Result of FASTA (omim) for
pF1KB4231
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4231, 1849 aa
1>>>pF1KB4231 1849 - 1849 aa - 1849 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
65951994 residues in 93482 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1253+/-0.000384; mu= 21.7312+/- 0.024
mean_var=96.7200+/-18.781, 0's: 0 Z-trim(114.2): 123 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.130412
statistics sampled from 24900 (25023) to 24900 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.268), width: 16
Scan time: 9.510
The best scores are: opt bits E(93482)
XP_005251191 (OMIM: 604141) brefeldin A-inhibited (1849) 12156 2298.8 0
NP_006412 (OMIM: 604141) brefeldin A-inhibited gua (1849) 12156 2298.8 0
XP_005251192 (OMIM: 604141) brefeldin A-inhibited (1843) 12097 2287.7 0
XP_005251193 (OMIM: 604141) brefeldin A-inhibited (1800) 11796 2231.0 0
NP_006411 (OMIM: 605371,608097) brefeldin A-inhibi (1785) 6550 1244.0 0
XP_005260309 (OMIM: 605371,608097) brefeldin A-inh (1784) 6549 1243.8 0
NP_001351969 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 6 ( 399) 656 134.7 2e-30
NP_001351966 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 4 ( 380) 655 134.5 2.2e-30
NP_059430 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 2 [Ho ( 397) 655 134.5 2.3e-30
NP_004753 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 1 [Ho ( 398) 655 134.5 2.3e-30
XP_011523777 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform X2 ( 322) 646 132.7 6.2e-30
XP_011523778 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform X2 ( 322) 646 132.7 6.2e-30
NP_001351968 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 5 ( 338) 646 132.7 6.5e-30
NP_001351970 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 5 ( 338) 646 132.7 6.5e-30
NP_001351967 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 5 ( 338) 646 132.7 6.5e-30
NP_001278947 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3 ( 339) 646 132.7 6.5e-30
NP_001278948 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3 ( 339) 646 132.7 6.5e-30
XP_011523779 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform X4 ( 339) 646 132.7 6.5e-30
NP_004218 (OMIM: 605081) cytohesin-3 isoform a [Ho ( 399) 635 130.7 3.1e-29
XP_006723536 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform X2 ( 394) 617 127.3 3.2e-28
NP_004219 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 2 [Ho ( 399) 617 127.3 3.2e-28
NP_059431 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 1 [Ho ( 400) 617 127.3 3.3e-28
XP_006723535 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform X1 ( 421) 617 127.3 3.4e-28
NP_037517 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 1 [Ho ( 394) 603 124.7 2e-27
XP_011528449 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform X1 ( 337) 589 122.0 1.1e-26
NP_001304953 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 2 ( 337) 589 122.0 1.1e-26
XP_024309613 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma ( 996) 539 112.9 1.8e-23
NP_055890 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SEC7 ( 949) 537 112.5 2.2e-23
XP_024309614 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma ( 814) 536 112.3 2.2e-23
NP_001317548 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma ( 814) 536 112.3 2.2e-23
XP_011529079 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1126) 537 112.6 2.5e-23
XP_011529078 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1130) 537 112.6 2.5e-23
NP_055684 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 domain- ( 963) 536 112.3 2.5e-23
XP_011532614 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1006) 536 112.4 2.6e-23
XP_011532615 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1006) 536 112.4 2.6e-23
XP_011532616 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1006) 536 112.4 2.6e-23
XP_011532613 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1006) 536 112.4 2.6e-23
XP_006724647 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1186) 537 112.6 2.6e-23
XP_006724646 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1200) 537 112.6 2.7e-23
XP_006724645 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1212) 537 112.6 2.7e-23
XP_011529076 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1222) 537 112.6 2.7e-23
XP_006724644 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1244) 537 112.6 2.7e-23
