Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4216
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4216, 1141 aa
1>>>pF1KB4216 1141 - 1141 aa - 1141 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1762+/-0.00124; mu= 0.5238+/- 0.074
mean_var=289.7087+/-57.887, 0's: 0 Z-trim(110.4): 43 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.075352
statistics sampled from 11569 (11594) to 11569 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.69), E-opt: 0.2 (0.356), width: 16
Scan time: 5.510
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14023.1 SREBF2 gene_id:6721|Hs108|chr22 (1141) 7510 831.2 0
CCDS11189.1 SREBF1 gene_id:6720|Hs108|chr17 (1147) 2037 236.2 3.3e-61
CCDS32583.1 SREBF1 gene_id:6720|Hs108|chr17 (1177) 2017 234.1 1.5e-60
>>CCDS14023.1 SREBF2 gene_id:6721|Hs108|chr22 (1141 aa)
initn: 7510 init1: 7510 opt: 7510 Z-score: 4427.9 bits: 831.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7510; 100.0% identity (100.0% similar) in 1141 aa overlap (1-1141:1-1141)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDDSGELGGLETMETLTELGDELTLGDIDEMLQFVSNQVGEFPDLFSEQLCSSFPGSGGS
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CCDS14 MDDSGELGGLETMETLTELGDELTLGDIDEMLQFVSNQVGEFPDLFSEQLCSSFPGSGGS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 GSSSGSSGSSSSSSNGRGSSSGAVDPSVQRSFTQVTLPSFSPSAASPQAPTLQVKVSPTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GSSSGSSGSSSSSSNGRGSSSGAVDPSVQRSFTQVTLPSFSPSAASPQAPTLQVKVSPTS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 VPTTPRATPILQPRPQPQPQPQTQLQQQTVMITPTFSTTPQTRIIQQPLIYQNAATSFQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VPTTPRATPILQPRPQPQPQPQTQLQQQTVMITPTFSTTPQTRIIQQPLIYQNAATSFQV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LQPQVQSLVTSSQVQPVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPATVQTVAAPQVQQVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LQPQVQSLVTSSQVQPVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPATVQTVAAPQVQQVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 VLVQPQIIKTDSLVLTTLKTDGSPVMAAVQNPALTALTTPIQTAALQVPTLVGSSGTILT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLVQPQIIKTDSLVLTTLKTDGSPVMAAVQNPALTALTTPIQTAALQVPTLVGSSGTILT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQLEPPKEGERRTTHNIIEKRYRSSINDKIIELKDLVMGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQLEPPKEGERRTTHNIIEKRYRSSINDKIIELKDLVMGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 DAKMHKSGVLRKAIDYIKYLQQVNHKLRQENMVLKLANQKNKLLKGIDLGSLVDNEVDLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DAKMHKSGVLRKAIDYIKYLQQVNHKLRQENMVLKLANQKNKLLKGIDLGSLVDNEVDLK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 IEDFNQNVLLMSPPASDSGSQAGFSPYSIDSEPGSPLLDDAKVKDEPDSPPVALGMVDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IEDFNQNVLLMSPPASDSGSQAGFSPYSIDSEPGSPLLDDAKVKDEPDSPPVALGMVDRS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 RILLCVLTFLCLSFNPLTSLLQWGGAHDSDQHPHSGSGRSVLSFESGSGGWFDWMMPTLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RILLCVLTFLCLSFNPLTSLLQWGGAHDSDQHPHSGSGRSVLSFESGSGGWFDWMMPTLL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 LWLVNGVIVLSVFVKLLVHGEPVIRPHSRSSVTFWRHRKQADLDLARGDFAAAAGNLQTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LWLVNGVIVLSVFVKLLVHGEPVIRPHSRSSVTFWRHRKQADLDLARGDFAAAAGNLQTC
