FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4465, 2321 aa 1>>>pF1KB4465 2321 - 2321 aa - 2321 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.6269+/-0.000541; mu= -5.8535+/- 0.034 mean_var=690.7390+/-141.209, 0's: 0 Z-trim(122.4): 609 B-trim: 0 in 0/59 Lambda= 0.048800 statistics sampled from 39719 (40425) to 39719 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.743), E-opt: 0.2 (0.474), width: 16 Scan time: 23.070 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000426 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) neur (2321) 17489 1249.1 0 XP_005259981 (OMIM: 125310,130720,600276,615293) P (2269) 11144 802.4 0 NP_060087 (OMIM: 109730,190198,616028) neurogenic (2555) 5428 400.0 2e-109 XP_005270958 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 5232 386.2 2.7e-105 XP_011539822 (OMIM: 102500,600275,610205) PREDICTE (2432) 5232 386.2 2.7e-105 XP_016856862 (OMIM: 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NP_060 GVADYACSCALGFSGPLCLTPLDNACLTNPCRNGGTCD---LLTLTEYKCRCPPGWSGKS 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 CSLPDPCLSSPCAHGARCSVGPDGRFLCSCPPGYQGRSCRSDVDECRVGE-P--CRHGGT :. ::: :.:::.:..: . .. ..: :::...: .::.::.:: :. : :::::: NP_060 CQQADPCASNPCANGGQC-LPFEASYICHCPPSFHGPTCRQDVNEC--GQKPGLCRHGGT 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 CLNTPGSFRCQCPAGYTGPLCENPAVPCAPSPCRNGGTCRQSGDLTYDCACLPGFEGQNC : : ::.:: : : .::: :: : :::.::::.:::::: .::.:..::::::: :::: NP_060 CHNEVGSYRCVCRATHTGPNCERPYVPCSPSPCQNGGTCRPTGDVTHECACLPGFTGQNC 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 EVNVDDCPGHRCLNGGTCVDGVNTYNCQCPPEWTGQFCTEDVDECQLQPNACHNGGTCFN : :.:::::. : :::.::::::::::.::::::::.::::::::::.::::.::::: : NP_060 EENIDDCPGNNCKNGGACVDGVNTYNCRCPPEWTGQYCTEDVDECQLMPNACQNGGTCHN 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 TLGGHSCVCVNGWTGESCSQNIDDCATAVCFHGATCHDRVASFYCACPMGKTGLLCHLDD : ::..::::::::::.::.::::::.:.:::::::::::::::: :: :.:::::::.: NP_060 THGGYNCVCVNGWTGEDCSENIDDCASAACFHGATCHDRVASFYCECPHGRTGLLCHLND 320 330 340 350 360 370 360 370 380 390 400 410 pF1KB4 ACVSNPCHEDAICDTNPVNGRAICTCPPGFTGGACDQDVDECSIGANPCEHLGRCVNTQG ::.::::.: . ::::::::.:::::: :.:: ::.:::::::.::::::: :.:.:: : NP_060 ACISNPCNEGSNCDTNPVNGKAICTCPSGYTGPACSQDVDECSLGANPCEHAGKCINTLG 380 390 400 410 420 430 420 430 440 450 460 470 pF1KB4 SFLCQCGRGYTGPRCETDVNECLSGPCRNQATCLDRIGQFTCICMAGFTGTYCEVDIDEC :: ::: .:::::::: :::::.:.::.:.:::::.::.: :::: :. :..:::. ::: NP_060 SFECQCLQGYTGPRCEIDVNECVSNPCQNDATCLDQIGEFQCICMPGYEGVHCEVNTDEC 440 450 460 470 480 490 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 QSSPCVNGGVCKDRVNGFSCTCPSGFSGSTCQLDVDECASTPCRNGAKCVDQPDGYECRC ::::...: : :..: :.: ::.::.: :: ::::::::::.:::::.: :. : : : NP_060 ASSPCLHNGRCLDKINEFQCECPTGFTGHLCQYDVDECASTPCKNGAKCLDGPNTYTCVC 500 510 520 530 540 550 540 550 560 570 580 590 pF1KB4 AEGFEGTLCDRNVDDCSPDPCHHGRCVDGIASFSCACAPGYTGTRCESQVDECRSQPCRH .::. :: :. ..:.:.:::::.: : ::.:.:.: : ::::: .::....:: :::::: NP_060 TEGYTGTHCEVDIDECDPDPCHYGSCKDGVATFTCLCRPGYTGHHCETNINECSSQPCRH 560 570 580 590 600 610 600 610 620 630 640 650 pF1KB4 GGKCLDLVDKYLCRCPSGTTGVNCEVNIDDCASNPCTFGVCRDGINRYDCVCQPGFTGPL :: : : . ::: : .:::: :::.:.:::::.:: :.: : :. :.:.:.::.:: . 