Result of FASTA (omim) for
pF1KB4700
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4700, 906 aa
1>>>pF1KB4700 906 - 906 aa - 906 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1152+/-0.000398; mu= 17.4703+/- 0.025
mean_var=93.8751+/-18.792, 0's: 0 Z-trim(113.5): 422 B-trim: 287 in 1/53
Lambda= 0.132373
statistics sampled from 22476 (22902) to 22476 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.625), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 13.250
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prep ( 906) 6041 1164.8 0
NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [ ( 875) 5686 1097.0 0
XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 848) 5573 1075.4 0
XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 ( 821) 5486 1058.7 0
NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [ ( 842) 3883 752.6 1.8e-216
NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [ ( 879) 3883 752.6 1.9e-216
NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prep ( 916) 3883 752.6 1.9e-216
NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 prepro ( 814) 2061 404.7 9.7e-112
NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,19209 ( 882) 1804 355.6 6.1e-97
XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 ( 612) 1692 334.1 1.3e-90
NP_001248 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 1 pre ( 713) 1685 332.8 3.6e-90
NP_001207417 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 2 ( 760) 1685 332.8 3.8e-90
NP_001207418 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 3 ( 674) 1588 314.3 1.3e-84
NP_001304125 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 774) 1495 296.6 3.2e-79
NP_001304124 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin ( 784) 1495 296.6 3.2e-79
XP_011521102 (OMIM: 114021,225280,601553) PREDICTE ( 808) 1495 296.6 3.3e-79
NP_001784 (OMIM: 114021,225280,601553) cadherin-3 ( 829) 1495 296.6 3.4e-79
XP_005255818 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
XP_011521105 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
NP_001788 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 1 pre ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
XP_005255819 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
XP_005255820 (OMIM: 600023) PREDICTED: cadherin-11 ( 796) 1401 278.6 8.3e-74
NP_114097 (OMIM: 605807) cadherin-20 preproprotein ( 801) 1344 267.7 1.6e-70
NP_004940 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 847) 1344 267.7 1.7e-70
NP_077740 (OMIM: 125645,610476) desmocollin-2 isof ( 901) 1344 267.8 1.7e-70
NP_077741 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 839) 1340 267.0 2.8e-70
NP_001932 (OMIM: 600271) desmocollin-3 isoform Dsc ( 896) 1340 267.0 2.9e-70
NP_001207419 (OMIM: 601364) cadherin-13 isoform 4 ( 459) 1333 265.5 4.3e-70
NP_001317505 (OMIM: 600023) cadherin-11 isoform 3 ( 670) 1322 263.5 2.5e-69
NP_004939 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 840) 1300 259.3 5.6e-68
NP_077739 (OMIM: 125643) desmocollin-1 isoform Dsc ( 894) 1300 259.4 5.8e-68
XP_005258263 (OMIM: 125645,610476) PREDICTED: desm ( 758) 1298 258.9 6.7e-68
XP_011521103 (OMIM: 601120) PREDICTED: cadherin-5 ( 793) 1293 258.0 1.3e-67
NP_001934 (OMIM: 125671,610193,612877) desmoglein- (1118) 1177 235.9 8.3e-61
NP_004352 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1169 234.3 1.8e-60
NP_387450 (OMIM: 605806) cadherin-7 isoform 1 prep ( 785) 1169 234.3 1.8e-60
XP_016881012 (OMIM: 605806) PREDICTED: cadherin-7 ( 785) 1169 234.3 1.8e-60
XP_016878318 (OMIM: 603008) PREDICTED: cadherin-8 ( 621) 1153 231.2 1.2e-59
NP_001787 (OMIM: 603008) cadherin-8 preproprotein ( 799) 1153 231.2 1.5e-59
XP_005255817 (OMIM: 603008) PREDICTED: cadherin-8 ( 711) 1151 230.8 1.8e-59
NP_004923 (OMIM: 603007) cadherin-6 preproprotein ( 790) 1123 225.5 7.9e-58
XP_016864399 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1123 225.5 7.9e-58
XP_011512223 (OMIM: 603007) PREDICTED: cadherin-6 ( 790) 1123 225.5 7.9e-58
XP_011512229 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1123 225.5 8e-58
XP_016864410 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1123 225.5 8e-58
NP_004052 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 pre ( 794) 1123 225.5 8e-58
NP_001304156 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 1 ( 794) 1123 225.5 8e-58
XP_016864409 (OMIM: 600562) PREDICTED: cadherin-12 ( 794) 1123 225.5 8e-58
NP_057363 (OMIM: 609974) cadherin-9 preproprotein ( 789) 1108 222.6 5.8e-57
NP_001304157 (OMIM: 600562) cadherin-12 isoform 2 ( 754) 1106 222.3 7.2e-57
>>NP_001783 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 1 prepropr (906 aa)
initn: 6041 init1: 6041 opt: 6041 Z-score: 6234.2 bits: 1164.8 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 6041; 100.0% identity (100.0% similar) in 906 aa overlap (1-906:1-906)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 KAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADM
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 YGGGDD
::::::
NP_001 YGGGDD
>>NP_001295105 (OMIM: 114020) cadherin-2 isoform 2 [Homo (875 aa)
initn: 5685 init1: 5685 opt: 5686 Z-score: 5868.0 bits: 1097.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5686; 99.1% identity (99.4% similar) in 860 aa overlap (47-906:16-875)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 ALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEP
:. : .:.:::::::::::::::::::
NP_001 MFLLRRYVCIFTEKLKNQAELYVFLSVKFSNCNGKRKVQYESSEP
10 20 30 40
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 ADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESA
50 60 70 80 90 100
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 EVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYS
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 VTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVIN
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 VIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTP
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 SPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVN
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 DNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTD
350 360 370 380 390 400
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 PNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPY
410 420 430 440 450 460
500 510 520 530 540 550
pF1KB4 FAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTI
470 480 490 500 510 520
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 AVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETP
530 540 550 560 570 580
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 DPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIY
590 600 610 620 630 640
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 EVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILL
650 660 670 680 690 700
740 750 760 770 780 790
pF1KB4 ILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTV
710 720 730 740 750 760
800 810 820 830 840 850
pF1KB4 EPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLL
770 780 790 800 810 820
860 870 880 890 900
pF1KB4 VFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
830 840 850 860 870
>>XP_016881003 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 isof (848 aa)
initn: 5573 init1: 5573 opt: 5573 Z-score: 5751.6 bits: 1075.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5573; 100.0% identity (100.0% similar) in 838 aa overlap (1-838:1-838)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNAL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVY
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 TATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDIND
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 EDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEKT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 KAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADM
XP_016 WPIESLHL
>>XP_011524090 (OMIM: 114020) PREDICTED: cadherin-2 isof (821 aa)
initn: 5486 init1: 5486 opt: 5486 Z-score: 5662.0 bits: 1058.7 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 5486; 100.0% identity (100.0% similar) in 821 aa overlap (86-906:1-821)
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 LNVKFSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKW
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKW
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 QVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGP
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 FPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHL
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 RAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDAD
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 DPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDME
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDME
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 GNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPA
280 290 300 310 320 330
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 WNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 WNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQ
340 350 360 370 380 390
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 HPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYT
400 410 420 430 440 450
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 KLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYL
460 470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 LDINDNAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LDINDNAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTIT
520 530 540 550 560 570
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 RLNGDFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RLNGDFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRI
580 590 600 610 620 630
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 VGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDE
640 650 660 670 680 690
780 790 800 810 820 830
pF1KB4 EGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDF
700 710 720 730 740 750
840 850 860 870 880 890
pF1KB4 INEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 INEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFK
760 770 780 790 800 810
900
pF1KB4 KLADMYGGGDD
:::::::::::
XP_011 KLADMYGGGDD
820
>>NP_001239268 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 3 [Homo (842 aa)
initn: 4028 init1: 3709 opt: 3883 Z-score: 4007.4 bits: 752.6 E(85289): 1.8e-216
Smith-Waterman score: 3991; 68.0% identity (86.9% similar) in 841 aa overlap (78-906:2-841)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 DVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQ
:::: :: :.:.: . . ::.. : . :
NP_001 MDFKVGADGTVFATRELQVPSEQVAFTVTAW
10 20 30
110 120 130 140 150
pF1KB4 DKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIV------------FPRQFSKHSGHLQ
:..: :::...:.: . : . .: .. . ...: .: .... :.
NP_001 DSQTAEKWDAVVRLLVAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLR
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 RQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPI
:.::::::::::.::::::::::.:::::::.:... .:::.:: :::::: .: :. .
NP_001 RRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSM
100 110 120 130 140 150
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 SGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGT
::.. ::.:.:::. : .::::::::.:::.::::::. : :::::::::::..::.::.
NP_001 SGRMYVTRPMDREEHASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGS
160 170 180 190 200 210
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 VPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAA
: :::::::::::::: :::: .. :::.:::::.:.:..:: ::::::.:::::.::::
NP_001 VDEGSKPGTYVMTVTANDADDSTTANGMVRYRIVTQTPQSPSQNMFTINSETGDIVTVAA
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 GLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENR
:::::::::::.:.:::::::: .:::::::::.::::::::::::::: :: :::::::
NP_001 GLDREKVQQYTVIVQATDMEGNLNYGLSNTATAIITVTDVNDNPPEFTASTFAGEVPENR
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 VDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETN
:. .:::::: :.::::.: ::::::: .:::.:.:...::: .:.:.::::: .:.: :
NP_001 VETVVANLTVMDRDQPHSPNWNAVYRIISGDPSGHFSVRTDPVTNEGMVTVVKAVDYELN
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 RMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTM
: :.::: . ::.:::.::: :::: :.....:.:: ::: : :.:: :::. ::.
NP_001 RAFMLTVMVSNQAPLASGIQMSFQSTAGVTISIMDINEAPYFPSNHKLIRLEEGVPPGTV
400 410 420 430 440 450
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 LTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATF
::::.: ::::.::: .::.::::::.::.:. .:::::: ::::::: .:::.:.:::
NP_001 LTTFSAVDPDRFMQQAVRYSKLSDPASWLHINATNGQITTAAVLDRESLYTKNNVYEATF
460 470 480 490 500 510
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 LASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAG
::.:::::: ::::::::::.:::::::..::.::. :: :. :.::::: : :.::: :
NP_001 LAADNGIPPASGTGTLQIYLIDINDNAPELLPKEAQICEKPNLNAINITAADADVDPNIG
520 530 540 550 560 570
640 650 660 670 680 690
pF1KB4 PFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISI
:..:.::. :.....::::::::::.:::.:.: .::::.:.::::.::::::: :: ::
NP_001 PYVFELPFVPAAVRKNWTITRLNGDYAQLSLRILYLEAGMYDVPIIVTDSGNPPLSNTSI
580 590 600 610 620 630
700 710 720 730 740 750
pF1KB4 LRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQA
..:::: ::.::::: . ...::::::::.:::.::.::: .::.::.:::::.:::..
NP_001 IKVKVCPCDDNGDCTTIGAVAAAGLGTGAIVAILICILILLTMVLLFVMWMKRREKERHT
640 650 660 670 680 690
760 770 780 790 800 810
pF1KB4 KQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::... : :.::.::::.
NP_001 KQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPEAMGHVPSKAPGVRRVDERPVG
700 710 720 730 740 750
820 830 840 850 860 870
pF1KB4 AEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNS
::::::.: .::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::.:::::
NP_001 AEPQYPIRPMVPHPGDIGDFINEGLRAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSVSSLNS
760 770 780 790 800 810
880 890 900
pF1KB4 SSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
:::: .:::::::::::::::::::::::..
NP_001 SSSG-DQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGEED
820 830 840
>>NP_001239267 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 2 [Homo (879 aa)
initn: 4028 init1: 3709 opt: 3883 Z-score: 4007.1 bits: 752.6 E(85289): 1.9e-216
Smith-Waterman score: 4044; 67.5% identity (86.5% similar) in 861 aa overlap (58-906:20-878)
30 40 50 60 70 80
pF1KB4 EIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKFSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMV
::::.: : . .:::.. :::: :: :
NP_001 MNGSCDFILSASFLPCFKEVKFSSCVGTKGTQYETNS-MDFKVGADGTV
10 20 30 40
90 100 110 120 130 140
pF1KB4 YAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEIV-----
.:.: . . ::.. : . : :..: :::...:.: . : . .: .. . ...:
NP_001 FATRELQVPSEQVAFTVTAWDSQTAEKWDAVVRLLVAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPS
50 60 70 80 90 100
150 160 170 180 190
pF1KB4 -------FPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRY
.: .... :.:.::::::::::.::::::::::.:::::::.:... .::
NP_001 PPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINVPENSRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRY
110 120 130 140 150 160
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 SVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVI
:.:: :::::: .: :. .::.. ::.:.:::. : .::::::::.:::.::::::. :
NP_001 SITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDREEHASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYI
170 180 190 200 210 220
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 NVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPST
:::::::::::..::.::.: :::::::::::::: :::: .. :::.:::::.:.:..
