Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4387
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4387, 858 aa
1>>>pF1KB4387 858 - 858 aa - 858 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7622+/-0.0015; mu= 14.6008+/- 0.089
mean_var=202.2727+/-40.267, 0's: 0 Z-trim(106.1): 193 B-trim: 12 in 1/50
Lambda= 0.090179
statistics sampled from 8566 (8773) to 8566 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.619), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 4.120
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS58651.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 858) 6168 816.8 0
CCDS12254.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 860) 6154 815.0 0
CCDS56085.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 819) 5460 724.7 1.6e-208
CCDS56084.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 692) 4259 568.4 1.6e-161
CCDS56083.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 ( 682) 3266 439.2 1.2e-122
CCDS6446.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 873) 2970 400.8 5.5e-111
CCDS34979.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 ( 845) 2938 396.6 9.7e-110
CCDS30720.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 904) 2548 345.9 1.9e-94
CCDS578.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 963) 2548 345.9 2e-94
CCDS579.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 700) 2270 309.6 1.2e-83
CCDS580.1 LRP8 gene_id:7804|Hs108|chr1 ( 793) 2149 293.9 7.4e-79
CCDS2182.1 LRP1B gene_id:53353|Hs108|chr2 (4599) 1837 254.3 3.6e-66
CCDS2232.1 LRP2 gene_id:4036|Hs108|chr2 (4655) 1050 151.9 2.4e-35
CCDS54794.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1166) 802 118.9 5.3e-26
CCDS3689.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1207) 802 118.9 5.4e-26
CCDS54795.1 EGF gene_id:1950|Hs108|chr4 (1165) 799 118.5 6.9e-26
CCDS31478.1 LRP4 gene_id:4038|Hs108|chr11 (1905) 743 111.5 1.5e-23
CCDS8647.1 LRP6 gene_id:4040|Hs108|chr12 (1613) 741 111.1 1.6e-23
CCDS8181.1 LRP5 gene_id:4041|Hs108|chr11 (1615) 713 107.5 2e-22
CCDS8932.1 LRP1 gene_id:4035|Hs108|chr12 (4544) 665 101.8 2.8e-20
CCDS8436.1 SORL1 gene_id:6653|Hs108|chr11 (2214) 540 85.2 1.4e-15
CCDS9706.1 NID2 gene_id:22795|Hs108|chr14 (1375) 513 81.4 1.2e-14
CCDS1608.1 NID1 gene_id:4811|Hs108|chr1 (1247) 491 78.5 8.4e-14
CCDS54344.1 LTBP1 gene_id:4052|Hs108|chr2 (1353) 444 72.4 6.1e-12
CCDS54345.1 LTBP1 gene_id:4052|Hs108|chr2 (1342) 443 72.3 6.6e-12
CCDS33178.2 LTBP1 gene_id:4052|Hs108|chr2 (1395) 443 72.3 6.8e-12
CCDS33177.2 LTBP1 gene_id:4052|Hs108|chr2 (1721) 443 72.4 7.7e-12
CCDS33626.1 LRP5L gene_id:91355|Hs108|chr22 ( 252) 422 68.6 1.6e-11
>>CCDS58651.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 (858 aa)
initn: 6168 init1: 6168 opt: 6168 Z-score: 4354.7 bits: 816.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6168; 100.0% identity (100.0% similar) in 858 aa overlap (1-858:1-858)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGCPPKTCSQDEFRCHDGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 ETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGCPPKTCSQDEFRCHDGK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 CISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 SLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRDIQAPDGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRDIQAPDGLA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
790 800 810 820 830 840
850
pF1KB4 NQDGYSYPSMVSLEDDVA
::::::::::::::::::
CCDS58 NQDGYSYPSMVSLEDDVA
850
>>CCDS12254.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 (860 aa)
initn: 6114 init1: 6114 opt: 6154 Z-score: 4344.8 bits: 815.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6154; 99.8% identity (99.8% similar) in 860 aa overlap (1-858:1-860)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGCPPKTCSQDEFRCHDGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGCPPKTCSQDEFRCHDGK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 CISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 SLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRDIQAPDGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRDIQAPDGLA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
790 800 810 820 830 840
850
pF1KB4 NQDGYSYPS--MVSLEDDVA
::::::::: :::::::::
CCDS12 NQDGYSYPSRQMVSLEDDVA
850 860
>>CCDS56085.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 (819 aa)
initn: 5317 init1: 5317 opt: 5460 Z-score: 3857.1 bits: 724.7 E(32554): 1.6e-208
Smith-Waterman score: 5726; 94.9% identity (94.9% similar) in 860 aa overlap (1-858:1-819)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 ETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGCPPKTCSQDEFRCHDGK
::: :::::::::::::::
CCDS56 ETC-----------------------------------------SPKTCSQDEFRCHDGK
