Result of FASTA (omim) for
pF1KB4707
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4707, 362 aa
1>>>pF1KB4707 362 - 362 aa - 362 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1623+/-0.00042; mu= 12.0268+/- 0.026
mean_var=91.9722+/-17.935, 0's: 0 Z-trim(112.8): 96 B-trim: 33 in 1/56
Lambda= 0.133735
statistics sampled from 21765 (21860) to 21765 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.63), E-opt: 0.2 (0.256), width: 16
Scan time: 6.710
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001229265 (OMIM: 600491) microfibril-associated ( 362) 2367 467.2 2.6e-131
NP_005918 (OMIM: 600491) microfibril-associated gl ( 362) 2367 467.2 2.6e-131
NP_001128509 (OMIM: 600491) microfibril-associated ( 216) 1405 281.4 1.3e-75
XP_016864359 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 409) 1015 206.3 9.7e-53
NP_067679 (OMIM: 616523) microfibrillar-associated ( 409) 1015 206.3 9.7e-53
XP_016864358 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 409) 1015 206.3 9.7e-53
XP_016864360 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 409) 1015 206.3 9.7e-53
XP_016864357 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 409) 1015 206.3 9.7e-53
XP_016864356 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 435) 1015 206.4 1e-52
XP_016864355 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 435) 1015 206.4 1e-52
XP_016864354 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 435) 1015 206.4 1e-52
XP_016864353 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 435) 1015 206.4 1e-52
XP_005263423 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 442) 1015 206.4 1e-52
NP_001288577 (OMIM: 616523) microfibrillar-associa ( 306) 920 187.9 2.5e-47
NP_001288576 (OMIM: 616523) microfibrillar-associa ( 306) 920 187.9 2.5e-47
XP_005263425 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi bri ( 306) 920 187.9 2.5e-47
NP_001009554 (OMIM: 616523) microfibrillar-associa ( 306) 920 187.9 2.5e-47
>>NP_001229265 (OMIM: 600491) microfibril-associated gly (362 aa)
initn: 2367 init1: 2367 opt: 2367 Z-score: 2478.4 bits: 467.2 E(85289): 2.6e-131
Smith-Waterman score: 2367; 100.0% identity (100.0% similar) in 362 aa overlap (1-362:1-362)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVSLEANRSSYNASFPSSFELSASSHSDDDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVSLEANRSSYNASFPSSFELSASSHSDDDV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 IIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQLDGRSRGGKWLVSDNFLNITNVAFDDRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQLDGRSRGGKWLVSDNFLNITNVAFDDRG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LYTCFVTSPIRASYSVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVTRLCMMSSHLRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LYTCFVTSPIRASYSVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVTRLCMMSSHLRKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 EKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEFARYIEELARSVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEFARYIEELARSVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDPDDLGERIKERPALNAQGGIYVINPEMGRSNSPGGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDPDDLGERIKERPALNAQGGIYVINPEMGRSNSPGGDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAESNCNYKDGAYENC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAESNCNYKDGAYENC
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 QL
::
NP_001 QL
>>NP_005918 (OMIM: 600491) microfibril-associated glycop (362 aa)
initn: 2367 init1: 2367 opt: 2367 Z-score: 2478.4 bits: 467.2 E(85289): 2.6e-131
Smith-Waterman score: 2367; 100.0% identity (100.0% similar) in 362 aa overlap (1-362:1-362)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVSLEANRSSYNASFPSSFELSASSHSDDDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVSLEANRSSYNASFPSSFELSASSHSDDDV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 IIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQLDGRSRGGKWLVSDNFLNITNVAFDDRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQLDGRSRGGKWLVSDNFLNITNVAFDDRG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 LYTCFVTSPIRASYSVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVTRLCMMSSHLRKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LYTCFVTSPIRASYSVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVTRLCMMSSHLRKT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 EKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEFARYIEELARSVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEFARYIEELARSVP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDPDDLGERIKERPALNAQGGIYVINPEMGRSNSPGGDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDPDDLGERIKERPALNAQGGIYVINPEMGRSNSPGGDS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 DDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAESNCNYKDGAYENC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAESNCNYKDGAYENC
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 QL
::
NP_005 QL
>>NP_001128509 (OMIM: 600491) microfibril-associated gly (216 aa)
initn: 1405 init1: 1405 opt: 1405 Z-score: 1478.6 bits: 281.4 E(85289): 1.3e-75
Smith-Waterman score: 1405; 100.0% identity (100.0% similar) in 216 aa overlap (147-362:1-216)
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DDRGLYTCFVTSPIRASYSVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVTRLCMMSSH
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSVYYMIVCLIAFTITLILNVTRLCMMSSH
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 LRKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEFARYIEELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEFARYIEELA
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 RSVPLPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDPDDLGERIKERPALNAQGGIYVINPEMGRSNSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RSVPLPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDPDDLGERIKERPALNAQGGIYVINPEMGRSNSP
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 GGDSDDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAESNCNYKDGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GGDSDDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAESNCNYKDGA
160 170 180 190 200 210
360
pF1KB4 YENCQL
::::::
NP_001 YENCQL
>>XP_016864359 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi brillar (409 aa)
initn: 1010 init1: 717 opt: 1015 Z-score: 1067.8 bits: 206.3 E(85289): 9.7e-53
Smith-Waterman score: 1017; 55.1% identity (76.9% similar) in 325 aa overlap (22-333:13-336)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVS-LEANRSSYNASFPSSFELSASSH---S
: .: : .:: : . .: :... .. . .: .
