Result of FASTA (ccds) for pF1KB4192
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4192, 493 aa
  1>>>pF1KB4192 493 - 493 aa - 493 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4674+/-0.000736; mu= 13.4748+/- 0.045
 mean_var=86.9551+/-17.596, 0's: 0 Z-trim(111.4): 65  B-trim: 431 in 1/51
 Lambda= 0.137539
 statistics sampled from 12299 (12364) to 12299 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.38), width:  16
 Scan time:  3.600

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17         ( 493) 3294 663.1 1.9e-190
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2          ( 517) 1407 288.7   1e-77
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2           ( 517) 1308 269.0 8.5e-72
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2          ( 502) 1132 234.1 2.7e-61
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17        ( 501) 1103 228.4 1.5e-59
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498)  557 120.0   6e-27
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1          ( 502)  552 119.0 1.2e-26
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494)  545 117.6 3.1e-26
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529)  536 115.9 1.1e-25
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627)  514 111.5 2.7e-24
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458)  504 109.5 8.1e-24
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489)  504 109.5 8.6e-24
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505)  504 109.5 8.8e-24
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 468)  486 105.9 9.8e-23
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2          ( 457)  475 103.7 4.4e-22
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  463 101.4 2.4e-21
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11       ( 450)  451 99.0 1.2e-20
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  449 98.6 1.6e-20
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  448 98.4 1.8e-20
CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 516)  448 98.4   2e-20
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8         ( 514)  446 98.0 2.6e-20
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 502)  428 94.4   3e-19
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 531)  417 92.2 1.5e-18
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8         ( 479)  412 91.2 2.6e-18
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  381 85.1 1.7e-16
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 441)  360 80.9 3.1e-15
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  360 80.9 3.2e-15
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 321)  354 79.7 5.4e-15
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 412)  354 79.7 6.7e-15
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2         ( 482)  354 79.7 7.7e-15
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3         ( 471)  340 76.9 5.2e-14
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  338 76.5 6.6e-14
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3         ( 447)  336 76.1 8.6e-14
CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 482)  312 71.4 2.5e-12
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 160)  295 67.8 9.7e-12
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 231)  295 67.9 1.3e-11


>>CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17              (493 aa)
 initn: 3294 init1: 3294 opt: 3294  Z-score: 3532.5  bits: 663.1 E(32554): 1.9e-190
Smith-Waterman score: 3294; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
              430       440       450       460       470       480

              490   
pF1KB4 RVPDLPYAPCIQP
       :::::::::::::
CCDS11 RVPDLPYAPCIQP
              490   

>>CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2               (517 aa)
 initn: 1608 init1: 695 opt: 1407  Z-score: 1508.6  bits: 288.7 E(32554): 1e-77
Smith-Waterman score: 1601; 50.7% identity (74.7% similar) in 509 aa overlap (3-493:5-511)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB4   MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLT
           ..:: .::::..   . :.:.: ::   :..::::. ::...  :.:..:::.:::
CCDS33 MHGGQGPLLLLLLLAVCLGAQGRNQEERLLADLMQNYDPNLRPAERDSDVVNVSLKLTLT
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB4 NLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDG
       :::::::.::.:::.::: ..: :::: ..  :. :. .::::: .:: :.::::::.::
CCDS33 NLISLNEREEALTTNVWIEMQWCDYRLRWDPRDYEGLWVLRVPSTMVWRPDIVLENNVDG
               70        80        90       100       110       120

      120       130       140       150       160       170        
pF1KB4 QFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEF
        : ::   ::::   : . ::::::.::.:.. :::::::::::::::.::::...:...
CCDS33 VFEVALYCNVLVSPDGCIYWLPPAIFRSACSISVTYFPFDWQNCSLIFQSQTYSTNEIDL
              130       140       150       160       170       180

      180       190       200       210       220       230        
pF1KB4 TFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRR
        .. ..::.::. : :: ::.::::::::.  :. .    .. ..  :.  :.. :.:.:
CCDS33 QLS-QEDGQTIEWIFIDPEAFTENGEWAIQHRPAKMLLDPAAPAQEAGHQKVVFYLLIQR
               190       200       210       220       230         

