Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4713
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4713, 776 aa
1>>>pF1KB4713 776 - 776 aa - 776 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8132+/-0.00099; mu= -3.6769+/- 0.060
mean_var=291.6330+/-59.473, 0's: 0 Z-trim(114.8): 28 B-trim: 179 in 1/52
Lambda= 0.075103
statistics sampled from 15349 (15374) to 15349 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.772), E-opt: 0.2 (0.472), width: 16
Scan time: 5.130
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 776) 5098 566.1 7.6e-161
CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 ( 208) 1180 141.2 1.6e-33
CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 373) 936 114.9 2.4e-25
CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 392) 925 113.8 5.6e-25
CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 986) 922 113.7 1.5e-24
CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (1192) 922 113.7 1.7e-24
CCDS42685.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 ( 199) 877 108.4 1.2e-23
CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 236) 784 98.3 1.5e-20
CCDS41664.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 255) 773 97.2 3.6e-20
CCDS58142.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 920) 760 96.1 2.7e-19
CCDS8050.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1013) 760 96.1 2.9e-19
CCDS58141.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (1032) 760 96.1 3e-19
CCDS12666.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 472) 695 88.9 2.1e-17
CCDS8048.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 ( 241) 667 85.7 9.9e-17
CCDS46114.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 205) 645 83.2 4.5e-16
CCDS12665.1 RTN2 gene_id:6253|Hs108|chr19 ( 545) 648 83.8 8e-16
>>CCDS9740.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 (776 aa)
initn: 5098 init1: 5098 opt: 5098 Z-score: 3001.1 bits: 566.1 E(32554): 7.6e-161
Smith-Waterman score: 5098; 100.0% identity (100.0% similar) in 776 aa overlap (1-776:1-776)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAAPGDPQDELLPLAGPGSQWLRHRGEGENEAVTPKGATPAPQAGEPSPGLGARAREAAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MAAPGDPQDELLPLAGPGSQWLRHRGEGENEAVTPKGATPAPQAGEPSPGLGARAREAAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 REAGSGPARQSPVAMETASTGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 REAGSGPARQSPVAMETASTGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TYFTGILQKENGHVTISESPEELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TYFTGILQKENGHVTISESPEELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 ILADPLDQMKAEAYKYIDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 ILADPLDQMKAEAYKYIDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKPEGVREPD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 KPAPVEGKIIKDHLLEESTFAPYIDDLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 KPAPVEGKIIKDHLLEESTFAPYIDDLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 PEKQDICLKPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PEKQDICLKPSPDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISEDELITAI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 KEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 KEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 MAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 PKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGD
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 GALEPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 GALEPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 TGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAY
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 LELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 LELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770
pF1KB4 GLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 GLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
730 740 750 760 770
>>CCDS9741.1 RTN1 gene_id:6252|Hs108|chr14 (208 aa)
initn: 1180 init1: 1180 opt: 1180 Z-score: 715.2 bits: 141.2 E(32554): 1.6e-33
Smith-Waterman score: 1180; 99.0% identity (100.0% similar) in 191 aa overlap (586-776:18-208)
560 570 580 590 600 610
pF1KB4 EDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSL
:..:::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 MQATADSTKMDCVWSNWKSQAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSL
10 20 30 40
620 630 640 650 660 670
pF1KB4 TQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKY
50 60 70 80 90 100
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 TDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 TDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTL
110 120 130 140 150 160
740 750 760 770
pF1KB4 PVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS97 PVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
170 180 190 200
>>CCDS1851.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (373 aa)
initn: 1068 init1: 865 opt: 936 Z-score: 568.6 bits: 114.9 E(32554): 2.4e-25
Smith-Waterman score: 964; 47.6% identity (69.3% similar) in 361 aa overlap (441-776:16-373)
420 430 440 450 460
pF1KB4 SEIELVSEDPMAAEDALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILRE----EREAELDSEL
:: : .:...:...:: :.: : . :
CCDS18 MEDLDQSPLVSSSDSPPRP-QPAFKYQFVREPEDEEEEEEEEEED
10 20 30 40
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 IIESCDASSASEESPKREQDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRG---LAEPGSFL
:. . . :..: .. :. :.: : . :. :: : : .
