Result of FASTA (omim) for
pF1KB4659
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4659, 480 aa
1>>>pF1KB4659 480 - 480 aa - 480 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8182+/-0.000296; mu= 12.8729+/- 0.019
mean_var=119.8725+/-24.565, 0's: 0 Z-trim(120.5): 7 B-trim: 46 in 1/53
Lambda= 0.117143
statistics sampled from 35782 (35789) to 35782 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.747), E-opt: 0.2 (0.42), width: 16
Scan time: 11.260
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_113647 (OMIM: 607767) sestrin-2 [Homo sapiens] ( 480) 3260 561.6 1.8e-159
NP_001186862 (OMIM: 606103) sestrin-1 isoform 2 [H ( 492) 1768 309.4 1.5e-83
NP_055269 (OMIM: 606103) sestrin-1 isoform 1 [Homo ( 551) 1768 309.4 1.6e-83
NP_001186863 (OMIM: 606103) sestrin-1 isoform 3 [H ( 426) 1700 297.9 3.7e-80
NP_001258523 (OMIM: 607768) sestrin-3 isoform 2 [H ( 353) 949 170.9 5.2e-42
XP_011540916 (OMIM: 607768) PREDICTED: sestrin-3 i ( 469) 949 171.0 6.5e-42
NP_653266 (OMIM: 607768) sestrin-3 isoform 1 [Homo ( 492) 949 171.0 6.7e-42
>>NP_113647 (OMIM: 607767) sestrin-2 [Homo sapiens] (480 aa)
initn: 3260 init1: 3260 opt: 3260 Z-score: 2984.1 bits: 561.6 E(85289): 1.8e-159
Smith-Waterman score: 3260; 100.0% identity (100.0% similar) in 480 aa overlap (1-480:1-480)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MIVADSECRAELKDYLRFAPGGVGDSGPGEEQRESRARRGPRGPSAFIPVEEVLREGAES
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NP_113 MIVADSECRAELKDYLRFAPGGVGDSGPGEEQRESRARRGPRGPSAFIPVEEVLREGAES
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LEQHLGLEALMSSGRVDNLAVVMGLHPDYFTSFWRLHYLLLHTDGPLASSWRHYIAIMAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_113 LEQHLGLEALMSSGRVDNLAVVMGLHPDYFTSFWRLHYLLLHTDGPLASSWRHYIAIMAA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 ARHQCSYLVGSHMAEFLQTGGDPEWLLGLHRAPEKLRKLSEINKLLAHRPWLITKEHIQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_113 ARHQCSYLVGSHMAEFLQTGGDPEWLLGLHRAPEKLRKLSEINKLLAHRPWLITKEHIQA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 LLKTGEHTWSLAELIQALVLLTHCHSLSSFVFGCGILPEGDADGSPAPQAPTPPSEQSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_113 LLKTGEHTWSLAELIQALVLLTHCHSLSSFVFGCGILPEGDADGSPAPQAPTPPSEQSSP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 PSRDPLNNSGGFESARDVEALMERMQQLQESLLRDEGTSQEEMESRFELEKSESLLVTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_113 PSRDPLNNSGGFESARDVEALMERMQQLQESLLRDEGTSQEEMESRFELEKSESLLVTPS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 ADILEPSPHPDMLCFVEDPTFGYEDFTRRGAQAPPTFRAQDYTWEDHGYSLIQRLYPEGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_113 ADILEPSPHPDMLCFVEDPTFGYEDFTRRGAQAPPTFRAQDYTWEDHGYSLIQRLYPEGG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 QLLDEKFQAAYSLTYNTIAMHSGVDTSVLRRAIWNYIHCVFGIRYDDYDYGEVNQLLERN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_113 QLLDEKFQAAYSLTYNTIAMHSGVDTSVLRRAIWNYIHCVFGIRYDDYDYGEVNQLLERN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 LKVYIKTVACYPEKTTRRMYNLFWRHFRHSEKVHVNLLLLEARMQAALLYALRAITRYMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_113 LKVYIKTVACYPEKTTRRMYNLFWRHFRHSEKVHVNLLLLEARMQAALLYALRAITRYMT
430 440 450 460 470 480
>>NP_001186862 (OMIM: 606103) sestrin-1 isoform 2 [Homo (492 aa)
initn: 1723 init1: 835 opt: 1768 Z-score: 1621.2 bits: 309.4 E(85289): 1.5e-83
Smith-Waterman score: 1792; 58.9% identity (80.2% similar) in 475 aa overlap (22-480:22-492)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MIVADSECRAELKDYLRFAPGGVGDSGPGEEQRESRARRGPR----GPSAFIPVEEVLRE
: . : :..: : . : :: ::: ::: .:.:.