      240       250       260       270       280       290        
pF1KB4 KPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETS
       ::::::::::.::::::....: .::::.::::::::.:::::::::::::.:.:.::::
CCDS33 KPLFYVINIIAPCVLISSVAILIHFLPAKAGGQKCTVAINVLLAQTVFLFLVAKKVPETS
     240       250       260       270       280       290         

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB4 LSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPP
        .:::....: :..::. :::.: :.::::: :.: ::.:.  .:.:.:.:::.::    
CCDS33 QAVPLISKYLTFLLVVTILIVVNAVVVLNVSLRSPHTHSMARGVRKVFLRLLPQLLRMHV
     300       310       320       330       340       350         

      360       370           380       390       400              
pF1KB4 PPEAPRAASPPR---RASSVGL-LLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA------
        : :: :..  .   . .: :  .  .::. :  :::::.:. : .:::  .::      
CCDS33 RPLAPAAVQDTQSRLQNGSSGWSITTGEEVALCLPRSELLFQ-QWQRQGLVAAALEKLEK
     360       370       380       390       400        410        

              410       420       430       440       450       460
pF1KB4 --------FCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFW
               :: ::  ::: .. ::.: :..: . ..:    .   .:  .: .:: .:: 
CCDS33 GPELGLSQFCGSLKQAAPAIQACVEACNLIACARHQQSHFDNGNEEWFLVGRVLDRVCFL
      420       430       440       450       460       470        

              470       480       490         
pF1KB4 AALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP      
       : : ::  :.. ::: :..:::: ::.    .:      
CCDS33 AMLSLFICGTAGIFLMAHYNRVPALPFPGDPRPYLPSPD
      480       490       500       510       

>>CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2                (517 aa)
 initn: 1424 init1: 582 opt: 1308  Z-score: 1402.4  bits: 269.0 E(32554): 8.5e-72
Smith-Waterman score: 1432; 46.1% identity (73.8% similar) in 497 aa overlap (6-487:8-502)

                 10        20        30          40        50      
pF1KB4   MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKVT
              ::.:  :.. : . : ::: :: .:::..  :.   ::: . :..: ..: .:
CCDS24 MEGPVLTLGLLAALAVCG-SWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALT
               10         20        30        40        50         

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB4 LTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNI
       :.:::::.: ::::::.:::   : : ::... ..::.: .::.: ..::::::::::: 
CCDS24 LSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNN
      60        70        80        90       100       110         

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB4 DGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEV
       ::.: ..:. :::::. : : ::::::.:: : . ::::::::::::: : :  :.:.:.
CCDS24 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI
     120       130       140       150       160       170         

        180          190       200       210       220       230   
pF1KB4 EFTFAVD-NDGKT--INKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS
        ...  : ....:  .. : :: :..:::::: :   :. .     .  :.:.. :. . 
CCDS24 TLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFY
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       .: ::...::.:.::.: ::..:..:. ::::::.  :::.::..:  .....:: ::.:
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CCDS24 PVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
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>>CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2               (502 aa)
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CCDS58 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI
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CCDS58 LHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTAR
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CCDS58 PVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
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>>CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17             (501 aa)
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CCDS11   MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
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CCDS11 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
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CCDS11 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
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CCDS11 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFY
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pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
       ::::::::::..:.:.::.::. :......:: .:: .:  .:: .::. ::::.:.:.:
CCDS11 LIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAG-EKMGLSIFALLTLTVFLLLLADK
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pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
       .::::::::.. ..:.:.::..:. :.  :.:::. .:.: :: :   .:..... ::  
CCDS11 VPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLY
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pF1KB4 LG-SPPPPEAPRAASPPRRAS-SVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA---
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CCDS11 LRLKRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLR
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pF1KB4 -FCQSLGAAA---PEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALV
        : .. . :.   ::.:  :......:.. ..::       ::  .. ..: . .:. ..
CCDS11 RFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFII
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       . :::. .::: : ..  :  :.      
CCDS11 FTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP     
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pF1KB4 MARAPLGVLLLL-GLLGRGVGK--NEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKV
       : :::  ::..: .: :::  .  : : .:.  :.:.  :.   ::.    . ..:.:..
CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKLQL
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pF1KB4 TLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENN
       .:..:::.::.:. .::.::.  .: ::::..... . :.. ::.:.. .:::.::: ::
CCDS10 SLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLYNN
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pF1KB4 IDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEE
        :: . :.  .:..:  .::: :::::::.:.: .:: ::::: :::.: ::: ::.  :
CCDS10 ADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDHTE
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pF1KB4 VEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLI
       ..... . .          . . .: .::: :   ::   :.  .  : :. .:: :..:
CCDS10 IDMVLMTPT---------ASMDDFTPSGEWDIVALPG---RRTVNPQD-PSYVDVTYDFI
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pF1KB4 IRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIP
       :.::::::.::.:.:::: . :..:...::.. : .: :. :.:::: : ::.::.. .:
CCDS10 IKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCG-EKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVP
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pF1KB4 ETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLL-
        :::.:::.:..:.:.::..:. ... : :::: .:.:.::.:.: ... .:. :: .: 
CCDS10 PTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLF
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pF1KB4 -GSPPPPEAPRAASPPRRA----------SSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQG
          : :  .:  : :: ..          :.    . .. . . .: :     ...   :
CCDS10 MKRPGPDSSPARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASA----ASKSPAG
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pF1KB4 TWTAA-----FCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNIC
       .  .:     . .: :    .:.  ...:.:.:.  ....     : ::  .. ..: . 
CCDS10 STPVAIPRDFWLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLF
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pF1KB4 FWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNR--VPDLPYAPCIQP
       .:. . .  .:.  .::   :.   . . :::     
CCDS10 LWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD 
            470       480       490         

