Result of FASTA (omim) for
pF1KB4218
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4218, 798 aa
1>>>pF1KB4218 798 - 798 aa - 798 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2158+/-0.000447; mu= 20.6179+/- 0.028
mean_var=73.0868+/-14.904, 0's: 0 Z-trim(110.1): 417 B-trim: 8 in 2/53
Lambda= 0.150022
statistics sampled from 17988 (18425) to 17988 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.57), E-opt: 0.2 (0.216), width: 16
Scan time: 12.480
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 pre ( 798) 5163 1127.8 0
NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 prec ( 798) 4054 887.7 0
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 4018 880.0 0
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 3977 871.1 0
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 3977 871.1 0
NP_061755 (OMIM: 606338) protocadherin beta-12 pre ( 795) 3962 867.8 0
NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 prec ( 795) 3931 861.1 0
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 3909 856.4 0
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 3894 853.1 0
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 3885 851.2 0
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 3882 850.5 0
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 3872 848.4 0
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 3867 847.3 0
NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isof ( 794) 3862 846.2 0
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 3839 841.2 0
NP_001290074 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 i ( 658) 3355 736.4 9.4e-212
NP_037472 (OMIM: 606327) protocadherin beta-1 prec ( 818) 2586 570.0 1.4e-161
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 2172 480.4 1.3e-134
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 2172 480.5 1.5e-134
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2113 467.7 9.3e-131
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 2113 467.7 1e-130
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2104 465.7 3.6e-130
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 2104 465.7 4e-130
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 2085 461.6 6.2e-129
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 2085 461.6 6.9e-129
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 2084 461.4 7.2e-129
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 2084 461.4 8e-129
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 2082 460.9 9.7e-129
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 2082 461.0 1.1e-128
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 2065 457.3 1.2e-127
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 2065 457.3 1.4e-127
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 2062 456.6 1.9e-127
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 2062 456.6 2e-127
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 2062 456.7 2.2e-127
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 2062 456.7 2.2e-127
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 2059 456.0 3e-127
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 2059 456.0 3.4e-127
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2055 455.1 5.5e-127
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 2055 455.1 6.1e-127
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 2048 453.6 1.6e-126
NP_061740 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 962) 2048 453.6 1.8e-126
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 2046 453.2 2.2e-126
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 2046 453.2 2.4e-126
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 2045 452.9 2.5e-126
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 2045 453.0 2.8e-126
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 2040 451.9 5.3e-126
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 2040 451.9 5.9e-126
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 2030 449.7 2.4e-125
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 2030 449.7 2.6e-125
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2029 449.5 2.7e-125
>>NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 precurs (798 aa)
initn: 5163 init1: 5163 opt: 5163 Z-score: 6036.3 bits: 1127.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5163; 100.0% identity (100.0% similar) in 798 aa overlap (1-798:1-798)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFRFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFRFE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHFYI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHFYI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPENA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPENA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 SETLVALFSILDQDSGDNGRMICSIQDNLPFFLKPTFKNFFTLVSEKALDRESQAEYNIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SETLVALFSILDQDSGDNGRMICSIQDNLPFFLKPTFKNFFTLVSEKALDRESQAEYNIT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 ITVTDLGTPRLKTEYNITVLLSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITVTDLGTPRLKTEYNITVLLSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 GTNAQVNYSLLPPQDRHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQEFEFRVGATDRGSPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GTNAQVNYSLLPPQDRHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQEFEFRVGATDRGSPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFQVHDTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFQVHDTG
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB4 RNMGEIENFRNSFGLNIQ
::::::::::::::::::
NP_061 RNMGEIENFRNSFGLNIQ
790
>>NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 precurso (798 aa)
initn: 4054 init1: 4054 opt: 4054 Z-score: 4739.1 bits: 887.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4054; 78.8% identity (91.5% similar) in 784 aa overlap (10-793:12-795)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEE
..::::::.::::...:. . ::::::::: ::::::: .:::: . :
NP_061 MEAGEGKERVPKQRQVLIFFVLLGIAQASCQPRHYSVAEETESGSFVANLLKDLGLEIGE
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 LSSREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFR
:. : ::::: .: .:..: ::.:::::::::.:::: :::::: :::.::::::::.