XP_016 MDRLKSHLTVCFLPSVPFLILVSTLATAKSVTNSTLNGTNVVLGSVPVIIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DDDVIIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQL----DGRSRGG-KWLVSDN-FLN
: ::.:::.:. :.: . . . .:.:: :. : : . ::: :: . :. .::
XP_016 RTDHIIVKEGNSALINCSVYGIPDPQFKWYNSIGKLLKEEEDEKERGGGKWQMHDSGLLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB4 ITNVAFDDRGLYTCFVTSPIRASY--SVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVT
::.:.:.::: ::: :.: : .. .::::::::::::.::::.:::.::::...::.:
XP_016 ITKVSFSDRGKYTC-VASNIYGTVNNTVTLRVIFTSGDMGVYYMVVCLVAFTIVMVLNIT
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 RLCMMSSHLRKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLCMMSSHLKKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 ARYIEELARSVPLPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDP-DDLGERIKERPALNAQGGIYVIN
:::::::::::::::::.:::...::..:.: ... ... .. : . .:.:
XP_016 ARYIEELARSVPLPPLIMNCRTIMEEIMEVVGLEEQGQNFVRHTPEGQEAADRDEVYTIP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 PEMGRSNSPGGDSDDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAE
. ::.::..::: .::.:: :.::..:::: ::. . : . :
XP_016 NSLKRSDSPAADSDASSLHEQPQQIAIKVSVHPQSKKEHADDQEGGQFEVKDVEETELSA
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB4 SNCNYKDGAYENCQL
XP_016 EHSPETAEPSTDVTSTELTSEEPTPVEVPDKVLPPAYLEATEPAVTHDKNTCIIYESHV
360 370 380 390 400
>>NP_067679 (OMIM: 616523) microfibrillar-associated pro (409 aa)
initn: 1010 init1: 717 opt: 1015 Z-score: 1067.8 bits: 206.3 E(85289): 9.7e-53
Smith-Waterman score: 1017; 55.1% identity (76.9% similar) in 325 aa overlap (22-333:13-336)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVS-LEANRSSYNASFPSSFELSASSH---S
: .: : .:: : . .: :... .. . .: .
NP_067 MDRLKSHLTVCFLPSVPFLILVSTLATAKSVTNSTLNGTNVVLGSVPVIIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DDDVIIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQL----DGRSRGG-KWLVSDN-FLN
: ::.:::.:. :.: . . . .:.:: :. : : . ::: :: . :. .::
NP_067 RTDHIIVKEGNSALINCSVYGIPDPQFKWYNSIGKLLKEEEDEKERGGGKWQMHDSGLLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB4 ITNVAFDDRGLYTCFVTSPIRASY--SVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVT
::.:.:.::: ::: :.: : .. .::::::::::::.::::.:::.::::...::.:
NP_067 ITKVSFSDRGKYTC-VASNIYGTVNNTVTLRVIFTSGDMGVYYMVVCLVAFTIVMVLNIT
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 RLCMMSSHLRKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 RLCMMSSHLKKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 ARYIEELARSVPLPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDP-DDLGERIKERPALNAQGGIYVIN
:::::::::::::::::.:::...::..:.: ... ... .. : . .:.:
NP_067 ARYIEELARSVPLPPLIMNCRTIMEEIMEVVGLEEQGQNFVRHTPEGQEAADRDEVYTIP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 PEMGRSNSPGGDSDDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAE
. ::.::..::: .::.:: :.::..:::: ::. . : . :
NP_067 NSLKRSDSPAADSDASSLHEQPQQIAIKVSVHPQSKKEHADDQEGGQFEVKDVEETELSA
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB4 SNCNYKDGAYENCQL
NP_067 EHSPETAEPSTDVTSTELTSEEPTPVEVPDKVLPPAYLEATEPAVTHDKNTCIIYESHV
360 370 380 390 400
>>XP_016864358 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi brillar (409 aa)
initn: 1010 init1: 717 opt: 1015 Z-score: 1067.8 bits: 206.3 E(85289): 9.7e-53
Smith-Waterman score: 1017; 55.1% identity (76.9% similar) in 325 aa overlap (22-333:13-336)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVS-LEANRSSYNASFPSSFELSASSH---S
: .: : .:: : . .: :... .. . .: .
