Result of FASTA (omim) for
pF1KB4360
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4360, 795 aa
1>>>pF1KB4360 795 - 795 aa - 795 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2312+/-0.000432; mu= 20.9953+/- 0.027
mean_var=79.5180+/-15.975, 0's: 0 Z-trim(111.2): 407 B-trim: 9 in 2/52
Lambda= 0.143827
statistics sampled from 19367 (19797) to 19367 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16
Scan time: 13.030
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 prec ( 795) 5163 1081.9 0
NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 prec ( 795) 4035 847.9 0
NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isof ( 794) 4033 847.4 0
NP_061758 (OMIM: 606341) protocadherin beta-15 pre ( 787) 3952 830.6 0
NP_061760 (OMIM: 606329) protocadherin beta-3 prec ( 796) 3937 827.5 0
NP_066008 (OMIM: 606345) protocadherin beta-16 pre ( 776) 3923 824.6 0
NP_061757 (OMIM: 606340) protocadherin beta-14 pre ( 798) 3909 821.7 0
NP_061759 (OMIM: 606328) protocadherin beta-2 prec ( 798) 3876 814.9 0
NP_061755 (OMIM: 606338) protocadherin beta-12 pre ( 795) 3854 810.3 0
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 3848 809.1 0
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 3826 804.5 0
NP_061763 (OMIM: 606333) protocadherin beta-7 prec ( 793) 3814 802.0 0
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 3771 793.1 0
NP_061992 (OMIM: 606335) protocadherin beta-9 prec ( 797) 3730 784.6 0
NP_061753 (OMIM: 606336) protocadherin beta-10 pre ( 800) 3717 781.9 0
NP_001290074 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 i ( 658) 3466 729.7 9.5e-210
NP_037472 (OMIM: 606327) protocadherin beta-1 prec ( 818) 2589 547.8 6.8e-155
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 2175 461.9 4.9e-129
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 2175 462.0 5.4e-129
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 2161 459.0 3.7e-128
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 2161 459.1 4.1e-128
NP_114478 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 828) 2144 455.5 4.3e-127
NP_061744 (OMIM: 606296) protocadherin gamma-A9 is ( 932) 2144 455.5 4.7e-127
NP_114479 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 850) 2138 454.3 1e-126
NP_061736 (OMIM: 606297) protocadherin gamma-A10 i ( 936) 2138 454.3 1.1e-126
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 2134 453.4 1.8e-126
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 2134 453.5 2e-126
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 2132 453.0 2.4e-126
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 2132 453.0 2.6e-126
NP_115270 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 818) 2130 452.6 3.2e-126
NP_061748 (OMIM: 606302) protocadherin gamma-B5 is ( 923) 2130 452.6 3.5e-126
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 2105 447.4 1.1e-124
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 2105 447.4 1.3e-124
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 2104 447.2 1.3e-124
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 2104 447.2 1.5e-124
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 2095 445.3 4.9e-124
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 2095 445.4 5.4e-124
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 2091 444.5 8.7e-124
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 2091 444.5 9.6e-124
NP_114480 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 837) 2081 442.4 3.7e-123
NP_061737 (OMIM: 606298) protocadherin gamma-A11 i ( 935) 2081 442.5 4e-123
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 2080 442.2 4.2e-123
NP_061749 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 930) 2080 442.3 4.6e-123
NP_115266 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 810) 2074 441.0 9.9e-123
NP_061745 (OMIM: 606299) protocadherin gamma-B1 is ( 927) 2074 441.0 1.1e-122
NP_115268 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 814) 2066 439.3 3.1e-122
NP_061747 (OMIM: 606301) protocadherin gamma-B3 is ( 929) 2066 439.4 3.5e-122
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 2063 438.7 4.9e-122
NP_114442 (OMIM: 606291) protocadherin gamma-A4 is ( 851) 2063 438.7 5e-122
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 2063 438.7 5.4e-122
>>NP_056484 (OMIM: 606331) protocadherin beta-5 precurso (795 aa)