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NP_060 LHGGTCQDGCGSYRCTCPQGYTGPNCQNLVHWCDSSPCKNGGKCWQTHTQYRCECPSGWT 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KB4 GRLCDIRSLPCREAAAQIGVRLEQLCQAGGQCVDEDSSHYCVCPEGRTGSHCEQEVDPCL : ::. :. :. :: . :: . .::: :: ::: ..:.: : : :::.::. :: : NP_060 GLYCDVPSVSCEVAAQRQGVDVARLCQHGGLCVDAGNTHHCRCQAGYTGSYCEDLVDECS 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KB4 AQPCQHGGTCRGYMGGYMCECLPGYNGDNCEDDVDECASQPCQHGGSCIDLVARYLCSCP .:::.:.:: :.::: :.:. ::.: :: ...::: :.:::.::.:.:: : :::: NP_060 PSPCQNGATCTDYLGGYSCKCVAGYHGVNCSEEIDECLSHPCQNGGTCLDLPNTYKCSCP 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1150 1160 1170 1180 1190 1200 pF1KB4 PGTLGVLCEINEDDCGPG-PPLDSGPRCLHNGTCVDLVGGFRCTCPPGYTGLRCEADINE :: :: :::: :::.: :.. .:.:..:::::: :::. ::::::..: :::.:.:: NP_060 RGTQGVHCEINVDDCNPPVDPVSRSPKCFNNGTCVDQVGGYSCTCPPGFVGERCEGDVNE 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KB4 CRSGACHAAHTRDCLQDPGGGFRCLCHAGFSGPRCQTVLSPCESQPCQHGGQCRPSPGPG : :. : : :..:.: . :.: :.:: .: ::..:.. :...::..:: : . . . NP_060 CLSNPCDARGTQNCVQRVND-FHCECRAGHTGRRCESVINGCKGKPCKNGGTCAVASNTA 1280 1290 1300 1310 1320 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KB4 GGLTFTCHCAQPFWGPRCERVARSCRELQCPVGVPCQQTPRGPRCACPPGLSGPSCRSFP : : :.: : : :: ::.: :.: : : . ::.: : : ..:: :. :: NP_060 RG--FICKCPAGFEGATCENDARTCGSLRCLNGGTCISGPRSPTCLCLGPFTGPECQ-FP 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1330 1340 1350 1360 1370 pF1KB4 GSPPGASNASC-AAAPCLHGGSCRPAPLAPFFRCACAQGWTGPRCE---------APAAA .: : : .. :: . :.:.:. .::.:: : ..: :. : NP_060 ASSP------CLGGNPCYNQGTCEPTSESPFYRCLCPAKFNGLLCHILDYSFGGGAGRDI 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1380 1390 1400 1410 1420 1430 pF1KB4 PEVSEEPRCPRAACQAKRGDQRCDRECNSPGCGWDGGDCSLSVGDPWRQC-EALQCWRLF : : : :: :.. :. .::. .::::::::::. .:::..: ..::::. : NP_060 PPPLIEEACELPECQEDAGNKVCSLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYF 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1440 1450 1460 1470 1480 1490 pF1KB4 NNSRCDPACSSPACLYDNFDCHAGGRERTCNPVYEKYCADHFADGRCDQGCNTEECGWDG ....:: :.: .::.:.:::. . : :::.:..:: :::.::.::::::. :: ::: NP_060 SDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQRA--EGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDG 1510 1520 1530 1540 1550 1500 1510 1520 1530 1540 1550 pF1KB4 LDCASEVPALLARGVLVLTVLLPPEELLRSSADFLQRLSAILRTSLRFRLDAHGQAMVFP :::: .:: :: :.::..::.:::.: :: ::..:: .:.:.. :. ::::: :.:: NP_060 LDCAEHVPERLAAGTLVVVVLMPPEQLRNSSFHFLRELSRVLHTNVVFKRDAHGQQMIFP 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1560 1570 1580 pF1KB4 YH------RPSP-------------------------GSEP-RARRELAP-EVIGSVVML :. : : ::: : :::: : .: ::.:.: NP_060 YYGREEELRKHPIKRAAEGWAAPDALLGQVKASLLPGGSEGGRRRRELDPMDVRGSIVYL 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KB4 EIDNRLCLQSPENDHCFPDAQSAADYLGALSAVERLDFPYPLRDVRGEPLEPPEPSVPLL ::::: :.:. ...:: .: ..: .::::... :..:: .. :..: .::: :. : NP_060 EIDNRQCVQA--SSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVQSETVEPPPPA-QLH 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1650 1660 1670 1680 1690 1700 pF1KB4 PLLVAGAVLLLVILV-LGVMVAR-RKREHSTLWFPEGFSLHKDVASGHKGRREPVGQDAL . ::.:...:...: ::...: :.:.:. :::::::.. . ...: ::::.:.:.. NP_060 FMYVAAAAFVLLFFVGCGVLLSRKRRRQHGQLWFPEGFKVSE---ASKKKRREPLGEDSV 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1710 1720 1730 1740 1750 pF1KB4 GMKNM--AKGESLMGEVATDWMDTECPEAKRLKVEEPGM--GAEEAVDCRQWTQHHLVAA :.: . :. .:: . ..: : . :.:... ::: . .. .: :::::.:: :: NP_060 GLKPLKNASDGALMDDNQNEWGDEDL-ETKKFRFEEPVVLPDLDDQTDHRQWTQQHLDAA 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1760 1770 1780 1790 1800 1810 pF1KB4 DIRVAPAMALTPPQGDADADGMDVNVRGPDGFTPLMLASFCGGALEPMPTEEDEADDTSA :.:.. ::: :::::..::: :::::::::::::::.:: ::.:: .::.: :. : NP_060 DLRMS-AMAPTPPQGEVDADCMDVNVRGPDGFTPLMIASCSGGGLETGNSEEEE--DAPA 1860 1870 1880 1890 1900 1820 1830 1840 1850 1860 1870 pF1KB4 SIISDLICQGAQLGARTDRTGETALHLAARYARADAAKRLLDAGADTNAQDHSGRTPLHT .:::.: :::.: .:::::::::::::::.:.:::::::.:.::.: ::. ::::::. NP_060 -VISDFIYQGASLHNQTDRTGETALHLAARYSRSDAAKRLLEASADANIQDNMGRTPLHA 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1880 1890 1900 1910 1920 1930 pF1KB4 AVTADAQGVFQILIRNRSTDLDARMADGSTALILAARLAVEGMVEELIASHADVNAVDEL ::.::::::::::::::.::::::: ::.: ::::::::::::.:.:: :::::::::.: NP_060 AVSADAQGVFQILIRNRATDLDARMHDGTTPLILAARLAVEGMLEDLINSHADVNAVDDL 1970 1980 1990 2000 2010 2020 1940 1950 1960 1970 1980 1990 pF1KB4 GKSALHWAAAVNNVEATLALLKNGANKDMQDSKEETPLFLAAREGSYEAAKLLLDHFANR ::::::::::::::.:...:::::::::::...:::::::::::::::.::.:::::::: NP_060 GKSALHWAAAVNNVDAAVVLLKNGANKDMQNNREETPLFLAAREGSYETAKVLLDHFANR 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2000 2010 2020 2030 2040 2050 pF1KB4 EITDHLDRLPRDVAQERLHQDIVRLLDQPSGPRSPP---GPHG----LGPLLCPPGAFLP .::::.::::::.::::.:.:::::::. . ::: .: : :.: :: :...: NP_060 DITDHMDRLPRDIAQERMHHDIVRLLDEYNLVRSPQLHGAPLGGTPTLSPPLCSPNGYLG 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2060 2070 2080 2090 2100 pF1KB4 GLKAAQSGSKKSRRPPGKAGLGPQGPRGRG----KKLTLACPGPLADSSVTLSPVDSLDS .:: . .: :: :.: .: ::. . ... .: . : : ::: :::::::.: NP_060 SLKPGVQG-KKVRKPSSK-GLACGSKEAKDLKARRKKSQDGKGCLLDSSGMLSPVDSLES 2150 2160 2170 2180 2190 2200 2110 2120 2130 2140 2150 2160 pF1KB4 