Result of FASTA (omim) for pF1KB4495
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4495, 963 aa
  1>>>pF1KB4495 963 - 963 aa - 963 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4732+/-0.00045; mu= 15.9447+/- 0.028
 mean_var=141.7977+/-30.901, 0's: 0 Z-trim(113.1): 142  B-trim: 563 in 1/56
 Lambda= 0.107706
 statistics sampled from 22106 (22263) to 22106 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.261), width:  16
 Scan time: 10.870

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_011509195 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3       0
XP_011509194 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3       0
NP_055336 (OMIM: 605611) SH3 domain-binding protei ( 963) 6417 1010.3       0
XP_011509193 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3       0
XP_011509196 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain- ( 963) 6417 1010.3       0
NP_877439 (OMIM: 612646) metastasis-associated in  ( 852) 2152 347.5 1.7e-94


>>XP_011509195 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain-bind  (963 aa)
 initn: 6417 init1: 6417 opt: 6417  Z-score: 5398.6  bits: 1010.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6417; 100.0% identity (100.0% similar) in 963 aa overlap (1-963:1-963)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MAAQRIRAANSNGLPRCKSEGTLIDLSEGFSETSFNDIKVPSPSALLVDNPTPFGNAKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAAQRIRAANSNGLPRCKSEGTLIDLSEGFSETSFNDIKVPSPSALLVDNPTPFGNAKEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 IAIKDYCPTNFTTLKFSKGDHLYVLDTSGGEWWYAHNTTEMGYIPSSYVQPLNYRNSTLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IAIKDYCPTNFTTLKFSKGDHLYVLDTSGGEWWYAHNTTEMGYIPSSYVQPLNYRNSTLS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 DSGMIDNLPDSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSNNPFWNGVQTNPFLNGNVPVMPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DSGMIDNLPDSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSNNPFWNGVQTNPFLNGNVPVMPS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 LDELNPKSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDELNPKSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 SKRSYSLSELSVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQSREDFRTAWLNHRKLARSCHDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SKRSYSLSELSVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQSREDFRTAWLNHRKLARSCHDL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 DLLGQSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLLGQSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 DPPLELNSDRSCSISPVLEVKLSNLEVKTSIILEMKVSAEIKNDLFSKSTVGLQCLRSDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPPLELNSDRSCSISPVLEVKLSNLEVKTSIILEMKVSAEIKNDLFSKSTVGLQCLRSDS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 KEGPYVSVPLNCSCGDTVQAQLHNLEPCMYVAVVAHGPSILYPSTVWDFINKKVTVGLYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEGPYVSVPLNCSCGDTVQAQLHNLEPCMYVAVVAHGPSILYPSTVWDFINKKVTVGLYG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 PKHIHPSFKTVVTIFGHDCAPKTLLVSEVTRQAPNPAPVALQLWGKHQFVLSRPQDLKVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PKHIHPSFKTVVTIFGHDCAPKTLLVSEVTRQAPNPAPVALQLWGKHQFVLSRPQDLKVC
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 MFSNMTNYEVKASEQAKVVRGFQLKLGKVSRLIFPITSQNPNELSDFTLRVQVKDDQEAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MFSNMTNYEVKASEQAKVVRGFQLKLGKVSRLIFPITSQNPNELSDFTLRVQVKDDQEAI
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 LTQFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTQFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 LLKTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLKTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 VVGRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVGRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 LPLTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPLTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 IQDFVLLTTAVEVAQRWRELAEKLAKVSKQQMDAYESPHRDRNGVVDSEAMWKPAYDFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IQDFVLLTTAVEVAQRWRELAEKLAKVSKQQMDAYESPHRDRNGVVDSEAMWKPAYDFLL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 TWSHQIGDSYRDVIQELHLGLDKMKNPITKRWKHLTGTLILVNSLDVLRAAAFSPADQDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TWSHQIGDSYRDVIQELHLGLDKMKNPITKRWKHLTGTLILVNSLDVLRAAAFSPADQDD
              910       920       930       940       950       960

