Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4697
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4697, 327 aa
1>>>pF1KB4697 327 - 327 aa - 327 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5861+/-0.000809; mu= 14.5998+/- 0.049
mean_var=75.2702+/-14.810, 0's: 0 Z-trim(108.0): 36 B-trim: 3 in 1/50
Lambda= 0.147830
statistics sampled from 9913 (9942) to 9913 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.68), E-opt: 0.2 (0.305), width: 16
Scan time: 2.690
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11667.1 CACNG4 gene_id:27092|Hs108|chr17 ( 327) 2171 472.3 2.4e-133
CCDS13931.1 CACNG2 gene_id:10369|Hs108|chr22 ( 323) 1271 280.3 1.4e-75
CCDS10620.1 CACNG3 gene_id:10368|Hs108|chr16 ( 315) 1061 235.5 4.3e-62
CCDS33104.1 CACNG8 gene_id:59283|Hs108|chr19 ( 425) 900 201.3 1.2e-51
CCDS11665.1 CACNG5 gene_id:27091|Hs108|chr17 ( 275) 450 105.2 6.4e-23
CCDS12868.1 CACNG7 gene_id:59284|Hs108|chr19 ( 275) 409 96.4 2.8e-20
>>CCDS11667.1 CACNG4 gene_id:27092|Hs108|chr17 (327 aa)
initn: 2171 init1: 2171 opt: 2171 Z-score: 2507.5 bits: 472.3 E(32554): 2.4e-133
Smith-Waterman score: 2171; 100.0% identity (100.0% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-327)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
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CCDS11 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
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CCDS11 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
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CCDS11 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB4 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
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CCDS11 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
310 320
>>CCDS13931.1 CACNG2 gene_id:10369|Hs108|chr22 (323 aa)
initn: 971 init1: 551 opt: 1271 Z-score: 1470.2 bits: 280.3 E(32554): 1.4e-75
Smith-Waterman score: 1271; 59.3% identity (85.6% similar) in 327 aa overlap (5-327:5-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
:::.::::::.:::::::::.::.:::::::: . .:. ... .. .. .
CCDS13 MGLFDRGVQMLLTTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCKTKSVSENE--TSKKNEEV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
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CCDS13 MTHSGLWRTCCLEGNFKGLCKQIDHFPEDADYEADTAEYFLRAVRASSIFPILSVILLFM
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
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CCDS13 GGLCIAASEFYKTRHNIILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPS--KSDSKKNSYS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTK-REFLKASSSSPYARMPSYRYR
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CCDS13 YGWSFYFGALSFIIAEMVGVLAVHMFIDRHKQLRATARATDYLQASA---ITRIPSYRYR
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 -RRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTA--ASYSPDQ
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CCDS13 YQRRSRSSSRSTEPSHSRDASPVGIKGFNTLPSTEISMYTLSRDPLKAATTPTATYNSDR
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KB4 EASFLQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
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CCDS13 DNSFLQVHNCIQKENKDSLHSNTANRRTTPV
300 310 320
>>CCDS10620.1 CACNG3 gene_id:10368|Hs108|chr16 (315 aa)
initn: 1222 init1: 529 opt: 1061 Z-score: 1228.3 bits: 235.5 E(32554): 4.3e-62
Smith-Waterman score: 1221; 57.2% identity (81.7% similar) in 327 aa overlap (1-327:1-315)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
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CCDS10 MRMCDRGIQMLITTVGAFAAFSLMTIAVGTDYWLYSRG-VCRTKSTS--DNETSRKNEEV
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLLL
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CCDS10 MTHSGLWRTCCLEGAFRGVCKKIDHFPEDADYEQDTAEYLLRAVRASSVFPILSVTLLFF
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHYN
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CCDS10 GGLCVAASEFHRSRHNVILSAGIFFVSAGLSNIIGIIVYISANAGDPGQR---DSKKSYS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 YGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKREFLKASSSSPYARMPSYRYRR
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CCDS10 YGWSFYFGAFSFIIAEIVGVVAVHIYIEKHQQLRAKSHSEFLKKST---FARLPPYRYRF
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 RRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASF
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CCDS10 RR-RSSSRSTEPR-SRDLSPIS-KGFHTIPSTDISMFTLSRDPSKITMGTLLNSDRDHAF
240 250 260 270 280
310 320
pF1KB4 LQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
:: :. ...::..: . :::::::
CCDS10 LQFHNSTPKEFKESLHNNPANRRTTPV
290 300 310
>>CCDS33104.1 CACNG8 gene_id:59283|Hs108|chr19 (425 aa)
initn: 1246 init1: 868 opt: 900 Z-score: 1040.8 bits: 201.3 E(32554): 1.2e-51
Smith-Waterman score: 1262; 63.5% identity (83.4% similar) in 307 aa overlap (4-290:15-320)
10 20 30 40
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTM-
:..:.:.::::.::::::.::.:::.::::::. : ::: ::::
CCDS33 MESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTVGAFAAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAG
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90
pF1KB4 -DDGPPPR--------RARGDLTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHFPEDNDYDHDSSEY
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CCDS33 GDDGTPHRGGGGASEKKDPGGLTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEY
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 LLRIVRASSVFPILSTILLLLGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVY
:::.:::::.:::::.:::::::.:..:.:.:. : ::.:.:::::::::::::::.:::
CCDS33 LLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILGAGILFVAAGLSNIIGVIVY
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 ISSNTGDPSDKRDEDKKNHYNYGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEKNKELRFKTKR
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CCDS33 ISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRS
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
pF1KB4 EFLKASS-------SSPYA--RMPSYRYR-RRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAI
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CCDS33 DLLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRSSEPSPSRDASPGGPGGPG-F
250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 PMGELSMYTLSREPLKVTTAASYSPDQEASFLQVHDFFQQDLKEGFHVSMLNRRTTPV
..:::::::.: : ..::
CCDS33 ASTDISMYTLSRDPSKGSVAAGLAGAGGGGGGAVGAFGGAAGGAGGGGGGGGGAGAERDR
300 310 320 330 340 350
>>CCDS11665.1 CACNG5 gene_id:27091|Hs108|chr17 (275 aa)
initn: 435 init1: 153 opt: 450 Z-score: 524.9 bits: 105.2 E(32554): 6.4e-23
Smith-Waterman score: 450; 30.8% identity (67.3% similar) in 260 aa overlap (1-253:1-251)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MVRCDRGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARGD
: : : ::... : ...:..::..:::::: . .:. . .... . .