NP_001 YVIDMNDNRPEFINQVYNGSVDEGSKPGTYVMTVTANDADDSTTANGMVRYRIVTQTPQS
230 240 250 260 270 280
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 PSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDV
:: ::::::.:::::.:::::::::::::::.:.:::::::: .:::::::::.::::::
NP_001 PSQNMFTINSETGDIVTVAAGLDREKVQQYTVIVQATDMEGNLNYGLSNTATAIITVTDV
290 300 310 320 330 340
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 NDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQT
::::::::: :: ::::::::. .:::::: :.::::.: ::::::: .:::.:.:...:
NP_001 NDNPPEFTASTFAGEVPENRVETVVANLTVMDRDQPHSPNWNAVYRIISGDPSGHFSVRT
350 360 370 380 390 400
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 DPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENP
:: .:.:.::::: .:.: :: :.::: . ::.:::.::: :::: :.....:.:: :
NP_001 DPVTNEGMVTVVKAVDYELNRAFMLTVMVSNQAPLASGIQMSFQSTAGVTISIMDINEAP
410 420 430 440 450 460
500 510 520 530 540 550
pF1KB4 YFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITT
:: : :.:: :::. ::.::::.: ::::.::: .::.::::::.::.:. .::::::
NP_001 YFPSNHKLIRLEEGVPPGTVLTTFSAVDPDRFMQQAVRYSKLSDPASWLHINATNGQITT
470 480 490 500 510 520
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 IAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCET
::::::: .:::.:.:::::.:::::: ::::::::::.:::::::..::.::. ::
NP_001 AAVLDRESLYTKNNVYEATFLAADNGIPPASGTGTLQIYLIDINDNAPELLPKEAQICEK
530 540 550 560 570 580
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 PDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGI
:. :.::::: : :.::: ::..:.::. :.....::::::::::.:::.:.: .::::.
NP_001 PNLNAINITAADADVDPNIGPYVFELPFVPAAVRKNWTITRLNGDYAQLSLRILYLEAGM
590 600 610 620 630 640
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 YEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIIL
:.::::.::::::: :: ::..:::: ::.::::: . ...::::::::.:::.::.::
NP_001 YDVPIIVTDSGNPPLSNTSIIKVKVCPCDDNGDCTTIGAVAAAGLGTGAIVAILICILIL
650 660 670 680 690 700
740 750 760 770 780 790
pF1KB4 LILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDT
: .::.::.:::::.:::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::..
NP_001 LTMVLLFVMWMKRREKERHTKQLLIDPEDDVRDNILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPEA
710 720 730 740 750 760
800 810 820 830 840 850
pF1KB4 VEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSL
. : :.::.::::. ::::::.: .::::::::::::::.::::::::::::::
NP_001 MGHVPSKAPGVRRVDERPVGAEPQYPIRPMVPHPGDIGDFINEGLRAADNDPTAPPYDSL
770 780 790 800 810 820
860 870 880 890 900
pF1KB4 LVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGDD
::::::::::::::.::::::::: .:::::::::::::::::::::::..
NP_001 LVFDYEGSGSTAGSVSSLNSSSSG-DQDYDYLNDWGPRFKKLADMYGGGEED
830 840 850 860 870
>>NP_001785 (OMIM: 603006) cadherin-4 isoform 1 prepropr (916 aa)
initn: 4184 init1: 3709 opt: 3883 Z-score: 4006.8 bits: 752.6 E(85289): 1.9e-216
Smith-Waterman score: 4158; 66.1% identity (85.3% similar) in 914 aa overlap (5-906:5-915)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYSAVLSKDVHEGQPLLNVKF
::.: :: : .:: .: : ::.:: :: :.:..:... ::. ::.:::
NP_001 MTAGAGVLLLLLSLSGAL-RAHNEDLTTRETCKAGFSEDDYTALISQNILEGEKLLQVKF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVK
:.: : . .:::.. :::: :: :.:.: . . ::.. : . : :..: :::...:.
NP_001 SSCVGTKGTQYETNS-MDFKVGADGTVFATRELQVPSEQVAFTVTAWDSQTAEKWDAVVR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KB4 LSLKPTLTEESVKESAEVEEIV------------FPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINL
: . : . .: .. . ...: .: .... :.:.::::::::::.
NP_001 LLVAQTSSPHSGHKPQKGKKVVALDPSPPPKDTLLPWPQHQNANGLRRRKRDWVIPPINV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 PENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDRE
::::::::::.:::::::.:... .:::.:: :::::: .: :. .::.. ::.:.:::
NP_001 PENSRGPFPQQLVRIRSDKDNDIPIRYSITGVGADQPPMEVFSIDSMSGRMYVTRPMDRE
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 QIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMT
. : .::::::::.:::.::::::. : :::::::::::..::.::.: :::::::::::
NP_001 EHASYHLRAHAVDMNGNKVENPIDLYIYVIDMNDNRPEFINQVYNGSVDEGSKPGTYVMT
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 VTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLI
::: :::: .. :::.:::::.:.:..:: ::::::.:::::.:::::::::::::::.:
NP_001 VTANDADDSTTANGMVRYRIVTQTPQSPSQNMFTINSETGDIVTVAAGLDREKVQQYTVI
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 IQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDK
.:::::::: .:::::::::.::::::::::::::: :: ::::::::. .:::::: :.
