Result of FASTA (ccds) for pF1KB4593
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4593, 780 aa
  1>>>pF1KB4593 780 - 780 aa - 780 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3196+/-0.000945; mu= 2.2635+/- 0.057
 mean_var=198.0368+/-39.329, 0's: 0 Z-trim(112.3): 104  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.091138
 statistics sampled from 12961 (13065) to 12961 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.725), E-opt: 0.2 (0.401), width:  16
 Scan time:  3.760

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5592.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7          ( 780) 5304 710.3  3e-204
CCDS47619.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7         ( 661) 4515 606.5 4.4e-173
CCDS47620.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7         ( 650) 4442 596.9 3.4e-170
CCDS863.1 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1          ( 807) 1355 191.1 6.2e-48
CCDS864.2 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1          ( 752) 1170 166.7 1.2e-40
CCDS2161.1 PTPN18 gene_id:26469|Hs108|chr2         ( 460)  933 135.5 1.9e-31
CCDS44821.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12         ( 624)  692 103.8 8.7e-22
CCDS44820.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12         ( 595)  665 100.3 9.8e-21
CCDS41744.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12         ( 597)  665 100.3 9.8e-21
CCDS42874.1 PTPRT gene_id:11122|Hs108|chr20        (1441)  660 99.8 3.3e-20
CCDS68127.1 PTPRT gene_id:11122|Hs108|chr20        (1460)  660 99.8 3.3e-20
CCDS75517.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6          (1439)  647 98.1 1.1e-19
CCDS5137.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6           (1440)  647 98.1 1.1e-19
CCDS76191.1 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1        ( 783)  639 96.9 1.3e-19
CCDS53754.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12         ( 377)  631 95.7 1.5e-19
CCDS44837.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12         ( 405)  631 95.7 1.6e-19
CCDS7945.1 PTPRJ gene_id:5795|Hs108|chr11          (1337)  642 97.4 1.6e-19
CCDS54321.1 PTPRH gene_id:5794|Hs108|chr19         ( 937)  637 96.7 1.8e-19
CCDS33110.1 PTPRH gene_id:5794|Hs108|chr19         (1115)  637 96.7 2.1e-19
CCDS11840.1 PTPRM gene_id:5797|Hs108|chr18         (1452)  637 96.8 2.7e-19
CCDS58613.1 PTPRM gene_id:5797|Hs108|chr18         (1465)  637 96.8 2.7e-19
CCDS8674.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12          (1188)  631 96.0 3.9e-19
CCDS8675.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12          (1216)  631 96.0   4e-19
CCDS13039.1 PTPRA gene_id:5786|Hs108|chr20         ( 793)  624 95.0 5.2e-19
CCDS13038.1 PTPRA gene_id:5786|Hs108|chr20         ( 802)  624 95.0 5.3e-19
CCDS47473.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6          (1446)  629 95.7 5.5e-19
CCDS78179.1 PTPRK gene_id:5796|Hs108|chr6          (1462)  629 95.7 5.6e-19
CCDS13430.1 PTPN1 gene_id:5770|Hs108|chr20         ( 435)  614 93.5 7.8e-19
CCDS56167.1 PTPRN gene_id:5798|Hs108|chr2          ( 889)  601 92.0 4.7e-18
CCDS56168.1 PTPRN gene_id:5798|Hs108|chr2          ( 950)  601 92.0   5e-18
CCDS2440.1 PTPRN gene_id:5798|Hs108|chr2           ( 979)  601 92.0 5.1e-18
CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7         (2315)  609 93.2 5.1e-18
CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7         (1448)  600 91.9 7.8e-18
CCDS1422.1 PTPN7 gene_id:5778|Hs108|chr1           ( 399)  586 89.8 9.3e-18
CCDS1423.2 PTPN7 gene_id:5778|Hs108|chr1           ( 465)  586 89.8 1.1e-17
CCDS73114.1 PTPN20 gene_id:26095|Hs108|chr10       ( 339)  580 89.0 1.4e-17
CCDS1398.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1           (1145)  591 90.7 1.4e-17
CCDS1397.2 PTPRC gene_id:5788|Hs108|chr1           (1306)  591 90.7 1.6e-17
CCDS73105.1 PTPN20 gene_id:26095|Hs108|chr10       ( 411)  580 89.0 1.7e-17
CCDS73110.1 PTPN20 gene_id:26095|Hs108|chr10       ( 420)  580 89.0 1.7e-17
CCDS47096.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4         (2294)  592 91.0 2.4e-17
CCDS78294.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7         ( 977)  584 89.7 2.4e-17
CCDS5949.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7          ( 986)  584 89.7 2.4e-17
CCDS5948.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7          ( 998)  584 89.7 2.4e-17
CCDS5947.1 PTPRN2 gene_id:5799|Hs108|chr7          (1015)  584 89.8 2.5e-17
CCDS47095.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4         (2466)  592 91.0 2.5e-17
CCDS47094.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4         (2485)  592 91.0 2.6e-17
CCDS47093.1 PTPN13 gene_id:5783|Hs108|chr4         (2490)  592 91.0 2.6e-17
CCDS490.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1            (1898)  588 90.4 2.9e-17
CCDS489.2 PTPRF gene_id:5792|Hs108|chr1            (1907)  588 90.4 2.9e-17


