FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4677, 971 aa 1>>>pF1KB4677 971 - 971 aa - 971 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3973+/-0.000506; mu= 21.0613+/- 0.031 mean_var=71.2708+/-14.749, 0's: 0 Z-trim(107.3): 43 B-trim: 159 in 1/49 Lambda= 0.151921 statistics sampled from 15367 (15388) to 15367 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.52), E-opt: 0.2 (0.18), width: 16 Scan time: 13.370 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001307 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 1 [Hom ( 971) 6316 1394.7 0 XP_011526901 (OMIM: 601342) PREDICTED: exportin-2 ( 945) 6146 1357.4 0 NP_001243064 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 2 [ ( 915) 4305 953.9 0 NP_006382 (OMIM: 605586) importin-7 [Homo sapiens] (1038) 362 89.8 8.2e-17 XP_016874182 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8 ( 532) 258 66.8 3.5e-10 NP_006381 (OMIM: 605600) importin-8 isoform 1 [Hom (1037) 260 67.4 4.4e-10 NP_057422 (OMIM: 610889) importin-11 isoform 2 [Ho ( 975) 231 61.0 3.4e-08 NP_001128251 (OMIM: 610889) importin-11 isoform 1 (1015) 231 61.0 3.6e-08 XP_016874180 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8 (1020) 230 60.8 4.1e-08 XP_016874181 (OMIM: 605600) PREDICTED: importin-8 ( 975) 206 55.5 1.5e-06 XP_016864947 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 858) 172 48.1 0.00024 NP_694858 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 2 [ ( 890) 172 48.1 0.00025 XP_005248557 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 890) 172 48.1 0.00025 XP_005248558 (OMIM: 602901) PREDICTED: transportin ( 866) 170 47.6 0.00033 NP_002261 (OMIM: 602901) transportin-1 isoform 1 [ ( 898) 170 47.6 0.00034 >>NP_001307 (OMIM: 601342) exportin-2 isoform 1 [Homo sa (971 aa) initn: 6316 init1: 6316 opt: 6316 Z-score: 7475.9 bits: 1394.7 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6316; 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NP_006 NDDLTNVIQKMICEYSEEVTPIAVEMTQHLAMTFNQVIQTGPDEEGSDDKAVTAMGILNT 560 570 580 590 600 610 630 640 650 660 670 680 pF1KB4 LSIRITCKANPAAVVNFEEALFL-VFTEILQNDVQEFIPYVFQVMSLLLETHKNDIPSSY .. .. . ... :.. : :. .::. : :: .: :: ... .. NP_006 IDTLLSVVEDHKEITQQLEGICLQVIGTVLQQHVLEFYEEIF---SLAHSLTCQQVSPQM 620 630 640 650 660 670 690 700 710 720 730 pF1KB4 MALFPHLLQPVLWERTGNIPALVRLLQAFLERGSNTIASAAADKIPGLLGVFQKL---IA :.: ... . . .. ::. .. ..:. : . . . .. .:. .: NP_006 WQLLPLVFEVFQQDGFDYFTDMMPLLHNYVTVDTDTLLSDTK-YLEMIYSMCKKVLTGVA 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 pF1KB4 SKANDHQGFYLLNSIIEHMPPESVDQYRKQIFILLFQRLQNSKTTKFIKSFLVFINLYCI .. . .. ::. :: . ...:: . ..:: :. .... . . . . NP_006 GEDAECHAAKLLEVIILQCKGRGIDQCIPLFVEAALERLTREVKTSELRTMCLQVAIAAL 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 pF1KB4 KYGALALQEIFDGIQ-PKMFGMVLEKIIIPEIQKVS---GNVEKKICAVGITKL--LTEC :. : . ..... :. : ...: .. :. : ..:.:..:. : . . 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NP_006 QAAAIYLKNMVTQYWPDREPPPGEAIFPFNIHENDRQQIRDNIVEGIIRSPDLVRVQLTM 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 AISIIGREDFPQKWPDLLTEMVNRFQSGDFHVINGVLRTAHSLFKRYRHEFKSNELWTEI . : ..::: .:: .. .. .:: . : : ..: : : :.:. : . NP_006 CLRAIIKHDFPGHWPGVVDKIDYYLQSQSSASWLGSLLCLYQLVKTY--EYKKAEEREPL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 KLVLDAFALPLTNLFKATIELCSTHANDASALRILFSSLILISKLFYSLNFQDLPEFFED .... : :: . . ..: :.: .:... :: :.::.: :: . . NP_006 IIAMQIF-LP--RIQQQIVQLLP----DSSYYSVLLQKQIL--KIFYALVQYALPLQLVN 180 190 200 210 220 240 250 260 270 pF1KB4 N--METWMNNFHTLL--TLDNKLLQTDDEEEAGLL--ELLKSQICDNAALY--------- : : :::. :.:.. :. . :. :.... :. . : . : :. NP_006 NQTMTTWMEIFRTIIDRTVPPETLHIDEDDRPELVWWKCKKWALHIVARLFERYGSPGNV 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB4 AQKYDEEFQRYLPRFVTAIWNLLVTTGQEVKYDLLVS-----NAIQFLAS-VCERPHYKN ...: : . .: ....: ..:. .. . :. .:...: . : . .:. 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