FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4406, 2214 aa 1>>>pF1KB4406 2214 - 2214 aa - 2214 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2513+/-0.000759; mu= 9.5022+/- 0.046 mean_var=246.8163+/-52.002, 0's: 0 Z-trim(109.6): 479 B-trim: 347 in 2/52 Lambda= 0.081637 statistics sampled from 17280 (17859) to 17280 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.536), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16 Scan time: 15.990 The best scores are: opt bits E(85289) NP_003096 (OMIM: 104300,602005) sortilin-related r (2214) 15428 1833.8 0 XP_016873658 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2110) 14715 1749.8 0 XP_016873659 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2039) 14248 1694.8 0 XP_016873660 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1769) 12368 1473.3 0 XP_011541267 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1701) 11657 1389.5 0 XP_016873661 (OMIM: 104300,602005) 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XP_011 FDWISKNLYWTDSHYKSISVMRLADKTRRTVVQ--YLNNPRSVVVHPFAGYLFFTDW--F 800 810 820 830 840 900 910 920 930 940 950 pF1KB4 KPG-IYRSNMDGSAAYHLVSEDVKWPNGISVDDQW----IYWTDAYLECIERITFSGQQR .:. :.:. ::: ... . ::::...: : .::.:::.. ::. ::.: .: XP_011 RPAKIMRAWSDGSHLLPVINTTLGWPNGLAID--WAASRLYWVDAYFDKIEHSTFDGLDR 850 860 870 880 890 900 960 970 980 990 1000 1010 pF1KB4 SVI--LDNLPHPYAIAVFKNEIYWDDWSQLSIFRASKYSGSQMEILANQLTGLMDMKIFY . .... ::...:.: ..... :: .:.:. : .:..: .. . .. .. .: . XP_011 RRLGHIEQMTHPFGLAIFGEHLFFTDWRLGAIIRVRKADGGEMTVIRSGIAYILHLKSYD 910 920 930 940 950 960 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KB4 KGKNTGSNACVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTC . .:::::: .: :... :. : : .:. . .: :: :..: .: XP_011 VNIQTGSNAC-NQPTH----PNGDCSHFC-FP-------VPNFQRVCGCPYGMRLASN-- 970 980 990 1000 1080 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KB4 VKEENTCLRNQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGTC . :: :: ..: :: : : .: :. .: : XP_011 ---HLTCE------------------------GDPTNEP--PTEQCGL-FSFPCK-NGRC 1010 1020 1030 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KB4 IPLSYKCDLEDDCGDNSDESHCEM--HQCRSDEYNCSSGMCIRSSWVCDGDNDCRDWSDE .: : :: ::: :::::. : . : :. ..:. : :: . : :: ::: : ::: XP_011 VPNYYLCDGVDDCHDNSDEQLCGTLNNTCSSSAFTCGHGECIPAHWRCDKRNDCVDGSDE 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KB4 ANC-TAIYHTCEASNFQCRNGHCIPQRWACDGDTDCQDGSDEDPVNCEKKC--NGFRCPN :: : .: ... : : .:: . :.:: :.:: ::::: : . : . : ::: XP_011 HNCPTHAPASCLDTQYTCDNHQCISKNWVCDTDNDCGDGSDEKNCNSTETCQPSQFNCPN 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KB4 GTCIPSSKHCDGLRDCSDGSDEQHCEPLCTHFMDFVCKNRQQCLFHSMVCDGIIQCRDGS :: : ::: .:: ::::: : :: .: : . ..:. . :::...: :.: XP_011 HRCIDLSFVCDGDKDCVDGSDEVGCVLNCTA-SQFKCASGDKCIGVTNRCDGVFDCSDNS 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KB4 DEDAAFAGCSQDPEFHKVCDEFGFQCQ-NGVCISLIWKCDGMDDCGDYSDEANCENPTEA :: ::: : .: :::: .:.:: .:.::: :: ::: : : XP_011 DE----AGCPTRPP--GMCHSDEFQCQEDGICIPNFWECDGHPDCLYGSDEHNACVPKTC 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KB4 PNCSRYFQFRCENGHCIPNRWKCDRENDCGDWSDEKDCGDSHILPFSTPGPS-TCLPNYY : : ::. :.::.:: : :::.::::: :::::: . :: :. . :: . 