>>CCDS5592.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7               (780 aa)
 initn: 5304 init1: 5304 opt: 5304  Z-score: 3780.4  bits: 710.3 E(32554): 3e-204
Smith-Waterman score: 5304; 100.0% identity (100.0% similar) in 780 aa overlap (1-780:1-780)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 KNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRM
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 IWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 IWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 EFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 YEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEKQDSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQPPEPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEKQDSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQPPEPH
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 PVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTELPGKNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTELPGKNE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 STIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKSFDGNTLLNRGHAIKIKSASPCIADKISKPQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 STIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKSFDGNTLLNRGHAIKIKSASPCIADKISKPQE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 LSSDLNVGDTSQNSCVDCSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTPPRPDRLPLDEKGHVTWSFHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LSSDLNVGDTSQNSCVDCSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTPPRPDRLPLDEKGHVTWSFHG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 PENAIPIPDLSEGNSSDINYQTRKTVSLTPSPTTQVETPDLVDHDNTSPLFRTPLSFTNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PENAIPIPDLSEGNSSDINYQTRKTVSLTPSPTTQVETPDLVDHDNTSPLFRTPLSFTNP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 LHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASATVSAATSTESISTRKVLPMSIARHNIAGTTH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASATVSAATSTESISTRKVLPMSIARHNIAGTTH
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 SGAEKDVDVSEDSPPPLPERTPESFVLASEHNTPVRSEWSELQSQERSEQKKSEGLITSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SGAEKDVDVSEDSPPPLPERTPESFVLASEHNTPVRSEWSELQSQERSEQKKSEGLITSE
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 NEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATDIGFGNRCGKPKGPRDPPSEWT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATDIGFGNRCGKPKGPRDPPSEWT
              730       740       750       760       770       780

>>CCDS47619.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7              (661 aa)
 initn: 4515 init1: 4515 opt: 4515  Z-score: 3220.9  bits: 606.5 E(32554): 4.4e-173
Smith-Waterman score: 4515; 100.0% identity (100.0% similar) in 661 aa overlap (120-780:1-661)

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB4 NANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRMIWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPL
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47                               MIWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPL
                                             10        20        30

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB4 YGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLLEFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLLEFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSI
               40        50        60        70        80        90

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB4 LDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGAICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGAICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEM
              100       110       120       130       140       150

     270       280       290       300       310       320         
pF1KB4 RTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQLYEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQLYEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEK
              160       170       180       190       200       210

     330       340       350       360       370       380         
pF1KB4 QDSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQPPEPHPVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QDSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQPPEPHPVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHP
              220       230       240       250       260       270

     390       400       410       420       430       440         
pF1KB4 KPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTELPGKNESTIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTELPGKNESTIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKS
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     450       460       470       480       490       500         
pF1KB4 FDGNTLLNRGHAIKIKSASPCIADKISKPQELSSDLNVGDTSQNSCVDCSVTQSNKVSVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FDGNTLLNRGHAIKIKSASPCIADKISKPQELSSDLNVGDTSQNSCVDCSVTQSNKVSVT
              340       350       360       370       380       390

