Result of FASTA (omim) for
pF1KB4192
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4192, 493 aa
1>>>pF1KB4192 493 - 493 aa - 493 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2773+/-0.0003; mu= 14.5503+/- 0.019
mean_var=89.7557+/-17.962, 0's: 0 Z-trim(118.6): 141 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.135376
statistics sampled from 31648 (31793) to 31648 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.373), width: 16
Scan time: 9.500
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_000071 (OMIM: 100725,605809,608931,616324) acet ( 493) 3294 653.0 5.4e-187
XP_016879604 (OMIM: 100725,605809,608931,616324) P ( 481) 3204 635.5 1e-181
NP_005190 (OMIM: 100730,253290,265000) acetylcholi ( 517) 1407 284.5 4.9e-76
NP_000742 (OMIM: 100720,253290,616321,616322,61632 ( 517) 1308 265.2 3.2e-70
NP_001243586 (OMIM: 100720,253290,616321,616322,61 ( 502) 1132 230.8 7.1e-60
NP_000738 (OMIM: 100710,616313,616314) acetylcholi ( 501) 1103 225.1 3.6e-58
NP_001298125 (OMIM: 100720,253290,616321,616322,61 ( 416) 959 197.0 8.9e-50
XP_011508826 (OMIM: 100720,253290,616321,616322,61 ( 390) 659 138.4 3.7e-32
XP_016877378 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 449) 557 118.5 4.1e-26
XP_016877377 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 462) 557 118.5 4.2e-26
XP_016877376 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 463) 557 118.5 4.2e-26
NP_000741 (OMIM: 118509) neuronal acetylcholine re ( 498) 557 118.5 4.5e-26
NP_000739 (OMIM: 118507,605375) neuronal acetylcho ( 502) 552 117.5 8.9e-26
NP_004189 (OMIM: 606888) neuronal acetylcholine re ( 494) 545 116.1 2.3e-25
XP_006716345 (OMIM: 118502,610353) PREDICTED: neur ( 529) 536 114.4 8.1e-25
NP_000733 (OMIM: 118502,610353) neuronal acetylcho ( 529) 536 114.4 8.1e-25
XP_011542690 (OMIM: 118502,610353) PREDICTED: neur ( 529) 536 114.4 8.1e-25
XP_011519488 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 495) 523 111.9 4.4e-24
XP_011519489 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 495) 523 111.9 4.4e-24
NP_000735 (OMIM: 118504,188890,600513) neuronal ac ( 627) 514 110.1 1.8e-23
XP_016877374 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 468) 509 109.1 2.8e-23
XP_016877375 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 468) 509 109.1 2.8e-23
NP_000740 (OMIM: 118508) neuronal acetylcholine re ( 458) 504 108.1 5.5e-23
NP_001160166 (OMIM: 118503,612052) neuronal acetyl ( 489) 504 108.1 5.8e-23
NP_000734 (OMIM: 118503,612052) neuronal acetylcho ( 505) 504 108.1 5.9e-23
XP_016855669 (OMIM: 118507,605375) PREDICTED: neur ( 332) 499 107.1 8.2e-23
XP_011519494 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 316) 495 106.3 1.3e-22
XP_005254199 (OMIM: 118505,612052) PREDICTED: neur ( 243) 486 104.5 3.6e-22
XP_016877370 (OMIM: 118505,612052) PREDICTED: neur ( 245) 486 104.5 3.7e-22
NP_000736 (OMIM: 118505,612052) neuronal acetylcho ( 468) 486 104.6 6.3e-22
XP_016868493 (OMIM: 118502,610353) PREDICTED: neur ( 331) 481 103.6 9.3e-22
XP_011542691 (OMIM: 118502,610353) PREDICTED: neur ( 331) 481 103.6 9.3e-22
XP_016868492 (OMIM: 118502,610353) PREDICTED: neur ( 370) 481 103.6 1e-21
XP_005273454 (OMIM: 118502,610353) PREDICTED: neur ( 370) 481 103.6 1e-21
NP_000070 (OMIM: 100690,253290,601462,608930) acet ( 457) 475 102.5 2.8e-21
NP_060051 (OMIM: 605116) neuronal acetylcholine re ( 479) 463 100.1 1.5e-20
NP_001243502 (OMIM: 118504,188890,600513) neuronal ( 451) 458 99.1 2.7e-20
XP_016883114 (OMIM: 118504,188890,600513) PREDICTE ( 451) 458 99.1 2.7e-20
XP_016858746 (OMIM: 100690,253290,601462,608930) P ( 464) 458 99.1 2.8e-20
XP_011526826 (OMIM: 118504,188890,600513) PREDICTE ( 556) 458 99.2 3.3e-20
NP_001298124 (OMIM: 100720,253290,616321,616322,61 ( 323) 452 97.9 4.6e-20
NP_065135 (OMIM: 606372) neuronal acetylcholine re ( 450) 451 97.8 7e-20
NP_000860 (OMIM: 182139) 5-hydroxytryptamine recep ( 484) 449 97.4 9.8e-20
NP_001155244 (OMIM: 182139) 5-hydroxytryptamine re ( 463) 448 97.2 1.1e-19
NP_998786 (OMIM: 182139) 5-hydroxytryptamine recep ( 516) 448 97.2 1.2e-19
NP_001269384 (OMIM: 118502,610353) neuronal acetyl ( 514) 446 96.8 1.5e-19
XP_011519493 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 424) 431 93.8 1e-18
XP_011519492 (OMIM: 118509) PREDICTED: neuronal ac ( 424) 431 93.8 1e-18
XP_011519480 (OMIM: 118511,612001) PREDICTED: neur ( 380) 428 93.2 1.4e-18
NP_000737 (OMIM: 118511,612001) neuronal acetylcho ( 502) 428 93.3 1.7e-18
>>NP_000071 (OMIM: 100725,605809,608931,616324) acetylch (493 aa)
initn: 3294 init1: 3294 opt: 3294 Z-score: 3478.2 bits: 653.0 E(85289): 5.4e-187
Smith-Waterman score: 3294; 100.0% identity (100.0% similar) in 493 aa overlap (1-493:1-493)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_000 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB4 RVPDLPYAPCIQP