          
pF1KB4 FVI
       :::
XP_011 FVI
          

>>XP_011509194 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain-bind  (963 aa)
 initn: 6417 init1: 6417 opt: 6417  Z-score: 5398.6  bits: 1010.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 6417; 100.0% identity (100.0% similar) in 963 aa overlap (1-963:1-963)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MAAQRIRAANSNGLPRCKSEGTLIDLSEGFSETSFNDIKVPSPSALLVDNPTPFGNAKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MAAQRIRAANSNGLPRCKSEGTLIDLSEGFSETSFNDIKVPSPSALLVDNPTPFGNAKEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 IAIKDYCPTNFTTLKFSKGDHLYVLDTSGGEWWYAHNTTEMGYIPSSYVQPLNYRNSTLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IAIKDYCPTNFTTLKFSKGDHLYVLDTSGGEWWYAHNTTEMGYIPSSYVQPLNYRNSTLS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 DSGMIDNLPDSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSNNPFWNGVQTNPFLNGNVPVMPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DSGMIDNLPDSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSNNPFWNGVQTNPFLNGNVPVMPS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 LDELNPKSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDELNPKSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 SKRSYSLSELSVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQSREDFRTAWLNHRKLARSCHDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SKRSYSLSELSVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQSREDFRTAWLNHRKLARSCHDL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 DLLGQSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DLLGQSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 DPPLELNSDRSCSISPVLEVKLSNLEVKTSIILEMKVSAEIKNDLFSKSTVGLQCLRSDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPPLELNSDRSCSISPVLEVKLSNLEVKTSIILEMKVSAEIKNDLFSKSTVGLQCLRSDS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 KEGPYVSVPLNCSCGDTVQAQLHNLEPCMYVAVVAHGPSILYPSTVWDFINKKVTVGLYG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KEGPYVSVPLNCSCGDTVQAQLHNLEPCMYVAVVAHGPSILYPSTVWDFINKKVTVGLYG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 PKHIHPSFKTVVTIFGHDCAPKTLLVSEVTRQAPNPAPVALQLWGKHQFVLSRPQDLKVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PKHIHPSFKTVVTIFGHDCAPKTLLVSEVTRQAPNPAPVALQLWGKHQFVLSRPQDLKVC
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 MFSNMTNYEVKASEQAKVVRGFQLKLGKVSRLIFPITSQNPNELSDFTLRVQVKDDQEAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MFSNMTNYEVKASEQAKVVRGFQLKLGKVSRLIFPITSQNPNELSDFTLRVQVKDDQEAI
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 LTQFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LTQFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 LLKTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LLKTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 VVGRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVGRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 LPLTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPLTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRL
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 IQDFVLLTTAVEVAQRWRELAEKLAKVSKQQMDAYESPHRDRNGVVDSEAMWKPAYDFLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IQDFVLLTTAVEVAQRWRELAEKLAKVSKQQMDAYESPHRDRNGVVDSEAMWKPAYDFLL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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XP_011 FVI
          

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NP_055 FVI
          

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Smith-Waterman score: 6417; 100.0% identity (100.0% similar) in 963 aa overlap (1-963:1-963)

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XP_011 TWSHQIGDSYRDVIQELHLGLDKMKNPITKRWKHLTGTLILVNSLDVLRAAAFSPADQDD
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pF1KB4 FVI
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XP_011 FVI
          

>>XP_011509196 (OMIM: 605611) PREDICTED: SH3 domain-bind  (963 aa)
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XP_011 TWSHQIGDSYRDVIQELHLGLDKMKNPITKRWKHLTGTLILVNSLDVLRAAAFSPADQDD
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pF1KB4 FVI
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XP_011 FVI
          