     510       520       530       540       550       560         
pF1KB4 PPEESQNSDTPPRPDRLPLDEKGHVTWSFHGPENAIPIPDLSEGNSSDINYQTRKTVSLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PPEESQNSDTPPRPDRLPLDEKGHVTWSFHGPENAIPIPDLSEGNSSDINYQTRKTVSLT
              400       410       420       430       440       450

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pF1KB4 PSPTTQVETPDLVDHDNTSPLFRTPLSFTNPLHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PSPTTQVETPDLVDHDNTSPLFRTPLSFTNPLHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASA
              460       470       480       490       500       510

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pF1KB4 TVSAATSTESISTRKVLPMSIARHNIAGTTHSGAEKDVDVSEDSPPPLPERTPESFVLAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVSAATSTESISTRKVLPMSIARHNIAGTTHSGAEKDVDVSEDSPPPLPERTPESFVLAS
              520       530       540       550       560       570

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pF1KB4 EHNTPVRSEWSELQSQERSEQKKSEGLITSENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EHNTPVRSEWSELQSQERSEQKKSEGLITSENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQ
              580       590       600       610       620       630

     750       760       770       780
pF1KB4 ISENPTEATDIGFGNRCGKPKGPRDPPSEWT
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ISENPTEATDIGFGNRCGKPKGPRDPPSEWT
              640       650       660 

>>CCDS47620.1 PTPN12 gene_id:5782|Hs108|chr7              (650 aa)
 initn: 4442 init1: 4442 opt: 4442  Z-score: 3169.1  bits: 596.9 E(32554): 3.4e-170
Smith-Waterman score: 4442; 100.0% identity (100.0% similar) in 650 aa overlap (131-780:1-650)

              110       120       130       140       150       160
pF1KB4 KAYVATQGPLANTVIDFWRMIWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPF
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47                               MACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPF
                                             10        20        30

              170       180       190       200       210       220
pF1KB4 KISCEDEQARTDYFIRTLLLEFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KISCEDEQARTDYFIRTLLLEFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQ
               40        50        60        70        80        90

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pF1KB4 EHEDVPICIHCSAGCGRTGAICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EHEDVPICIHCSAGCGRTGAICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTK
              100       110       120       130       140       150

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pF1KB4 EQYELVHRAIAQLFEKQLQLYEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEKQDSPPPKPPRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EQYELVHRAIAQLFEKQLQLYEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEKQDSPPPKPPRT
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pF1KB4 RSCLVEGDAKEEILQPPEPHPVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RSCLVEGDAKEEILQPPEPHPVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQ
              220       230       240       250       260       270

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pF1KB4 HSADLNRNYSKSTELPGKNESTIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKSFDGNTLLNRGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 HSADLNRNYSKSTELPGKNESTIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKSFDGNTLLNRGH
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pF1KB4 AIKIKSASPCIADKISKPQELSSDLNVGDTSQNSCVDCSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AIKIKSASPCIADKISKPQELSSDLNVGDTSQNSCVDCSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTP
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pF1KB4 PRPDRLPLDEKGHVTWSFHGPENAIPIPDLSEGNSSDINYQTRKTVSLTPSPTTQVETPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PRPDRLPLDEKGHVTWSFHGPENAIPIPDLSEGNSSDINYQTRKTVSLTPSPTTQVETPD
              400       410       420       430       440       450

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pF1KB4 LVDHDNTSPLFRTPLSFTNPLHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASATVSAATSTESI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LVDHDNTSPLFRTPLSFTNPLHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASATVSAATSTESI
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pF1KB4 STRKVLPMSIARHNIAGTTHSGAEKDVDVSEDSPPPLPERTPESFVLASEHNTPVRSEWS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 STRKVLPMSIARHNIAGTTHSGAEKDVDVSEDSPPPLPERTPESFVLASEHNTPVRSEWS
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pF1KB4 ELQSQERSEQKKSEGLITSENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ELQSQERSEQKKSEGLITSENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATDI
              580       590       600       610       620       630

              770       780
pF1KB4 GFGNRCGKPKGPRDPPSEWT
       ::::::::::::::::::::
CCDS47 GFGNRCGKPKGPRDPPSEWT
              640       650