CCDS18 EDEDLEELEVLERKPAAGLSAAPV-PTAPAAGAPLMDFGNDFVPPAPRGPLPAAPPVAPE
50 60 70 80 90 100
530 540 550 560 570
pF1KB4 DYPSTEPQPGPELPPGDG-----ALEP-------ETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPG
:: .:.: :. . :. : : : : : : : :. . :.
CCDS18 RQPSWDPSPVSSTVPAPSPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPPPPPASVSPQAEPVWTPPA
110 120 130 140 150 160
580 590 600 610 620
pF1KB4 PLGPGAPPPLLFLNKQKA------IDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVA
: .:.::: :... .:::::::::.::.:::. :.::.::: ::.:::.:
CCDS18 P-APAAPPSTPAAPKRRGSSGSVVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTA
170 180 190 200 210 220
630 640 650 660 670 680
pF1KB4 YLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNS
:.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::: :...:.: .:::.. .::
CCDS18 YIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSALGHVNC
230 240 250 260 270 280
690 700 710 720 730 740
pF1KB4 TLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQ
:.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::::::..:..:.:..::.: .::::
CCDS18 TIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYERHQAQ
290 300 310 320 330 340
750 760 770
pF1KB4 IDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::.::::. ... ..::::::::: ::.::
CCDS18 IDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
350 360 370
>>CCDS42683.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (392 aa)
initn: 1068 init1: 865 opt: 925 Z-score: 561.8 bits: 113.8 E(32554): 5.6e-25
Smith-Waterman score: 942; 42.8% identity (64.7% similar) in 425 aa overlap (380-776:4-392)
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 SISEDELITAIKEAKGLSYETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPT---------IPSPLD
: . : :.. ..:: . : :
CCDS42 MEDLDQSPLVSSSDSPPRPQPAFKYQFVREPED
10 20 30
410 420 430 440
pF1KB4 HEASSAESGDSE------IELVSEDPMAAEDALP------SG--YVSFGHVGGPPPSPAS
.: : ..: .:.. . : :. .: : .: ..::. ::.: .
CCDS42 EEEEEEEEEEDEDEDLEELEVLERKPAAGLSAAPVPTAPAAGAPLMDFGN-DFVPPAPRG
40 50 60 70 80 90
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 PSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASS---ASEESPKR--EQDSPPMKPSALDAIREE
: . ::. : . . : : :. ::.. :.: :: .:
CCDS42 PLPAAPPVAPERQPSWDPSPVSSTVPAPSPLSAAAVSPSKLPEDDEPPARPPP----PPP
100 110 120 130 140
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 TGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGDGALEPETPMLPRKPEEDSSSN
..: .:. ::: : : :.: ::. :: :.. ..: .
CCDS42 ASV-----SPQ----AEP------VWTPPAPAPAAPPS-------TPAAPKRRGSSGSVD
150 160 170 180
570 580 590 600 610 620
pF1KB4 QSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQTGIVFGSFLLLLFSLTQFSVV
.. : :.: :. . .. ..:::::::::.::.:::. :.::.::: ::.:
CCDS42 ETLFAL-------PAASEPV--IRSSAVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSLTVFSIV
190 200 210 220 230
630 640 650 660 670 680
pF1KB4 SVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKYTDCLQF
::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::: :...:.: .:::..
CCDS42 SVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKYSNSALG
240 250 260 270 280 290
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pF1KB4 YVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVVYVK
.:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::::::..:..:.:..::.: .
CCDS42 HVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSVPVIYER
300 310 320 330 340 350
750 760 770
pF1KB4 HQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::::::.::::. ... ..::::::::: ::.::
CCDS42 HQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
360 370 380 390
>>CCDS1852.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (986 aa)
initn: 964 init1: 876 opt: 922 Z-score: 554.3 bits: 113.7 E(32554): 1.5e-24
Smith-Waterman score: 941; 33.4% identity (58.7% similar) in 685 aa overlap (110-776:363-986)
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 TGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDSTYFTGILQKENGHVTISES
. : : . : . . ..: :. . . .
