FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4411, 186 aa
1>>>pF1KB4411 186 - 186 aa - 186 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9643+/-0.000835; mu= 14.7333+/- 0.051
mean_var=64.0364+/-13.095, 0's: 0 Z-trim(107.9): 175 B-trim: 609 in 2/50
Lambda= 0.160273
statistics sampled from 9704 (9892) to 9704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.304), width: 16
Scan time: 2.020
The best scores are: opt bits E(32554)
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CCDS13932.1 IFT27 gene_id:11020|Hs108|chr22 ( 185) 1212 288.5 1.6e-78
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 322 82.7 1.5e-16
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 321 82.5 1.8e-16
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 321 82.5 1.8e-16
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 315 81.1 4.8e-16
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CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 311 80.2 9.4e-16
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 305 78.8 2.5e-15
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CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 301 77.9 4.6e-15
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 301 77.9 4.7e-15
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 299 77.4 7e-15
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 296 76.7 1.1e-14
CCDS4962.1 RAB23 gene_id:51715|Hs108|chr6 ( 237) 294 76.3 1.6e-14
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 294 76.3 1.7e-14
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 292 75.8 1.9e-14
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 292 75.8 2.1e-14
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 286 74.4 4.7e-14
CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 285 74.2 6.2e-14
CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 285 74.2 6.9e-14
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 283 73.7 8.5e-14
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 282 73.5 9.7e-14
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 282 73.5 1e-13
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 280 73.0 1.3e-13
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CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 272 71.2 4.9e-13
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 271 70.9 5.9e-13
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 269 70.4 7.4e-13
CCDS3052.1 RAB7A gene_id:7879|Hs108|chr3 ( 207) 268 70.2 9.1e-13
CCDS82514.1 WTH3DI gene_id:150786|Hs108|chr2 ( 254) 269 70.5 9.1e-13
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 267 70.0 1.1e-12
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 266 69.8 1.3e-12
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 266 69.8 1.3e-12
CCDS46408.1 RAB6C gene_id:84084|Hs108|chr2 ( 254) 265 69.6 1.7e-12
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 262 68.9 2.6e-12
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 260 68.4 3.5e-12
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 259 68.1 3.6e-12
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 260 68.5 4.2e-12
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 258 68.0 5.7e-12
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 256 67.5 6.5e-12
CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 253 66.8 1e-11
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 252 66.5 1.2e-11
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 253 66.8 1.3e-11
CCDS2131.1 RALB gene_id:5899|Hs108|chr2 ( 206) 251 66.3 1.4e-11
>>CCDS54523.1 IFT27 gene_id:11020|Hs108|chr22 (186 aa)
initn: 1232 init1: 1232 opt: 1232 Z-score: 1548.0 bits: 293.1 E(32554): 6.6e-80
Smith-Waterman score: 1232; 100.0% identity (100.0% similar) in 186 aa overlap (1-186:1-186)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDSVEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDSVEL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLPGVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 FIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLPGVL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 VGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYREKVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYREKVE
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 VFRALA
::::::
CCDS54 VFRALA
>>CCDS13932.1 IFT27 gene_id:11020|Hs108|chr22 (185 aa)
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Smith-Waterman score: 1212; 99.5% identity (99.5% similar) in 186 aa overlap (1-186:1-185)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDSVEL
::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MVKLAAKCILA-DPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDSVEL
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70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLPGVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLPGVL
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130 140 150 160 170 180
pF1KB4 VGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYREKVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYREKVE
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 VFRALA
::::::
CCDS13 VFRALA
180
>>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa)
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Smith-Waterman score: 322; 35.0% identity (66.9% similar) in 163 aa overlap (7-169:10-166)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDS
: .. :: .:::..: ..: :. :: : :.:. ..:: . .:..
CCDS41 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSL--LLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEI--NGEK
10 20 30 40 50
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pF1KB4 VELFIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLP
:.: :.:.::.: : . . ... . . .:::::. ::: : ..::.. .. .
CCDS41 VKLQIWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCDDVC--
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 GVLVGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYRE
.:::::.: :..:.. .: .: .:.. ::::.:: : : :.:...
CCDS41 RILVGNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKD
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB4 KVEVFRALA
CCDS41 NLAKQQQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
180 190 200
>>CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 (203 aa)
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Smith-Waterman score: 321; 37.7% identity (68.0% similar) in 175 aa overlap (7-181:11-180)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGD
: .: :. .:::: :.. : ..: : . : :.:...::: . .:.
CCDS82 MSMEDYDFLFKIVLIGNAGVGKTCLVRRF-TQGL-FPPGQGATIGVDFMIKTVEI--NGE
10 20 30 40 50
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pF1KB4 SVELFIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISL
.:.: :.:.::.: : . .. ..: :.: :.::.: :::: .::.. .. : . ..