>>CCDS863.1 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1               (807 aa)
 initn: 1592 init1: 1318 opt: 1355  Z-score: 974.1  bits: 191.1 E(32554): 6.2e-48
Smith-Waterman score: 1508; 36.9% identity (62.2% similar) in 841 aa overlap (1-779:1-805)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVK
       :.: :::.::....:. :      ...:: .:..:.: ::::...: :::...:: .:.:
CCDS86 MDQREILQKFLDEAQSKKIT----KEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIK
               10        20            30        40        50      

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 KNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRM
       :::::::::.:.:::.:.: : ..::.::::::::::::::::.::::::..:..:::::
CCDS86 KNRYKDILPYDYSRVELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRM
         60        70        80        90       100       110      

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 IWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLL
       ::::.:.:::::: :.:::.:::::::   ::  . :.::..::: :. ..::.:::: .
CCDS86 IWEYSVLIIVMACMEYEMGKKKCERYWAEPGEMQLEFGPFSVSCEAEKRKSDYIIRTLKV
        120       130       140       150       160       170      

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 EFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGA
       .:..:.: .::::: ::::::::::.: ::..:  .: ::: ..:::::::::::::::.
CCDS86 KFNSETRTIYQFHYKNWPDHDVPSSIDPILELIWDVRCYQEDDSVPICIHCSAGCGRTGV
        180       190       200       210       220       230      

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQL
       :::::::: ::: : :::.:.::.::.:::::: : :::.::::::. :. .::..:...
CCDS86 ICAIDYTWMLLKDGIIPENFSVFSLIREMRTQRPSLVQTQEQYELVYNAVLELFKRQMDV
        240       250       260       270       280       290      

              310       320       330            340       350     
pF1KB4 YEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEKQ-----DSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQ
               : :  .. .::....   :::.     ::  :. :.. .      : . . :
CCDS86 --------IRD--KHSGTESQAKHCIPEKNHTLQADSYSPNLPKSTT-----KAAKMMNQ
                  300       310       320       330            340 

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB4 PPEPHPVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTEL
             .      :    : :     ...   ::       :.     .:: ...:... 
CCDS86 QRTKMEIKE----SSSFDFRTSEISAKEELVLHPAK----SSTSFDFLELNYSFDKNADT
             350           360       370           380       390   

         420        430       440            450       460         
pF1KB4 PGKNES-TIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEG-----PKSFDGNTLLNRGHAIKIKSASP
         : .. ..  . . :... :... .. : ::     : .  :  . ..    . :: .:
CCDS86 TMKWQTKAFPIVGEPLQKHQSLDLGSL-LFEGCSNSKPVNAAGRYFNSKVPITRTKS-TP
           400       410       420        430       440        450 

     470       480          490        500       510       520     
pF1KB4 CIADKISKPQELSSDLNVG---DTSQNSC-VDCSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTPPRPDR
           .  . .:..:  : .   .  ..:: :. .. .  .:: .  . :   :.  .  :
CCDS86 FELIQQRETKEVDSKENFSYLESQPHDSCFVEMQAQKVMHVSSAELNYSLPYDSKHQI-R
             460       470       480       490       500        510

         530       540          550               560          570 
pF1KB4 LPLDEKGHVTWSFHGPENAIPI---PDLSE----GNSS----DINYQTRKTV---SLTPS
          . : : . :  :  . ::.   : .:     :.::    :.  .   ::   :: :.
CCDS86 NASNVKHHDS-SALGVYSYIPLVENPYFSSWPPSGTSSKMSLDLPEKQDGTVFPSSLLPT
              520        530       540       550       560         

             580       590       600         610                   
pF1KB4 PTTQVETPDLVDHDNTSPLFRTPLSFTNPLHSDDS--DSDERNSD---------------
        .:.. .    .::. :  . .: .... :.....   .  : .:               
CCDS86 SSTSLFSY-YNSHDSLS--LNSPTNISSLLNQESAVLATAPRIDDEIPPPLPVWTPESFI
     570        580         590       600       610       620      

               620       630         640       650       660       
pF1KB4 -----GAVTQNKTNISTASATVSAATSTE--SISTRKVLPMSIARHNIAGTTHSGAEKDV
            :  . :  .  .... :. .:: :  . :  : .  :.  .   ..   . ....
CCDS86 VVEEAGEFSPNVPKSLSSAVKVKIGTSLEWGGTSEPKKFDDSVILRPSKSVKLRSPKSEL
        630       640       650       660       670       680      