70
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 CISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 CISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEW
80 90 100 110 120 130
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDE
140 150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMAR
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 SLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRDIQAPDGLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRDIQAPDGLA
380 390 400 410 420 430
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
440 450 460 470 480 490
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
500 510 520 530 540 550
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
560 570 580 590 600 610
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
620 630 640 650 660 670
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
680 690 700 710 720 730
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
740 750 760 770 780 790
850
pF1KB4 NQDGYSYPS--MVSLEDDVA
::::::::: :::::::::
CCDS56 NQDGYSYPSRQMVSLEDDVA
800 810
>>CCDS56084.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 (692 aa)
initn: 3983 init1: 3983 opt: 4259 Z-score: 3013.5 bits: 568.4 E(32554): 1.6e-161
Smith-Waterman score: 4478; 80.1% identity (80.2% similar) in 860 aa overlap (1-858:1-692)
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGC----------------
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CCDS56 ------------------------------------------------------------
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.:::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
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850
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::::::::: :::::::::
CCDS56 NQDGYSYPSRQMVSLEDDVA
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>>CCDS56083.1 LDLR gene_id:3949|Hs108|chr19 (682 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAECQDGSDESQ
10 20 30 40 50 60
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGCP---------------
70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 CISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEW
CCDS56 ------------------------------------------------------------
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 PQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDE
::::::::
CCDS56 ----------------------------------------------------VATCRPDE
110
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMAR
120 130 140 150 160 170
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQD
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKMTLDRSEYT
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 VDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPA
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILE
420 430 440 450 460 470
610 620 630 640 650 660
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHNLTQ
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pF1KB4 PRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTEAEAAVA
:: :::::::
CCDS56 PR---------------------------------------------------EAEAAVA
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730 740 750 760 770 780
pF1KB4 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQALGDVAGRGN
550 560 570 580 590 600
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 EKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTTEDEVHICH
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850
pF1KB4 NQDGYSYPS--MVSLEDDVA
::::::::: :::::::::
CCDS56 NQDGYSYPSRQMVSLEDDVA
670 680
>>CCDS6446.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 (873 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KB4 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAEC
: : ...: :..:.:. .: :::. .:
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60 70 80 90 100 110
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.:::::: : : ::. ..:::.. ..::: :::::. :::.: ::..: ::: :
CCDS64 EDGSDESPEQCHMRTCRIHEISCGAHSTQCIPVSWRCDGENDCDSGEDEENCGNITCSPD
100 110 120 130 140 150
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pF1KB4 EFRCHDGKCISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPD
:: : .:.::::.:::... :: ::::: .: ::: :::..:.::: :.::.: :
CCDS64 EFTCSSGRCISRNFVCNGQDDCSDGSDELDCAPPTCGAHEFQCSTSSCIPISWVCDDDAD
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180 190 200 210 220 230
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: : ::: ..: :.. . : : :..: ::::::..::::: ::::: ::: ::
CCDS64 CSDQSDESLEQCGRQPVIH---TKCPASEIQCGSGECIHKKWRCDGDPDCKDGSDEVNCP
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 VATCRPDEFQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITL
:::::.:.: ::.::::::::. :: : ::::.: ::. : ::.::::.::::: .