>>NP_877439 (OMIM: 612646) metastasis-associated in colo  (852 aa)
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NP_877                    MLITERKHFRSGRIAQSMSEANLIDMEAGKLSKSCNITECQ
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pF1KB4 DSPDEVAKELELLGGWTDDKKVPGRMYSN--NPFWNGVQ-TNPFLNGNVPVMPSLDELNP
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NP_877 D-PD-------LLHNWPDAFTLRGNNASKVANPFWNQLSASNPFLDD----ITQLRNNRK
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pF1KB4 KSTVDLLLFDAGTSSFTESSSATTNSTGNIFDELPVTNGLHAEPPVRRDNPFFRSKRSYS
       ......:  :         .. . .:.:   ::: : . :       :..    : :: :
NP_877 RNNISILKEDPFLFCREIENGNSFDSSG---DELDVHQLL-------RQTSSRNSGRSKS
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pF1KB4 LSEL-SVLQAKSDAPTSSSFFTGLKSPAPEQFQS-REDFRTAWLNHRKLARSCHDLDLLG
       .::: ..:.  . :  :      .     : ... :: .. :::..:.::::: ::. ..
NP_877 VSELLDILDDTAHAHQSIHNSDQILLHDLEWLKNDREAYKMAWLSQRQLARSCLDLNTIS
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pF1KB4 QSPGWGQTQAVETNIVCKLDSSGGAVQLPDTSISIHVPEGHVAPGETQQISMKALLDPPL
       :::::.::: .:..:.::.. .::.::::...:..:::.:::: :: :..:..:.:::: 
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        :: : ::..::.::. :.::..  ...::::..::...: ::.  . . ::.: .::::
NP_877 MLNHDLSCTVSPLLEIMLGNLNTMEALLLEMKIGAEVRKDPFSQVMTEMVCLHSLGKEGP
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       . .:  ::    ::.:..: .:   ::..:.:.. ..  :. :.::.:.: ...:.::::
NP_877 F-KVLSNCYIYKDTIQVKLIDLSQVMYLVVAAQAKALPSPAATIWDYIHKTTSIGIYGPK
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       .::::: .:.:. ::.  :  : .:.. . . : .::..:::::..:.:..::::.. .:
NP_877 YIHPSFTVVLTVCGHNYMPGQLTISDIKKGGKNISPVVFQLWGKQSFLLDKPQDLSISIF
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       :   ..:::.  . : ..  ::. :.: .  : ..  .  :.  : . :::.  .   ..
NP_877 SCDPDFEVKTEGERKEIKQKQLEAGEVVHQQFLFSLVEHREMHLFDFCVQVEPPNGEPVA
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pF1KB4 QFCVQTPQPPPKSAIKPSGQRRFLKKNEVGKIILSPFATTTKYPTFQDRPVSSLKFGKLL
       :: . ::.: :.     .    . ::.:. .  :::    .:::::::. ..  ..:  :
NP_877 QFSITTPDPTPNLKRLSNLPGYLQKKEEIKSAPLSP-KILVKYPTFQDKTLNFSNYGVTL
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pF1KB4 KTVVRQNKNHYLLEYKKGDGIALLSEERVRLRGQLWTKEWYIGYYQGRVGLVHTKNVLVV
       :.:.::.:  :.::: ::: ::::.: .:.  ::  .::::.:  .:..:::: ::: :.
NP_877 KAVLRQSKIDYFLEYFKGDTIALLGEGKVKAIGQSKVKEWYVGVLRGKIGLVHCKNVKVI
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pF1KB4 GRARPSLCSGPELSTSVLLEQILRPCKFLTYIYASVRTLLMENISSWRSFADALGYVNLP
       .. .  . :   ..:  :::::. : : :::::. : ::. :.. .:. .::.::: .: 
NP_877 SKEQVMFMSDSVFTTRNLLEQIVLPLKKLTYIYSVVLTLVSEKVYDWKVLADVLGYSHLS
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pF1KB4 LTFFCRAELDSEPERVASVLEKLKEDCNNTENKERKSFQKELVMALLKMDCQGLVVRLIQ
       :  : . . :.: :.:. :..::::::. :: . :: :  ::..:::::::: ::.::::
NP_877 LEDFDQIQADKESEKVSYVIKKLKEDCH-TERNTRK-FLYELIVALLKMDCQELVARLIQ
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       . ..::.::.... ::::::::....::::.::: :::  .: :  : ::::::::: ::
NP_877 EAAVLTSAVKLGKGWRELAEKLVRLTKQQMEAYEIPHRGNTGDVAVEMMWKPAYDFLYTW
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NP_877 SAHYGNNYRDVLQDLQSALDRMKNPVTKHWRELTGVLILVNSLEVLRVTAFSTSEEV   
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pF1KB4 I




963 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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 start: Thu Nov  3 15:05:55 2016 done: Thu Nov  3 15:05:56 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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