Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4653
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4653, 200 aa
1>>>pF1KB4653 200 - 200 aa - 200 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7211+/-0.00103; mu= 10.8116+/- 0.062
mean_var=70.4805+/-14.124, 0's: 0 Z-trim(104.5): 210 B-trim: 312 in 2/47
Lambda= 0.152771
statistics sampled from 7704 (7936) to 7704 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.622), E-opt: 0.2 (0.244), width: 16
Scan time: 1.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 1320 300.0 6.3e-82
CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 902 207.9 3.5e-54
CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 892 205.7 1.6e-53
CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 819 189.6 1.1e-48
CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 708 165.1 2.6e-41
CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 699 163.2 1e-40
CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 679 158.8 2.2e-39
CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 653 153.0 1.1e-37
CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 652 152.8 1.4e-37
CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 646 151.5 4.1e-37
CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 643 150.8 5.7e-37
CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 638 149.7 1.2e-36
CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 635 149.1 2e-36
CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 633 148.6 2.6e-36
CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 630 148.0 4.5e-36
CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 616 144.9 3.1e-35
CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 615 144.6 3.7e-35
CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 615 144.7 4.2e-35
CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 593 139.8 1.2e-33
CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 588 138.7 2.4e-33
CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 573 135.4 2.4e-32
CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 568 134.3 5.3e-32
CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 564 133.4 9.7e-32
CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 562 133.0 1.2e-31
CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 552 130.8 6.1e-31
CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 539 127.9 4.2e-30
CCDS14766.1 RAB39B gene_id:116442|Hs108|chrX ( 213) 529 125.7 2e-29
CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 523 124.4 5.1e-29
CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 517 123.1 1.3e-28
CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 512 122.0 2.7e-28
CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 509 121.3 4.3e-28
CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 505 120.4 8e-28
CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 497 118.6 2e-27
CCDS11816.1 RAB40B gene_id:10966|Hs108|chr17 ( 278) 497 118.7 3.4e-27
CCDS10413.1 RAB40C gene_id:57799|Hs108|chr16 ( 281) 492 117.6 7.3e-27
CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 497 118.9 7.8e-27
CCDS9768.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 208) 487 116.4 1.2e-26
CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 485 116.0 1.6e-26
CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 482 115.3 2e-26
CCDS35357.1 RAB40A gene_id:142684|Hs108|chrX ( 277) 482 115.4 3.3e-26
CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 479 114.7 4.1e-26
CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 478 114.5 5.2e-26
CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 478 114.5 5.3e-26
CCDS8338.1 RAB39A gene_id:54734|Hs108|chr11 ( 217) 477 114.2 5.8e-26
CCDS35353.1 RAB40AL gene_id:282808|Hs108|chrX ( 278) 477 114.3 7.2e-26
CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 474 113.6 8.8e-26
CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 472 113.1 1.1e-25
CCDS6662.1 RASEF gene_id:158158|Hs108|chr9 ( 740) 477 114.5 1.7e-25
CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 465 111.6 3.3e-25
CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 463 111.2 4.9e-25
>>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa)
initn: 1320 init1: 1320 opt: 1320 Z-score: 1584.3 bits: 300.0 E(32554): 6.3e-82
Smith-Waterman score: 1320; 100.0% identity (100.0% similar) in 200 aa overlap (1-200:1-200)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS17 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
130 140 150 160 170 180
190 200
pF1KB4 SENVDISSGGGVTGWKSKCC
::::::::::::::::::::
CCDS17 SENVDISSGGGVTGWKSKCC
190 200
>>CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 (207 aa)
initn: 902 init1: 902 opt: 902 Z-score: 1086.2 bits: 207.9 E(32554): 3.5e-54
Smith-Waterman score: 902; 72.5% identity (91.0% similar) in 189 aa overlap (4-192:3-189)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
:::: ::::::::::::::::.:::::.:::::::::::::::::.:.::.::::::
CCDS10 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCLLFRFSEDAFNTTFISTIGIDFKIRTIELDGKKIKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
:::::::::::.::::.:::::::::::::::: :::.::..:.:::.:::. :::::.:
CCDS10 QIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIKNWIRNIEEHASSDVERMIL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
::::::.::: : : .::..: ..::.:.:::::.. :.:.::.:::.::. : : .