NP_001 VQATDMEGNLNYGLSNTATAIITVTDVNDNPPEFTASTFAGEVPENRVETVVANLTVMDR
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 DQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQV
::::.: ::::::: .:::.:.:...::: .:.:.::::: .:.: :: :.::: . ::.
NP_001 DQPHSPNWNAVYRIISGDPSGHFSVRTDPVTNEGMVTVVKAVDYELNRAFMLTVMVSNQA
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 PLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYM
:::.::: :::: :.....:.:: ::: : :.:: :::. ::.::::.: ::::.:
NP_001 PLASGIQMSFQSTAGVTISIMDINEAPYFPSNHKLIRLEEGVPPGTVLTTFSAVDPDRFM
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KB4 QQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGT
:: .::.::::::.::.:. .:::::: ::::::: .:::.:.:::::.:::::: :::
NP_001 QQAVRYSKLSDPASWLHINATNGQITTAAVLDRESLYTKNNVYEATFLAADNGIPPASGT
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KB4 GTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTI
:::::::.:::::::..::.::. :: :. :.::::: : :.::: ::..:.::. :...
NP_001 GTLQIYLIDINDNAPELLPKEAQICEKPNLNAINITAADADVDPNIGPYVFELPFVPAAV
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KB4 KRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGD
..::::::::::.:::.:.: .::::.:.::::.::::::: :: ::..:::: ::.:::
NP_001 RKNWTITRLNGDYAQLSLRILYLEAGMYDVPIIVTDSGNPPLSNTSIIKVKVCPCDDNGD
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KB4 CTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRD
:: . ...::::::::.:::.::.::: .::.::.:::::.:::..:::::::::::::
NP_001 CTTIGAVAAAGLGTGAIVAILICILILLTMVLLFVMWMKRREKERHTKQLLIDPEDDVRD
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KB4 NILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPH
:::::::::::::::::::::::::... : :.::.::::. ::::::.: .::
NP_001 NILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPEAMGHVPSKAPGVRRVDERPVGAEPQYPIRPMVPH
780 790 800 810 820 830
830 840 850 860 870 880
pF1KB4 PGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLN
::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::.::::::::: .:::::::
NP_001 PGDIGDFINEGLRAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSVSSLNSSSSG-DQDYDYLN
840 850 860 870 880 890
890 900
pF1KB4 DWGPRFKKLADMYGGGDD
::::::::::::::::..
NP_001 DWGPRFKKLADMYGGGEED
900 910
>>NP_004924 (OMIM: 114019,612580) cadherin-15 preproprot (814 aa)
initn: 1680 init1: 668 opt: 2061 Z-score: 2127.1 bits: 404.7 E(85289): 9.7e-112
Smith-Waterman score: 2066; 43.7% identity (70.7% similar) in 757 aa overlap (154-902:40-781)
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 KPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPEN-SRGPFPQELVR
:.: .: ::::::.. :: .: :.: ::.
NP_004 GLLAQSLCLSLGVPGWRRPTTLYPWRRAPALSRVRRAWVIPPISVSENHKRLPYP--LVQ
10 20 30 40 50 60
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDI
:.::... :. ::. :::.:. : :.: :. ..:.. .. ::::. ::.::: :.:.
NP_004 IKSDKQQLGSVIYSIQGPGVDEEPRGVFSIDKFTGKVFLNAMLDREKTDRFRLRAFALDL
70 80 90 100 110 120
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 NGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNG
.:. .:.: :. : :.:.::::: ::.....: : ::. ::::: . : :::::.. :.
NP_004 GGSTLEDPTDLEIVVVDQNDNRPAFLQEAFTGRVLEGAVPGTYVTRAEATDADDPETDNA
130 140 150 160 170 180
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 MLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATDMEGNPTYGL
::. :..:. ::..:.:.. ::.: :: .::::: : :.: .:..:: :. ::
NP_004 ALRFSILQQG----SPELFSIDELTGEIRTVQVGLDREVVAVYNLTLQVADMSGD---GL
190 200 210 220 230 240
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 SNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRI
. ::.:.::. :.::: :::: :. :. : . :. : : :.: : .: : : . :
NP_004 TATASAIITLDDINDNAPEFTRDEFFMEAIEAVSGVDVGRLEVEDRDLPGSPNWVARFTI
250 260 270 280 290 300
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 SGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTA
::: :.:.:.:::..:.:....:: .:.:. . . : :...:..:: . . .. :
NP_004 LEGDPDGQFTIRTDPKTNEGVLSIVKALDYESCEHYELKVSVQNEAPLQAAALRAERGQA
310 320 330 340 350 360
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 TVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPAN
: : : :.:: : : :: :: ::...::.:.::: . : . :.: :: .