:::::::::::::
NP_000 RVPDLPYAPCIQP
490
>>XP_016879604 (OMIM: 100725,605809,608931,616324) PREDI (481 aa)
initn: 3204 init1: 3204 opt: 3204 Z-score: 3383.3 bits: 635.5 E(85289): 1e-181
Smith-Waterman score: 3204; 100.0% identity (100.0% similar) in 478 aa overlap (16-493:4-481)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MQRGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLTNL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDGQF
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEFTF
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 AVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRRKP
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETSLS
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPPPP
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EAPRAASPPRRASSVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAAFCQSLGAAAPEV
350 360 370 380 390 400
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALVLFSVGSSLIFLGAYFN
410 420 430 440 450 460
490
pF1KB4 RVPDLPYAPCIQP
:::::::::::::
XP_016 RVPDLPYAPCIQP
470 480
>>NP_005190 (OMIM: 100730,253290,265000) acetylcholine r (517 aa)
initn: 1608 init1: 695 opt: 1407 Z-score: 1486.1 bits: 284.5 E(85289): 4.9e-76
Smith-Waterman score: 1601; 50.7% identity (74.7% similar) in 509 aa overlap (3-493:5-511)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKVTLT
..:: .::::.. . :.:.: :: :..::::. ::... :.:..:::.:::
NP_005 MHGGQGPLLLLLLLAVCLGAQGRNQEERLLADLMQNYDPNLRPAERDSDVVNVSLKLTLT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 NLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNIDG
:::::::.::.:::.::: ..: :::: .. :. :. .::::: .:: :.::::::.::
NP_005 NLISLNEREEALTTNVWIEMQWCDYRLRWDPRDYEGLWVLRVPSTMVWRPDIVLENNVDG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 QFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEVEF
: :: :::: : . ::::::.::.:.. :::::::::::::::.::::...:...
NP_005 VFEVALYCNVLVSPDGCIYWLPPAIFRSACSISVTYFPFDWQNCSLIFQSQTYSTNEIDL
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 TFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYSLIIRR
.. ..::.::. : :: ::.::::::::. :. . .. .. :. :.. :.:.:
NP_005 QLS-QEDGQTIEWIFIDPEAFTENGEWAIQHRPAKMLLDPAAPAQEAGHQKVVFYLLIQR
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 KPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQKIPETS
::::::::::.::::::....: .::::.::::::::.:::::::::::::.:.:.::::
NP_005 KPLFYVINIIAPCVLISSVAILIHFLPAKAGGQKCTVAINVLLAQTVFLFLVAKKVPETS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 LSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRLLGSPP
.:::....: :..::. :::.: :.::::: :.: ::.:. .:.:.:.:::.::
NP_005 QAVPLISKYLTFLLVVTILIVVNAVVVLNVSLRSPHTHSMARGVRKVFLRLLPQLLRMHV
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB4 PPEAPRAASPPR---RASSVGL-LLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA------
: :: :.. . . .: : . .::. : :::::.:. : .::: .::
NP_005 RPLAPAAVQDTQSRLQNGSSGWSITTGEEVALCLPRSELLFQ-QWQRQGLVAAALEKLEK
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 --------FCQSLGAAAPEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFW
:: :: ::: .. ::.: :..: . ..: . .: .: .:: .::
NP_005 GPELGLSQFCGSLKQAAPAIQACVEACNLIACARHQQSHFDNGNEEWFLVGRVLDRVCFL
420 430 440 450 460 470
470 480 490
pF1KB4 AALVLFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
: : :: :.. ::: :..:::: ::. .:
NP_005 AMLSLFICGTAGIFLMAHYNRVPALPFPGDPRPYLPSPD
480 490 500 510
>>NP_000742 (OMIM: 100720,253290,616321,616322,616323) a (517 aa)
initn: 1424 init1: 582 opt: 1308 Z-score: 1381.6 bits: 265.2 E(85289): 3.2e-70
Smith-Waterman score: 1432; 46.1% identity (73.8% similar) in 497 aa overlap (6-487:8-502)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MARAPLGVLLLLGLLGRGVGKNEELRLYHHLFNN--YDPGSRPVREPEDTVTISLKVT
::.: :.. : . : ::: :: .:::.. :. ::: . :..: ..: .:
NP_000 MEGPVLTLGLLAALAVCG-SWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALALT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 LTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENNI
:.:::::.: ::::::.::: : : ::... ..::.: .::.: ..:::::::::::
NP_000 LSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENNN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEEV
::.: ..:. :::::. : : ::::::.:: : . ::::::::::::: : : :.:.:.
NP_000 DGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKEI
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EFTFAVD-NDGKT--INKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDGPGETDVIYS
... : ....: .. : :: :..:::::: : :. . . :.:.. :. .
NP_000 TLSLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEGFTENGEWEIVHRPARVNVDPRAPLDSPSRQDITFY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]