>>CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1               (502 aa)
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pF1KB4 MAR--APLGVLLLLGLLG--RGV-GKNEELRLYHHLFN--NYDPGSRPVREPEDTVTISL
       :::  .:...:: .:::    :: : . : :: .::..   :.   ::. .  . ::..:
CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTVQL
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB4 KVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLE
        :.:..:::..:.:. .::.::.  .:.::::... ..: ... .:.::. .:::..:: 
CCDS10 MVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVVLY
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pF1KB4 NNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNA
       :: ::.. :.. .:..:   ::. :::::::.:.: .:: .:::: :::.. ::: ::. 
CCDS10 NNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTYDR
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pF1KB4 EEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS
        :.....  .     . ..: :   .: .::: :   ::  ::...   :    .:. :.
CCDS10 TEIDLVLKSE-----VASLD-D---FTPSGEWDIVALPG--RRNEN--PDDSTYVDITYD
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pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
       .:::::::::.::.:.:::::..:..:...::.. : .: :. :.:::: ::::.::.. 
CCDS10 FIIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCG-EKMTLCISVLLALTVFLLLISKI
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pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
       .: :::.:::.:..:.:.::..:. ... : :::: .:.::::.:.: .. :.:: :: :
CCDS10 VPPTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPAL
        290       300       310       320       330       340      

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pF1KB4 LGSPPPP-----EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA
       :    :      .  :     :.  ..: :.  :        :   : ..   ::   : 
CCDS10 LFMQQPRHHCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREA---PGADSCTCFVNRASVQGLAGAF
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pF1KB4 FCQSLGAAAPE---------VRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICF
         .   .:.:          .:  ::.: :.:.  :...       ::  .. ..: . .
CCDS10 GAEPAPVAGPGRSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFL
           410       420       430       440       450       460   

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pF1KB4 WAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP     
       :  . .   :.  .::   :                   
CCDS10 WIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
           470       480       490       500  

>>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8               (494 aa)
 initn: 1017 init1: 487 opt: 545  Z-score: 584.5  bits: 117.6 E(32554): 3.1e-26
Smith-Waterman score: 988; 37.1% identity (66.5% similar) in 474 aa overlap (19-475:29-484)

