FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4325, 436 aa
1>>>pF1KB4325 436 - 436 aa - 436 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0457+/-0.000808; mu= 15.4140+/- 0.049
mean_var=105.5102+/-21.407, 0's: 0 Z-trim(110.4): 49 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.124861
statistics sampled from 11515 (11564) to 11515 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.355), width: 16
Scan time: 3.290
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13692.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21 ( 436) 2855 524.8 6.7e-149
CCDS68211.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21 ( 319) 2063 382.0 4.7e-106
CCDS41730.1 PKNOX2 gene_id:63876|Hs108|chr11 ( 472) 794 153.5 4.1e-37
CCDS42014.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 ( 381) 456 92.6 7.4e-19
CCDS45218.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 ( 394) 456 92.6 7.6e-19
CCDS10045.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 ( 470) 457 92.8 7.7e-19
CCDS46309.1 MEIS1 gene_id:4211|Hs108|chr2 ( 390) 443 90.2 3.8e-18
CCDS10044.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 ( 477) 441 89.9 5.7e-18
CCDS74406.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19 ( 375) 438 89.3 6.9e-18
CCDS45219.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 ( 388) 436 89.0 9.1e-18
CCDS45217.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 ( 401) 436 89.0 9.3e-18
CCDS45220.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 ( 306) 377 78.3 1.2e-14
CCDS46132.1 MEIS3 gene_id:56917|Hs108|chr19 ( 358) 368 76.7 4.2e-14
>>CCDS13692.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21 (436 aa)
initn: 2855 init1: 2855 opt: 2855 Z-score: 2786.7 bits: 524.8 E(32554): 6.7e-149
Smith-Waterman score: 2855; 100.0% identity (100.0% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 HPLFPLLALLFEKCEQSTQGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 HPLFPLLALLFEKCEQSTQGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 AIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 TGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 LTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 ELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALA
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB4 PAHISGLVLENSDSLQ
::::::::::::::::
CCDS13 PAHISGLVLENSDSLQ
430
>>CCDS68211.1 PKNOX1 gene_id:5316|Hs108|chr21 (319 aa)
initn: 2063 init1: 2063 opt: 2063 Z-score: 2017.5 bits: 382.0 E(32554): 4.7e-106
Smith-Waterman score: 2063; 100.0% identity (100.0% similar) in 319 aa overlap (118-436:1-319)
90 100 110 120 130 140
pF1KB4 SFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYI
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 MVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYI
10 20 30
150 160 170 180 190 200
pF1KB4 ACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASALQQGNVAMATVA
40 50 60 70 80 90
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 GGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 GGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLP
100 110 120 130 140 150
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 KHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 KHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCS
160 170 180 190 200 210
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 ETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPSELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 ETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPSELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLS
220 230 240 250 260 270
390 400 410 420 430
pF1KB4 SDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLENSDSLQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 SDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLENSDSLQ
280 290 300 310
>>CCDS41730.1 PKNOX2 gene_id:63876|Hs108|chr11 (472 aa)
initn: 1540 init1: 675 opt: 794 Z-score: 779.8 bits: 153.5 E(32554): 4.1e-37
Smith-Waterman score: 1650; 58.1% identity (79.1% similar) in 473 aa overlap (1-436:13-472)
10 20 30 40
pF1KB4 MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTE-QDPNCSEPDAEGVSP-P--P
:::::.. :::. :: .... .. : . : :.: . .: : :
CCDS41 MMQHASPAPALTMMATQNVPPPPYQDSPQMTATAQPPSKAQAVHISAPSAAASTPVPSAP
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 VESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQSTQGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEG
.. :. ...::.:.:::::::::.::::::::.::::: :::::::::::::..::.:
CCDS41 IDPQAQLEADKRAVYRHPLFPLLTLLFEKCEQATQGSECITSASFDVDIENFVHQQEQEH
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 KPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEP
:::: .::: :::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::.:..:: ..