NP_004 KVRVHVQDTNEPPVFQENPLRTSLAEGAPPGTLVATFSARDPDTEQLQRLSYSKDYDPED
370 380 390 400 410 420
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 WLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNA
::..: ..:.: : ::. :: .:.. : : ::.:.. : ..::::.: .:..::.:
NP_004 WLQVDAATGRIQTQHVLSPASPFLKGGWYRAIVLAQDDASQPRTATGTLSIEILEVNDHA
430 440 450 460 470 480
610 620 630 640 650
pF1KB4 PQVLPQEAET-CETPDPN-SINITALDYDIDPNAGPFAFDL-PLSPVTIKRNWTITRLNG
: . : . : : . .. . : : :. :...:: :.: : : . :::.....:
NP_004 PVLAPPPPGSLCSEPHQGPGLLLGATDEDLPPHGAPFHFQLSPRLP-ELGRNWSLSQVNV
490 500 510 520 530
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 DFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCDSNGDCTDVDRIV---
. :.: . . : :.... ... :::.::.. . : : ::.: ..: : .
NP_004 SHARLRPRHQVPE-GLHRLSLLLRDSGQPPQQREQPLNVTVCRCGKDGVCLPGAAALLAG
540 550 560 570 580 590
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 GAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDNILKYDEE
:.::. ::.. .: ..::.:::. :. : :. ..: :: :.::.:::.:.:::.
NP_004 GTGLSLGALVIVLASALLLLVLVLL-VALRARFWKQSRGKGLLHGPQDDLRDNVLNYDEQ
600 610 620 630 640 650
780 790 800 810 820 830
pF1KB4 GGGEEDQD-YDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERPIHAEPQYPVRSAAPHPGDIGDF
:::::::: ::.:::..: :. . : .:: : . .:: : : : ::.::
NP_004 GGGEEDQDAYDISQLRHP-TALSLPLGPPPLRR-DAPQGRLHPQ-PPRVLPTSPLDIADF
660 670 680 690 700 710
840 850 860 870 880 890
pF1KB4 INEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLNDWGPRFK
::.::.:::.::..::::. :..::::.::.::.:::. ::.. .:::::: ::::::
NP_004 INDGLEAADSDPSVPPYDTALIYDYEGDGSVAGTLSSILSSQGDEDQDYDYLRDWGPRFA
720 730 740 750 760 770
900
pF1KB4 KLADMYGGGDD
.::::::
NP_004 RLADMYGHPCGLEYGARWDHQAREGLSPGALLPRHRGRTA
780 790 800 810
>>NP_004351 (OMIM: 114480,137215,167000,176807,192090,60 (882 aa)
initn: 1857 init1: 609 opt: 1804 Z-score: 1861.3 bits: 355.6 E(85289): 6.1e-97
Smith-Waterman score: 2537; 47.3% identity (72.3% similar) in 910 aa overlap (9-906:6-881)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MCRIAGALRTLLPLLAALLQASVEASGEIALCKTGFPEDVYS-AVLSKDVHEGQPLLNVK
:.: :: :::.: : :. :: . :. .: . ...:. : :.
NP_004 MGPWSRSLSALLL-LLQVSSWLCQEPEPCHPGFDAESYTFTVPRRHLERGRVLGRVN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 FSNCNGKRKVQYESSEPADFKVDEDGMVYAVRSFPLSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAV
: .:.:.... : : . . ::: ::.. . : . . . . .::.:: :. : .:... :
NP_004 FEDCTGRQRTAYFSLD-TRFKVGTDGVITVKRPLRFHNPQIHFLVYAWDS-TYRKFSTKV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 KLSL-----KPTLTEESVKESAEVEEIVFPRQFSKHSGHLQRQKRDWVIPPINLPENSRG
:. .: . ::. . ..: ..:: . : :.:::::::::::. ::: .:
NP_004 TLNTVGHHHRPPPHQASVS-GIQAELLTFP----NSSPGLRRQKRDWVIPPISCPENEKG
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 PFPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFIINPISGQLSVTKPLDREQIARFH
:::..::.:.:..::. .. ::.:: ::: ::.:.:::. .: :.::.:::::.:: .
