSVSHNMTAPNKLFRIMRNGTILYTMRLTISAECPMRLVDFPMDGHACP
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pF1KB4 LKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMT
:::::::: ::. : :: . ::.: ..: : ::::.::....::::: :::: :::
CCDS34 LKFGSYAYPKSEMIYTWTKGPEKSVEVPKESSSLVQYDLIGQTVSSETIKSITGEYIVMT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISAR
..:::.::.:::.::::.::::::::::::::.:.::::::::::.::::::::::::::
CCDS34 VYFHLRRKMGYFMIQTYIPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISAR
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pF1KB4 NSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVM
.:::::.::::::::::::.:::::::::::.:::::
CCDS34 HSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNIQMEKAKRKTSKPPQEVPAAPV
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pF1KB4 IQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAKKTFNSVSKIDRMS
CCDS34 QREKHPEAPLQNTNANLNMRKRTNALVHSESDVGNRTEVGNHSSKSSTVVQESSKGTPRS
370 380 390 400 410 420
>>CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 (453 aa)
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Smith-Waterman score: 1647; 58.4% identity (80.1% similar) in 438 aa overlap (18-444:11-444)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKTKLNIYNMQFLLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPG
..: : ... . ..:.. :::: ::.:::::::::
CCDS43 MASSLPWLCIILWLENALGKLEVEGNFYSENVS---RILDNLLEGYDNRLRPG
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pF1KB4 LGDSITEVFTNIYVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASK
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CCDS43 FGGAVTEVKTDIYVTSFGPVSDVEMEYTMDVFFRQTWTDERLKFGGPTEILSLNNLMVSK
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pF1KB4 IWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSC
::::::::.:::::.::::: ::::.::...::.:::::::..:.:::.: .::::.:.:
CCDS43 IWTPDTFFRNGKKSIAHNMTTPNKLFRIMQNGTILYTMRLTINADCPMRLVNFPMDGHAC
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pF1KB4 PLKFGSYAYTTSEVTYIWTYNASDSVQVAPDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVM
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CCDS43 PLKFGSYAYPKSEIIYTWKKGPLYSVEVPEESSSLLQYDLIGQTVSSETIKSNTGEYVIM
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pF1KB4 TAHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISA
:..:::.::.:::.:: : ::::::::::::::.:.::::::::::.:::::::::::::
CCDS43 TVYFHLQRKMGYFMIQIYTPCIMTVILSQVSFWINKESVPARTVFGITTVLTMTTLSISA
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pF1KB4 RNSLPKVAYATAMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFT-------KRGWAWDGKSVVNDK
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CCDS43 RHSLPKVSYATAMDWFIAVCFAFVFSALIEFAAVNYFTNLQTQKAKRKAQFAAPPTVTIS
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pF1KB4 KKEK---ASVMIQNNAYAVAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPN-KKPENKPAEAKK
: . : .... .. . . .:: : :. .... : : .. : .
CCDS43 KATEPLEAEIVLHPDS-KYHLKKRITSLSLPIVSSSEANKVLTRAPILQSTPVTPPPLSP
360 370 380 390 400
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pF1KB4 TFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
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CCDS43 AFGGTSKIDQYSRILFPVAFAGFNLVYWVVYLSKDTMEVSSSVE
410 420 430 440 450
>>CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 (465 aa)
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pF1KB4 LLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDSITEVFTNI
:.::. ::.::::.::: .: : . :..
CCDS34 CVDKADDEDDEDLTVNKTWVLAPKIHEGDITQILNSLLQGYDNKLRPDIGVRPTVIETDV
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80 90 100 110 120 130
pF1KB4 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
::.:.:::. .::::::..: : : : ::::.. :..: ::. :..::: :::::.:..
CCDS34 YVNSIGPVDPINMEYTIDIIFAQTWFDSRLKFNSTMKVLMLNSNMVGKIWIPDTFFRNSR
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pF1KB4 KSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPLKFGSYAYTTS
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CCDS34 KSDAHWITTPNRLLRIWNDGRVLYTLRLTINAECYLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPKN
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pF1KB4 EVTYIWTYNASDSVQVA-PDGSRLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTAHFHLKRKIG
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CCDS34 EIEYKWK---KPSVEVADPKYWRLYQFAFVGLRNSTEITHTISGDYVIMTIFFDLSRRMG
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260 270 280 290 300 310
pF1KB4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
::.::::.:::.::.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS34 YFTIQTYIPCILTVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
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320 330 340 350 360
pF1KB4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKK-KEKASVM--IQNNAYA
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CCDS34 AMDLFVSVCFIFVFAALMEYGTLHYFTSN---QKGKTATKDRKLKNKASMTPGLHPGSTL
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370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VAVANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPENKPAEAK--KTFNSVSKIDRMSRIVFP
. . : . : . . . . . . . . . ..::: .::: ::
CCDS34 IPMNNISVPQEDDYGYQCLEGKDCASFFCCFEDCRTGSWREGRIHIRIAKIDSYSRIFFP
390 400 410 420 430 440
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pF1KB4 VLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
. :. ::::::. ::
CCDS34 TAFALFNLVYWVGYLYL
450 460
>>CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (467 aa)
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pF1KB4 LLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDSITEVFTNI
: ::. ::.::::.::: .: . : . :..