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 LAVLGRALPTSRLDLACSLSWNVIRYSLQKLRLVRWLLKKVFQCRRATPATEAGFEDEAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LAVLGRALPTSRLDLACSLSWNVIRYSLQKLRLVRWLLKKVFQCRRATPATEAGFEDEAK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 TSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACSDVHMALCAVNLAECAEEKIPPSTLVEIHLTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACSDVHMALCAVNLAECAEEKIPPSTLVEIHLTA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 AMGLKTRCGGKLGFLASYFLSRAQSLCGPEHSAVPDSLRWLCHPLGQKFFMERSWSVKSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AMGLKTRCGGKLGFLASYFLSRAQSLCGPEHSAVPDSLRWLCHPLGQKFFMERSWSVKSA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 AKESLYCAQRNPADPIAQVHQAFCKNLLERAIESLVKPQAKKKAGDQEEESCEFSSALEY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AKESLYCAQRNPADPIAQVHQAFCKNLLERAIESLVKPQAKKKAGDQEEESCEFSSALEY
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 LKLLHSFVDSVGVMSPPLSRSSVLKSALGPDIICRWWTSAITVAISWLQGDDAAVRSHFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LKLLHSFVDSVGVMSPPLSRSSVLKSALGPDIICRWWTSAITVAISWLQGDDAAVRSHFT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 KVERIPKALEVTESPLVKAIFHACRAMHASLPGKADGQQSSFCHCERASGHLWSSLNVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 KVERIPKALEVTESPLVKAIFHACRAMHASLPGKADGQQSSFCHCERASGHLWSSLNVSG
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 ATSDPALNHVVQLLTCDLLLSLRTALWQKQASASQAVGETYHASGAELAGFQRDLGSLRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ATSDPALNHVVQLLTCDLLLSLRTALWQKQASASQAVGETYHASGAELAGFQRDLGSLRR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 LAHSFRPAYRKVFLHEATVRLMAGASPTRTHQLLEHSLRRRTTQSTKHGEVDAWPGQRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LAHSFRPAYRKVFLHEATVRLMAGASPTRTHQLLEHSLRRRTTQSTKHGEVDAWPGQRER
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 ATAILLACRHLPLSFLSSPGQRAVLLAEAARTLEKVGDRRSCNDCQQMIVKLGGGTAIAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 ATAILLACRHLPLSFLSSPGQRAVLLAEAARTLEKVGDRRSCNDCQQMIVKLGGGTAIAA
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 S
:
CCDS14 S
>>CCDS11189.1 SREBF1 gene_id:6720|Hs108|chr17 (1147 aa)
initn: 2195 init1: 455 opt: 2037 Z-score: 1212.4 bits: 236.2 E(32554): 3.3e-61
Smith-Waterman score: 2968; 45.8% identity (70.9% similar) in 1159 aa overlap (21-1141:22-1147)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MDDSGELGGLETMETLTELGDELTLGDIDEMLQFVSNQVGEFPDLFSEQLCSSFPGSGG
: : ::..:::...:: ..:: ::. : .:
CCDS11 MDEPPFSEAALEQALGEPCDLDAALLTDIEDMLQLINNQDSDFPGLFD-------PPYAG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 SGSSSGSSGSSSSSSNGRGSSSGAVDPSVQRSFTQVTLPSFSPSAASPQAPT-LQVKVSP
::... . .: ..:: : : :. : ..: .. :. .:: :: :. .:. :
CCDS11 SGAGGTDPASPDTSSPGSLSPPPATLSSSLEAF--LSGPQAAPSPLSPPQPAPTPLKMYP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB4 TSVPTTP------RATP--ILQPRPQPQPQPQTQLQQQ-TVMITPTFSTTPQTRIIQQPL
. .: ...: ::: : ::: : . : :. . : ::.:: . :
CCDS11 SMPAFSPGPGIKEESVPLSILQT-PTPQPLPGALLPQSFPAPAPPQFSSTPVLGYPSPPG
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 IYQNAATSFQVLQPQVQ-SLVTSSQVQPVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPATV
..... .. :: :.. : ::... :::.: :..:: :: : ::.:
CCDS11 GFSTGSPPGNTQQPLPGLPLASPPGVPPVSLHTQVQSVVPQQLLTVTAA---PTAAPVT-
180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 QTVAAPQVQQVPVLVQPQIIKTDSLVLTTLKTDGSPVMAAVQNPALTALTTPIQTAALQV
:... :.::::::.::..::.:::.::..::::. : :: .: ... : .::. :
CCDS11 -TTVTSQIQQVPVLLQPHFIKADSLLLTAMKTDGATVKAAGLSPLVSGTT--VQTGPL--
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 PTLVGSSGTILTTMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQLEPPK-EGERRTTHNIIEKRYRSSIN
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CCDS11 PTLV-SGGTILATVPLVVDAEKLPINRLAAGSKAPASAQSRGEKRTAHNAIEKRYRSSIN
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 DKIIELKDLVMGTDAKMHKSGVLRKAIDYIKYLQQVNHKLRQENMVLKLANQKNKLLKGI
::::::::::.::.::..::.:::::::::..::. :.::.:::. :. : .:.: :: .
