FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4192, 493 aa 1>>>pF1KB4192 493 - 493 aa - 493 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4674+/-0.000736; mu= 13.4748+/- 0.045 mean_var=86.9551+/-17.596, 0's: 0 Z-trim(111.4): 65 B-trim: 431 in 1/51 Lambda= 0.137539 statistics sampled from 12299 (12364) to 12299 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.713), E-opt: 0.2 (0.38), width: 16 Scan time: 3.600 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 ( 493) 3294 663.1 1.9e-190 CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2 ( 517) 1407 288.7 1e-77 CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 517) 1308 269.0 8.5e-72 CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 ( 502) 1132 234.1 2.7e-61 CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 ( 501) 1103 228.4 1.5e-59 CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 498) 557 120.0 6e-27 CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 ( 502) 552 119.0 1.2e-26 CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 545 117.6 3.1e-26 CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 536 115.9 1.1e-25 CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 514 111.5 2.7e-24 CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 504 109.5 8.1e-24 CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 504 109.5 8.6e-24 CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 504 109.5 8.8e-24 CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 468) 486 105.9 9.8e-23 CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 457) 475 103.7 4.4e-22 CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 463 101.4 2.4e-21 CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11 ( 450) 451 99.0 1.2e-20 CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 449 98.6 1.6e-20 CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 448 98.4 1.8e-20 CCDS8366.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 516) 448 98.4 2e-20 CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 446 98.0 2.6e-20 CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 502) 428 94.4 3e-19 CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15 ( 531) 417 92.2 1.5e-18 CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 479) 412 91.2 2.6e-18 CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11 ( 441) 381 85.1 1.7e-16 CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 441) 360 80.9 3.1e-15 CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 360 80.9 3.2e-15 CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 321) 354 79.7 5.4e-15 CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15 ( 412) 354 79.7 6.7e-15 CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2 ( 482) 354 79.7 7.7e-15 CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 471) 340 76.9 5.2e-14 CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 456) 338 76.5 6.6e-14 CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3 ( 447) 336 76.1 8.6e-14 CCDS58871.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3 ( 482) 312 71.4 2.5e-12 CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15 ( 160) 295 67.8 9.7e-12 CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 ( 231) 295 67.9 1.3e-11 >>CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17 (493 aa) initn: 3294 init1: 3294 opt: 3294 Z-score: 3532.5 bits: 663.1 E(32554): 1.9e-190 Smith-Waterman score: 3294; 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CCDS33 VFEVALYCNVLVSPDGCIYWLPPAIFRSACSISVTYFPFDWQNCSLIFQSQTYSTNEIDL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 TFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRR .. ..::.::. : :: ::.::::::::. :. . .. .. :. :.. :.:.: CCDS33 QLS-QEDGQTIEWIFIDPEAFTENGEWAIQHRPAKMLLDPAAPAQEAGHQKVVFYLLIQR 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 KPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETS ::::::::::.::::::....: .::::.::::::::.:::::::::::::.:.:.:::: CCDS33 KPLFYVINIIAPCVLISSVAILIHFLPAKAGGQKCTVAINVLLAQTVFLFLVAKKVPETS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 LSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPP .:::....: :..::. :::.: :.::::: :.: ::.:. .:.:.:.:::.:: CCDS33 QAVPLISKYLTFLLVVTILIVVNAVVVLNVSLRSPHTHSMARGVRKVFLRLLPQLLRMHV 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB4 PPEAPRAASPPR---RASSVGL-LLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA------ : :: :.. . . .: : . .::. : :::::.:. : .::: .:: CCDS33 RPLAPAAVQDTQSRLQNGSSGWSITTGEEVALCLPRSELLFQ-QWQRQGLVAAALEKLEK 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB4 --------FCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFW :: :: ::: .. ::.: :..: . ..: . .: .: .:: .:: CCDS33 GPELGLSQFCGSLKQAAPAIQACVEACNLIACARHQQSHFDNGNEEWFLVGRVLDRVCFL 420 430 440 450 460 470 470 480 490 pF1KB4 AALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP : : :: :.. ::: :..:::: ::. .: CCDS33 AMLSLFICGTAGIFLMAHYNRVPALPFPGDPRPYLPSPD 480 490 500 510 >>CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (517 aa) initn: 1424 init1: 582 opt: 1308 Z-score: 1402.4 bits: 269.0 E(32554): 8.5e-72 Smith-Waterman score: 1432; 46.1% identity (73.8% similar) in 497 aa overlap (6-487:8-502) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKVT ::.: :.. : . : ::: :: .:::.. :. ::: . :..: ..: .: CCDS24 MEGPVLTLGLLAALAVCG-SWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 LTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNI :.:::::.: ::::::.::: : : ::... ..::.: .::.: ..::::::::::: CCDS24 LSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 DGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEV ::.: ..:. :::::. : : ::::::.:: : . ::::::::::::: : : :.:.:. CCDS24 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 EFTFAVD-NDGKT--INKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS ... : ....: .. : :: :..:::::: : :. . . :.:.. :. . CCDS24 TLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFY 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK ::::::::::.:::.::::::: .: :...:::..: .: .:.:.:::::.:::.::... CCDS24 LIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSG-EKTSVAISVLLAQSVFLLLISKR 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL .: ::...::.:.::.: ::..:..:. ::::::. :::.::..: .....:: ::.: CCDS24 LPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPEL 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB4 LG-SPPPPEAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWT------ : : : ..: .. ::.::.: . .::: .: : ::.:.:: : .:.: CCDS24 LHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTAR 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB4 ---AAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAAL :. :. :.. ::..::... :::. .:: ..: :.. ..: .:.... CCDS24 RPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVT 420 430 440 450 460 470 470 480 490 pF1KB4 VLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP .. ::.. ::: . .:. : :. CCDS24 PVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI 480 490 500 510 >>CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2 (502 aa) initn: 1304 init1: 462 opt: 1132 Z-score: 1213.9 bits: 234.1 E(32554): 2.7e-61 Smith-Waterman score: 1339; 44.1% identity (71.6% similar) in 497 aa overlap (6-487:8-487) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKVT ::.: :.. : . : ::: :: .:::.. :. ::: . :..: ..: .: CCDS58 MEGPVLTLGLLAALAVCG-SWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 LTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNI :.:::::. : : ::... ..::.: .::.: ..::::::::::: CCDS58 LSNLISLG---------------WTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNN 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 DGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEV ::.: ..:. :::::. : : ::::::.:: : . ::::::::::::: : : :.:.:. CCDS58 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 EFTFAVD-NDGKT--INKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS ... : ....: .. : :: :..:::::: : :. . . :.:.. :. . CCDS58 TLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFY 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK ::::::::::.:::.::::::: .: :...:::..: .: .:.:.:::::.:::.::... CCDS58 LIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSG-EKTSVAISVLLAQSVFLLLISKR 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL .: ::...::.:.::.: ::..:..:. ::::::. :::.::..: .....:: ::.: CCDS58 LPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFLETLPEL 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 pF1KB4 LG-SPPPPEAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWT------ : : : ..: .. ::.::.: . .::: .: : ::.:.:: : .:.: CCDS58 LHMSRPAEDGPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHGLARRLTTAR 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KB4 ---AAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAAL :. :. :.. ::..::... :::. .:: ..: :.. ..: .:.... CCDS58 RPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTVDRLCLFVVT 410 420 430 440 450 460 470 480 490 pF1KB4 VLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP .. ::.. ::: . .:. : :. CCDS58 PVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI 470 480 490 500 >>CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17 (501 aa) initn: 986 init1: 