       670        680       690         700            710         
pF1KB4 DVSEDSPPP-LPERTPESFVLASEHNTPVRS--EWSE-----LQSQERSEQK-KSEGLIT
         ...:::: ::::: ::: ::.:    ..:   .:      ....  :.:  :. :   
CCDS86 HQDRSSPPPPLPERTLESFFLADEDCMQAQSIETYSTSYPDTMENSTSSKQTLKTPGKSF
        690       700       710       720       730       740      

      720       730       740       750       760       770        
pF1KB4 SENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATDIGFGNRCGKPKGPRDPPSE
       ... :  .   ...  .:  :::.   .  : :.: .   ..::.:: .::::::.::  
CCDS86 TRS-KSLKILRNMKKSICNSCPPNKPAESVQ-SNNSSSFLNFGFANRFSKPKGPRNPPPT
         750       760       770        780       790       800    

      780 
pF1KB4 WT 
       :  
CCDS86 WNI
          

>>CCDS864.2 PTPN22 gene_id:26191|Hs108|chr1               (752 aa)
 initn: 1406 init1: 1132 opt: 1170  Z-score: 843.1  bits: 166.7 E(32554): 1.2e-40
Smith-Waterman score: 1314; 34.5% identity (62.1% similar) in 800 aa overlap (1-779:1-750)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVK
       :.: :::.::....:. :      ...:: .:..:.: ::::...: :::...:: .:.:
CCDS86 MDQREILQKFLDEAQSKKIT----KEEFANEFLKLKRQSTKYKADKTYPTTVAEKPKNIK
               10        20            30        40        50      

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pF1KB4 KNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRM
       :::::::::.:.:::.:.: : ..::.::::::::::::::::.::::::..:..:::::
CCDS86 KNRYKDILPYDYSRVELSLITSDEDSSYINANFIKGVYGPKAYIATQGPLSTTLLDFWRM
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pF1KB4 IWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLL
       ::::.:.:::::: :.:::.:::::::   ::  . :.::..::: :. ..::.:::: .
CCDS86 IWEYSVLIIVMACMEYEMGKKKCERYWAEPGEMQLEFGPFSVSCEAEKRKSDYIIRTLKV
        120       130       140       150       160       170      