CCDS10 GNKCDMNDKRQVSKERGEKLAIDYGIKFLETSAKSSANVEEAFFTLARDIMTKLNRKMND
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB4 SENVDISSGGGVTGWKSKCC
:... ..:: :
CCDS10 SNSA--GAGGPVKITENRSKKTSFFRCSLL
180 190 200
>>CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 (207 aa)
initn: 886 init1: 886 opt: 892 Z-score: 1074.3 bits: 205.7 E(32554): 1.6e-53
Smith-Waterman score: 892; 76.0% identity (91.6% similar) in 179 aa overlap (4-181:3-181)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
:::: ::::::::::::::::::::::.::::.::::::::::::.:.::.::.:::
CCDS12 MAKTYDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
:::::::::::.::::.:::::::::::::::: :::.:: .:.:::.:::. :::.:.:
CCDS12 QIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMIL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB4 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVK-EP
:::::..::: : : .::..: ..::.:.:::::::::.:.::.:::.:: : : :
CCDS12 GNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKKLEG
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB4 NSENVDISSGGGVTGWKSKCC
::
CCDS12 NSPQGSNQGVKITPDQQKRSSFFRCVLL
180 190 200
>>CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 (203 aa)
initn: 833 init1: 812 opt: 819 Z-score: 987.5 bits: 189.6 E(32554): 1.1e-48
Smith-Waterman score: 819; 66.7% identity (91.1% similar) in 180 aa overlap (4-183:3-182)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
:.:: ::::::::::::::::...::..: ::.:.::::::::::.::...::::::
CCDS10 MAKAYDHLFKLLLIGDSGVGKTCLIIRFAEDNFNNTYISTIGIDFKIRTVDIEGKKIKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
:.:::::::::.::::.::::::::.::::::. ::::::..:...: :.:. :::.::
CCDS10 QVWDTAGQERFKTITTAYYRGAMGIILVYDITDEKSFENIQNWMKSIKENASAGVERLLL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
::::::. :: : : .....::::::::::::::...:...:: .::.::: :. .. .
CCDS10 GNKCDMEAKRKVQKEQADKLAREHGIRFFETSAKSSMNVDEAFSSLARDILLKSGGRRSG
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB4 SENVDISSGGGVTGWKSKCC
. :
CCDS10 NGNKPPSTDLKTCDKKNTNKCSLG
180 190 200
>>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa)
initn: 723 init1: 708 opt: 708 Z-score: 855.2 bits: 165.1 E(32554): 2.6e-41
Smith-Waterman score: 708; 58.9% identity (88.1% similar) in 168 aa overlap (6-173:8-175)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKI
:: ::::::::::::::.:.:.::.::... ..:::::.::::.:.::.:: :
CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 KLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERM
:::::::::::::.:::.:::::: ::..:::.:. .::.:...::..::..:.:.:...
CCDS46 KLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVNKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKE
:.:::::. :.:: ....: :: :.::::: :.:..:.:.: .: ..
CCDS46 LVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQSFMTMAAEIKKRMGPGA
130 140 150 160 170 180
180 190 200
pF1KB4 PNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
CCDS46 TAGGAEKSNVKIQSTPVKQSGGGCC
190 200
>>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa)
initn: 695 init1: 695 opt: 699 Z-score: 844.6 bits: 163.2 E(32554): 1e-40
Smith-Waterman score: 699; 53.5% identity (80.8% similar) in 198 aa overlap (6-200:5-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
:: ::::::::::::::.:.:.::.::... ..:::::.::::.:.::.:: :::
CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
:::::::::::.:::.:::::: ::..:::.:. .:. :...::..::..:.:.:...:.