NP_001 MRLAAAANEAYTAPLAVSGLLGCKQCGGGRDQDEELGIRIPRPLGQGPSRFIPEKEILQV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 GAESLEQH-LGLEALMSSGRVDNLAVVMGLHPDYFTSFWRLHYLLLHTDGPLASSWRHYI
:.:. ..: : ... . ::.::...:: .::.:. :: . .. ::. :::: .::::
NP_001 GSEDAQMHALFADSFAALGRLDNITLVMVFHPQYLESFLKTQHYLLQMDGPLPLHYRHYI
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 AIMAAARHQCSYLVGSHMAEFLQTGGDPEWLLGLHRAPEKLRKLSEINKLLAHRPWLITK
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NP_001 GIMAAARHQCSYLVNLHVNDFLHVGGDPKWLNGLENAPQKLQNLGELNKVLAHRPWLITK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EHIQALLKTGEHTWSLAELIQALVLLTHCHSLSSFVFGCGILPEGDADGSPAPQAPTPPS
:::..:::. ::.::::::..:.::::: :::.::.::::: :: ::. . . :. .
NP_001 EHIEGLLKAEEHSWSLAELVHAVVLLTHYHSLASFTFGCGISPEIHCDGGHTFRPPSVSN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280
pF1KB4 E-----QSSPPSRD--PLNNSGGF---ESARDVEALMERMQQLQESLLRDEG-TSQEEME
.. : : :.:.. . .: .::::::.:.:::: ::: .:::::
NP_001 YCICDITNGNHSVDEMPVNSAENVSVSDSFFEVEALMEKMRQLQEC--RDEEEASQEEMA
250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 SRFELEKSESLLVTPSADILEPSPHPDMLCFVEDPTFGYEDFTRRGAQAPPTFRAQDYTW
::::.:: ::..: :.: : .: . :: ..::.::.:.: ..: :::.::: :
NP_001 SRFEIEKRESMFVF-SSDDEEVTPARAVSRHFEDTSYGYKDFSRHGMHVP-TFRVQDYCW
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 EDHGYSLIQRLYPEGGQLLDEKFQAAYSLTYNTIAMHSGVDTSVLRRAIWNYIHCVFGIR
:::::::..::::. :::.::::. ::.:::::.:::. ::::.:::::::::::.::::
NP_001 EDHGYSLVNRLYPDVGQLIDEKFHIAYNLTYNTMAMHKDVDTSMLRRAIWNYIHCMFGIR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 YDDYDYGEVNQLLERNLKVYIKTVACYPEKTTRRMYNLFWRHFRHSEKVHVNLLLLEARM
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NP_001 YDDYDYGEINQLLDRSFKVYIKTVVCTPEKVTKRMYDSFWRQFKHSEKVHVNLLLIEARM
420 430 440 450 460 470
470 480
pF1KB4 QAALLYALRAITRYMT
:: :::::::::::::
NP_001 QAELLYALRAITRYMT
480 490
>>NP_055269 (OMIM: 606103) sestrin-1 isoform 1 [Homo sap (551 aa)
initn: 1799 init1: 835 opt: 1768 Z-score: 1620.5 bits: 309.4 E(85289): 1.6e-83
Smith-Waterman score: 1769; 60.0% identity (81.2% similar) in 458 aa overlap (39-480:98-551)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 RAELKDYLRFAPGGVGDSGPGEEQRESRARRGPR----GPSAFIPVEEVLREGAESLEQH
: :: ::: ::: .:.:. :.:. ..:
NP_055 HLLMLSKRCPFKDVREKSEFILKSIQELGIRIPRPLGQGPSRFIPEKEILQVGSEDAQMH
70 80 90 100 110 120
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 -LGLEALMSSGRVDNLAVVMGLHPDYFTSFWRLHYLLLHTDGPLASSWRHYIAIMAAARH
: ... . ::.::...:: .::.:. :: . .. ::. :::: .::::.:::::::
NP_055 ALFADSFAALGRLDNITLVMVFHPQYLESFLKTQHYLLQMDGPLPLHYRHYIGIMAAARH
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 QCSYLVGSHMAEFLQTGGDPEWLLGLHRAPEKLRKLSEINKLLAHRPWLITKEHIQALLK
::::::. :. .::..::::.:: ::. ::.::..:.:.::.:::::::::::::..:::
NP_055 QCSYLVNLHVNDFLHVGGDPKWLNGLENAPQKLQNLGELNKVLAHRPWLITKEHIEGLLK
190 200 210 220 230 240
190 200 210 220 230
pF1KB4 TGEHTWSLAELIQALVLLTHCHSLSSFVFGCGILPEGDADGSPAPQAPTPPSE-----QS
. ::.::::::..:.::::: :::.::.::::: :: ::. . . :. . .