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pF1KB4           MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVT
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CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVT
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB4 ISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEI
       . ..:..:.: ...: .. . :..:.   :.::.: ..  .. ::::::::.. .: :.:
CCDS61 VHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDI
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pF1KB4 VLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQT
       :: ::  :.: :   ...:.  .: .:: ::::..: : ...:.:::: ::::: : : :
CCDS61 VLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWT
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pF1KB4 YNAEEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGE--T
       :.  :... .     :   .:.:..   . ::.:: :    :    .:    .   :  :
CCDS61 YDKAEIDLLII----G---SKVDMND--FWENSEWEIIDASGY---KHDIKYNCCEEIYT
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pF1KB4 DVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLF
       :. ::. ::: :.::.::.:.::..:: :..:...::.. : .: :. :.:::. ::::.
CCDS61 DITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCG-EKVTLCISVLLSLTVFLL
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pF1KB4 LIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPR-LRHVLL
       .:.. :: ::: :::.:..:.:.:. .:: ..  :.:::.  ::::::.: :: .. :.:
CCDS61 VITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTM-PRWVKTVFL
       290       300       310       320       330        340      

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pF1KB4 ELLPRLLGSPPPPEAPRA----ASP---PRRASSVGLLLRAEELILKK-----PRSELVF
       .:::..:    : .  :.    : :    :: ..  :  ..:   ::.       .::. 
CCDS61 KLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELAT
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pF1KB4 EGQR--HRQGTWTAAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNA
         .:  :.   :..   .     .:::.  ...:.:.::. .... : :  .::  .. .
CCDS61 SKRRLSHQPLQWVVENSEH----SPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMV
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pF1KB4 LDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
       .: . .:. ...   :.. .::                  
CCDS61 VDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS        
            470       480       490            

>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8               (529 aa)
 initn: 839 init1: 536 opt: 536  Z-score: 574.4  bits: 115.9 E(32554): 1.1e-25
Smith-Waterman score: 1025; 35.9% identity (66.9% similar) in 487 aa overlap (18-479:53-525)

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pF1KB4              MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPED
                                     :   . : ::..::: .:.  .::: .  :
CCDS60 PAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSD
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pF1KB4 TVTISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWL
       .: . . .....::...::.. .::.::.  .:.::.: ..  :::.: .::::::..:.
CCDS60 VVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWI
             90       100       110       120       130       140  

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB4 PEIVLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFR
       :.::: :: ::.:.:.. ... ..  :.: :.:::::.: :...::.:::: :::.. : 
CCDS60 PDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFG
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pF1KB4 SQTYNAEEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVI--RRHHGGATDGP
       : ::.  ..        : . ...  .: . : :.:::::    :.   ...   :   :
CCDS60 SWTYDKAKI--------DLEQMEQT-VDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYP
            210                220       230       240       250   

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pF1KB4 GETDVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTV
          :: :...::: ::::.::.:.::.::: :..:...::.. : .: :. :.:::. ::
CCDS60 ---DVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCG-EKITLCISVLLSLTV
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         290       300       310       320       330       340     
pF1KB4 FLFLIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHV
       ::.::.. :: ::: .::.:..:.:.:. .:: ..  :.:::: .:.:.::.:   .: .
CCDS60 FLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGA
     310       320       330       340       350       360         

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pF1KB4 LLELLPR--LLGSPPPPEA---P-RAA-SPPRRASSVGLLLRAEELILKK----------
       ::  .::  :.. ::::     : :   ::  .    ..  . .:.....          
CCDS60 LLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHV
     370       380       390       400       410       420         

       390        400         410         420       430       440  
pF1KB4 -PR-SELVFEGQRHR--QGTWTAAFCQSLGAA--APEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGE
        :  . :  .:. :   .:  . :. :  :    .:...  ...:...:.  :...: . 
CCDS60 APSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQE-GELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSS
     430       440       450        460       470       480        

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pF1KB4 EVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
          ::  .. ..: : .:  ...  .:.  .::  ..              
CCDS60 VKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI          
      490       500       510       520                   

>>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20             (627 aa)
 initn: 801 init1: 503 opt: 514  Z-score: 549.6  bits: 111.5 E(32554): 2.7e-24
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                        10        20             30        40      
pF1KB4          MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNE-----ELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPE
                    :: .::  ::: :. .. :     : :: ..::..:.  :::: .  
CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLL-RASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANIS
               10        20         30        40        50         

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB4 DTVTISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVW
       :.: . . .....::...::.. .::.::.  .:.::.: ..  :. .. ..:.::::.:
CCDS13 DVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIW
      60        70        80        90       100       110         

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB4 LPEIVLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIF
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CCDS13 RPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKF
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