FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4594, 706 aa
1>>>pF1KB4594 706 - 706 aa - 706 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8005+/-0.00123; mu= -5.5743+/- 0.072
mean_var=335.1974+/-69.159, 0's: 0 Z-trim(112.2): 907 B-trim: 593 in 1/51
Lambda= 0.070053
statistics sampled from 11956 (12978) to 11956 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.724), E-opt: 0.2 (0.399), width: 16
Scan time: 3.910
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3289.1 BCL6 gene_id:604|Hs108|chr3 ( 706) 4888 508.5 1.4e-143
CCDS46975.1 BCL6 gene_id:604|Hs108|chr3 ( 650) 3857 404.3 3e-112
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CCDS32977.1 ZNF85 gene_id:7639|Hs108|chr19 ( 595) 618 76.9 9.8e-14
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CCDS34644.1 ZNF680 gene_id:340252|Hs108|chr7 ( 530) 606 75.6 2.1e-13
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CCDS32978.1 ZNF430 gene_id:80264|Hs108|chr19 ( 570) 603 75.4 2.7e-13
CCDS42535.1 ZNF626 gene_id:199777|Hs108|chr19 ( 528) 602 75.2 2.7e-13
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CCDS32981.1 ZNF675 gene_id:171392|Hs108|chr19 ( 568) 600 75.1 3.3e-13
CCDS77346.1 ZNF480 gene_id:147657|Hs108|chr19 ( 492) 598 74.8 3.4e-13
CCDS12850.2 ZNF480 gene_id:147657|Hs108|chr19 ( 535) 598 74.8 3.7e-13
CCDS46170.1 ZNF845 gene_id:91664|Hs108|chr19 ( 970) 604 75.6 3.8e-13
CCDS12632.1 ZNF45 gene_id:7596|Hs108|chr19 ( 682) 600 75.1 3.8e-13
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CCDS42537.1 ZNF429 gene_id:353088|Hs108|chr19 ( 674) 598 74.9 4.4e-13
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CCDS33094.1 ZNF468 gene_id:90333|Hs108|chr19 ( 522) 593 74.3 5.1e-13
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CCDS46172.1 ZNF813 gene_id:126017|Hs108|chr19 ( 617) 594 74.5 5.4e-13
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CCDS54238.1 ZNF737 gene_id:100129842|Hs108|chr19 ( 536) 589 73.9 6.9e-13
CCDS59372.1 ZNF726 gene_id:730087|Hs108|chr19 ( 616) 590 74.1 7.1e-13
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CCDS54310.1 ZNF578 gene_id:147660|Hs108|chr19 ( 590) 589 74.0 7.4e-13
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CCDS12946.1 ZFP28 gene_id:140612|Hs108|chr19 ( 868) 592 74.4 8e-13
CCDS46101.1 ZNF234 gene_id:10780|Hs108|chr19 ( 700) 589 74.0 8.4e-13
CCDS75609.1 ZNF92 gene_id:168374|Hs108|chr7 ( 510) 585 73.5 8.8e-13
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CCDS47596.1 ZNF92 gene_id:168374|Hs108|chr7 ( 517) 585 73.5 8.9e-13
CCDS7205.2 ZNF485 gene_id:220992|Hs108|chr10 ( 441) 583 73.2 9.1e-13
CCDS74471.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 658) 587 73.8 9.3e-13
CCDS75608.1 ZNF92 gene_id:168374|Hs108|chr7 ( 554) 585 73.5 9.4e-13
CCDS12970.2 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 670) 587 73.8 9.4e-13
CCDS54329.1 ZNF135 gene_id:7694|Hs108|chr19 ( 682) 587 73.8 9.5e-13
CCDS34646.1 ZNF92 gene_id:168374|Hs108|chr7 ( 586) 585 73.5 9.8e-13
CCDS41502.1 ZNF239 gene_id:8187|Hs108|chr10 ( 458) 582 73.2 1e-12
CCDS46102.1 ZNF226 gene_id:7769|Hs108|chr19 ( 803) 588 74.0 1e-12
CCDS12861.1 ZNF677 gene_id:342926|Hs108|chr19 ( 584) 584 73.4 1e-12
>>CCDS3289.1 BCL6 gene_id:604|Hs108|chr3 (706 aa)