NP_061 LAVRGARVVSKGKKMHLQFDRQTGDLLLNEKLDREELCGPTEPCVLPFQVLLENPLQFFQ
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 FELCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHF
:: ..:.:::::.:::::::.:: :. : :.:::.: :::::::.::::::::::: ::
NP_061 AELRIRDVNDHSPVFLDKEILLKIPESITPGTTFLIERAQDLDVGTNSLQNYTISPNFHF
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 YIKIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDN
.... :: : : :.:::.:::: :.. :.::::::.::::::.:::.:: :.:.:::::
NP_061 HLNLQDSLDGIILPQLVLNRALDREEQPEIRLTLTALDGGSPPRSGTALVRIEVVDINDN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 APEFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPIS
.::: . :::::.::: :.:: .: .::.::: :. :.:::.: .:::::::::... :
NP_061 VPEFAKLLYEVQIPEDSPVGSQVAIVSARDLDIGTNGEISYAFSQASEDIRKTFRLSAKS
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 GEVNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPE
::. ::. :::: ::.::.:::::::::::: :...:.:::.::::::.:.:.. ..:::
NP_061 GELLLRQKLDFESIQTYTVNIQATDGGGLSGTCVVFVQVMDLNDNPPELTMSTLINQIPE
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 NASETLVALFSILDQDSGDNGRMICSIQDNLPFFLKPTFKNFFTLVSEKALDRESQAEYN
: ..::.:.::. : ::::::::.:::::.:::::::. .::.::: :::::...:::
NP_061 NLQDTLIAVFSVSDPDSGDNGRMVCSIQDDLPFFLKPSVENFYTLVISTALDRETRSEYN
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 ITITVTDLGTPRLKTEYNITVLLSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDR
:::::::.::::::::.:::::.::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITITVTDFGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDR
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 DSGTNAQVNYSLLPPQDRHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQEFEFRVGATDRGS
::::::::.:::::::: ::::::::::::::::::::.:::::::: :::::::.::::
NP_061 DSGTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALQSLDYEALQAFEFRVGAADRGS
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 PALSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PALSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQ
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 NAWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATL
:::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::.::::::::::::::::::::
NP_061 NAWLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLRERDAAKQRLVVLVKDNGEPPRSATATL
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 HVLLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
::::::::::::: :::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 HVLLVDGFSQPYLLLPEAAPAQAQADLLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSR
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 AASVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFQVHD
::::::::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ..
NP_061 AASVGRCSVPEGPFPGQMVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGGSGTNEFKFLKPIIPNFVAQG
730 740 750 760 770 780
780 790
pF1KB4 TGRNMGEIENFRNSFGLNIQ
. : .::.::
NP_061 AERVSEANPSFRKSFEFT
790
>>NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 precurs (797 aa)
initn: 4375 init1: 4018 opt: 4018 Z-score: 4697.0 bits: 880.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4018; 77.0% identity (90.6% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MEIRGALDLRKRQVLIFLVLLGLSRAGTESAHYSVAEETEIGSFVANLARDLGLGVEELS
:: .:. . ::::...::::.:.::.:. .::::: . ::::.:::.:::: :.:::
NP_061 MENQGTRTQQIRQVLLLFVLLGMSQAGSETWSFSVAEEMQSGSFVGNLAKDLGLKVRELS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SREARVVSDDNKKYLHLDLLTGNLLLNEKLDRDELCGSTEPCVLHFQVVLENPLQFFRFE
:: :::::.:.:. :.::. ::.:::.: :::.::::: ::::::.::...:: ::...:
NP_061 SRGARVVSNDKKQRLQLDINTGDLLLSETLDREELCGSIEPCVLHLQVLMQNPTQFLQIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LCVKDINDHSPTFLDKEILIKISEGTTVGATFLMESAQDLDVGSNSLQNYTISPNSHFYI
: :.::::::: : .:..:..: :.. :::.::.:::.::::: :....:::::::::.:
NP_061 LQVRDINDHSPIFSEKQMLLEIPENSPVGAVFLLESAKDLDVGINAVKSYTISPNSHFHI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KIPDSSDRKIYPELVLDRALDYEQEAELRLTLTAVDGGSPPKSGTTLVLIKVLDINDNAP
:. : . :::::::.:::::. :: . :.:.::::::.:::.:: . :.:::::.:
NP_061 KMRVIPDNRKYPELVLDKALDYEELPELSFILSALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
:: :..:::.. :. ::: : .:: :::.:. :.: ::: ::::::::::::: :::
NP_061 EFEQAFYEVKIRENSILGSLILIVSAWDLDSGTNGEICYTFSHASEDIRKTFEINQKSGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 VNLRSPLDFEVIQSYTINIQATDGGGLSGKCTLLVKVMDINDNPPEVTISSITKRIPENA
..::.:::::.:.::.: ::::::::: :: :....:.:.::: ::.:.::::. ::::.
NP_061 ITLRAPLDFETIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVIIHVIDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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pF1KB4 RNMGEIENFRNSFGLNIQ
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NP_061 SEVEENPPFQNNLGF
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NP_061 SRSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGE
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NP_061 KISGSDEGMIYPELVLDKALDREEQEELSLTLTALDGGSPSRSGTSTIRIVVLDVNDNVP
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NP_061 IFLRELLDYELVNSYKINIQAMDGGGLSARCTVLIKVLDSNDNPPELIISSLSNSVAENS
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NP_061 KEIEENSTLPNSFGFNY
790
798 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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start: Thu Nov 3 14:36:25 2016 done: Thu Nov 3 14:36:27 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]