FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4593, 780 aa 1>>>pF1KB4593 780 - 780 aa - 780 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3196+/-0.000945; mu= 2.2635+/- 0.057 mean_var=198.0368+/-39.329, 0's: 0 Z-trim(112.3): 104 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.091138 statistics sampled from 12961 (13065) to 12961 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.401), width: 16 Scan time: 3.760 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS5592.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7 ( 780) 5304 710.3 3e-204 CCDS47619.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7 ( 661) 4515 606.5 4.4e-173 CCDS47620.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7 ( 650) 4442 596.9 3.4e-170 CCDS863.1 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1 ( 807) 1355 191.1 6.2e-48 CCDS864.2 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1 ( 752) 1170 166.7 1.2e-40 CCDS2161.1 PTPN18 gene_id:26469|Hs108|chr2 ( 460) 933 135.5 1.9e-31 CCDS44821.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12 ( 624) 692 103.8 8.7e-22 CCDS44820.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12 ( 595) 665 100.3 9.8e-21 CCDS41744.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12 ( 597) 665 100.3 9.8e-21 CCDS42874.1 PTPRT gene_id:11122|Hs108|chr20 (1441) 660 99.8 3.3e-20 CCDS68127.1 PTPRT gene_id:11122|Hs108|chr20 (1460) 660 99.8 3.3e-20 CCDS75517.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1439) 647 98.1 1.1e-19 CCDS5137.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1440) 647 98.1 1.1e-19 CCDS76191.1 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1 ( 783) 639 96.9 1.3e-19 CCDS53754.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 ( 377) 631 95.7 1.5e-19 CCDS44837.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 ( 405) 631 95.7 1.6e-19 CCDS7945.1 PTPRJ gene_id:5795|Hs108|chr11 (1337) 642 97.4 1.6e-19 CCDS54321.1 PTPRH gene_id:5794|Hs108|chr19 ( 937) 637 96.7 1.8e-19 CCDS33110.1 PTPRH gene_id:5794|Hs108|chr19 (1115) 637 96.7 2.1e-19 CCDS11840.1 PTPRM gene_id:5797|Hs108|chr18 (1452) 637 96.8 2.7e-19 CCDS58613.1 PTPRM gene_id:5797|Hs108|chr18 (1465) 637 96.8 2.7e-19 CCDS8674.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 (1188) 631 96.0 3.9e-19 CCDS8675.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 (1216) 631 96.0 4e-19 CCDS13039.1 PTPRA gene_id:5786|Hs108|chr20 ( 793) 624 95.0 5.2e-19 CCDS13038.1 PTPRA gene_id:5786|Hs108|chr20 ( 802) 624 95.0 5.3e-19 CCDS47473.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1446) 629 95.7 5.5e-19 CCDS78179.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6 (1462) 629 95.7 5.6e-19 CCDS13430.1 PTPN1 gene_id:5770|Hs108|chr20 ( 435) 614 93.5 7.8e-19 CCDS56167.1 PTPRN gene_id:5798|Hs108|chr2 ( 889) 601 92.0 4.7e-18 CCDS56168.1 PTPRN gene_id:5798|Hs108|chr2 ( 950) 601 92.0 5e-18 CCDS2440.1 PTPRN gene_id:5798|Hs108|chr2 ( 979) 601 92.0 5.1e-18 CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 609 93.2 5.1e-18 CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 600 91.9 7.8e-18 CCDS1422.1 PTPN7 gene_id:5778|Hs108|chr1 ( 399) 586 89.8 9.3e-18 CCDS1423.2 PTPN7 gene_id:5778|Hs108|chr1 ( 465) 586 89.8 1.1e-17 CCDS73114.1 PTPN20 gene_id:26095|Hs108|chr10 ( 339) 580 89.0 1.4e-17 CCDS1398.