625 opt: 1103 Z-score: 1182.8 bits: 228.4 E(32554): 1.5e-59 Smith-Waterman score: 1217; 39.9% identity (69.3% similar) in 499 aa overlap (5-487:3-500) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGR----GV-GKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKV : ..:.::: :: :: :.. : :: ..::..:: . ::.:: : : .:. . CCDS11 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 TLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENN :..:::::::.: ..:.:.. ..: ::::... . ::..::. .: ::::..:: :: CCDS11 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 IDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEE ::.: :: : .:.: ::: : ::.:::: :...:::::::::::...: : .:.. : CCDS11 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 VEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDG-PGET-DVIYS : . .. ::. ..: : .. :::.: : :. . . : : :. .::. CCDS11 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFY 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK ::::::::::..:.:.::.::. :......:: .:: .: .:: .::. ::::.:.:.: CCDS11 LIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAG-EKMGLSIFALLTLTVFLLLLADK 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL .::::::::.. ..:.:.::..:. :. :.:::. .:.: :: : .:..... :: CCDS11 VPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLY 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB4 LG-SPPPPEAPRAASPPRRAS-SVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA--- : . : :: ::. .: . : ..: ...:: :...: . : .: CCDS11 LRLKRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLR 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KB4 -FCQSLGAAA---PEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALV : .. . :. ::.: :......:.. ..:: :: .. ..: . .:. .. CCDS11 RFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFII 420 430 440 450 460 470 470 480 490 pF1KB4 LFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP . :::. .::: : .. : :. CCDS11 FTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP 480 490 500 >>CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15 (498 aa) initn: 946 init1: 508 opt: 557 Z-score: 597.3 bits: 120.0 E(32554): 6e-27 Smith-Waterman score: 1070; 36.1% identity (66.0% similar) in 512 aa overlap (1-488:1-494) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MARAPLGVLLLL-GLLGRGVGK--NEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKV : ::: ::..: .: ::: . : : .:. :.:. :. ::. . ..:.:.. CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCGRGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKLQL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 TLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENN .:..:::.::.:. .::.::. .: ::::..... . :.. ::.:.. .:::.::: :: CCDS10 SLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLYNN 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 IDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEE :: . :. .:..: .::: :::::::.:.: .:: ::::: :::.: ::: ::. : CCDS10 ADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDHTE 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 VEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLI ..... . . . . .: .::: : :: :. . : :. .:: :..: CCDS10 IDMVLMTPT---------ASMDDFTPSGEWDIVALPG---RRTVNPQD-PSYVDVTYDFI 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 IRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIP :.::::::.::.:.:::: . :..:...::.. : .: :. :.:::: : ::.::.. .: CCDS10 IKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCG-EKMTLCISVLLALTFFLLLISKIVP 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 ETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLL- :::.:::.:..:.:.::..:. ... : :::: .:.:.::.:.: ... .:. :: .: CCDS10 PTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPTFLF 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 pF1KB4 -GSPPPPEAPRAASPPRRA----------SSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQG : : .: : :: .. :. . .. . . .: : ... : CCDS10 MKRPGPDSSPARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYGNSMYFVNPASA----ASKSPAG 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KB4 TWTAA-----FCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNIC . .: . .: : .:. ...:.:.:. .... : :: .. ..: . CCDS10 STPVAIPRDFWLRSSGRFRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKYVAMVVDRLF 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 pF1KB4 FWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNR--VPDLPYAPCIQP .:. . . .:. .:: :. . . ::: CCDS10 LWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD 470 480 490 >>CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1 (502 aa) initn: 