CCDS31 QIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASENVNKLLV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB4 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKT-PVKEP
::: :. :.:: . ....: :: :.::::: :.:.::.:.: .: .. :
CCDS31 GNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGAAS
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB4 NSE--NVDISSGGGVTGWKSKCC
..: :. :.: : . ::
CCDS31 GGERPNLKIDSTP-VKPAGGGCC
180 190 200
>>CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 (212 aa)
initn: 671 init1: 671 opt: 679 Z-score: 820.4 bits: 158.8 E(32554): 2.2e-39
Smith-Waterman score: 679; 55.8% identity (87.2% similar) in 172 aa overlap (1-172:1-171)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
:::. ::.::.:::::::::::::.: ::.:. :... :::::.:::.::.:..: :...
CCDS76 MAKQ-YDVLFRLLLIGDSGVGKTCLLCRFTDNEFHSSHISTIGVDFKMKTIEVDGIKVRI
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
::::::::::..::: .::: :.::.:::::.. .:...: ::. ..::.: : :...:.
CCDS76 QIWDTAGQERYQTITKQYYRRAQGIFLVYDISSERSYQHIMKWVSDVDEYAPEGVQKILI
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEPN
::: : ..:: : . .:.:.:.:.:. :.:::: .:.::...: :.: .:.
CCDS76 GNKADEEQKRQVGREQGQQLAKEYGMDFYETSACTNLNIKESFTRLTELVLQAHRKELEG
120 130 140 150 160 170
190 200
pF1KB4 SENVDISSGGGVTGWKSKCC
CCDS76 LRMRASNELALAELEEEEGKPEGPANSSKTCWC
180 190 200 210
>>CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 (201 aa)
initn: 506 init1: 485 opt: 653 Z-score: 789.8 bits: 153.0 E(32554): 1.1e-37
Smith-Waterman score: 653; 47.5% identity (80.5% similar) in 200 aa overlap (4-200:3-201)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL
. :: :::::.::::::::. .:.::.:..:. ..:.:::.::::.:::..:.:.::
CCDS41 MARDYDHLFKLLIIGDSGVGKSSLLLRFADNTFSGSYITTIGVDFKIRTVEINGEKVKL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLL
:::::::::::.:::..::::. :...:::.:...:: :...::..:... . :: :.:.
CCDS41 QIWDTAGQERFRTITSTYYRGTHGVIVVYDVTSAESFVNVKRWLHEINQNCD-DVCRILV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB4 GNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTP---VK
::: : ...:: . ..: . ::..:::::: :.:.:. : ..: .:: .:
CCDS41 GNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAK
120 130 140 150 160 170
180 190 200
pF1KB4 EPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
. .... :. . . :..::
CCDS41 QQQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC
180 190 200
>>CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 (219 aa)
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10 20 30 40
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFK
: ...: .:::::::.:.:::: :::..::.:. .:.::.:::::
CCDS12 MASAGDTQAGPRDAADQNFDYMFKLLLIGNSSVGKTSFLFRYADDSFTPAFVSTVGIDFK
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 IKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNI
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CCDS12 VKTVYRHDKRIKLQIWDTAGQERYRTITTAYYRGAMGFLLMYDIANQESFAAVQDWATQI
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110 120 130 140 150 160
pF1KB4 DEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLA
.. .... .:.:::::..:.:::: :...: . :..:::.::: :::....: :.
CCDS12 KTYSWDNAQVILVGNKCDLEDERVVPAEDGRRLADDLGFEFFEASAKENINVKQVFERLV
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170 180 190 200
pF1KB4 EDILRKTPVKEPNSENVDISSGGGVTGWKSKCC
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CCDS12 -DV-----ICEKMNESLEPSSSSGSNGKGPAVGDAPAPQPSSCSC
190 200 210
>>CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 (256 aa)
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Smith-Waterman score: 646; 49.0% identity (77.0% similar) in 196 aa overlap (6-200:60-254)
10 20 30
pF1KB4 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAF-
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40 50 60 70 80 90
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CCDS10 ASFDNIQAWLTEIHEYAQHDVALMLLGNKVDSAHERVVKREDGEKLAKEYGLPFMETSAK
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160 170 180 190 200
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CCDS10 TGLNVDLAFTAIAKE-LKQRSMKAPSEPRFRLHDYVKREGRGASCCRP
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200 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]