CCDS11 DKIIELKDLVVGTEAKLNKSAVLRKAIDYIRFLQHSNQKLKQENLSLRTAVHKSKSLKDL
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450
pF1KB4 DLGSLVDNEVDLKIEDFNQNVL-LMSPPASDSGSQAGFSPYSI------------DSEPG
. ...:. .: . .: ..:: ::.:: :: :. ::::
CCDS11 VSACGSGGNTDVLMEGVKTEVEDTLTPPPSDAGSPFQSSPLSLGSRGSGSGGSGSDSEPD
410 420 430 440 450 460
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 SPLLDDAKVKDEPDSPPVALGMVDRSRILLCVLTFLCLSFNPLTSLLQWGG---AHDSDQ
::...:.:.: : . ::.::::. ::.:.::::: :::.::: : :. .
CCDS11 SPVFEDSKAKPEQRPSLHSRGMLDRSRLALCTLVFLCLSCNPLASLLGARGLPSPSDTTS
470 480 490 500 510 520
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 HPHSGSGRSVLSFESGSG-GWFDWMMPTLLLWLVNGVIVLSVFVKLLVHGEPVIRPHSRS
:: ::.::. :: .: :: .:..: .. ::.::..:: .: :.:.:::: ::::
CCDS11 VYHS-PGRNVLGTESRDGPGWAQWLLPPVV-WLLNGLLVLVSLVLLFVYGEPVTRPHSGP
530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 SVTFWRHRKQADLDLARGDFAAAAGNLQTCLAVLGRALPTSRLDLACSLSWNVIRYSLQK
.: :::::::::::::::::: :: .: : .::: ::::.::::::: ::.::. ::.
CCDS11 AVYFWRHRKQADLDLARGDFAQAAQQLWLALRALGRPLPTSHLDLACSLLWNLIRHLLQR
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KB4 LRLVRWLLKKVFQCRRATPATEAGFEDEAKTSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACSD
: . ::: : . . ... .:..:::::::.::.::::: :: .:. .
CCDS11 LWVGRWLAG-----RAGGLQQDCALRVDASASARDAALVYHKLHQLHTMGK-HTGGHLTA
640 650 660 670 680 690
700 710 720 730 740 750
pF1KB4 VHMALCAVNLAECAEEKIPPSTLVEIHLTAAMGLKTRCGGKLGFLASYFLSRAQSLCGPE
...:: :.:::::: . . .::.::...::. .:: : ::. .::: :.. : .