CCDS43 FTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDM
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pF1KB4 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
::.:.:::. .::::::.:: : : :.::::.. ...::::. :..::: :::::.:.:
CCDS43 YVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSK
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140 150 160 170 180 190
pF1KB4 KSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPLKFGSYAYTTS
:. :: .: ::..::: .:: .:::.:::..::: ..:..:::: :::::.:.::.:
CCDS43 KADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPRE
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pF1KB4 EVTYIWTYNASDSVQVAPDGS-RLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTAHFHLKRKIG
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CCDS43 EIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMG
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pF1KB4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
::.::::.:: . :.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS43 YFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
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320 330 340 350 360 370
pF1KB4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYF-TKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVMIQNNAYAVA
::: :..::. ::::::.:..:..:: ..: . : .::::.. . :. ...
CCDS43 AMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKD-----KDKKKKNPAPTIDIRPRSAT
340 350 360 370 380
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pF1KB4 VA-NYAPNLS-KDPVLS--TISKSATTPEPNKKPENKPAEAK--KTFNSVSKIDRMSRIV
. : : .:. .: . .. . . . . . . . ..:.: ..::
CCDS43 IQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIF
390 400 410 420 430 440
430 440 450
pF1KB4 FPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
::. : ::::::..::
CCDS43 FPTAFCLFNLVYWVSYLYL
450 460
>>CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 (475 aa)
initn: 1271 init1: 641 opt: 1201 Z-score: 1465.5 bits: 280.5 E(32554): 2.6e-75
Smith-Waterman score: 1209; 45.0% identity (72.5% similar) in 422 aa overlap (43-441:67-473)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 LLFVFLVWDPARLVLANIQEDEAKNNITIFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGDSITEVFTNI
: ::. ::.::::.::: .: . : . :..
CCDS43 FTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNKLRPDIGVKPTLIHTDM
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pF1KB4 YVTSFGPVSDTDMEYTIDVFFRQKWKDERLKFKGPMNILRLNNLMASKIWTPDTFFHNGK
::.:.:::. .::::::.:: : : :.::::.. ...::::. :..::: :::::.:.:
CCDS43 YVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSK
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 KSVAHNMTMPNKLLRIQDDGTLLYTMRLTVQAECPMHLEDFPMDAHSCPLKFGSYAYTTS
:. :: .: ::..::: .:: .:::.:::..::: ..:..:::: :::::.:.::.:
CCDS43 KADAHWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPRE
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 EVTYIWTYNASDSVQVAPDGS-RLNQYDLLGQSIGKETIKSSTGEYTVMTAHFHLKRKIG
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CCDS43 EIVYQWKRS---SVEVGDTRSWRLYQFSFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMG
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 YFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYAT
::.::::.:: . :.:: ::::.:...::::: .:.:::::::::: ::.:::::.:.:
CCDS43 YFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLSTIARKSLPKVSYVT
280 290 300 310 320 330
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pF1KB4 AMDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGWAWDGKSVVNDKKKEKASVMIQNNAYAVAV
::: :..::. ::::::.:..:..::.. ... .:: :.: . ... ..
CCDS43 AMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVS------NRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFK---
340 350 360 370 380
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pF1KB4 ANYAPNLSKDPVLSTISKSATTPEPNKKPE-------NKPAEA---------------KK
::... : .::. . .: .. : .: . .
CCDS43 ---APTIDIRPRSATIQMNNATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGR
390 400 410 420 430 440
410 420 430 440 450
pF1KB4 TFNSVSKIDRMSRIVFPVLFGTFNLVYWATYLNREPVLGVSP
..:.: ..:: ::. : ::::::..::
CCDS43 IHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYL
450 460 470
451 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 14:35:07 2016 done: Thu Nov 3 14:35:08 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]