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Smith-Waterman score: 4888; 100.0% identity (100.0% similar) in 706 aa overlap (1-706:1-706)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MASPADSCIQFTRHASDVLLNLNRLRSRDILTDVVIVVSREQFRAHKTVLMACSGLFYSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MASPADSCIQFTRHASDVLLNLNRLRSRDILTDVVIVVSREQFRAHKTVLMACSGLFYSI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FTDQLKCNLSVINLDPEINPEGFCILLDFMYTSRLNLREGNIMAVMATAMYLQMEHVVDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FTDQLKCNLSVINLDPEINPEGFCILLDFMYTSRLNLREGNIMAVMATAMYLQMEHVVDT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 CRKFIKASEAEMVSAIKPPREEFLNSRMLMPQDIMAYRGREVVENNLPLRSAPGCESRAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CRKFIKASEAEMVSAIKPPREEFLNSRMLMPQDIMAYRGREVVENNLPLRSAPGCESRAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 APSLYSGLSTPPASYSMYSHLPVSSLLFSDEEFRDVRMPVANPFPKERALPCDSARPVPG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EYSRPTLEVSPNVCHSNIYSPKETIPEEARSDMHYSVAEGLKPAAPSARNAPYFPCDKAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EYSRPTLEVSPNVCHSNIYSPKETIPEEARSDMHYSVAEGLKPAAPSARNAPYFPCDKAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 KEEERPSSEDEIALHFEPPNAPLNRKGLVSPQSPQKSDCQPNSPTESCSSKNACILQASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KEEERPSSEDEIALHFEPPNAPLNRKGLVSPQSPQKSDCQPNSPTESCSSKNACILQASG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 SPPAKSPTDPKACNWKKYKFIVLNSLNQNAKPEGPEQAELGRLSPRAYTAPPACQPPMEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SPPAKSPTDPKACNWKKYKFIVLNSLNQNAKPEGPEQAELGRLSPRAYTAPPACQPPMEP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 ENLDLQSPTKLSASGEDSTIPQASRLNNIVNRSMTGSPRSSSESHSPLYMHPPKCTSCGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ENLDLQSPTKLSASGEDSTIPQASRLNNIVNRSMTGSPRSSSESHSPLYMHPPKCTSCGS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 QSPQHAEMCLHTAGPTFPEEMGETQSEYSDSSCENGAFFCNECDCRFSEEASLKRHTLQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QSPQHAEMCLHTAGPTFPEEMGETQSEYSDSSCENGAFFCNECDCRFSEEASLKRHTLQT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 HSDKPYKCDRCQASFRYKGNLASHKTVHTGEKPYRCNICGAQFNRPANLKTHTRIHSGEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HSDKPYKCDRCQASFRYKGNLASHKTVHTGEKPYRCNICGAQFNRPANLKTHTRIHSGEK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 PYKCETCGARFVQVAHLRAHVLIHTGEKPYPCEICGTRFRHLQTLKSHLRIHTGEKPYHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PYKCETCGARFVQVAHLRAHVLIHTGEKPYPCEICGTRFRHLQTLKSHLRIHTGEKPYHC
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700
pF1KB4 EKCNLHFRHKSQLRLHLRQKHGAITNTKVQYRVSATDLPPELPKAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EKCNLHFRHKSQLRLHLRQKHGAITNTKVQYRVSATDLPPELPKAC
670 680 690 700
>>CCDS46975.1 BCL6 gene_id:604|Hs108|chr3 (650 aa)
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Smith-Waterman score: 4361; 92.1% identity (92.1% similar) in 706 aa overlap (1-706:1-650)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MASPADSCIQFTRHASDVLLNLNRLRSRDILTDVVIVVSREQFRAHKTVLMACSGLFYSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MASPADSCIQFTRHASDVLLNLNRLRSRDILTDVVIVVSREQFRAHKTVLMACSGLFYSI
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pF1KB4 FTDQLKCNLSVINLDPEINPEGFCILLDFMYTSRLNLREGNIMAVMATAMYLQMEHVVDT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FTDQLKCNLSVINLDPEINPEGFCILLDFMYTSRLNLREGNIMAVMATAMYLQMEHVVDT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 CRKFIKASEAEMVSAIKPPREEFLNSRMLMPQDIMAYRGREVVENNLPLRSAPGCESRAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 CRKFIKASEAEMVSAIKPPREEFLNSRMLMPQDIMAYRGREVVENNLPLRSAPGCESRAF