CCDS11 TNLALSALNLAECAGDAVSVATLAEIYVAAALRVKTSLPRALHFLTRFFLSSARQACLAQ
700 710 720 730 740 750
760 770 780 790 800 810
pF1KB4 HSAVPDSLRWLCHPLGQKFFMERSWSVKSAAKESLYCAQRNPADPIAQVHQAFCKNLLER
..:: ...:::::.:..::.. .::: :. :::: ::.::.::: : : ..::::
CCDS11 SGSVPPAMQWLCHPVGHRFFVDGDWSVLSTPWESLYSLAGNPVDPLAQVTQLFREHLLER
760 770 780 790 800 810
820 830 840 850 860 870
pF1KB4 AIESLVKPQAKKKAGDQEEESCEFSSALEYLKLLHSFVDSVGVMSPPLSRSSVLKSALGP
:.. ...:. . ..: ..: ::.:: ::.::.: :..:. . .: :: . .. :
CCDS11 ALNCVTQPNPSPGSADGDKE---FSDALGYLQLLNSCSDAAGAPAYSFSISSSMATTTGV
820 830 840 850 860
880 890 900 910 920 930
pF1KB4 DIICRWWTSAITVAISWLQGDDAAVRSHFTKVERIPKALEVTESPLVKAIFHACRAMHAS
: . .::.: .:.: ::. :. :.. ::..:..:. .: :: .: .:. .: .:
CCDS11 DPVAKWWASLTAVVIHWLRRDEEAAERLCPLVEHLPRVLQESERPLPRAALHSFKAARAL
870 880 890 900 910 920
940 950 960 970 980
pF1KB4 LP-GKADGQQSSFCHCERASGHLWSSLNVSGATSDPALNHVVQLLTCDLLLSLRTALWQK
: .::.. .:. ::.:::.: .:: .. :.: .....:::. ::::: .::.::..
CCDS11 LGCAKAESGPASLTICEKASGYLQDSLATTPASS--SIDKAVQLFLCDLLLVVRTSLWRQ
930 940 950 960 970 980
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KB4 Q-----ASASQAVGETYHASGAELAGFQRDLGSLRRLAHSFRPAYRKVFLHEATVRLMAG
: : :.:... .::. :: ::::::.::::::.:::::.:.:::::::.:::::
CCDS11 QQPPAPAPAAQGTSSRPQASALELRGFQRDLSSLRRLAQSFRPAMRRVFLHEATARLMAG
990 1000 1010 1020 1030 1040
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KB4 ASPTRTHQLLEHSLRRRTTQSTKHG---EVDAWPGQRERATAILLACRHLPLSFLSSPGQ
::::::::::..:::::. . : : :.. : .::.: :.::: .:: .:::.:::
CCDS11 ASPTRTHQLLDRSLRRRAGPGGKGGAVAELEPRPTRREHAEALLLASCYLPPGFLSAPGQ
1050 1060 1070 1080 1090 1100
1110 1120 1130 1140
pF1KB4 RAVLLAEAARTLEKVGDRRSCNDCQQMIVKLGGGTAIAAS
:. .::::::::::.:::: .:::::...:::::....:
CCDS11 RVGMLAEAARTLEKLGDRRLLHDCQQMLMRLGGGTTVTSS
1110 1120 1130 1140
>>CCDS32583.1 SREBF1 gene_id:6720|Hs108|chr17 (1177 aa)
initn: 2175 init1: 455 opt: 2017 Z-score: 1200.5 bits: 234.1 E(32554): 1.5e-60
Smith-Waterman score: 2948; 45.8% identity (71.1% similar) in 1151 aa overlap (29-1141:60-1177)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MDDSGELGGLETMETLTELGDELTLGDIDEMLQFVSNQVGEFPDLFSEQLCSSFPGSG
..:::...:: ..:: ::. : .
CCDS32 EGEVGAGRGRANGLDAPRAGADRGAMDCTFEDMLQLINNQDSDFPGLFD-------PPYA
30 40 50 60 70 80
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 GSGSSSGSSGSSSSSSNGRGSSSGAVDPSVQRSFTQVTLPSFSPSAASPQAPT-LQVKVS
:::... . .: ..:: : : :. : ..: .. :. .:: :: :. .:.