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 EFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCGRTGA
       .:..:.: .::::: ::::::::::.: ::..:  .: ::: ..:::::::::::::::.
CCDS86 KFNSETRTIYQFHYKNWPDHDVPSSIDPILELIWDVRCYQEDDSVPICIHCSAGCGRTGV
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pF1KB4 ICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQL
       :::::::: ::: :.   .  . .  . .... .:    :   .      :.....:   
CCDS86 ICAIDYTWMLLKDGS-QAKHCIPEKNHTLQADSYSPNLPKSTTK-----AAKMMNQQRTK
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pF1KB4 YEIHGAQKIADGVNEINT-ENMVSSIEPEKQDSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQPPEP
       .::. ....   ..::.. :..:  ..: :...       . :     : . .  .  . 
CCDS86 MEIKESSSFDFRTSEISAKEELV--LHPAKSSTSFDFLELNYSF----DKNADTTMKWQT
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pF1KB4 HPVPPILTP-SPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTELPGK
       .  : .  : .  ...   . ...  .  . :::       . .. ..:. :   ::  .
CCDS86 KAFPIVGEPLQKHQSLDLGSLLFEGCS--NSKPVNAAGRYFNSKVPITRTKSTPFELIQQ
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pF1KB4 NESTIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKSFDGNTL-LNRGHAIKIKSASPCIADKISK
        :.  ...:.:  .:.:.      :.  :.  :.  . ..  ......::    .   ..
CCDS86 RET--KEVDSK--ENFSY------LESQPH--DSCFVEMQAQKVMHVSSAELNYSLPYDS
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pF1KB4 PQELSSDLNVG--DTSQNSCVD-CSVTQSNKVSVTPPEESQNSDTPPRPDRLPLDEKGHV
        ... .  ::   :.:  .  .   ....   :  ::   .....    : ::  . : :
CCDS86 KHQIRNASNVKHHDSSALGVYSYIPLVENPYFSSWPP---SGTSSKMSLD-LPEKQDGTV
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pF1KB4 TWSFHGPENAIPIPDLSEGNSSD---INYQTRKTVSLTPSPTTQVETPDLVDHDNTSPL-
         :   : ..  .  .:  :: :   .:  :  . ::  . .. . :   .: .   :: 
CCDS86 FPSSLLPTSSTSL--FSYYNSHDSLSLNSPTNIS-SLLNQESAVLATAPRIDDEIPPPLP
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pF1KB4 FRTPLSFTNPLHSDDSDSDERNSDGAVTQNKTNISTASATVSAATSTE--SISTRKVLPM
         :: ::   .  ...        :  . :  .  .... :. .:: :  . :  : .  
CCDS86 VWTPESF---IVVEEA--------GEFSPNVPKSLSSAVKVKIGTSLEWGGTSEPKKFDD
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pF1KB4 SIARHNIAGTTHSGAEKDVDVSEDSPPP-LPERTPESFVLASEHNTPVRS--EWSE----
       :.  .   ..   . ....  ...:::: ::::: ::: ::.:    ..:   .:     
CCDS86 SVILRPSKSVKLRSPKSELHQDRSSPPPPLPERTLESFFLADEDCMQAQSIETYSTSYPD
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pF1KB4 -LQSQERSEQK-KSEGLITSENEKCDHPAGGIHYEMCIECPPTFSDKREQISENPTEATD
        ....  :.:  :. :   ... :  .   ...  .:  :::.   .  : :.: .   .
CCDS86 TMENSTSSKQTLKTPGKSFTRS-KSLKILRNMKKSICNSCPPNKPAESVQ-SNNSSSFLN
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pF1KB4 IGFGNRCGKPKGPRDPPSEWT 
       .::.:: .::::::.::  :  
CCDS86 FGFANRFSKPKGPRNPPPTWNI
              740       750  

>>CCDS2161.1 PTPN18 gene_id:26469|Hs108|chr2              (460 aa)
 initn: 1004 init1: 892 opt: 933  Z-score: 677.9  bits: 135.5 E(32554): 1.9e-31
Smith-Waterman score: 933; 41.4% identity (70.1% similar) in 345 aa overlap (8-347:9-344)

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pF1KB4  MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDN--FARDFMRLRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEE
               :.:..:..:     ..:...  .: .:  ..  :. .... .  :..: . :
CCDS21 MSRSLDSARSFLERLEA-----RGGREGAVLAGEFSDIQACSAAWKADGVCSTVAGSRPE
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pF1KB4 NVKKNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDF
       ::.::::::.::.:..:: :.:      :::::.:::.:: :  ::.:::::: .:..::
CCDS21 NVRKNRYKDVLPYDQTRVILSLLQEEGHSDYINGNFIRGVDGSLAYIATQGPLPHTLLDF
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pF1KB4 WRMIWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQ-ARTDYFIR
       ::..::..: .:.:::::.: :::.:::::    ..:.  . : :.   :.    : ..:
CCDS21 WRLVWEFGVKVILMACREIENGRKRCERYWA-QEQEPLQTGLFCITLIKEKWLNEDIMLR
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pF1KB4 TLLLEFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSSFDSILDMISLMRKYQEHEDVPICIHCSAGCG
       :: . ::.::: .::..:..:::. :::: : .: :.   :. :     :.:.:::::::
CCDS21 TLKVTFQKESRSVYQLQYMSWPDRGVPSSPDHMLAMVEEARRLQGSGPEPLCVHCSAGCG
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pF1KB4 RTGAICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNVFNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEK
       :::..:..::. .:: .  :: .:..:... .:: :: .::::.:::.......::.: .
CCDS21 RTGVLCTVDYVRQLLLTQMIPPDFSLFDVVLKMRKQRPAAVQTEEQYRFLYHTVAQMFCS
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pF1KB4 QLQLYEIHGAQKIADGVNEINTENMVSSIEPEKQDSPPPKPPR--TRSCLVEGDAKEEIL
        ::    :  :.: ..   .  . .   ..  .     :.::    ::  : :       
CCDS21 TLQNASPH-YQNIKENCAPLYDDALF--LRTPQALLAIPRPPGGVLRSISVPGSPGHAMA
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pF1KB4 QPPEPHPVPPILTPSPPSAFPTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTE
                                                                   