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 APSLYSGLSTPPASYSMYSHLPVSSLLFSDEEFRDVRMPVANPFPKERALPCDSARPVPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 APSLYSGLSTPPASYSMYSHLPVSSLLFSDEEFRDVRMPVANPFPKERALPCDSARPVPG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 EYSRPTLEVSPNVCHSNIYSPKETIPEEARSDMHYSVAEGLKPAAPSARNAPYFPCDKAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EYSRPTLEVSPNVCHSNIYSPKETIPEEARSDMHYSVAEGLKPAAPSARNAPYFPCDKAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 KEEERPSSEDEIALHFEPPNAPLNRKGLVSPQSPQKSDCQPNSPTESCSSKNACILQASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KEEERPSSEDEIALHFEPPNAPLNRKGLVSPQSPQKSDCQPNSPTESCSSKNACILQASG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 SPPAKSPTDPKACNWKKYKFIVLNSLNQNAKPEGPEQAELGRLSPRAYTAPPACQPPMEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SPPAKSPTDPKACNWKKYKFIVLNSLNQNAKPEGPEQAELGRLSPRAYTAPPACQPPMEP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 ENLDLQSPTKLSASGEDSTIPQASRLNNIVNRSMTGSPRSSSESHSPLYMHPPKCTSCGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ENLDLQSPTKLSASGEDSTIPQASRLNNIVNRSMTGSPRSSSESHSPLYMHPPKCTSCGS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 QSPQHAEMCLHTAGPTFPEEMGETQSEYSDSSCENGAFFCNECDCRFSEEASLKRHTLQT
:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QSPQHAEMCLHTAGPTFPEEMGETQSEYSDSSC---------------------------
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pF1KB4 HSDKPYKCDRCQASFRYKGNLASHKTVHTGEKPYRCNICGAQFNRPANLKTHTRIHSGEK
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 -----------------------------GEKPYRCNICGAQFNRPANLKTHTRIHSGEK
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pF1KB4 PYKCETCGARFVQVAHLRAHVLIHTGEKPYPCEICGTRFRHLQTLKSHLRIHTGEKPYHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PYKCETCGARFVQVAHLRAHVLIHTGEKPYPCEICGTRFRHLQTLKSHLRIHTGEKPYHC
550 560 570 580 590 600
670 680 690 700
pF1KB4 EKCNLHFRHKSQLRLHLRQKHGAITNTKVQYRVSATDLPPELPKAC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EKCNLHFRHKSQLRLHLRQKHGAITNTKVQYRVSATDLPPELPKAC
610 620 630 640 650
>>CCDS42248.1 BCL6B gene_id:255877|Hs108|chr17 (479 aa)
initn: 2419 init1: 978 opt: 1027 Z-score: 584.8 bits: 118.1 E(32554): 3e-26
Smith-Waterman score: 1240; 39.6% identity (53.0% similar) in 685 aa overlap (10-693:16-475)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MASPADSCIQFTRHASDVLLNLNRLRSRDILTDVVIVVSREQFRAHKTVLMACS
.::::.:::: :::.:: : :::::...:. . .::::.::.:::
CCDS42 MGSPAAPEGALGYVREFTRHSSDVLGNLNELRLRGILTDVTLLVGGQPLRAHKAVLIACS
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 GLFYSIFTDQLKCNLSVINLDPEINPEGFCILLDFMYTSRLNLREGNIMAVMATAMYLQM
:.::::: . ...:..: . .:: :::::::::: : .. ::.:.: ::::
CCDS42 GFFYSIFRGRAGVGVDVLSLPGGPEARGFAPLLDFMYTSRLRLSPATAPAVLAAATYLQM
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 EHVVDTCRKFIKASEAEMVSAIKPPREEFLNSRMLMPQDIMAYRGREVVENNLPLRSAPG
::::..:..::.:: :. ::
CCDS42 EHVVQACHRFIQAS----------------------------YE---------PL-----
130
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 CESRAFAPSLYSGLSTPPASYSMYSHLPVSSLLFSDEEFRDVRMPVANPFPKERALPCDS
:.: :
CCDS42 ------------GISLRP------------------------------------------
140
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 ARPVPGEYSRPTLEVSPNVCHSNIYSPKETIPEEARSDMHYSVAEGLKPAAPSARNAPYF
::. : :. :.:
CCDS42 ------------LEAEP-------------------------------PTPPTA------
150
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 PCDKASKEEERPSSEDEIALHFEPPNAPLNRKGLVSPQSPQKSDCQPNSPTESCSSKNAC
:: : ::..:. .:. :::: : :
CCDS42 -----------------------PP-----------PGSPRRSEGHPDPPTESRS----C
160 170
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 ILQASGSPPAKSPTDPKACNWKKYKFIVLNSLNQNAKPEGPEQAELGRLSPRAYTAPPAC
: .::. . :::::::::::.::::: ..: : : . .. :
CCDS42 ----SQGPPSPASPDPKACNWKKYKYIVLNSQASQA----------GSLVGERSSGQPCP
180 190 200 210 220
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 QPPMEPENLDLQSPTKLSASGEDSTIP-QASRLNNIVNRSMTGSPRSSSESHSPLYMHPP
: . . .: .. :.:.:.. :: :::. . : . . .. . .: .
