Result of FASTA (omim) for
pF1KB4514
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4514, 1620 aa
1>>>pF1KB4514 1620 - 1620 aa - 1620 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2507+/-0.000507; mu= 14.3684+/- 0.032
mean_var=573.2578+/-137.880, 0's: 0 Z-trim(119.2): 764 B-trim: 1689 in 1/57
Lambda= 0.053567
statistics sampled from 31966 (32929) to 31966 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.716), E-opt: 0.2 (0.386), width: 16
Scan time: 20.930
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004295 (OMIM: 105590,613014) ALK tyrosine kinas (1620) 11178 881.6 0
NP_002335 (OMIM: 151520) leukocyte tyrosine kinase ( 864) 2626 220.1 6.4e-56
NP_996844 (OMIM: 151520) leukocyte tyrosine kinase ( 803) 2142 182.7 1.1e-44
XP_011519858 (OMIM: 151520) PREDICTED: leukocyte t ( 880) 1836 159.1 1.5e-37
XP_016877670 (OMIM: 151520) PREDICTED: leukocyte t ( 885) 1826 158.3 2.7e-37
XP_016877671 (OMIM: 151520) PREDICTED: leukocyte t ( 837) 1820 157.8 3.6e-37
XP_011519859 (OMIM: 151520) PREDICTED: leukocyte t ( 824) 1804 156.6 8.4e-37
XP_016877672 (OMIM: 151520) PREDICTED: leukocyte t ( 800) 1528 135.2 2.2e-30
NP_001129157 (OMIM: 151520) leukocyte tyrosine kin ( 734) 1510 133.8 5.5e-30
XP_011534355 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2299) 1024 97.1 1.8e-18
XP_016866662 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2333) 1024 97.1 1.9e-18
XP_016866661 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2334) 1024 97.1 1.9e-18
XP_006715611 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2342) 1024 97.1 1.9e-18
XP_011534354 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2343) 1024 97.1 1.9e-18
NP_002935 (OMIM: 165020) proto-oncogene tyrosine-p (2347) 1024 97.1 1.9e-18
XP_011534353 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2348) 1024 97.1 1.9e-18
XP_011534352 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2356) 1024 97.1 1.9e-18
XP_011534351 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2357) 1024 97.1 1.9e-18
XP_011519819 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu ( 922) 939 89.8 1.2e-16
XP_011519818 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1064) 939 89.9 1.2e-16
XP_016877628 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1246) 939 90.1 1.3e-16
NP_001278787 (OMIM: 147370,270450) insulin-like gr (1366) 939 90.1 1.4e-16
NP_000866 (OMIM: 147370,270450) insulin-like growt (1367) 939 90.1 1.4e-16
XP_016877627 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1391) 939 90.2 1.4e-16
XP_016877626 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1392) 939 90.2 1.4e-16
XP_016877625 (OMIM: 147370,270450) PREDICTED: insu (1392) 939 90.2 1.4e-16
XP_011534356 (OMIM: 165020) PREDICTED: proto-oncog (2200) 932 90.0 2.5e-16
NP_055030 (OMIM: 147671) insulin receptor-related (1297) 910 87.9 6.4e-16
XP_011526291 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61 (1369) 899 87.0 1.2e-15
NP_001073285 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61 (1370) 899 87.0 1.2e-15
XP_011526290 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61 (1381) 899 87.1 1.2e-15
NP_000199 (OMIM: 147670,246200,262190,609968,61054 (1382) 899 87.1 1.2e-15
XP_016870243 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 793 78.4 2.8e-13
XP_016870241 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 793 78.4 2.8e-13
XP_016870242 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 793 78.4 2.8e-13
XP_011517020 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 793 78.4 2.8e-13
NP_001018074 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growt ( 822) 793 78.4 2.8e-13