CCDS41 KPFFSDDPELDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCNRYITCLKTKMHSDNLLRNDL
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200
pF1KB4 GSPYSPVQ------SQQI----QSAITG-TISPQGIVVPASALQQGNVAMATV-----AG
:.:::: : ::.. ....: . .:::::::::::::::.::.:: .:
CCDS41 GGPYSPNQPSINLHSQDLLQNSPNSMSGVSNNPQGIVVPASALQQGNIAMTTVNSQVVSG
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 GTVYQPVTVVTPQGQVVTQTLSPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILHQDDGSSKNKRGVLPK
:..:::::.:: :::::::.. :.:.:::.:..:.:. :.: ..: .::::::::::
CCDS41 GALYQPVTMVTSQGQVVTQAIPQGAIQIQNTQVNLDLT---SLLDNEDKKSKNKRGVLPK
250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 HATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDSSCSE
::::.::::::::. :::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.: .
CCDS41 HATNIMRSWLFQHLMHPYPTEDEKRQIAAQTNLTLLQVNNWFINARRRILQPMLDASNPD
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 -TPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQPPPSELTMSEGAVVTITTPVNMNVDSLQSLS
.::.:: .:.::.:::::.:::.:: : ..:.. . ..:.:.:::::
CCDS41 PAPKAKKIKSQHRPTQRFWPNSIAAGVLQ--------QQGGAPGTNPDGSINLDNLQSLS
360 370 380 390 400
390 400 410 420 430
pF1KB4 SDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEED----------------AGALAPAHISGLVLEN
::.::.:.::.::: ..:.:.:.:::. . : ...: : ::.
CCDS41 SDSATMAMQQAMMA--AHDDSLDGTEEEDEDEMEEEEEEELEEEVDELQTTNVSDLGLEH
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 SDSLQ
::::.
CCDS41 SDSLE
470
>>CCDS42014.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 (381 aa)
initn: 759 init1: 348 opt: 456 Z-score: 452.0 bits: 92.6 E(32554): 7.4e-19
Smith-Waterman score: 749; 41.7% identity (65.3% similar) in 326 aa overlap (54-367:63-373)
30 40 50 60 70
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
::.::: :::::::::.::::: .:
CCDS42 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
:.. .: ::. :: :. :: . ::.: .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS42 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
.::: .:: :::.::: :: . ... . :: : . . .:. . .:.. .:
CCDS42 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
. ... . .:: . : . ::. . ... :::: ..: .
CCDS42 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGT------------GDDDD--P
220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
. : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS42 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQP--PPSELTMSEGAVVT
::::.:::.:.: . . . ...:. : :. .: : : . :. :
CCDS42 RRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQ
320 330 340 350 360 370
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 ITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLEN
CCDS42 WHYM
380
>>CCDS45218.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 (394 aa)
initn: 759 init1: 348 opt: 456 Z-score: 451.8 bits: 92.6 E(32554): 7.6e-19
Smith-Waterman score: 749; 41.7% identity (65.3% similar) in 326 aa overlap (54-367:76-386)
30 40 50 60 70
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
::.::: :::::::::.::::: .:
CCDS45 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
:.. .: ::. :: :. :: . ::.: .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS45 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
110 120 130 140 150 160
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
.::: .:: :::.::: :: . ... . :: : . . .:. . .:.. .:
CCDS45 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
170 180 190 200 210 220
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
. ... . .:: . : . ::. . ... :::: ..: .