NP_055 AEEHSWSLAELVHAVVLLTHYHSLASFTFGCGISPEIHCDGGHTFRPPSVSNYCICDITN
250 260 270 280 290 300
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 SPPSRD--PLNNSGGF---ESARDVEALMERMQQLQESLLRDEG-TSQEEMESRFELEKS
. : : :.:.. . .: .::::::.:.:::: ::: .::::: ::::.::
NP_055 GNHSVDEMPVNSAENVSVSDSFFEVEALMEKMRQLQEC--RDEEEASQEEMASRFEIEKR
310 320 330 340 350 360
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 ESLLVTPSADILEPSPHPDMLCFVEDPTFGYEDFTRRGAQAPPTFRAQDYTWEDHGYSLI
::..: :.: : .: . :: ..::.::.:.: ..: :::.::: ::::::::.
NP_055 ESMFVF-SSDDEEVTPARAVSRHFEDTSYGYKDFSRHGMHVP-TFRVQDYCWEDHGYSLV
370 380 390 400 410 420
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 QRLYPEGGQLLDEKFQAAYSLTYNTIAMHSGVDTSVLRRAIWNYIHCVFGIRYDDYDYGE
.::::. :::.::::. ::.:::::.:::. ::::.:::::::::::.::::::::::::
NP_055 NRLYPDVGQLIDEKFHIAYNLTYNTMAMHKDVDTSMLRRAIWNYIHCMFGIRYDDYDYGE
430 440 450 460 470 480
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 VNQLLERNLKVYIKTVACYPEKTTRRMYNLFWRHFRHSEKVHVNLLLLEARMQAALLYAL
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NP_055 INQLLDRSFKVYIKTVVCTPEKVTKRMYDSFWRQFKHSEKVHVNLLLIEARMQAELLYAL
490 500 510 520 530 540
480
pF1KB4 RAITRYMT
::::::::
NP_055 RAITRYMT
550
>>NP_001186863 (OMIM: 606103) sestrin-1 isoform 3 [Homo (426 aa)
initn: 1656 init1: 835 opt: 1700 Z-score: 1560.0 bits: 297.9 E(85289): 3.7e-80
Smith-Waterman score: 1700; 61.3% identity (82.5% similar) in 424 aa overlap (68-480:7-426)
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 RRGPRGPSAFIPVEEVLREGAESLEQHLGLEALMSSGRVDNLAVVMGLHPDYFTSFWRLH
... . ::.::...:: .::.:. :: . .
NP_001 MHALFADSFAALGRLDNITLVMVFHPQYLESFLKTQ
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 YLLLHTDGPLASSWRHYIAIMAAARHQCSYLVGSHMAEFLQTGGDPEWLLGLHRAPEKLR
. ::. :::: .::::.:::::::::::::. :. .::..::::.:: ::. ::.::.