NP_006171 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growth f ( 838) 793 78.5 2.8e-13
XP_005252058 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 793 78.5 2.8e-13
XP_016870240 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 793 78.5 2.8e-13
XP_005252060 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 793 78.5 2.8e-13
XP_005252061 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 793 78.5 2.8e-13
NP_001007793 (OMIM: 155240,191315,256800) high aff ( 760) 792 78.3 2.8e-13
NP_001012331 (OMIM: 155240,191315,256800) high aff ( 790) 792 78.3 2.9e-13
NP_002520 (OMIM: 155240,191315,256800) high affini ( 796) 792 78.3 2.9e-13
XP_016877741 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 448) 781 77.0 4e-13
XP_016877740 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 456) 781 77.0 4e-13
XP_016877734 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 781 77.4 5e-13
XP_016877735 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 781 77.4 5e-13
XP_016877732 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 781 77.4 5e-13
>>NP_004295 (OMIM: 105590,613014) ALK tyrosine kinase re (1620 aa)
initn: 11178 init1: 11178 opt: 11178 Z-score: 4694.6 bits: 881.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 11178; 99.8% identity (100.0% similar) in 1620 aa overlap (1-1620:1-1620)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGAIGLLWLLPLLLSTAAVGSGMGTGQRAGSPAAGPPLQPREPLSYSRLQRKSLAVDFVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MGAIGLLWLLPLLLSTAAVGSGMGTGQRAGSPAAGPPLQPREPLSYSRLQRKSLAVDFVV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 PSLFRVYARDLLLPPSSSELKAGRPEARGSLALDCAPLLRLLGPAPGVSWTAGSPAPAEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PSLFRVYARDLLLPPSSSELKAGRPEARGSLALDCAPLLRLLGPAPGVSWTAGSPAPAEA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RTLSRVLKGGSVRKLRRAKQLVLELGEEAILEGCVGPPGEAAVGLLQFNLSELFSWWIRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RTLSRVLKGGSVRKLRRAKQLVLELGEEAILEGCVGPPGEAAVGLLQFNLSELFSWWIRQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 GEGRLRIRLMPEKKASEVGREGRLSAAIRASQPRLLFQIFGTGHSSLESPTNMPSPSPDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GEGRLRIRLMPEKKASEVGREGRLSAAIRASQPRLLFQIFGTGHSSLESPTNMPSPSPDY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FTWNLTWIMKDSFPFLSHRSRYGLECSFDFPCELEYSPPLHDLRNQSWSWRRIPSEEASQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 FTWNLTWIMKDSFPFLSHRSRYGLECSFDFPCELEYSPPLHDLRNQSWSWRRIPSEEASQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 MDLLDGPGAERSKEMPRGSFLLLNTSADSKHTILSPWMRSSSEHCTLAVSVHRHLQPSGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MDLLDGPGAERSKEMPRGSFLLLNTSADSKHTILSPWMRSSSEHCTLAVSVHRHLQPSGR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 YIAQLLPHNEAAREILLMPTPGKHGWTVLQGRIGRPDNPFRVALEYISSGNRSLSAVDFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 YIAQLLPHNEAAREILLMPTPGKHGWTVLQGRIGRPDNPFRVALEYISSGNRSLSAVDFF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 ALKNCSEGTSPGSKMALQSSFTCWNGTVLQLGQACDFHQDCAQGEDESQMCRKLPVGFYC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ALKNCSEGTSPGSKMALQSSFTCWNGTVLQLGQACDFHQDCAQGEDESQMCRKLPVGFYC
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 NFEDGFCGWTQGTLSPHTPQWQVRTLKDARFQDHQDHALLLSTTDVPASESATVTSATFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NFEDGFCGWTQGTLSPHTPQWQVRTLKDARFQDHQDHALLLSTTDVPASESATVTSATFP
490 500 510 520 530 540