CCDS45 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGT------------GDDDD--P
230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
. : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS45 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIASGVAQP--PPSELTMSEGAVVT
::::.:::.:.: . . . ...:. : :. .: : : . :. :
CCDS45 RRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIRPAGPMSGMGMNMGMDGQ
340 350 360 370 380 390
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 ITTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLEN
CCDS45 WHYM
>>CCDS10045.1 MEIS2 gene_id:4212|Hs108|chr15 (470 aa)
initn: 759 init1: 348 opt: 457 Z-score: 451.8 bits: 92.8 E(32554): 7.7e-19
Smith-Waterman score: 750; 40.8% identity (64.5% similar) in 338 aa overlap (54-380:76-395)
30 40 50 60 70
pF1KB4 LKTEQDPNCSEPDAEGVSPPPVESQTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST-----
::.::: :::::::::.::::: .:
CCDS10 HATQHYGAHAPHPNVMPASMGSAVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALVFEKCELATCTPRE
50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 ---QGSEGTTSASFDVDIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKV
:.. .: ::. :: :. :: . ::.: .:: ::::..::::::.::::::::
CCDS10 PGVAGGDVCSSDSFNEDIAVFA-KQVRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKV
110 120 130 140 150 160
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 NELCKDFCSRYIACLKTKMNSETLLSGEPGSPYSPVQSQQIQSAITGTISPQGIVVPASA
.::: .:: :::.::: :: . ... . :: : . . .:. . .:.. .:
CCDS10 HELCDNFCHRYISCLKGKMPIDLVIDERDGSSKSDHEELSGSSTNLADHNPSSWRDHDDA
170 180 190 200 210 220
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 LQQGNVAM-ATVAGGTVYQPVTVVTPQGQVVTQTL-SPGTIRIQNSQLQLQLNQDLSILH
. ... . .:: . : . ::. . ... :::: ..:
CCDS10 TSTHSAGTPGPSSGGHASQSGDNSSEQGDGLDNSVASPGTGD----------DDD----P
230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 QDDGSSKNKRGVLPKHATNVMRSWLFQHIGHPYPTEDEKKQIAAQTNLTLLQVNNWFINA
. : . ..:::..:: :::.::.:::::. ::::.:..:::.: .:.::.::::::::::
CCDS10 DKDKKRQKKRGIFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINA
280 290 300 310 320 330
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 RRRILQPMLDSSCSETPKTKKKTAQNRPVQRFWPDSIAS-GVAQPPPSELTMSEGAVVTI
::::.:::.:.: . . . ...:. : :. :. :. : : :.
CCDS10 RRRIVQPMIDQSNRAVSQGAAYSPEGQPMGSFVLDGQQHMGIR---PAGLQSMPGDYVSQ
340 350 360 370 380
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 TTPVNMNVDSLQSLSSDGATLAVQQVMMAGQSEDESVDSTEEDAGALAPAHISGLVLENS
:..:..
CCDS10 GGPMGMSMAQPSYTPPQMTPHPTQLRHGPPMHSYLPSHPHHPAMMMHGGPPTHPGMTMSA
390 400 410 420 430 440
>>CCDS46309.1 MEIS1 gene_id:4211|Hs108|chr2 (390 aa)
initn: 756 init1: 348 opt: 443 Z-score: 439.2 bits: 90.2 E(32554): 3.8e-18
Smith-Waterman score: 750; 39.4% identity (65.5% similar) in 368 aa overlap (11-367:32-382)
10 20 30 40
pF1KB4 MMATQTLSIDSYQDGQQMQVVTELKTEQDPNCSEPDAEGV
:.: .... :...: :. .. .: .
CCDS46 AQRYDDLPHYGGMDGVGIPSTMYGDPHAARSMQPVHHLNHGPPLHSHQYPHTAHTNA--M
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90
pF1KB4 SPPPVES-QTPMDVDKQAIYRHPLFPLLALLFEKCEQST--------QGSEGTTSASFDV
.: : . . ::.::: :::::::::.::::: .: :.. .: ::.
CCDS46 APSMGSSVNDALKRDKDAIYGHPLFPLLALIFEKCELATCTPREPGVAGGDVCSSESFNE
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 DIENFVRKQEKEGKPFFCEDPETDNLMVKAIQVLRIHLLELEKVNELCKDFCSRYIACLK
:: :. :: . ::.: .:: ::::..::::::.::::::::.::: .:: :::.:::
CCDS46 DIAVFA-KQIRAEKPLFSSNPELDNLMIQAIQVLRFHLLELEKVHELCDNFCHRYISCLK
120 130 140 150 160 170
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]