XP_011529075 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1251) 537 112.6 2.7e-23
XP_006724643 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1283) 537 112.6 2.8e-23
NP_001127854 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1114) 536 112.4 2.9e-23
XP_016884849 (OMIM: 300522,309530) IQ motif and SE (1322) 537 112.6 2.9e-23
XP_011532610 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1128) 536 112.4 2.9e-23
XP_011532608 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1129) 536 112.4 2.9e-23
XP_011532609 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1129) 536 112.4 2.9e-23
XP_011532607 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma (1132) 536 112.4 2.9e-23
>>XP_005251191 (OMIM: 604141) brefeldin A-inhibited guan (1849 aa)
initn: 12156 init1: 12156 opt: 12156 Z-score: 12351.7 bits: 2298.8 E(93482): 0
Smith-Waterman score: 12156; 100.0% identity (100.0% similar) in 1849 aa overlap (1-1849:1-1849)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MYEGKKTKNMFLTRALEKILADKEVKKAHHSQLRKACEVALEEIKAETEKQSPPHGEAKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MYEGKKTKNMFLTRALEKILADKEVKKAHHSQLRKACEVALEEIKAETEKQSPPHGEAKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 GSSTLPPVKSKTNFIEADKYFLPFELACQSKCPRIVSTSLDCLQKLIAYGHLTGNAPDST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GSSTLPPVKSKTNFIEADKYFLPFELACQSKCPRIVSTSLDCLQKLIAYGHLTGNAPDST
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TPGKKLIDRIIETICGCFQGPQTDEGVQLQIIKALLTAVTSQHIEIHEGTVLQAVRTCYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TPGKKLIDRIIETICGCFQGPQTDEGVQLQIIKALLTAVTSQHIEIHEGTVLQAVRTCYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IYLASKNLINQTTAKATLTQMLNVIFARMENQALQEAKQMEKERHRQHHHLLQSPVSHHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IYLASKNLINQTTAKATLTQMLNVIFARMENQALQEAKQMEKERHRQHHHLLQSPVSHHE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 PESPQLRYLPPQTVDHISQEHEGDLDLHTNDVDKSLQDDTEPENGSDISSAENEQTEADQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PESPQLRYLPPQTVDHISQEHEGDLDLHTNDVDKSLQDDTEPENGSDISSAENEQTEADQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 ATAAETLSKNEVLYDGENHDCEEKPQDIVQNIVEEMVNIVVGDMGEGTTINASADGNIGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ATAAETLSKNEVLYDGENHDCEEKPQDIVQNIVEEMVNIVVGDMGEGTTINASADGNIGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 IEDGSDSENIQANGIPGTPISVAYTPSLPDDRLSVSSNDTQESGNSSGPSPGAKFSHILQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IEDGSDSENIQANGIPGTPISVAYTPSLPDDRLSVSSNDTQESGNSSGPSPGAKFSHILQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 KDAFLVFRSLCKLSMKPLSDGPPDPKSHELRSKILSLQLLLSILQNAGPIFRTNEMFINA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KDAFLVFRSLCKLSMKPLSDGPPDPKSHELRSKILSLQLLLSILQNAGPIFRTNEMFINA
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490 500 510 520 530 540
pF1KB4 IKQYLCVALSKNGVSSVPEVFELSLSIFLTLLSNFKTHLKMQIEVFFKEIFLYILETSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 IKQYLCVALSKNGVSSVPEVFELSLSIFLTLLSNFKTHLKMQIEVFFKEIFLYILETSTS
490 500 510 520 530 540
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pF1KB4 SFDHKWMVIQTLTRICADAQSVVDIYVNYDCDLNAANIFERLVNDLSKIAQGRGSQELGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SFDHKWMVIQTLTRICADAQSVVDIYVNYDCDLNAANIFERLVNDLSKIAQGRGSQELGM
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610 620 630 640 650 660
pF1KB4 SNVQELSLRKKGLECLVSILKCMVEWSKDQYVNPNSQTTLGQEKPSEQEMSEIKHPETIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SNVQELSLRKKGLECLVSILKCMVEWSKDQYVNPNSQTTLGQEKPSEQEMSEIKHPETIN
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670 680 690 700 710 720
pF1KB4 RYGSLNSLESTSSSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFNKKPKRGIQYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 RYGSLNSLESTSSSGIGSYSTQMSGTDNPEQFEVLKQQKEIIEQGIDLFNKKPKRGIQYL
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pF1KB4 QEQGMLGTTPEDIAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQHDFSGKDFVSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QEQGMLGTTPEDIAQFLHQEERLDSTQVGEFLGDNDKFNKEVMYAYVDQHDFSGKDFVSA
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pF1KB4 LRMFLEGFRLPGEAQKIDRLMEKFAARYLECNQGQTLFASADTAYVLAYSIIMLTTDLHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LRMFLEGFRLPGEAQKIDRLMEKFAARYLECNQGQTLFASADTAYVLAYSIIMLTTDLHS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PQVKNKMTKEQYIKMNRGINDSKDLPEEYLSAIYNEIAGKKISMKETKELTIPTKSSKQN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VASEKQRRLLYNLEMEQMAKTAKALMEAVSHVQAPFTSATHLEHVRPMFKLAWTPFLAAF