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pF1KB4 APIKSSPCELRMSWLIRGVLRGNVSLVLVENKTGKEQGRMVWHVAAYEGLSLWQWMVLPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 APIKSSPCELRMSWLIRGVLRGNVSLVLVENKTGKEQGRMVWHVAAYEGLSLWQWMVLPL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 LDVSDRFWLQMVAWWGQGSRAIVAFDNISISLDCYLTISGEDKILQNTAPKSRNLFERNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LDVSDRFWLQMVAWWGQGSRAIVAFDNISISLDCYLTISGEDKILQNTAPKSRNLFERNP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 NKELKPGENSPRQTPIFDPTVHWLFTTCGASGPHGPTQAQCNNAYQNSNLSVEVGSEGPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 NKELKPGENSPRQTPIFDPTVHWLFTTCGASGPHGPTQAQCNNAYQNSNLSVEVGSEGPL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 KGIQIWKVPATDTYSISGYGAAGGKGGKNTMMRSHGVSVLGIFNLEKDDMLYILVGQQGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KGIQIWKVPATDTYSISGYGAAGGKGGKNTMMRSHGVSVLGIFNLEKDDMLYILVGQQGE
730 740 750 760 770 780
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pF1KB4 DACPSTNQLIQKVCIGENNVIEEEIRVNRSVHEWAGGGGGGGGATYVFKMKDGVPVPLII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DACPSTNQLIQKVCIGENNVIEEEIRVNRSVHEWAGGGGGGGGATYVFKMKDGVPVPLII
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 AAGGGGRAYGAKTDTFHPERLENNSSVLGLNGNSGAAGGGGGWNDNTSLLWAGKSLQEGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 AAGGGGRAYGAKTDTFHPERLENNSSVLGLNGNSGAAGGGGGWNDNTSLLWAGKSLQEGA
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910 920 930 940 950 960
pF1KB4 TGGHSCPQAMKKWGWETRGGFGGGGGGCSSGGGGGGYIGGNAASNNDPEMDGEDGVSFIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TGGHSCPQAMKKWGWETRGGFGGGGGGCSSGGGGGGYIGGNAASNNDPEMDGEDGVSFIS
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 PLGILYTPALKVMEGHGEVNIKHYLNCSHCEVDECHMDPESHKVICFCDHGTVLAEDGVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PLGILYTPALKVMEGHGEVNIKHYLNCSHCEVDECHMDPESHKVICFCDHGTVLAEDGVS
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pF1KB4 CIVSPTPEPHLPLSLILSVVTSALVAALVLAFSGIMIVYRRKHQELQAMQMELQSPEYKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 CIVSPTPEPHLPLSLILSVVTSALVAALVLAFSGIMIVYRRKHQELQAMQMELQSPEYKL
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pF1KB4 SKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFGEVYEGQVSGMPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SKLRTSTIMTDYNPNYCFAGKTSSISDLKEVPRKNITLIRGLGHGAFGEVYEGQVSGMPN
1090 1100 1110 1120 1130 1140
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pF1KB4 DPSPLQVAVKTLPEVCSEQDELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLELMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 DPSPLQVAVKTLPEVCSEQDELDFLMEALIISKFNHQNIVRCIGVSLQSLPRFILLELMA
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pF1KB4 GGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GGDLKSFLRETRPRPSQPSSLAMLDLLHVARDIACGCQYLEENHFIHRDIAARNCLLTCP
1210 1220 1230 1240 1250 1260
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pF1KB4 GPGRVAKIGDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPEAFMEGIFTSKTDTWSFGVLLW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 GPGRVAKIGDFGMARDIYRASYYRKGGCAMLPVKWMPPEAFMEGIFTSKTDTWSFGVLLW
1270 1280 1290 1300 1310 1320
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pF1KB4 EIFSLGYMPYPSKSNQEVLEFVTSGGRMDPPKNCPGPVYRIMTQCWQHQPEDRPNFAIIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 EIFSLGYMPYPSKSNQEVLEFVTSGGRMDPPKNCPGPVYRIMTQCWQHQPEDRPNFAIIL
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB4 ERIEYCTQDPDVINTALPIEYGPLVEEEEKVPVRPKDPEGVPPLLVSQQAKREEERSPAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 ERIEYCTQDPDVINTALPIEYGPLVEEEEKVPVRPKDPEGVPPLLVSQQAKREEERSPAA
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB4 PPPLPTTSSGKAAKKPTAAEVSVRVPRGPAVEGGHVNMAFSQSNPPSELHRVHGSRNKPT
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::
NP_004 PPPLPTTSSGKAAKKPTAAEISVRVPRGPAVEGGHVNMAFSQSNPPSELHKVHGSRNKPT