CCDS11 MSACGRKALTLLSSVFAVCGLGLLGIAVSTDYWLY----LEEGVIVPQNQSTEIKMS---
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB4 LTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINH-FPEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTILLL
:::::::: . : .:.:: :.. .: ... .:. .:...:... ::..: ....
CCDS11 -LHSGLWRVCFLAGEERGRCFTIEYVMPMNTQLTSESTVNVLKMIRSATPFPLVSLFFMF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKNHY
.: . . :.: ... ... .::.:. .::: ..:...:::: .: .: .: ....
CCDS11 IGFILNNIGHIRPHRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISS-INDEMLNRTKDAETYF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 NY--GWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEK-NKELRFKTKREFLKA--SSSSPYARMP
:: :::: :.:.::...:..::..: ..... . : .. . : . :. : :. .
CCDS11 NYKYGWSFAFAAISFLLTESAGVMSVYLFMKRYTAEDMYRPHPGFYRPRLSNCSDYSGQF
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 SYRYRRRRSRSSSR-STEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYS
. :.:: : :.:::
CCDS11 LHPDAWVRGRSPSDISSEASLQMNSNYPALLKCPDYDQMSSSPC
240 250 260 270
>>CCDS12868.1 CACNG7 gene_id:59284|Hs108|chr19 (275 aa)
initn: 381 init1: 151 opt: 409 Z-score: 477.7 bits: 96.4 E(32554): 2.8e-20
Smith-Waterman score: 409; 31.9% identity (64.2% similar) in 254 aa overlap (1-247:1-244)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MVRCD-RGLQMLLTTAGAFAAFSLMAIAIGTDYWLYSSAHICNGTNLTMDDGPPPRRARG
: .:. :.: .: .. :: .. :..::..:::::: . .:: : ... . :
CCDS12 MSHCSSRALTLLSSVFGA-CGLLLVGIAVSTDYWLY----MEEGTVLPQNQTTEVKMA--
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DLTHSGLWRVCCIEGIYKGHCFRINHF--PEDNDYDHDSSEYLLRIVRASSVFPILSTIL
:.:::::: . : ::.: ..: :: : ...: .:. ::... ::..: .:
CCDS12 --LHAGLWRVCFFAGREKGRCVASEYFLEPEINLVT-ENTENILKTVRTATPFPMVSLFL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 LLLGGLCIGAGRIYSRKNNIVLSAGILFVAAGLSNIIGIIVYISSNTGDPSDKRDEDKKN
.. . . . :.: ... ... .::.:. .::: ..:...:::: . . .. . ...
CCDS12 VFTAFVISNIGHIRPQRTILAFVSGIFFILSGLSLVVGLVLYISSINDEVMNRPSSSEQY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 -HYNYGWSFYFGALSFIVAETVGVLAVNIYIEK-NKELRFKTKREFLKA--SSSSPYARM
:: ::::: :.: ::.. : .::..: .. .. .: .. . : . :. : :. .
CCDS12 FHYRYGWSFAFAASSFLLKEGAGVMSVYLFTKRYAEEEMYRPHPAFYRPRLSDCSDYSGQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 PSYRYRRRRSRSSSRSTEASPSRDVSPMGLKITGAIPMGELSMYTLSREPLKVTTAASYS
::.:: :
CCDS12 FLQPEAWRRGRSPSDISSDVSIQMTQNYPPAIKYPDHLHISTSPC
240 250 260 270
327 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 06:00:29 2016 done: Sat Nov 5 06:00:29 2016
Total Scan time: 2.690 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]