CCDS21 DTYAVVQKRGAPAGAGSGTQTGTGTGTGARSAEEAPLYSKVTPRAQRPGAHAEDARGTLP
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>>CCDS44821.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12              (624 aa)
 initn: 617 init1: 211 opt: 692  Z-score: 504.6  bits: 103.8 E(32554): 8.7e-22
Smith-Waterman score: 692; 34.6% identity (61.7% similar) in 384 aa overlap (5-368:222-590)

                                         10        20        30    
pF1KB4                           MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMR
                                     .:  . ..  . ..: : ... .: ..:  
CCDS44 EHFKKTGIEEASGAFVYLRQPYYATRVNAADIENRVLELNKKQESED-TAKAGFWEEFES
             200       210       220       230        240       250

           40        50        60        70        80         90   
pF1KB4 LRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVKKNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPS-QDSDYINANF
       :..  .:    ...    :.. ::  :::::.::::::::: :  .  .   :::::::.
CCDS44 LQKQEVK----NLHQRLEGQRPENKGKNRYKNILPFDHSRVILQGRDSNIPGSDYINANY
                  260       270       280       290       300      

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pF1KB4 IKG-VYGP----KAYVATQGPLANTVIDFWRMIWEYNVVIIVMACREFEMGRKKCERYWP
       ::. . ::    :.:.:.:: :  :: :::.: :. :  .:::. :: : ::.::  :::
CCDS44 IKNQLLGPDENAKTYIASQGCLEATVNDFWQMAWQENSRVIVMTTREVEKGRNKCVPYWP
        310       320       330       340       350       360      

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pF1KB4 LYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLL---LEFQNESRRLYQFHYVNWPDHDVPSS
         : .  ...:....   :.  :.: .:::    :.  .  :......:..:::: ::: 
CCDS44 EVGMQR-AYGPYSVTNCGEHDTTEYKLRTLQVSPLDNGDLIREIWHYQYLSWPDHGVPSE
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pF1KB4 FDSILDMISLMRKYQE---HEDVPICIHCSAGCGRTGAICAIDYTWNLLKAGKIPEEFNV
         ..:.... . . ::   :   :: .::::: ::::.: .::.  . ...  .  ....
CCDS44 PGGVLSFLDQINQRQESLPHAG-PIIVHCSAGIGRTGTIIVIDMLMENISTKGLDCDIDI
         430       440        450       460       470       480    

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pF1KB4 FNLIQEMRTQRHSAVQTKEQYELVHRAIAQLFEKQLQLYEIHGAQKIADGVNEINTENMV
        . :: .:.:: . :::. ::.... ::::..:   .  :.  .::        . :.  
CCDS44 QKTIQMVRAQRSGMVQTEAQYKFIYVAIAQFIETTKKKLEVLQSQK--------GQESEY
          490       500       510       520       530              

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pF1KB4 SSIE-PEKQDSPPPKPPRTRSCLVEGDAKEEILQPPE-------PHPVPPILTPSPPSAF
       ..:  :  . .   :  :: :  .:..:     .: .       : : ::.:.:      
CCDS44 GNITYPPAMKNAHAKASRTSSKSLESSAGTVAASPVRRGGQRGLPVPGPPVLSPDLHQLP
        540       550       560       570       580       590      

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pF1KB4 PTVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLNRNYSKSTELPGKNESTIEQIDKKLERNL
                                                                   
CCDS44 VLAPLHPAADTRRMCMRTCTLRTRGRRK                                
        600       610       620                                    

>>CCDS44820.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12              (595 aa)
 initn: 586 init1: 211 opt: 665  Z-score: 485.8  bits: 100.3 E(32554): 9.8e-21
Smith-Waterman score: 665; 37.0% identity (66.1% similar) in 316 aa overlap (5-308:222-530)