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1 (1145) 591 90.7 1.4e-17 CCDS1397.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1 (1306) 591 90.7 1.6e-17 CCDS73105.1 PTPN20 gene_id:26095|Hs108|chr10 ( 411) 580 89.0 1.7e-17 CCDS73110.1 PTPN20 gene_id:26095|Hs108|chr10 ( 420) 580 89.0 1.7e-17 CCDS47096.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2294) 592 91.0 2.4e-17 CCDS78294.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7 ( 977) 584 89.7 2.4e-17 CCDS5949.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7 ( 986) 584 89.7 2.4e-17 CCDS5948.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7 ( 998) 584 89.7 2.4e-17 CCDS5947.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7 (1015) 584 89.8 2.5e-17 CCDS47095.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2466) 592 91.0 2.5e-17 CCDS47094.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2485) 592 91.0 2.6e-17 CCDS47093.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4 (2490) 592 91.0 2.6e-17 CCDS490.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1 (1898) 588 90.4 2.9e-17 CCDS489.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1 (1907) 588 90.4 2.9e-17 >>CCDS5592.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7 (780 aa) initn: 5304 init1: 5304 opt: 5304 Z-score: 3780.4 bits: 710.3 E(32554): 3e-204 Smith-Waterman score: 5304; 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36.9% identity (62.2% similar) in 841 aa overlap (1-779:1-805) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVK :.: :::.::....:. : ...:: .:..:.: ::::...: :::...:: .:.: CCDS86 MDQREILQKFLDEAQSKKIT----KEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB4 KNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRM :::::::::.:.:::.:.: : ..::.::::::::::::::::.::::::..:..::::: CCDS86 KNRYKDILPYDYSRVELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRM 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 IWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLL ::::.:.:::::: :.:::.::::::: :: . :.::..::: :. ..::.:::: . CCDS86 IWEYSVLIIVMACMEYEMGKKKCERYWAEPGEMQLEFGPFSVSCEAEKRKSDYIIRTLKV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 EFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGA .:..:.: .::::: ::::::::::.: ::..: .: ::: ..:::::::::::::::. CCDS86 KFNSETRTIYQFHYKNWPDHDVPSSIDPILELIWDVRCYQEDDSVPICIHCSAGCGRTGV 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 ICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQL :::::::: ::: : :::.:.::.::.:::::: : :::.::::::. :. .::..:... CCDS86 ICAIDYTWMLLKDGIIPENFSVFSLIREMRTQRPSLVQTQEQYELVYNAVLELFKRQMDV 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 pF1KB4 YEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEKQ-----DSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQ : : .. .::.... :::. :: :. :.. . : . . : CCDS86 --------IRD--KHSGTESQAKHCIPEKNHTLQADSYSPNLPKSTT-----KAAKMMNQ 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB4 PPEPHPVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTEL . : : : ... :: :. .:: ...:... CCDS86 QRTKMEIKE----SSSFDFRTSEISAKEELVLHPAK----SSTSFDFLELNYSFDKNADT 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 pF1KB4 PGKNES-TIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEG-----PKSFDGNTLLNRGHAIKIKSASP : .. .. . . :... :... .. : :: : . : . .. . :: .: CCDS86 TMKWQTKAFPIVGEPLQKHQSLDLGSL-LFEGCSNSKPVNAAGRYFNSKVPITRTKS-TP 400 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 pF1KB4 CIADKISKPQELSSDLNVG---DTSQNSC-VDCSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTPPRPDR . . .:..: : . . ..:: :. .. . .:: . . : :. . : CCDS86 FELIQQRETKEVDSKENFSYLESQPHDSCFVEMQAQKVMHVSSAELNYSLPYDSKHQI-R 460 470 480 490 500 510 530 540 550 560 570 pF1KB4 LPLDEKGHVTWSFHGPENAIPI---PDLSE----GNSS----DINYQTRKTV---SLTPS . : : . : : . ::. : .: :.:: :. . :: :: :. CCDS86 NASNVKHHDS-SALGVYSYIPLVENPYFSSWPPSGTSSKMSLDLPEKQDGTVFPSSLLPT 520 530 540 550 560 580 590 600 610 pF1KB4 PTTQVETPDLVDHDNTSPLFRTPLSFTNPLHSDDS--DSDERNSD--------------- .:.. . .::. : . .: .... :..... . : .: CCDS86 SSTSLFSY-YNSHDSLS--LNSPTNISSLLNQESAVLATAPRIDDEIPPPLPVWTPESFI 570 580 590 600 610 620 620 630 640 650 660 pF1KB4 -----GAVTQNKTNISTASATVSAATSTE--SISTRKVLPMSIARHNIAGTTHSGAEKDV : . : . .... :. .:: : . : : . :. . .. . .... CCDS86 VVEEAGEFSPNVPKSLSSAVKVKIGTSLEWGGTSEPKKFDDSVILRPSKSVKLRSPKSEL 630 640 650 660 670 680 670 680 690 700 710 pF1KB4 DVSEDSPPP-LPERTPESFVLASEHNTPVRS--EWSE-----LQSQERSEQK-KSEGLIT ...:::: ::::: ::: ::.: ..: .: .... :.: :. : CCDS86 HQDRSSPPPPLPERTLESFFLADEDCMQAQSIETYSTSYPDTMENSTSSKQTLKTPGKSF 690 700 710 720 730 740 720 730 740 750 760 770 pF1KB4 SENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATDIGFGNRCGKPKGPRDPPSE ... : . ... .: :::. . : :.: . ..::.:: .::::::.:: CCDS86 TRS-KSLKILRNMKKSICNSCPPNKPAESVQ-SNNSSSFLNFGFANRFSKPKGPRNPPPT 750 760 770 780 790 800 780 pF1KB4 WT : CCDS86 WNI >>CCDS864.2 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1 (752 aa) initn: 1406 init1: 1132 opt: 1170 Z-score: 843.1 bits: 166.7 E(32554): 1.2e-40 Smith-Waterman score: 1314; 34.5% identity (62.1% similar) in 800 aa overlap (1-779:1-750) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVK :.: :::.::....:. : ...:: .:..:.: ::::...: :::...:: .:.: CCDS86 MDQREILQKFLDEAQSKKIT----KEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIK 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB4 KNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRM :::::::::.:.:::.:.: : ..::.::::::::::::::::.::::::..:..::::: CCDS86 KNRYKDILPYDYSRVELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRM 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 IWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLL ::::.:.:::::: :.:::.::::::: :: . :.::..::: :. ..::.:::: . CCDS86 IWEYSVLIIVMACMEYEMGKKKCERYWAEPGEMQLEFGPFSVSCEAEKRKSDYIIRTLKV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 EFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGA .:..:.: .::::: ::::::::::.: ::..: .: ::: ..:::::::::::::::. CCDS86 KFNSETRTIYQFHYKNWPDHDVPSSIDPILELIWDVRCYQEDDSVPICIHCSAGCGRTGV 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 ICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQL :::::::: ::: :. . . . . .... .: : . :.....: CCDS86 ICAIDYTWMLLKDGS-QAKHCIPEKNHTLQADSYSPNLPKSTTK-----AAKMMNQQRTK 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 pF1KB4 YEIHGAQKIADGVNEINT-ENMVSSIEPEKQDSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQPPEP .::. .... ..::.. :..: ..: :... . : : . . . . CCDS86 MEIKESSSFDFRTSEISAKEELV--LHPAKSSTSFDFLELNYSF----DKNADTTMKWQT 