initn: 5163 init1: 5163 opt: 5163 Z-score: 5788.5 bits: 1081.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5163; 100.0% identity (100.0% similar) in 795 aa overlap (1-795:1-795)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLWEAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLWEAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQTD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFHV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQGDEVTQPFVIDEKTAEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQGDEVTQPFVIDEKTAEI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 RLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 RLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENAP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 ETVVAVFSVSDPDSGDNGRMICSIQNDLPFLLKPTLKNFYTLVTQRTLDRESQAEYNITI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 ETVVAVFSVSDPDSGDNGRMICSIQNDLPFLLKPTLKNFYTLVTQRTLDRESQAEYNITI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 TVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDSG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 TNAQVTYSLLPPQNPHLRLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 TNAQVTYSLLPPQNPHLRLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPAL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 SSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNAW
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 LSYQLLKATEPGLFSMWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LSYQLLKATEPGLFSMWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHVL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 LVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAAP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 VGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCLTGDSGAGEFKFLKPIIPNLLPQGAGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCLTGDSGAGEFKFLKPIIPNLLPQGAGE
730 740 750 760 770 780
790
pF1KB4 EIGKTAAFRNSFGLN
:::::::::::::::
NP_056 EIGKTAAFRNSFGLN
790
>>NP_061761 (OMIM: 606330) protocadherin beta-4 precurso (795 aa)
initn: 4035 init1: 2871 opt: 4035 Z-score: 4523.6 bits: 847.9 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4035; 77.8% identity (90.9% similar) in 789 aa overlap (5-792:4-792)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLWEAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGELA
:.. .:::. . ....: .. : .:::. :::::: ::.::::::::.::::
NP_061 MKKLGRIHPNRQVLAFILMVFLSQVRLEPIRYSVLEETESGSFVAHLAKDLGLGIGELA
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 TRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQTD
.:.::. .:. :::: .::.::: :::::: .:: :::.::::..:: :::::: .
NP_061 SRSARVLSDDDKQRLQLDRQTGDLLLREKLDREELCGPIEPCVLHFQVFLEMPVQFFQGE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFHV
: . :::::.: :::.:.:::: :..::::.::: ::.:.:.::: .:.::::::::::.
NP_061 LLIQDINDHSPIFPEREVLLKILENSQPGTLFPLLIAEDLDVGSNGLQKYTISPNSHFHI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNAP
:.:...:.:::.:: :: :::::.::.::::.:::::.::::::. .::...: :::::
NP_061 LTRNHSEGKKYPDLVQDKPLDREEQPEFSLTLVALDGGSPPRSGTVMVRILIMDINDNAP
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB4 EFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQG-DEVTQPFVIDEKTAE
::... : ::: :::::.: .: : :::.::: .:::.:.:::. ::. : : :.: :.:
NP_061 EFVHTPYGVQVLENSPLDSPIVRVLARDIDAGNFGSVSYGLFQASDEIKQTFSINEVTGE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
: ::. :::: :.::: :::::::::: ::.::::::::: ::: .:.:.: ::::
NP_061 ILLKKKLDFEKIKSYHVEIEATDGGGLSGKGTVVIEVVDVNDNPPELIISSLTSSIPENA
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 PETVVAVFSVSDPDSGDNGRMICSIQNDLPFLLKPTLKNFYTLVTQRTLDRESQAEYNIT
:::::..: . : :::.::.::::: ..:::.:::::::::::::.: ::::..::::::
NP_061 PETVVSIFRIRDRDSGENGKMICSIPDNLPFILKPTLKNFYTLVTERPLDRETSAEYNIT
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 ITVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
:.:::.:::::::..:::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 IAVTDLGTPRLKTQQNITVQVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 GTNAQVTYSLLPPQNPHLRLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGATDRGSPA
::::::::::::::.::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
NP_061 GTNAQVTYSLLPPQDPHLPLASLVSINADNGHLFALRSLDYEALQAFEFRVGASDRGSPA
480 490 500 510 520 530
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LSSEALVRVLVLDTNDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
540 550 560 570 580 590
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 WLSYQLLKATEPGLFSMWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
:::::::::::::::..:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLHV
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 PVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYHYEVCLTGDSGAGEFKFLKPIIPNLLPQGAG
::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.:::::::::.:::: : .:
NP_061 SVGRCSVPEGPFPGHLVDVSGTGTLSQSYQYEVCLTGDSGTGEFKFLKPIFPNLLVQDTG
720 730 740 750 760 770
780 790
pF1KB4 EEIGKTAAFRNSFGLN
.:. .. ::::.