CCDS64 SRTCRPDQFECEDGSCIHGSRQCNGIRDCVDGSDEVNCKNVNQCLGPGKFKCRSGECIDI
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pF1KB4 DKVCNMARDCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRC
.::::. .:::::::::.::: :::: :::::::.:.:: ::::: : ::.:. .. :
CCDS64 SKVCNQEQDCRDWSDEPLKECHINECLVNNGGCSHICKDLVIGYECDCAAGFELIDRKTC
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 EDIDECQDPDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKM
::::::.: :::.:.::.:::::.: .:.:.: : .:::::. :.::::...::.
CCDS64 GDIDECQNPGICSQICINLKGGYKCECSRGYQMDLATGVCKAVGKEPSLIFTNRRDIRKI
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420 430 440 450 460 470
pF1KB4 TLDRSEYTSLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRD
:.:.:: .:. .:::.::::...:.....:.::::. : :...: :. . .:. .
CCDS64 GLERKEYIQLVEQLRNTVALDADIAAQKLFWADLSQKAIFSASIDDK--VGRHVKMID-N
460 470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 IQAPDGLAVDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMY
. : ..::::....:::::.. :.::: :.::: :: . .: .:.:::. ::.:
CCDS64 VYNPAAIAVDWVYKTIYWTDAASKTISVATLDGTKRKFLFNSDLREPASIAVDPLSGFVY
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 WTDWGTPAKIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNG
:.::: ::::.:.:.:: : ::: .:::::::::::...::::.::::: .::.:.::
CCDS64 WSDWGEPAKIEKAGMNGFDRRPLVTADIQWPNGITLDLIKSRLYWLDSKLHMLSSVDLNG
580 590 600 610 620 630
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 GNRKTILEDEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDM
.:. .:.. . ::::..:..:::.:.: : :::...::..:::.. :..:: . .:.
CCDS64 QDRRIVLKSLEFLAHPLALTIFEDRVYWIDGENEAVYGANKFTGSELATLVNNLNDAQDI
640 650 660 670 680 690
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 VLFHNLTQPRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCL
...:.:.:: : ::::. . ::::.:::::::::: ::::.::.::.:. . .. :.:
CCDS64 IVYHELVQPSGKNWCEED-MENGGCEYLCLPAPQINDHSPKYTCSCPSGYNVEENGRDC-
700 710 720 730 740
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 TEAEAAVATQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQAL
: :.: . : .:. :.: . :: : .:: ....: :.
CCDS64 ---------QSTAT-----TVTYSETKDTNTTEISATS---GLVPG--GINVTT----AV
750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KB4 GDVAGRGNEKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTT
..:. :... : .::..:::. .: .:.:.::. ::..:.::::::: :::
CCDS64 SEVS-----VPPKGTSAAWAILPLLLLVMAAVGGYLMWRNWQHKNMKSMNFDNPVYLKTT
790 800 810 820 830 840
840 850
pF1KB4 EDEVHIC---HNQD-GYSYP--SMVSLEDDVA
:... : :. . :..:: :.:: .::.:
CCDS64 EEDLSIDIGRHSASVGHTYPAISVVSTDDDLA
850 860 870
>>CCDS34979.1 VLDLR gene_id:7436|Hs108|chr9 (845 aa)
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Smith-Waterman score: 3056; 49.6% identity (73.3% similar) in 842 aa overlap (23-858:68-845)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MGPWGWKLRWTVALLLAAAGTAVGDRCERNEFQCQDGKCISYKWVCDGSAEC
: : ...: :..:.:. .: :::. .:
CCDS34 FQCTNGRCITLLWKCDGDEDCVDGSDEKNCVKKTCAESDFVCNNGQCVPSRWKCDGDPDC
40 50 60 70 80 90
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 QDGSDESQETCLSVTCKSGDFSCGGRVNRCIPQFWRCDGQVDCDNGSDEQGCPPKTCSQD
.:::::: : : ::. ..:::.. ..::: :::::. :::.: ::..: ::: :
CCDS34 EDGSDESPEQCHMRTCRIHEISCGAHSTQCIPVSWRCDGENDCDSGEDEENCGNITCSPD
100 110 120 130 140 150
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 EFRCHDGKCISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPD
:: : .:.::::.:::... :: ::::: .: ::: :::..:.::: :.::.: :
CCDS34 EFTCSSGRCISRNFVCNGQDDCSDGSDELDCAPPTCGAHEFQCSTSSCIPISWVCDDDAD
160 170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 CEDGSDEWPQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCA
: : ::: ..: :.. . : : :..: ::::::..::::: ::::: ::: ::
CCDS34 CSDQSDESLEQCGRQPVIH---TKCPASEIQCGSGECIHKKWRCDGDPDCKDGSDEVNCP
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 VATCRPDEFQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITL
:::::.:.: ::.::::::::. :: : ::::.: ::. : ::.::::.::::: .