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB4 HPVPPILTP-SPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTELPGK . : . : . ... . ... . . ::: . .. ..:. : :: . CCDS86 KAFPIVGEPLQKHQSLDLGSLLFEGCS--NSKPVNAAGRYFNSKVPITRTKSTPFELIQQ 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB4 NESTIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKSFDGNTL-LNRGHAIKIKSASPCIADKISK :. ...:.: .:.:. :. :. :. . .. ......:: . .. CCDS86 RET--KEVDSK--ENFSY------LESQPH--DSCFVEMQAQKVMHVSSAELNYSLPYDS 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 PQELSSDLNVG--DTSQNSCVD-CSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTPPRPDRLPLDEKGHV ... . :: :.: . . .... : :: ..... : :: . : : CCDS86 KHQIRNASNVKHHDSSALGVYSYIPLVENPYFSSWPP---SGTSSKMSLD-LPEKQDGTV 460 470 480 490 500 540 550 560 570 580 590 pF1KB4 TWSFHGPENAIPIPDLSEGNSSD---INYQTRKTVSLTPSPTTQVETPDLVDHDNTSPL- : : .. . .: :: : .: : . :: . .. . : .: . :: CCDS86 FPSSLLPTSSTSL--FSYYNSHDSLSLNSPTNIS-SLLNQESAVLATAPRIDDEIPPPLP 510 520 530 540 550 560 600 610 620 630 640 pF1KB4 FRTPLSFTNPLHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASATVSAATSTE--SISTRKVLPM :: :: . ... : . : . .... :. .:: : . : : . CCDS86 VWTPESF---IVVEEA--------GEFSPNVPKSLSSAVKVKIGTSLEWGGTSEPKKFDD 570 580 590 600 610 650 660 670 680 690 700 pF1KB4 SIARHNIAGTTHSGAEKDVDVSEDSPPP-LPERTPESFVLASEHNTPVRS--EWSE---- :. . .. . .... ...:::: ::::: ::: ::.: ..: .: CCDS86 SVILRPSKSVKLRSPKSELHQDRSSPPPPLPERTLESFFLADEDCMQAQSIETYSTSYPD 620 630 640 650 660 670 710 720 730 740 750 pF1KB4 -LQSQERSEQK-KSEGLITSENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATD .... :.: :. : ... : . ... .: :::. . : :.: . . CCDS86 TMENSTSSKQTLKTPGKSFTRS-KSLKILRNMKKSICNSCPPNKPAESVQ-SNNSSSFLN 680 690 700 710 720 730 760 770 780 pF1KB4 IGFGNRCGKPKGPRDPPSEWT .::.:: .::::::.:: : CCDS86 FGFANRFSKPKGPRNPPPTWNI 740 750 >>CCDS2161.1 PTPN18 gene_id:26469|Hs108|chr2 (460 aa) initn: 1004 init1: 892 opt: 933 Z-score: 677.9 bits: 135.5 E(32554): 1.9e-31 Smith-Waterman score: 933; 41.4% identity (70.1% similar) in 345 aa overlap (8-347:9-344) 10 20 30 40 50 pF1KB4 MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDN--FARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEE :.:..:..: ..:... .: .: .. :. .... . :..: . : CCDS21 MSRSLDSARSFLERLEA-----RGGREGAVLAGEFSDIQACSAAWKADGVCSTVAGSRPE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KB4 NVKKNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDF ::.::::::.::.:..:: :.: :::::.:::.:: : ::.:::::: .:..:: CCDS21 NVRKNRYKDVLPYDQTRVILSLLQEEGHSDYINGNFIRGVDGSLAYIATQGPLPHTLLDF 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 WRMIWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQ-ARTDYFIR ::..::..: .:.:::::.: :::.::::: ..:. . : :. :. : ..: CCDS21 WRLVWEFGVKVILMACREIENGRKRCERYWA-QEQEPLQTGLFCITLIKEKWLNEDIMLR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 TLLLEFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCG :: . ::.::: .::..:..:::. :::: : .: :. :. : :.:.::::::: CCDS21 TLKVTFQKESRSVYQLQYMSWPDRGVPSSPDHMLAMVEEARRLQGSGPEPLCVHCSAGCG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 RTGAICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEK :::..:..::. .:: . :: .:..:... .:: :: .::::.:::.......::.: . 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