837 init1: 500 opt: 552 Z-score: 591.9 bits: 119.0 E(32554): 1.2e-26 Smith-Waterman score: 1069; 38.0% identity (65.8% similar) in 500 aa overlap (1-479:1-483) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MAR--APLGVLLLLGLLG--RGV-GKNEELRLYHHLFN--NYDPGSRPVREPEDTVTISL ::: .:...:: .::: :: : . : :: .::.. :. ::. . . ::..: CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLLRLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTVQL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 KVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLE :.:..:::..:.:. .::.::. .:.::::... ..: ... .:.::. .:::..:: CCDS10 MVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVVLY 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 NNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNA :: ::.. :.. .:..: ::. :::::::.:.: .:: .:::: :::.. ::: ::. CCDS10 NNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTYDR 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 EEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS :..... . . ..: : .: .::: : :: ::... : .:. :. CCDS10 TEIDLVLKSE-----VASLD-D---FTPSGEWDIVALPG--RRNEN--PDDSTYVDITYD 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK .:::::::::.::.:.:::::..:..:...::.. : .: :. :.:::: ::::.::.. CCDS10 FIIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCG-EKMTLCISVLLALTVFLLLISKI 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL .: :::.:::.:..:.:.::..:. ... : :::: .:.::::.:.: .. :.:: :: : CCDS10 VPPTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPAL 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 pF1KB4 LGSPPPP-----EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA : : . : :. ..: :. : : : .. :: : CCDS10 LFMQQPRHHCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREA---PGADSCTCFVNRASVQGLAGAF 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KB4 FCQSLGAAAPE---------VRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICF . .:.: .: ::.: :.:. :... :: .. ..: . . CCDS10 GAEPAPVAGPGRSGEPCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFL 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 pF1KB4 WAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP : . . :. .:: : CCDS10 WIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK 470 480 490 500 >>CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 (494 aa) initn: 1017 init1: 487 opt: 545 Z-score: 584.5 bits: 117.6 E(32554): 3.1e-26 Smith-Waterman score: 988; 37.1% identity (66.5% similar) in 474 aa overlap (19-475:29-484) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVT :: : ::.:.::..:. :::.. : :: CCDS61 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVFTPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPVT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 ISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEI . ..:..:.: ...: .. . :..:. :.::.: .. .. ::::::::.. .: :.: CCDS61 VHFEVAITQLANVDEVNQIMETNLWLRHIWNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPDI 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 VLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQT :: :: :.: : ...:. .: .:: ::::..: : ...:.:::: ::::: : : : CCDS61 VLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSWT 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 pF1KB4 YNAEEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGE--T :. :... . : .:.:.. . ::.:: : : .: . : : CCDS61 YDKAEIDLLII----G---SKVDMND--FWENSEWEIIDASGY---KHDIKYNCCEEIYT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KB4 DVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLF :. ::. ::: :.::.::.:.::..:: :..:...::.. : .: :. :.:::. ::::. CCDS61 DITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCG-EKVTLCISVLLSLTVFLL 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KB4 LIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPR-LRHVLL .:.. :: ::: :::.:..:.:.:. .:: .. :.:::. ::::::.: :: .. :.: CCDS61 VITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTM-PRWVKTVFL 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KB4 ELLPRLLGSPPPPEAPRA----ASP---PRRASSVGLLLRAEELILKK-----PRSELVF .:::..: : . :. : : :: .. : ..: ::. .::. CCDS61 KLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECFHCHKSNELAT 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KB4 EGQR--HRQGTWTAAFCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNA .: :. :.. . .:::. ...:.:.::. .... : : .:: .. . CCDS61 SKRRLSHQPLQWVVENSEH----SPEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWKYVAMV 410 420 430 440 450 460 460 470 480 490 pF1KB4 LDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP .: . .:. ... :.. .:: CCDS61 VDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS 470 480 490 >>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 (529 aa) initn: 839 init1: 536 opt: 536 Z-score: 574.4 bits: 115.9 E(32554): 1.1e-25 Smith-Waterman score: 1025; 35.9% identity (66.9% similar) in 487 aa overlap (18-479:53-525) 10 20 30 40 pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPED : . : ::..::: .:. .::: . : CCDS60 PAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVPNTSD 30 40 50 60 70 80 50 60 70 80 90 100 pF1KB4 TVTISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWL .: . . .....::...::.. .::.::. .:.::.: .. :::.: .::::::..:. CCDS60 VVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSEMIWI 90 100 110 120 130 140 110 120 130 140 150 160 pF1KB4 PEIVLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFR :.::: :: ::.:.:.. ... .. :.: :.:::::.: :...::.:::: :::.. : CCDS60 PDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCKMKFG 150 160 170 180 190 200 170 180 190 200 210 220 pF1KB4 SQTYNAEEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVI--RRHHGGATDGP : ::. .. : . ... .: . : :.::::: :. ... : : CCDS60 SWTYDKAKI--------DLEQMEQT-VDLKDYWESGEWAIVNATGTYNSKKYDCCAEIYP 210 220 230 240 250 230 240 250 260 270 280 pF1KB4 GETDVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTV :: :...::: ::::.::.:.::.::: :..:...::.. : .: :. :.:::. :: CCDS60 ---DVTYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSDCG-EKITLCISVLLSLTV 260 270 280 290 300 290 300 310 320 330 340 pF1KB4 FLFLIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHV ::.::.. :: ::: .::.:..:.:.:. .:: .. :.:::: .:.:.::.: .: . CCDS60 FLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPSTHTMPHWVRGA 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 pF1KB4 LLELLPR--LLGSPPPPEA---P-RAA-SPPRRASSVGLLLRAEELILKK---------- :: .:: :.. :::: : : :: . .. . .:..... CCDS60 LLGCVPRWLLMNRPPPPVELCHPLRLKLSPSYHWLESNVDAEEREVVVEEEDRWACAGHV 370 380 390 400 410 420 390 400 410 420 430 440 pF1KB4 -PR-SELVFEGQRHR--QGTWTAAFCQSLGAA--APEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGE : . : .:. : .: . :. : : .:... ...:...:. :...: . CCDS60 APSVGTLCSHGHLHSGASGPKAEALLQE-GELLLSPHMQKALEGVHYIADHLRSEDADSS 430 440 450 460 470 480 450 460 470 480 490 pF1KB4 EVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP :: .. ..: : .: ... .:. .:: .. CCDS60 VKEDWKYVAMVIDRIFLWLFIIVCFLGTIGLFLPPFLAGMI 490 500 510 520 >>CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 (627 aa) initn: 801 init1: 503 opt: 514 Z-score: 549.6 bits: 111.5 E(32554): 2.7e-24 Smith-Waterman score: 946; 41.5% identity (73.9% similar) in 357 aa overlap (5-354:14-356) 10 20 30 40 pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNE-----ELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPE :: .:: ::: :. .. : : :: ..::..:. :::: . CCDS13 MELGGPGAPRLLPPLLLLLGTGLL-RASSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANIS 10 20 30 40 50 50 60 70 80 90 100 pF1KB4 DTVTISLKVTLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVW :.: . . .....::...::.. .::.::. .:.::.: .. :. .. ..:.::::.: CCDS13 DVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYENVTSIRIPSELIW 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KB4 LPEIVLENNIDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIF :.::: :: ::.:.:.. ... ... : : : :::::.: :...::.:::: :::.. : CCDS13 RPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKF 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KB4 RSQTYNAEEVEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVI--RRHHGGATDG : ::. ..... : . ....: . :.:::.: :. :... : CCDS13 GSWTYDKAKIDLV----NMHSRVDQLD-----FWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIY 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KB4 PGETDVIYSLIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQT : :. :...::: ::::.::.:.::.::: :..:...::.. : .: :. :.:::. : CCDS13 P---DITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFYLPSECG-EKITLCISVLLSLT 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KB4 VFLFLIAQKIPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRH :::.::.. :: ::: .::.:..:.:.:. .:: .. :.:::: .:.: ::.: .:. CCDS13 VFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRR 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KB4 VLLELLPRLLGSPPPPEAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGT :.:...:::: CCDS13 VFLDIVPRLLLMKRPSVVKDNCRRLIESMHKMASAPRFWPEPEGEPPATSGTQSLHPPSP 350 360 370 380 390 400 493 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 13:58:04 2016 done: Sun Nov 6 13:58:04 2016 Total Scan time: 3.600 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]