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB4 SLWNPTYGSWFTEKPTKKNNPIAKKEPHERGNLGLEGSCTVPPNVATGRLPGASLLLEPS
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SLWNPTYGSWFTEKPTKKNNPIAKKEPHDRGNLGLEGSCTVPPNVATGRLPGASLLLEPS
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB4 SLTANMKEVPLFRLRHFPCGNVNYGYQQQGLPLEAATAPGAGHYEDTILKSKNSMNQPGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SLTANMKEVPLFRLRHFPCGNVNYGYQQQGLPLEAATAPGAGHYEDTILKSKNSMNQPGP
1570 1580 1590 1600 1610 1620
>>NP_002335 (OMIM: 151520) leukocyte tyrosine kinase rec (864 aa)
initn: 2767 init1: 2275 opt: 2626 Z-score: 1124.9 bits: 220.1 E(85289): 6.4e-56
Smith-Waterman score: 3136; 55.5% identity (76.0% similar) in 859 aa overlap (608-1450:4-843)
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 GRMVWHVAAYEGLSLWQWMVLPLLDVSDRFWLQMVAWWGQGSRAIVAFDNISISLDCYLT
: :...:.: .. . . . : . .:
NP_002 MGCWGQLLVWFGAAGAILCSSPG---SQETFLR
10 20 30
640 650 660 670 680 690
pF1KB4 ISGEDKILQNTAPKSRNLFERNPNKELKPGENSPRQTPIFDPTVHWLFTTCGASGPHGPT
: : ..:. :. : . :.:. :: ..: . . :::.:::::: ::::
NP_002 SSP----LPLASPSPRDPKVSAPPSILEPA--SPLNSPGTEGS--WLFSTCGASGRHGPT
40 50 60 70 80
700 710 720 730 740 750
pF1KB4 QAQCNNAYQNSNLSVEVGSEGPLKGIQIWKVPATDTYSISGYGAAGGKGGKNTMMRSHGV
:.::..:: .... : ::. : :.:.:.:.::. : ::.::::::::.:: . :.:::
NP_002 QTQCDGAYAGTSVVVTVGAAGQLRGVQLWRVPGPGQYLISAYGAAGGKGAKNHLSRAHGV
90 100 110 120 130 140
760 770 780 790 800 810
pF1KB4 SVLGIFNLEKDDMLYILVGQQGEDACPSTNQLIQKVCIGENNVIEEEIRVNRS-----VH
: .::.: . ::::::::::::::. . : ::.::. ..::. .. : .
NP_002 FVSAIFSLGLGESLYILVGQQGEDACPGGSPESQLVCLGESRAVEEHAAMDGSEGVPGSR
150 160 170 180 190 200
820 830 840 850 860
pF1KB4 EWAGGGGGGGGATYVFKMKDGVPVPLIIAAGGGGRAYGAKTDTFH----PERLENNSSVL
.:::::::::::::::... : ::..::::::::: : . ::.::: : .
NP_002 RWAGGGGGGGGATYVFRVRAGELEPLLVAAGGGGRAYLRPRDRGRTQASPEKLENRSEAP
210 220 230 240 250 260
870 880 890 900 910 920
pF1KB4 GLNGNSGAAGGGGGWNDNTSLLWAGKSLQEGATGGHSCPQAMKKWGWETRGGFGGGGGGC
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XP_011 SSGLKPLKSRGLQPQNLWNPTYRS
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pF1KB4 GRMVWHVAAYEGLSLWQWMVLPLLDVSDRFWLQMVAWWGQGSRAIVAFDNISISLDCYLT
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XP_016 QTQCDGAYAGTSVVVTVGAAGQLRGVQLWRVPGPGQYLISAYGAAGGKGAKNHLSRAHGV
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pF1KB4 SVLGIFNLEKDDMLYILVGQQGEDACPSTNQLIQKVCIGENNVIEEEIRVNRS-----VH
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XP_016 FVSAIFSLGLGESLYILVGQQGEDACPGGSPESQLVCLGESRAVEEHAAMDGSEGVPGSR
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pF1KB4 EWAGGGGGGGGATYVFKMKDGVPVPLIIAAGGGGRAYGAKTDTFH----PERLENNSSVL
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XP_016 RWAGGGGGGGGATYVFRVRAGELEPLLVAAGGGGRAYLRPRDRGRTQASPEKLENRSEAP
210 220 230 240 250 260
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pF1KB4 GLNGNSGAAGGGGGWNDNTSLLWAGKSLQEGATGGHSCPQAMKKWGWETRGGFGGGGGGC
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XP_016 GSGGRGGAAGGGGGWTSRAPSPQAGRSLQEGAEGGQGCSEAWATLGWAAAGGFGGGGGAC
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XP_011 LGPWLSSGLKPLKSRGLQPQNLWNPTYRS
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XP_016 QTQCDGAYAGTSVVVTVGAAGQLRGVQLWRVPGPGQYLISAYGAAGGKGAKNHLSRAHGV
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XP_016 TAGGGGGGYRGGDASETDNLWADGEDGVSFIHPSSELFLQPLAVLLLTVTENHGEVEIRR
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XP_016 TPEEEGTSGLGNRSLECLRPPQ--PQELSPEKLKSWGGSPLGPWLSSGLKPLKSRGLQPQ
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XP_016 NLWNPTYRS
800
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]