NP_061 REVKENPKFRNSLVFS
780 790
>>NP_061762 (OMIM: 606332) protocadherin beta-6 isoform (794 aa)
initn: 4028 init1: 4028 opt: 4033 Z-score: 4521.3 bits: 847.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4033; 78.7% identity (91.7% similar) in 784 aa overlap (10-792:9-791)
10 20 30 40 50
pF1KB4 METALAKTPQKRQVMFLAILLLLW-EAGSEAVRYSIPEETESGYSVANLAKDLGLGVGEL
.:::: :. :::.:: :.:::...::. :::::: ::::.::::: ::::
NP_061 MMQTKVQNKKRQVAFF-ILLMLWGEVGSESIQYSVLEETESGTFVANLTKDLGLRVGEL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 ATRGARMHYKGNKELLQLDIKTGNLLLYEKLDREVMCGATEPCILHFQLLLENPVQFFQT
:.::::. .:::.. ::.: .: .::: :::::: .::.::::.: ::.:::::.::::.
NP_061 ASRGARVVFKGNRQHLQFDPQTHDLLLNEKLDREELCGSTEPCVLPFQVLLENPLQFFQA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DLQLTDINDHAPEFPEKEMLLKIPESTQPGTVFPLKIAQDFDIGSNTVQNYTISPNSHFH
.:.. :::::::::: .:::::: : :.:: .::::.:.:.: ::: .: :::: : :::
NP_061 SLRVRDINDHAPEFPAREMLLKISEITMPGKIFPLKMAHDLDTGSNGLQRYTISSNPHFH
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 VATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNA
: :.::..:::.::::::: :::::.:.: ::: :::::.::::::. :.: ::: :::.
NP_061 VLTRNRSEGRKFPELVLDKPLDREEQPQLRLTLIALDGGSPPRSGTSEIQIQVLDINDNV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 PEFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQGDEVTQPFVIDEKTAE
::: : .::.:::::.::.:::..:::::::::..:.:.::::: :.:.::: :. :.:
NP_061 PEFAQELYEAQVPENNPLGSLVITVSARDLDAGSFGKVSYALFQVDDVNQPFEINAITGE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
:::..::::: :.:.. :::::::::::.....:.:::::::::::: . : :::
NP_061 IRLRKALDFEEIQSYDVDVEATDGGGLSGKCSLVVRVLDVNDNAPELTMSFFISLIPENL
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360 370 380 390 400 410
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780 790
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pF1KB4 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
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NP_061 EFPQSLYEVQVPEDRPLGSWIATISAKDLDAGNYGKISYTFFHASEDIRKTFEINPISGE
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::.::.::. : :::::::::::::..:::.::::.:::.:::....::::::::::::
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pF1KB4 EEIGKTAAFRNSFGLN
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pF1KB4 ATHNRGDGRKYPELVLDKALDREERPELSLTLTALDGGAPPRSGTTTIRIVVLDNNDNAP
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NP_061 KMRVIPDNRKYPELVLDKALDYEELPELSFILSALDGGSPPRSGTALVRVVVVDINDNSP
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pF1KB4 EFLQSFYEVQVPENSPLNSLVVVVSARDLDAGAYGSVAYALFQGDE-VTQPFVIDEKTAE
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NP_061 EFEQAFYEVKIRENSILGSLILIVSAWDLDSGTNGEICYTFSHASEDIRKTFEINQKSGE
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pF1KB4 IRLKRALDFEATPYYNVEIVATDGGGLSGKCTVAIEVVDVNDNAPELTMSTLSSPTPENA
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NP_061 ITLRAPLDFETIESYSIIIQATDGGGLFGKSTVIIHVIDVNDNAPEITVSSITSPIPENT
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NP_061 PETVVMVFSIQDIDSGDNGRIVCSIPEDLPFVLKSSVENYYTLETERPLDRESTAEYNIT
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pF1KB4 ITVTDMGTPRLKTEHNITVLVSDVNDNAPAFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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NP_061 ITVTDLGIPRLKTEHNTTVLVSDVNDNAPTFTQTSYTLFVRENNSPALHIGSVSATDRDS
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NP_061 GTNAQVNYSLLPPQDLHLPLASLVSINTDNGHLFALRSLDYEALQAFDFRVGATDRGSPA
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NP_061 LSSEALVRVLVLDANDNSPFVLYPLQNGSAPCTELVPRAAEPGYLVTKVVAVDGDSGQNA
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NP_061 WLSYQLLKATEPGLFGVWAHNGEVRTARLLSERDAAKHRLVVLVKDNGEPPRSATATLQV
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NP_061 LLVDGFSQPYLPLPEAAPAQAQADSLTVYLVVALASVSSLFLFSVLLFVAVRLCRRSRAA
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NP_061 KNSEENSTFRNSFGFNF
790
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]