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pF1KB4 SVGLQDCDDTEVASLCLEGIRCAIRIACIFSIQLERDAYVQALARFTLLTVSSGITEMKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SVGLQDCDDTEVASLCLEGIRCAIRIACIFSIQLERDAYVQALARFTLLTVSSGITEMKQ
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pF1KB4 KNIDTIKTLITVAHTDGNYLGNSWHEILKCISQLELAQLIGTGVKPRYISGTVRGREGSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KNIDTIKTLITVAHTDGNYLGNSWHEILKCISQLELAQLIGTGVKPRYISGTVRGREGSL
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pF1KB4 TGTKDQAPDEFVGLGLVGGNVDWKQIASIQESIGETSSQSVVVAVDRIFTGSTRLDGNAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TGTKDQAPDEFVGLGLVGGNVDWKQIASIQESIGETSSQSVVVAVDRIFTGSTRLDGNAI
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pF1KB4 VDFVRWLCAVSMDELLSTTHPRMFSLQKIVEISYYNMGRIRLQWSRIWEVIGDHFNKVGC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 VDFVRWLCAVSMDELLSTTHPRMFSLQKIVEISYYNMGRIRLQWSRIWEVIGDHFNKVGC
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 NPNEDVAIFAVDSLRQLSMKFLEKGELANFRFQKDFLRPFEHIMKRNRSPTIRDMVVRCI
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pF1KB4 AQMVNSQAANIRSGWKNIFSVFHLAASDQDESIVELAFQTTGHIVTLVFEKHFPATIDSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AQMVNSQAANIRSGWKNIFSVFHLAASDQDESIVELAFQTTGHIVTLVFEKHFPATIDSF
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pF1KB4 QDAVKCLSEFACNAAFPDTSMEAIRLIRHCAKYVSDRPQAFKEYTSDDMNVAPEDRVWVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QDAVKCLSEFACNAAFPDTSMEAIRLIRHCAKYVSDRPQAFKEYTSDDMNVAPEDRVWVR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GWFPILFELSCIINRCKLDVRTRGLTVMFEIMKTYGHTYEKHWWQDLFRIVFRIFDNMKL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PEQQTEKAEWMTTTCNHALYAICDVFTQYLEVLSDVLLDDIFAQLYWCVQQDNEQLARSG
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pF1KB4 TNCLENVVILNGEKFTLEIWDKTCNCTLDIFKTTIPHALLTWRPNSGETAPPPPSPVSEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 TNCLENVVILNGEKFTLEIWDKTCNCTLDIFKTTIPHALLTWRPNSGETAPPPPSPVSEK
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PLDTISQKSVDIHDSIQPRSVDNRPQAPLVSASAVNEEVSKIKSTAKFPEQKLFAALLIK
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pF1KB4 CVVQLELIQTIDNIVFFPATSKKEDAENLAAAQRDAVDFDVRVDTQDQGMYRFLTSQQLF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 CVVQLELIQTIDNIVFFPATSKKEDAENLAAAQRDAVDFDVRVDTQDQGMYRFLTSQQLF
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pF1KB4 KLLDCLLESHRFAKAFNSNNEQRTALWKAGFKGKSKPNLLKQETSSLACGLRILFRMYMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 KLLDCLLESHRFAKAFNSNNEQRTALWKAGFKGKSKPNLLKQETSSLACGLRILFRMYMD
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pF1KB4 ESRVSAWEEVQQRLLNVCSEALSYFLTLTSESHREAWTNLLLLFLTKVLKISDNRFKAHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 ESRVSAWEEVQQRLLNVCSEALSYFLTLTSESHREAWTNLLLLFLTKVLKISDNRFKAHA
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pF1KB4 SFYYPLLCEIMQFDLIPELRAVLRRFFLRIGVVFQISQPPEQELGINKQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SFYYPLLCEIMQFDLIPELRAVLRRFFLRIGVVFQISQPPEQELGINKQ
1810 1820 1830 1840
>>NP_006412 (OMIM: 604141) brefeldin A-inhibited guanine (1849 aa)
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Smith-Waterman score: 12156; 100.0% identity (100.0% similar) in 1849 aa overlap (1-1849:1-1849)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MYEGKKTKNMFLTRALEKILADKEVKKAHHSQLRKACEVALEEIKAETEKQSPPHGEAKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MYEGKKTKNMFLTRALEKILADKEVKKAHHSQLRKACEVALEEIKAETEKQSPPHGEAKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 GSSTLPPVKSKTNFIEADKYFLPFELACQSKCPRIVSTSLDCLQKLIAYGHLTGNAPDST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 GSSTLPPVKSKTNFIEADKYFLPFELACQSKCPRIVSTSLDCLQKLIAYGHLTGNAPDST
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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..::::. .:::::::::::::::::::::::::: ::::: ::.::::. ..::... :
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>>NP_004753 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 1 [Homo s (398 aa)
initn: 624 init1: 412 opt: 655 Z-score: 666.9 bits: 134.5 E(93482): 2.3e-30
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]