CCDS34 SRTCRPDQFECEDGSCIHGSRQCNGIRDCVDGSDEVNCKNVNQCLGPGKFKCRSGECIDI
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 DKVCNMARDCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRC
.::::. .:::::::::.::: :::: :::::::.:.:: ::::: : ::.:. .. :
CCDS34 SKVCNQEQDCRDWSDEPLKECHINECLVNNGGCSHICKDLVIGYECDCAAGFELIDRKTC
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 EDIDECQDPDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHEVRKM
::::::.: :::.:.::.:::::.: .:.:.: : .:::::. :.::::...::.
CCDS34 GDIDECQNPGICSQICINLKGGYKCECSRGYQMDLATGVCKAVGKEPSLIFTNRRDIRKI
400 410 420 430 440 450
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 TLDRSEYTSLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGVSSYDTVISRD
:.:.:: .:. .:::.::::...:.....:.::::. : :...: :. . .:. .
CCDS34 GLERKEYIQLVEQLRNTVALDADIAAQKLFWADLSQKAIFSASIDDK--VGRHVKMID-N
460 470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 IQAPDGLAVDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFRENGSKPRAIVVDPVHGFMY
. : ..::::....:::::.. :.::: :.::: :: . .: .:.:::. ::.:
CCDS34 VYNPAAIAVDWVYKTIYWTDAASKTISVATLDGTKRKFLFNSDLREPASIAVDPLSGFVY
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 WTDWGTPAKIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNG
:.::: ::::.:.:.:: : ::: .:::::::::::...::::.::::: .::.:.::
CCDS34 WSDWGEPAKIEKAGMNGFDRRPLVTADIQWPNGITLDLIKSRLYWLDSKLHMLSSVDLNG
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pF1KB4 GNRKTILEDEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDM
.:. .:.. . ::::..:..:::.:.: : :::...::..:::.. :..:: . .:.
CCDS34 QDRRIVLKSLEFLAHPLALTIFEDRVYWIDGENEAVYGANKFTGSELATLVNNLNDAQDI
640 650 660 670 680 690
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 VLFHNLTQPRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCL
...:.:.:: : ::::. . ::::.:::::::::: ::::.::.::.:. . .. :.:
CCDS34 IVYHELVQPSGKNWCEED-MENGGCEYLCLPAPQINDHSPKYTCSCPSGYNVEENGRDCQ
700 710 720 730 740 750
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 TEAEAAVATQETSTVRLKVSSTAVRTQHTTTRPVPDTSRLPGATPGLTTVEIVTMSHQAL
:..:. ::: . ::
CCDS34 ---------------RINVT-TAV-----SEVSVP-------------------------
760
780 790 800 810 820 830
pF1KB4 GDVAGRGNEKKPSSVRALSIVLPIVLLVFLCLGVFLLWKNWRLKNINSINFDNPVYQKTT
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CCDS34 -----------PKGTSAAWAILPLLLLVMAAVGGYLMWRNWQHKNMKSMNFDNPVYLKTT
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858 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 14:54:43 2016 done: Thu Nov 3 14:54:44 2016
Total Scan time: 4.120 Total Display time: 0.340
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]