NP_004 PFPKNLVQIKSNKDKEGKVFYSITGQGADTPPVGVFIIERETGWLKVTEPLDRERIATYT
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 LRAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQVWNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDA
: .:::. ::: ::.:..:.:.: :.:::.::: ..:..:.: ::. ::: :: ::: ::
NP_004 LFSHAVSSNGNAVEDPMEILITVTDQNDNKPEFTQEVFKGSVMEGALPGTSVMEVTATDA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 DDP-NALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDIITVAAGLDREKVQQYTLIIQATD
:: :. :. . : :.:: : :. :::::: .:: : .:..:::::. :::..::.:
NP_004 DDDVNTYNAAIAYTILSQDPELPDKNMFTINRNTGVISVVTTGLDRESFPTYTLVVQAAD
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 MEGNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTFYGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHT
..:. :::.::::::::::.::::: :. :. :.::::........: ::: : :.:
NP_004 LQGE---GLSTTATAVITVTDTNDNPPIFNPTTYKGQVPENEANVVITTLKVTDADAPNT
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 PAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVVKPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKG
:::.::: : . : :.:.. :.: .:::.. ..: .:::......: ::. : ::. .
NP_004 PAWEAVYTILNDDG-GQFVVTTNPVNNDGILKTAKGLDFEAKQQYILHVAVTNVVPFEVS
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 IQHPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQEEGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIR
. :::::.: :.:::: : :.: : .. : . .: .:..:::.:: .:.:.:
NP_004 LT---TSTATVTVDVLDVNEAPIFVPPEKRVEVSEDFGVGQEITSYTAQEPDTFMEQKIT
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 YTKLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRES-PNVKNNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQ
: : ::::.:.: .: :.: : ::::. .:::. :.: ..:.::: : .:::::
NP_004 YRIWRDTANWLEINPDTGAISTRAELDREDFEHVKNSTYTALIIATDNGSPVATGTGTLL
530 540 550 560 570 580
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 IYLLDINDNAPQVLPQEAETCE-TPDPNSINITALDYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRN
. : :.::::: :. :: .: :. ::: .: :. ::..::. .: . . :
NP_004 LILSDVNDNAPIPEPRTIFFCERNPKPQVINI--IDADLPPNTSPFTAELTHGASA---N
590 600 610 620 630
660 670 680 690 700
pF1KB4 WTITRLNGDFAQLNLKIKF-LEAGIYEVPIIITDSGNPPKSNISILRVKVCQCD-SNGDC
::: . .. :: :. ::.: :.. . . :. : :.... :.:.::.:. . : :
NP_004 WTIQYNDPTQESIILKPKMALEVGDYKINLKLMDNQN--KDQVTTLEVSVCDCEGAAGVC
640 650 660 670 680 690
710 720 730 740 750 760
pF1KB4 TDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVWMKRRDKERQAKQLLIDPEDDVRDN
. . : ::: ::..:: :. ::::.:.......:: .:. :. ::::.:::
NP_004 RKA-QPVEAGLQIPAILGILGGILALLILILLLLLFLRRRAV---VKEPLLPPEDDTRDN
700 710 720 730 740 750
770 780 790 800 810 820
pF1KB4 ILKYDEEGGGEEDQDYDLSQLQQPDTVEPDAIKPVGIRRMDERP-IHAEPQYPVRSAAPH
. ::::::::::::.:::::.. ..:. . : : : . . :.: : : .
NP_004 VYYYDEEGGGEEDQDFDLSQLHRGLDARPE------VTRNDVAPTLMSVPRYLPRPA--N
760 770 780 790 800
830 840 850 860 870 880
pF1KB4 PGDIGDFINEGLKAADNDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSTAGSLSSLNSSSSGGEQDYDYLN
: .::.::.:.:::::.:::::::::::::::::::: :.:::::::: : .:::::::
NP_004 PDEIGNFIDENLKAADTDPTAPPYDSLLVFDYEGSGSEAASLSSLNSSESDKDQDYDYLN
810 820 830 840 850 860
890 900
pF1KB4 DWGPRFKKLADMYGGGDD
.:: ::::::::::::.:
NP_004 EWGNRFKKLADMYGGGEDD
870 880
>>XP_011521106 (OMIM: 601364) PREDICTED: cadherin-13 iso (612 aa)
initn: 1431 init1: 770 opt: 1692 Z-score: 1748.0 bits: 334.1 E(85289): 1.3e-90
Smith-Waterman score: 1692; 46.0% identity (71.9% similar) in 594 aa overlap (125-709:3-588)
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 LSSEHAKFLIYAQDKETQEKWQVAVKLSLKPTLTEESVKESAEVEEI---VFPRQFSKHS
:. ..:. :.::. .: .:.. :
XP_011 MLPSHLCDDVQGLANVEQANKDIF--KFARTS
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 GHLQRQKRDWVIPPINLPENSRGPFPQELVRIRSDRDKNLSLRYSVTGPGADQPPTGIFI
. ::::. :. :: .:::.: :::... .. : :. .. .:: :.:: : :::
XP_011 P-VPRQKRSIVVSPILIPENQRQPFPRDVGKV-VDSDRPERSKFRLTGKGVDQEPKGIFR
40 50 60 70 80
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 INPISGQLSVTKPLDREQIARFHLRAHAVDINGNQVENPIDIVINVIDMNDNRPEFLHQV
:: .:..:::. :::: :: ..: ....:.::. .:.:. . . :::.::::: : .