PRPFGGPPASPGGFPLEGPYAAATATAVSLAQLGGPGRAGLGRQPPGGCVLSLGLLNPVA :. . . ::: .: .:. . . : : .: : . :: .: :: .: NP_060 PHGYLSDVASPPLLP--SPFQQSPS--VPLNHLPGMPDTHLG----------IGHLNVAA 2210 2220 2230 2240 2250 2170 2180 2190 2200 2210 2220 pF1KB4 VPLDWARLPPPAPPGPSFLLPLAPGPQLLNPGTPVSPQERPPPYLAVPGHGEEYPAAGAH : . : : : . : . :: :. ::. . . : . .. ..:. NP_060 KP-EMAAL------GGGGRLAFETGPPRLSH-LPVA-SGTSTVLGSSSGGALNFTVGGST 2260 2270 2280 2290 2300 2230 2240 2250 2260 2270 2280 pF1KB4 SSPPKARFL-RVPSEHPYLTPSPESPEHWASPSPPSLSDWSESTP----SPATATGAMAT : . ..: :. : ..:. .: . .: .: :: . : .: .. : .. 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XP_011 HEMQPLAHGASTVLPSVSQLLSHHHIVSPGSGSAGSLSRLHPVPVPADWMNRMEVNETQY 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2190 2200 2210 2220 2230 2240 pF1KB4 GPSFLLPLAPGPQLLNPGTPVSPQERPPPYLAVPGHGEEYPAAGAHSSPPKARFLRVPS- . : . :::. . .:: ..:: ::: :. : . :: . : .:. XP_011 NEMFGMVLAPA-EGTHPG--IAPQSRPPE-----GKHITTPR---EPLPPIVTFQLIPKG 2270 2280 2290 2300 2250 2260 2270 2280 2290 pF1KB4 --EHPYLTPSPESPEHWASPSP-PSLSDWSEST--PSPATATGAMATTTGALPAQPLPLS .: .:.:.: : .: :.. . : . :: : :. : : . :: XP_011 SIAQPAGAPQPQSTCPPAVAGPLPTMYQIPEMARLPSVAFPTAMMPQQDGQVAQTILPAY 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2300 2310 2320 pF1KB4 VPSSLAQAQTQLGPQPEVTPKRQVLA : XP_011 HPFPASVGKYPTPPSQHSYASSNAAERTPSHSGHLQGEHPYLTPSPESPDQWSSSSPHSA 2370 2380 2390 2400 2410 2420 >>NP_077719 (OMIM: 102500,600275,610205) neurogenic locu (2471 aa) initn: 5366 init1: 2003 opt: 5232 Z-score: 2011.2 bits: 386.2 E(85289): 2.7e-105 Smith-Waterman score: 8744; 51.2% identity (71.8% similar) in 2372 aa overlap (42-2297:67-2375) 20 30 40 50 60 70 pF1KB4 RRPMSPPPPPPPVRALPLLLLLAGPGAAAPPCLDGSPCANGGRCT-QLPSREAACLCPPG :: . . : ::: :. : .:.: : : NP_077 NEGMCVTYHNGTGYCKCPEGFLGEYCQHRDPC-EKNRCQNGGTCVAQAMLGKATCRCASG 40 50 60 70 80 90 80 90 100 110 120 pF1KB4 WVGERCQLED--PCH-SGPCAGRGVCQSSVVAGTARFSCRCPRGFRGPDCSLPDPCLSSP ..:: :: :: : :: . :.:. . . . : : :: : .:. : ::: : NP_077 FTGEDCQYSTSHPCFVSRPCLNGGTCH---MLSRDTYECTCQVGFTGKECQWTDACLSHP 100 110 120 130 140 150 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 CAHGARCSVGPDGRFLCSCPPGYQGRSCRSDVDECRVGEPCRHGGTCLNTPGSFRCQCPA ::.:. :.. . .: :.: :. :..:..::.:: . :.::::::: :::..:::: NP_077 CANGSTCTTVAN-QFSCKCLTGFTGQKCETDVNECDIPGHCQHGGTCLNLPGSYQCQCPQ 160 170 180 190 200 210 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 GYTGPLCENPAVPCAPSPCRNGGTCRQSGDLTYDCACLPGFEGQNCEVNVDDCPGHRCLN :.:: :.. :::::::: :::::::.::.:..: :::::::..:: :.::::.::: : NP_077 GFTGQYCDSLYVPCAPSPCVNGGTCRQTGDFTFECNCLPGFEGSTCERNIDDCPNHRCQN 220 230 240 250 260 270 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 GGTCVDGVNTYNCQCPPEWTGQFCTEDVDECQLQPNACHNGGTCFNTLGGHSCVCVNGWT ::.::::::::::.:::.::::::::::::: ::::::.::::: : ::..:::::::. 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