CCDS32 GSGAGGTDPASPDTSSPGSLSPPPATLSSSLEAF--LSGPQAAPSPLSPPQPAPTPLKMY
90 100 110 120 130 140
120 130 140 150 160
pF1KB4 PTSVPTTP------RATP--ILQPRPQPQPQPQTQLQQQ-TVMITPTFSTTPQTRIIQQP
:. .: ...: ::: : ::: : . : :. . : ::.:: . :
CCDS32 PSMPAFSPGPGIKEESVPLSILQT-PTPQPLPGALLPQSFPAPAPPQFSSTPVLGYPSPP
150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 LIYQNAATSFQVLQPQVQ-SLVTSSQVQPVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPAT
..... .. :: :.. : ::... :::.: :..:: :: : ::.:
CCDS32 GGFSTGSPPGNTQQPLPGLPLASPPGVPPVSLHTQVQSVVPQQLLTVTAA---PTAAPVT
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 VQTVAAPQVQQVPVLVQPQIIKTDSLVLTTLKTDGSPVMAAVQNPALTALTTPIQTAALQ
:... :.::::::.::..::.:::.::..::::. : :: .: ... : .::. :
CCDS32 --TTVTSQIQQVPVLLQPHFIKADSLLLTAMKTDGATVKAAGLSPLVSG--TTVQTGPL-
260 270 280 290 300 310
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 VPTLVGSSGTILTTMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQLEPPK-EGERRTTHNIIEKRYRSSI
:::: :.::::.:.:... ::.::... .: : . .::.::.:: :::::::::
CCDS32 -PTLV-SGGTILATVPLVVDAEKLPINRLAAGSKAPASAQSRGEKRTAHNAIEKRYRSSI
320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 NDKIIELKDLVMGTDAKMHKSGVLRKAIDYIKYLQQVNHKLRQENMVLKLANQKNKLLKG
:::::::::::.::.::..::.:::::::::..::. :.::.:::. :. : .:.: ::
CCDS32 NDKIIELKDLVVGTEAKLNKSAVLRKAIDYIRFLQHSNQKLKQENLSLRTAVHKSKSLKD
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450
pF1KB4 IDLGSLVDNEVDLKIEDFNQNVL-LMSPPASDSGSQAGFSPYSI------------DSEP
. . ...:. .: . .: ..:: ::.:: :: :. ::::
CCDS32 LVSACGSGGNTDVLMEGVKTEVEDTLTPPPSDAGSPFQSSPLSLGSRGSGSGGSGSDSEP
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 GSPLLDDAKVKDEPDSPPVALGMVDRSRILLCVLTFLCLSFNPLTSLLQWGG---AHDSD
::...:.:.: : . ::.::::. ::.:.::::: :::.::: : :.
CCDS32 DSPVFEDSKAKPEQRPSLHSRGMLDRSRLALCTLVFLCLSCNPLASLLGARGLPSPSDTT
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560
pF1KB4 QHPHSGSGRSVLSFESGSG-GWFDWMMPTLLLWLVNGVIVLSVFVKLLVHGEPVIRPHSR
. :: ::.::. :: .: :: .:..: .. ::.::..:: .: :.:.:::: ::::
CCDS32 SVYHS-PGRNVLGTESRDGPGWAQWLLPPVV-WLLNGLLVLVSLVLLFVYGEPVTRPHSG
550 560 570 580 590 600
570 580 590 600 610 620
pF1KB4 SSVTFWRHRKQADLDLARGDFAAAAGNLQTCLAVLGRALPTSRLDLACSLSWNVIRYSLQ
.: :::::::::::::::::: :: .: : .::: ::::.::::::: ::.::. ::
CCDS32 PAVYFWRHRKQADLDLARGDFAQAAQQLWLALRALGRPLPTSHLDLACSLLWNLIRHLLQ
610 620 630 640 650 660
630 640 650 660 670 680
pF1KB4 KLRLVRWLLKKVFQCRRATPATEAGFEDEAKTSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACS
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