NP_001 HYLLQMDGPLPLHYRHYIGIMAAARHQCSYLVNLHVNDFLHVGGDPKWLNGLENAPQKLQ
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 KLSEINKLLAHRPWLITKEHIQALLKTGEHTWSLAELIQALVLLTHCHSLSSFVFGCGIL
.:.:.::.:::::::::::::..:::. ::.::::::..:.::::: :::.::.:::::
NP_001 NLGELNKVLAHRPWLITKEHIEGLLKAEEHSWSLAELVHAVVLLTHYHSLASFTFGCGIS
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260
pF1KB4 PEGDADGSPAPQAPTPPSE-----QSSPPSRD--PLNNSGGF---ESARDVEALMERMQQ
:: ::. . . :. . .. : : :.:.. . .: .::::::.:.:
NP_001 PEIHCDGGHTFRPPSVSNYCICDITNGNHSVDEMPVNSAENVSVSDSFFEVEALMEKMRQ
160 170 180 190 200 210
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 LQESLLRDEG-TSQEEMESRFELEKSESLLVTPSADILEPSPHPDMLCFVEDPTFGYEDF
::: ::: .::::: ::::.:: ::..: :.: : .: . :: ..::.::
NP_001 LQEC--RDEEEASQEEMASRFEIEKRESMFVF-SSDDEEVTPARAVSRHFEDTSYGYKDF
220 230 240 250 260 270
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 TRRGAQAPPTFRAQDYTWEDHGYSLIQRLYPEGGQLLDEKFQAAYSLTYNTIAMHSGVDT
.:.: ..: :::.::: ::::::::..::::. :::.::::. ::.:::::.:::. :::
NP_001 SRHGMHVP-TFRVQDYCWEDHGYSLVNRLYPDVGQLIDEKFHIAYNLTYNTMAMHKDVDT
280 290 300 310 320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KB4 SVLRRAIWNYIHCVFGIRYDDYDYGEVNQLLERNLKVYIKTVACYPEKTTRRMYNLFWRH
:.:::::::::::.::::::::::::.::::.:..:::::::.: :::.:.:::. :::.
NP_001 SMLRRAIWNYIHCMFGIRYDDYDYGEINQLLDRSFKVYIKTVVCTPEKVTKRMYDSFWRQ
340 350 360 370 380 390
450 460 470 480
pF1KB4 FRHSEKVHVNLLLLEARMQAALLYALRAITRYMT
:.:::::::::::.:::::: :::::::::::::
NP_001 FKHSEKVHVNLLLIEARMQAELLYALRAITRYMT
400 410 420
>>NP_001258523 (OMIM: 607768) sestrin-3 isoform 2 [Homo (353 aa)
initn: 1296 init1: 880 opt: 949 Z-score: 875.3 bits: 170.9 E(85289): 5.2e-42
Smith-Waterman score: 1174; 58.9% identity (78.8% similar) in 321 aa overlap (178-480:35-353)
150 160 170 180 190 200
pF1KB4 GLHRAPEKLRKLSEINKLLAHRPWLITKEHIQALLKTGEHTWSLAELIQALVLLTHCHSL
:. :.::::..::: ::..:.:::.: :.:
NP_001 TQYLESFLRSQFYMLRMDGPLPLPYRHYIAIMKLVKTGENNWSLPELVHAVVLLAHYHAL
10 20 30 40 50 60
210 220 230 240 250
pF1KB4 SSFVFGCGILPEGDADGSPAPQAPTPPSEQSSPPSRD------PLNNS--GGFESARDVE
.::::: :: :: : . : . . . . . : :..: : .: ..:
NP_001 ASFVFGSGINPERDPEISNGFRLISVNNFCVCDLANDNNIENASLSGSNFGIVDSLSELE
70 80 90 100 110 120
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 ALMERMQQLQESLLRDEGTSQEEMESRFELEKSESLLVTPSADILEPSPHPD----MLC-
::::::..::: .:: .::::: .::: ::.:::.:. :.: .. :: : :.
NP_001 ALMERMKRLQEER-EDEEASQEEMSTRFEKEKKESLFVV-SGDTFHSFPHSDFEDDMIIT
130 140 150 160 170 180
320 330 340 350 360
pF1KB4 -----FVEDPTFGYEDFTRRGAQAPPTFRAQDYTWEDHGYSLIQRLYPEGGQLLDEKFQA
..::: ::::::.::: . :::::::::::.::.::..::: . :.::::::.