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XP_011 VTASESLLLLVASQNKIIADSVTSQVHNIYSLVENGSYIVAVDFDSISGRIFWSDATQGK 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KB4 SASCVYN-VYYRVVGESIWKTLETHSNKTNTVLKVLKPDTTYQVK-VQVQCLSKAHNTND . : : . ::: .: . . :.. . : . : : : .. ..:. .. .: : XP_011 TWSAFQNGTDRRVVFDS--SIILTETIAIDWVGRNLYW-TDYALETIEVSKIDGSHRTVL 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1650 1660 1670 1680 1690 pF1KB4 FV-TLRTPEGLPDAPRNLQLSLPREAEGVIVGHWAPPIHTHGLIREYIVEYSRSGSKMWA . .: .:.:: :: XP_011 ISKNLTNPRGLALDPRMNEHLLFWSDWGHHPRIERASMDGSMRTVIVQDKIFWPCGLTID 1550 1560 1570 1580 1590 1600 >-- initn: 725 init1: 266 opt: 559 Z-score: 367.6 bits: 82.9 E(85289): 9.7e-14 Smith-Waterman score: 844; 36.4% identity (55.6% similar) in 385 aa overlap (1078-1438:28-385) 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KB4 SSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTCVKEENTCLRNQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMS : ..::..:.:: . : :: .::.: . XP_011 MDRGPAAVACTLLLALVACLAPASGQECDSAHFRCGSGHCIPADWRCDGTKDCSDDA 10 20 30 40 50 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KB4 DERNCPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDLEDDCGDNSDESH-CEMHQCRSDEYNCS :: .: .. :. . :.:: : ::: :. :: ..:: :.::: . : . : : . .:: XP_011 DEIGCAVVTCQ-QGYFKCQSEGQCIPNSWVCDQDQDCDDGSDERQDCSQSTCSSHQITCS 60 70 80 90 100 110 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KB4 SGMCIRSSWVCDGDNDCRDWSDEANCTAIYHTCEASNFQCRNGHCIPQRWACDGDTDCQD .:.:: : . :: :: : .:: .: : ::: .. : :: : :: .::.: XP_011 NGQCIPSEYRCDHVRDCPDGADENDCQ--YPTCE--QLTCDNGACYNTSQKCDWKVDCRD 120 130 140 150 160 170 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KB4 GSDEDPVNCEKKC--NGFRCPNGTCIPSSKHCDGLRDCSDGSDEQHCE-PLCTHFMDFVC .::: .:: . : : : : :: ::: . :: ::.:::::. :. : : .. :.: XP_011 SSDE--INCTEICLHNEFSCGNGECIPRAYVCDHDNDCQDGSDEHACNYPTCGGYQ-FTC 180 190 200 210 220 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KB4 KNRQQCLFHSMVCDGIIQCRDGSDEDAAFAGCSQDP-EFHKVCDEFGFQC-QNGVCISLI . .:.... :::: .:.:..::: :: . : . :: :. ..: ..: :::. XP_011 PS-GRCIYQNWVCDGEDDCKDNGDED----GCESGPHDVHK-CSPREWSCPESGRCISIY 230 240 250 260 270 280 1350 1360 1370 1380 pF1KB4 WKCDGMDDCGDYSDEANCENPTEAPN--CSRY-FQFRCEN----GHCI-P--------NR :::. :: :: : . :: :..:.. : :. : . 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XP_011 VDSRFDYIETVTYDGIQRKTVVHGGSLIPHPFGVSLFEGQVFFTDWTKMAVLKANKFTET 580 590 600 610 620 630 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KB4 QMEILANQLTGLMDMKIFYKGKNTGSNACVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLP . .. . . . .... .. .. :: : ::. .:. .: . XP_011 NPQVYYQASLRPYGVTVYHSLRQPYATN----PC------KDNNG-GCEQVCVLSHRTDN 640 650 660 670 680 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KB4 SG-DLMCDCPQGYQLKNNTCVKEENTCLRNQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERN .: . : : :.:: .. XP_011 DGLGFRCKCTFGFQLDTDERHCIAVQNFLIFSSQVAIRGIPFTLSTQEDVMVPVSGNPSF 690 700 710 720 730 740 >-- initn: 408 init1: 153 opt: 447 Z-score: 296.4 bits: 69.7 E(85289): 9.1e-10 Smith-Waterman score: 447; 33.0% identity (63.5% similar) in 230 aa overlap (835-1059:4102-4325) 810 820 830 840 850 860 pF1KB4 SDLALDVIQRLCLNGSTGQEVIINSGLETVEALAFEPLSQLLYWVDAGFKKIEVANPDGD ...: . ... .:: :. :.::::. :: XP_011 IKRAYIPNFESGRNNLVQEVDLKLKYVMQPDGIAVDWVGRHIYWSDVKNKRIEVAKLDGR 4080 4090 4100 4110 4120 4130 870 880 890 900 910 920 pF1KB4 FRLTIVNSSVLDRPRALVLVPQEGVMFWTDWGDLKPGIYRSNMDGSAAYHLVSEDVKWPN .: .. :. ::.: :... :. :.::::::: .: : . :.: :: ::. ::. XP_011 YRKWLI-STDLDQPAAIAVNPKLGLMFWTDWGK-EPKIESAWMNGEDRNILVFEDLGWPT 4140 4150 4160 4170 4180 930 940 950 960 970 980 pF1KB4 GISVD---DQWIYWTDAYLECIERITFSGQQRSVILDNLPHPYAIAVFKNEIYWDDWSQL :.:.: .. :::.: . :: : ..: .: :: . .::.. .:....:: . . 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