XP_011 INENTGSVSVTRTLDREVIAVYQLFVETTDVNGKTLEGPVPLEVIVIDQNDNRPIFREGP
90 100 110 120 130 140
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 WNGTVPEGSKPGTYVMTVTAIDADDPNALNGMLRYRIVSQAPSTPSPNMFTINNETGDII
. : : ::: :: :: .::.::::: . :..::: : .:.:. :::::: :. : :::.
XP_011 YIGHVMEGSPTGTTVMRMTAFDADDPATDNALLRYNIRQQTPDKPSPNMFYIDPEKGDIV
150 160 170 180 190 200
340 350 360 370 380
pF1KB4 TVA--AGLDREKVQ--QYTLIIQATDMEGNPTYGLSNTATAVITVTDVNDNPPEFTAMTF
::. : :::: .. .: :::.: :: : . ::..::::.: . : ::. :.:: :
XP_011 TVVSPALLDRETLENPKYELIIEAQDMAGLDV-GLTGTATATIMIDDKNDHSPKFTKKEF
210 220 230 240 250 260
390 400 410 420 430 440
pF1KB4 YGEVPENRVDIIVANLTVTDKDQPHTPAWNAVYRISGGDPTGRFAIQTDPNSNDGLVTVV
. : :. : .:: :::: :::.: : :: :.: : .:.: : :.:.:..:.:...::
XP_011 QATVEEGAVGVIV-NLTVEDKDDPTTGAWRAAYTIINGNPGQSFEIHTNPQTNEGMLSVV
270 280 290 300 310 320
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 KPIDFETNRMFVLTVAAENQVPLAKGIQHPPQSTATVSVTVIDVNENPYFAPNPKIIRQE
::.:.: . . .: . .::. ::. ... :.::::: .::.::::.: : :.: .. ..
XP_011 KPLDYEISAFHTLLIKVENEDPLVPDVSYGPSSTATVHITVLDVNEGPVFYPDPMMVTRQ
330 340 350 360 370 380
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 EGLHAGTMLTTFTAQDPDRYMQQNIRYTKLSDPANWLKIDPVNGQITTIAVLDRESPNVK
: : .:..: : .: ::: ..:.:::. .:::.::.:.:.:: . : :::::::: :
XP_011 EDLSVGSVLLTVNATDPDSLQHQTIRYSVYKDPAGWLNINPINGTVDTTAVLDRESPFVD
390 400 410 420 430 440
570 580 590 600 610 620
pF1KB4 NNIYNATFLASDNGIPPMSGTGTLQIYLLDINDNAPQVLPQEAETCETPDPNSINIT-AL
:..:.: ::: :.: :: .::::: : : :.::::: . : ::.:. :. : :
XP_011 NSVYTALFLAIDSGNPPATGTGTLLITLEDVNDNAPFIYPTVAEVCDDAKNLSVVILGAS
450 460 470 480 490 500
630 640 650 660 670 680
pF1KB4 DYDIDPNAGPFAFDLPLSPVTIKRNWTITRLNGDFAQLNLKIKFLEAGIYEVPIIITDSG
: :. ::. :: :.. . : . : :...:. : ..: .. :. . :..::..::::
XP_011 DKDLHPNTDPFKFEIHKQAVP-DKVWKISKINNTHALVSL-LQNLNKANYNLPIMVTDSG
510 520 530 540 550 560
690 700 710 720 730 740
pF1KB4 NPPKSNISILRVKVCQC-DSNGDCTDVDRIVGAGLGTGAIIAILLCIIILLILVLMFVVW
.:: .::. :::.::.: .:. ::
XP_011 KPPMTNITDLRVQVCSCRNSKVDCNAAGALRFSLPSVLLLSLFSLACL
570 580 590 600 610
906 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 15:24:53 2016 done: Thu Nov 3 15:24:55 2016
Total Scan time: 13.250 Total Display time: 0.340
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]