                                         10        20        30    
pF1KB4                           MEQVEILRKFIQRVQAMKSPDHNGEDNFARDFMR
                                     .:  . ..  . ..: : ... .: ..:  
CCDS44 EHFKKTGIEEASGAFVYLRQPYYATRVNAADIENRVLELNKKQESED-TAKAGFWEEFES
             200       210       220       230        240       250

           40        50        60        70        80         90   
pF1KB4 LRRLSTKYRTEKIYPTATGEKEENVKKNRYKDILPFDHSRVKLTLKTPS-QDSDYINANF
       :.    : ......    :.. ::  :::::.::::::::: :  .  .   :::::::.
CCDS44 LQ----KQEVKNLHQRLEGQRPENKGKNRYKNILPFDHSRVILQGRDSNIPGSDYINANY
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         : .  ...:....   :.  :.: .:::    :.  .  :......:..:::: ::: 
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         ..:.... . . ::   :   :: .::::: ::::.: .::.  . ...  .  ....
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>>CCDS41744.1 PTPN6 gene_id:5777|Hs108|chr12              (597 aa)
 initn: 586 init1: 211 opt: 665  Z-score: 485.7  bits: 100.3 E(32554): 9.8e-21
Smith-Waterman score: 665; 37.0% identity (66.1% similar) in 316 aa overlap (5-308:224-532)

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         : .  ...:....   :.  :.: .:::    :.  .  :......:..:::: ::: 
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>>CCDS42874.1 PTPRT gene_id:11122|Hs108|chr20             (1441 aa)
 initn: 554 init1: 371 opt: 660  Z-score: 476.3  bits: 99.8 E(32554): 3.3e-20
Smith-Waterman score: 664; 30.0% identity (57.1% similar) in 506 aa overlap (52-502:906-1396)

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pF1KB4 PSQDSDYINANFIKGVYGPKAYVATQGPLANTVIDFWRMIWEYNVVIIVMACREFEMGRK
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CCDS42 GDPHSDYINANYIDGYHRPRHYIATQGPMQETVKDFWRMIWQENSASIVMVTNLVEVGRV
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pF1KB4 KCERYWPLYGEDPITFAPFKISCEDEQARTDYFIRTLLLEFQ--NESRRLYQFHYVNWPD
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CCDS42 KCVRYWP---DDTEVYGDIKVTLIETEPLAEYVIRTFTVQKKGYHEIRELRLFHFTSWPD
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CCDS42 VDIFNCVRELRAQRVNLVQTEEQYVFVHDAILEACLCGNTAIPVCEFRSLYYNISRLDPQ
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pF1KB4 KIADGV-NEINTENMVSS-IEPEKQDSP--PPKPPRTRS--------CL-----VEGDAK
         .. . .:..: :.:.  ..::  .    : .  ..::        ::     :.:...
CCDS42 TNSSQIKDEFQTLNIVTPRVRPEDCSIGLLPRNHDKNRSMDVLPLDRCLPFLISVDGESS
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pF1KB4 EEI---LQPPEPHPVPPILTPSPPSAFP-TVTTVWQDNDRYHPKPVLHMVSSEQHSADLN
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CCDS42 NYINAALMDSHKQPAAFVVTQHP---LPNTVADFWRLVFDYNCSSVVML--NEMDTAQFC
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pF1KB4 RNY--SKSTELPGKNESTIEQIDKKLERNLSFEIKKVPLQEGPKSFDGNTLLNRGHAI--
        .:   :..   :  .  .: ..  .....  .: ..  .  :.  ::  .... . :  
CCDS42 MQYWPEKTSGCYGPIQ--VEFVSADIDEDIIHRIFRICNMARPQ--DGYRIVQHLQYIGW
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pF1KB4 -KIKSASPC------IADKISKPQELSSD---------LNVGDTSQNSCVDCSVTQSNKV
          ... :       .. .. : ::  .          :: :  : . :. ::: .    
CCDS42 PAYRDTPPSKRSLLKVVRRLEKWQEQYDGREGRTVVHCLNGGGRSGTFCAICSVCEMIQQ
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pF1KB4 SVTPPEESQNSDTPPRPDRLPLDEKGHVTWSFHGPENAIPIPDLSEGNSSDINYQTRKTV
                                                                   
CCDS42 QNIIDVFHIVKTLRNNKSNMVETLEQYKFVYEVALEYLSSF                   
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780 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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