NP_001 SDVSRYIEDPGFGYEDFARRGEEHLPTFRAQDYTWENHGFSLVNRLYSDIGHLLDEKFRM
190 200 210 220 230 240
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 AYSLTYNTIAMHSGVDTSVLRRAIWNYIHCVFGIRYDDYDYGEVNQLLERNLKVYIKTVA
.:.:::::.: : :::..::::..::.::.:::::::::::::::::::.::::::::.
NP_001 VYNLTYNTMATHEDVDTTMLRRALFNYVHCMFGIRYDDYDYGEVNQLLERSLKVYIKTVT
250 260 270 280 290 300
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 CYPEKTTRRMYNLFWRHFRHSEKVHVNLLLLEARMQAALLYALRAITRYMT
::::.::.:::. .::.:.:::::::::::.:::::: ::::::::::..:
NP_001 CYPERTTKRMYDSYWRQFKHSEKVHVNLLLMEARMQAELLYALRAITRHLT
310 320 330 340 350
>>XP_011540916 (OMIM: 607768) PREDICTED: sestrin-3 isofo (469 aa)
initn: 1730 init1: 880 opt: 949 Z-score: 873.5 bits: 171.0 E(85289): 6.5e-42
Smith-Waterman score: 1714; 58.6% identity (79.6% similar) in 457 aa overlap (42-480:15-469)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 LKDYLRFAPGGVGDSGPGEEQRESRARRGPRGPSAFIPVEEVLREGAESLEQHLGLEALM
:::::::: .::.. .. . . .. .:
XP_011 MDKDKRIRVSQPLTRGPSAFIPEKEVVQANTVDERTNFLVEEYS
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 SSGRVDNLAVVMGLHPDYFTSFWRLHYLLLHTDGPLASSWRHYIAIMAAARHQCSYLVGS
.:::.::.. ::.:: .:. :: : .. .:. :::: .:::::::::::::::::..
XP_011 TSGRLDNITQVMSLHTQYLESFLRSQFYMLRMDGPLPLPYRHYIAIMAAARHQCSYLINM
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 HMAEFLQTGGDPEWLLGLHRAPEKLRKLSEINKLLAHRPWLITKEHIQALLKTGEHTWSL
:. :::.::: ::: ::. .:..:..:.::::::::::::::::::: :.::::..:::
XP_011 HVDEFLKTGGIAEWLNGLEYVPQRLKNLNEINKLLAHRPWLITKEHIQKLVKTGENNWSL
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240
pF1KB4 AELIQALVLLTHCHSLSSFVFGCGILPEGDADGSPAPQAPTPPSEQSSPPSRD------P
::..:.:::.: :.:.::::: :: :: : . : . . . . . :
XP_011 PELVHAVVLLAHYHALASFVFGSGINPERDPEISNGFRLISVNNFCVCDLANDNNIENAS
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LNNS--GGFESARDVEALMERMQQLQESLLRDEGTSQEEMESRFELEKSESLLVTPSADI
:..: : .: ..:::::::..::: .:: .::::: .::: ::.:::.:. :.:
XP_011 LSGSNFGIVDSLSELEALMERMKRLQEER-EDEEASQEEMSTRFEKEKKESLFVV-SGDT
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350
pF1KB4 LEPSPHPD----MLC------FVEDPTFGYEDFTRRGAQAPPTFRAQDYTWEDHGYSLIQ
.. :: : :. ..::: ::::::.::: . :::::::::::.::.::..
XP_011 FHSFPHSDFEDDMIITSDVSRYIEDPGFGYEDFARRGEEHLPTFRAQDYTWENHGFSLVN
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 RLYPEGGQLLDEKFQAAYSLTYNTIAMHSGVDTSVLRRAIWNYIHCVFGIRYDDYDYGEV
::: . :.::::::. .:.:::::.: : :::..::::..::.::.:::::::::::::
XP_011 RLYSDIGHLLDEKFRMVYNLTYNTMATHEDVDTTMLRRALFNYVHCMFGIRYDDYDYGEV
350 360 370 380 390 400
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