CCDS42 QARLPSGDEASSSSSSSSSSSEEGPIPGPQSRLSPT---AATVQFKCGAPASTPYLLTSQ
230 240 250 260 270 280
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 KCTSCGSQSPQHAEMCLHTAGPTFPEEMGETQSEYSDSSCENGAFFCNECDCRFSEEASL
. :: : . : : .: : ::. : :..:. . ..:
CCDS42 AQDTSGSPSER--------ARP-LP---G---SEF---------FSCQNCEAVAGCSSGL
290 300 310
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 KRHTLQTHSDKPYKCDRCQASFRYKGNLASHKTVHTGEKPYRCNICGAQFNRPANLKTHT
. ::::::. :..:::::::::::.:::::::::.:.::::.::::::::::.
CCDS42 DS-LVPGDEDKPYKCQLCRSSFRYKGNLASHRTVHTGEKPYHCSICGARFNRPANLKTHS
320 330 340 350 360 370
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 RIHSGEKPYKCETCGARFVQVAHLRAHVLIHTGEKPYPCEICGTRFRHLQTLKSHLRIHT
:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::.::::
CCDS42 RIHSGEKPYKCETCGSRFVQVAHLRAHVLIHTGEKPYPCPTCGTRFRHLQTLKSHVRIHT
380 390 400 410 420 430
660 670 680 690 700
pF1KB4 GEKPYHCEKCNLHFRHKSQLRLHLRQKHGAITNTKVQYRVSATDLPPELPKAC
:::::::. :.::::::::::::::::::: :::::.:..
CCDS42 GEKPYHCDPCGLHFRHKSQLRLHLRQKHGAATNTKVHYHILGGP
440 450 460 470
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CCDS31 GEKPYKCDDCGKDFSHSSDLRIHQRVHTGEKPYTCPECGKGFSKSSKLHTHQRVHTGEKP
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CCDS64 EERPHPYDMGGQSFQHSVDLTGHEG-VPTAESPLICNECGKTFQGNPDLIQRQIVHTGEA
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CCDS64 SFM----CDDCGKTFSQNSVLKNRHRSHMSEKAYQCSECGKAFRGHSDFSRHQSHHSSER
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CCDS64 SECGKAFRRSSNLIKHHRTHTGEKPFECGECGKAFSQSAHLRKHQRVHTGEKPYECNDCG
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CCDS64 YSSVLRKHQIIHTGEKPYRCSVCGKAFSHSSALIQHQGVHTGDKPYACHECGKTFGRSSN
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pF1KB4 SRLNNIVNRSMTGSPRSSSESHSPLYMHPPKCTSCGSQSPQHAEMCLHTA---G--PTFP
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CCDS34 KAFNWFATLTNHKRIHTGEKPFKCEECGKDFNQFSNLTKHKKIHTGEKPYKCEECGKAFN
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CCDS32 PYKCEECGKAFNRSSNLTKHKIIHTGEKSYKCEECGKAFNQSSTLTKHRKIHTRQKPYNC
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18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]