CCDS82 KVKLQIWDTAGQERFRSITQSYYRSANALILTYDITCEESFRCLPEWLREIEQYASN-KV
60 70 80 90 100 110
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pF1KB4 PGVLVGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYR
:::::: ::: :: :.. .:. .. .: . .:::.:: .: : : :: .. . :
CCDS82 ITVLVGNKIDLAERREVSQQRAEEFSEAQDMYYLETSAKESDNVEKLFLDLACRLISEAR
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB4 EKVEVFRALA
... :
CCDS82 QNTLVNNVSSPLPGEGKSISYLTCCNFN
180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
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Smith-Waterman score: 321; 34.1% identity (66.5% similar) in 167 aa overlap (7-173:13-174)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDT
: .: :: .:::. : : .: . .:: : :.:. ..:. .
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDT--YTESYISTIGVDFKIRTIELD--
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pF1KB4 GDSVELFIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGI
: ...: :.:.::.: : . .. ... . . .:::::..::::: ..::.. : .
CCDS46 GKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYA-SE
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pF1KB4 SLPGVLVGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQL
.. .::::: ::. ...:: . :. .: . :. .:::.:. : : : .: ....
CCDS46 NVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKR
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB4 YREKVEVFRALA
CCDS46 MGPGATAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
180 190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 258 init1: 125 opt: 315 Z-score: 401.6 bits: 81.1 E(32554): 4.8e-16
Smith-Waterman score: 315; 32.9% identity (67.1% similar) in 167 aa overlap (7-173:10-171)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDS
: .: :: .:::. : : .: . .:: : :.:. ..:. . : .
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDT--YTESYISTIGVDFKIRTIELD--GKT
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pF1KB4 VELFIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLP
..: :.:.::.: : . .. ... . . .:::::..::. : ..::.. : . ..
CCDS31 IKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYA-SENVN
60 70 80 90 100 110
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pF1KB4 GVLVGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYRE
.:::::.::. ...::.. :. .: . :. .:::.:. : : : .: ....
CCDS31 KLLVGNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGP
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB4 KVEVFRALA
CCDS31 GAASGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 251 init1: 133 opt: 311 Z-score: 396.6 bits: 80.2 E(32554): 9.1e-16
Smith-Waterman score: 311; 33.7% identity (65.6% similar) in 163 aa overlap (7-169:10-167)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDS
: .: :: .:::: : : : .:...: : :.:. ..:: . : .
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAED--NFNNTYISTIGIDFKIRTVDI--EGKK
10 20 30 40 50
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pF1KB4 VELFIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLP
..: ..:.::.: :. . ... . ::::.:.:.::.: ..:... . .: . ..
CCDS10 IKLQVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENA-SAGVE
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 GVLVGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYRE
.:.::: :. ..: :.. .: : .:.. ::::.: : . : ::.
CCDS10 RLLLGNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGG
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB4 KVEVFRALA
CCDS10 RRSGNGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
180 190 200
>>CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 (212 aa)
initn: 295 init1: 135 opt: 311 Z-score: 396.3 bits: 80.2 E(32554): 9.4e-16
Smith-Waterman score: 311; 35.3% identity (63.6% similar) in 173 aa overlap (7-179:8-175)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVKTVPVPDTGDSVE
: :. :: .:::. : : .: .:: . :: :... .. . . : ...
CCDS61 MAYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQF-TD-KRFQPVHDLTIGVEFGARMITID--GKQIK
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60 70 80 90 100 110
pF1KB4 LFIFDSAGKELFSEMLDKLWESPNVLCLVYDVTNEESFNNCSKWLEKARSQAPGISLPGV
: :.:.::.: : . . ... ::::.: ...::. . ::: :: : . .. .
CCDS61 LQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDAR-QHSNSNMVIM
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LVGNKTDLAGRRAVDSAEARAWALGQGLECFETSVKEMENFEAPFHCLAKQFHQLYREKV
:.:::.:: .:: : . :..:.: .:: .:::.: : : : ::.... .: :
CCDS61 LIGNKSDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQEGV
120 130 140 150 160 170
180
pF1KB4 EVFRALA
CCDS61 FDINNEANGIKIGPQHAATNATHAGNQGGQQAGGGCC
180 190 200 210
>>CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 (212 aa)
initn: 216 init1: 128 opt: 305 Z-score: 388.8 bits: 78.8 E(32554): 2.5e-15
Smith-Waterman score: 305; 36.7% identity (66.3% similar) in 166 aa overlap (7-171:20-180)
10 20 30 40
pF1KB4 MVKLAAKCILAGDPAVGKTALAQIFRSDGAHFQKSYTLTTGMDLVVK
: .:.:: .:::: ..: :.. :: :.. : :.:...:
CCDS33 MAGPGPGPGDPDEQYDFLFKLVLVGDASVGKTCVVQRFKT-GA-FSERQGSTIGVDFTMK
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