FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4495, 963 aa 1>>>pF1KB4495 963 - 963 aa - 963 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4732+/-0.00045; mu= 15.9447+/- 0.028 mean_var=141.7977+/-30.901, 0's: 0 Z-trim(113.1): 142 B-trim: 563 in 1/56 Lambda= 0.107706 statistics sampled from 22106 (22263) to 22106 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16 Scan time: 10.870 The best scores are: opt bits E(85289) XP_011509195 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3 0 XP_011509194 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3 0 NP_055336 (OMIM: 605611) SH3 domain-binding protei ( 963) 6417 1010.3 0 XP_011509193 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3 0 XP_011509196 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3 0 NP_877439 (OMIM: 612646) metastasis-associated in ( 852) 2152 347.5 1.7e-94 >>XP_011509195 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain-bind (963 aa) initn: 6417 init1: 6417 opt: 6417 Z-score: 5398.6 bits: 1010.3 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6417; 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NP_877 MLITERKHFRSGRIAQSMSEANLIDMEAGKLSKSCNITECQ 10 20 30 40 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 DSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSN--NPFWNGVQ-TNPFLNGNVPVMPSLDELNP : :: :: .: : . : :. ::::: .. .::::. . .: . NP_877 D-PD-------LLHNWPDAFTLRGNNASKVANPFWNQLSASNPFLDD----ITQLRNNRK 50 60 70 80 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 KSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFRSKRSYS ......: : .. . .:.: ::: : . : :.. : :: : NP_877 RNNISILKEDPFLFCREIENGNSFDSSG---DELDVHQLL-------RQTSSRNSGRSKS 90 100 110 120 130 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 LSEL-SVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQS-REDFRTAWLNHRKLARSCHDLDLLG .::: ..:. . : : . : ... :: .. :::..:.::::: ::. .. 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