XP_016 MDRLKSHLTVCFLPSVPFLILVSTLATAKSVTNSTLNGTNVVLGSVPVIIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DDDVIIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQL----DGRSRGG-KWLVSDN-FLN
: ::.:::.:. :.: . . . .:.:: :. : : . ::: :: . :. .::
XP_016 RTDHIIVKEGNSALINCSVYGIPDPQFKWYNSIGKLLKEEEDEKERGGGKWQMHDSGLLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB4 ITNVAFDDRGLYTCFVTSPIRASY--SVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVT
::.:.:.::: ::: :.: : .. .::::::::::::.::::.:::.::::...::.:
XP_016 ITKVSFSDRGKYTC-VASNIYGTVNNTVTLRVIFTSGDMGVYYMVVCLVAFTIVMVLNIT
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 RLCMMSSHLRKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLCMMSSHLKKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 ARYIEELARSVPLPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDP-DDLGERIKERPALNAQGGIYVIN
:::::::::::::::::.:::...::..:.: ... ... .. : . .:.:
XP_016 ARYIEELARSVPLPPLIMNCRTIMEEIMEVVGLEEQGQNFVRHTPEGQEAADRDEVYTIP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 PEMGRSNSPGGDSDDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAE
. ::.::..::: .::.:: :.::..:::: ::. . : . :
XP_016 NSLKRSDSPAADSDASSLHEQPQQIAIKVSVHPQSKKEHADDQEGGQFEVKDVEETELSA
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB4 SNCNYKDGAYENCQL
XP_016 EHSPETAEPSTDVTSTELTSEEPTPVEVPDKVLPPAYLEATEPAVTHDKNTCIIYESHV
360 370 380 390 400
>>XP_016864360 (OMIM: 616523) PREDICTED: microfi brillar (409 aa)
initn: 1010 init1: 717 opt: 1015 Z-score: 1067.8 bits: 206.3 E(85289): 9.7e-53
Smith-Waterman score: 1017; 55.1% identity (76.9% similar) in 325 aa overlap (22-333:13-336)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVS-LEANRSSYNASFPSSFELSASSH---S
: .: : .:: : . .: :... .. . .: .
XP_016 MDRLKSHLTVCFLPSVPFLILVSTLATAKSVTNSTLNGTNVVLGSVPVIIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 DDDVIIAKEGTSVSIECLLTASHYEDVHWHNSKGQQL----DGRSRGG-KWLVSDN-FLN
: ::.:::.:. :.: . . . .:.:: :. : : . ::: :: . :. .::
XP_016 RTDHIIVKEGNSALINCSVYGIPDPQFKWYNSIGKLLKEEEDEKERGGGKWQMHDSGLLN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB4 ITNVAFDDRGLYTCFVTSPIRASY--SVTLRVIFTSGDMSVYYMIVCLIAFTITLILNVT
::.:.:.::: ::: :.: : .. .::::::::::::.::::.:::.::::...::.:
XP_016 ITKVSFSDRGKYTC-VASNIYGTVNNTVTLRVIFTSGDMGVYYMVVCLVAFTIVMVLNIT
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 RLCMMSSHLRKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 RLCMMSSHLKKTEKAINEFFRTEGAEKLQKAFEIAKRIPIITSAKTLELAKVTQFKTMEF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 ARYIEELARSVPLPPLILNCRAFVEEMFEAVRVDDP-DDLGERIKERPALNAQGGIYVIN
:::::::::::::::::.:::...::..:.: ... ... .. : . .:.:
XP_016 ARYIEELARSVPLPPLIMNCRTIMEEIMEVVGLEEQGQNFVRHTPEGQEAADRDEVYTIP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 PEMGRSNSPGGDSDDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFSPPDDIGSAE
. ::.::..::: .::.:: :.::..:::: ::. . : . :
XP_016 NSLKRSDSPAADSDASSLHEQPQQIAIKVSVHPQSKKEHADDQEGGQFEVKDVEETELSA
300 310 320 330 340 350
350 360
pF1KB4 SNCNYKDGAYENCQL
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10 20 30 40 50
pF1KB4 MKLHCCLFTLVASIIVPAAFVLEDVDFDQMVS-LEANRSSYNASFPSSFEL
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XP_016 WFLLKYQLYGPRTEQAKKMDRLKSHLTVCFLPSVPFLILVSTLATAKSVTNSTLNGTNVV
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XP_016 QMHDSGLLNITKVSFSDRGKYTC-VASNIYGTVNNTVTLRVIFTSGDMGVYYMVVCLVAF
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pF1KB4 AQGGIYVINPEMGRSNSPGGDSDDGSLNEQGQEIAVQVSVHLQSETKSIDTESQGSSHFS
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XP_016 DRDEVYTIPNSLKRSDSPAADSDASSLHEQPQQIAIKVSVHPQSKKEHADDQEGGQFEVK
310 320 330 340 350 360
340 350 360
pF1KB4 PPDDIGSAESNCNYKDGAYENCQL
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Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]