CCDS18 TEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQ-ESLYPAAQLC
340 350 360 370 380 390
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 P---EELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNKILADPLDQMKAEAYKY
: : .::.: :::. . : :. .:. .. : . ..::. : . .:
CCDS18 PSFEESEATPSPVLPDI--VMEAPLNSA------VPSAGASVIQPSSSPLE---ASSVNY
400 410 420 430 440
200 210 220 230 240 250
pF1KB4 IDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKP-EGVREPDKPAPVEGKIIKDHLL
: .::. .. : :. ..:.: :..: : : . :. :
CCDS18 ------ESIKHEPENPPPYEEA--------MSVSLKKVSGIKEEIK----EPENINAALQ
450 460 470 480
260 270 280 290 300 310
pF1KB4 EESTFAPYID---DLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKTPEKQDICLKPSP
: : ::::. :: .: . . . .: .:. . ... .:..... ::
CCDS18 E--TEAPYISIACDLIKETKLSAE-PAPDFSDYSEM-----AKVEQPVPDHSELVEDSSP
490 500 510 520 530
320 330 340 350 360
pF1KB4 DTVPTVTVSEPE-DDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISED--ELITAIKEAKGLSYE
:. :. :. : : . .. : .:.. .. : . : ..:. : :
CCDS18 DSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSFESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYL
540 550 560 570 580 590
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 TA-----ENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDPMAAE
. .: . . : : ::.. : :: ... .... :.:. ..:.. . :
CCDS18 ESFKLSLDNTKDT-LLPD--EVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVYSNDDL--FISKEAQIRE
600 610 620 630 640
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 DALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEESPKRE
: . . : .: . ..: : .: ..:. : .: ... : :
CCDS18 TETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREY-TDLEVSHKSEIANAPDGAGSLPCTE
650 660 670 680 690 700
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 QDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGDGALE
: : : :. ..::. ... :: . : :.. :
CCDS18 L---PHDLS-LKNIQP----KVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLP---PDVSALATQAE
710 720 730 740 750
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 PETPMLPR---KPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQT
:. . :. : : . ... ..:. . . :.: ...:::::::::.:
CCDS18 IESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAE------LSKTSVVDLLYWRDIKKT
760 770 780 790 800 810
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pF1KB4 GIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYL
:.:::. :.::.::: ::.:::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::
CCDS18 GVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYL
820 830 840 850 860 870
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 ELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNG
: :...:.: .:::.. .:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::
CCDS18 ESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNG
880 890 900 910 920 930
730 740 750 760 770
pF1KB4 LTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::::..:..:.:..::.: .::::::.::::. ... ..::::::::: ::.::
CCDS18 LTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
940 950 960 970 980
>>CCDS42684.1 RTN4 gene_id:57142|Hs108|chr2 (1192 aa)
initn: 1087 init1: 876 opt: 922 Z-score: 553.0 bits: 113.7 E(32554): 1.7e-24
Smith-Waterman score: 941; 33.4% identity (58.7% similar) in 685 aa overlap (110-776:569-1192)
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 TGVAGVSSAMDHTFSTTSKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDSTYFTGILQKENGHVTISES
. : : . : . . ..: :. . . .
CCDS42 TEEVVANMPEGLTPDLVQEACESELNEVTGTKIAYETKMDLVQTSEVMQ-ESLYPAAQLC
540 550 560 570 580 590
140 150 160 170 180 190
pF1KB4 P---EELGTPGPSLPDVPGIESRGLFSSDSGIEMTPAESTEVNKILADPLDQMKAEAYKY
: : .::.: :::. . : :. .:. .. : . ..::. : . .:
CCDS42 PSFEESEATPSPVLPDI--VMEAPLNSA------VPSAGASVIQPSSSPLE---ASSVNY
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200 210 220 230 240 250
pF1KB4 IDITRPEEVKHQEQHHPELEDKDLDFKNKDTDISIKP-EGVREPDKPAPVEGKIIKDHLL
: .::. .. : :. ..:.: :..: : : . :. :
CCDS42 ------ESIKHEPENPPPYEEA--------MSVSLKKVSGIKEEIK----EPENINAALQ
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260 270 280 290 300 310
pF1KB4 EESTFAPYID---DLSEEQRRAPQITTPVKITLTEIEPSVETTTQEKTPEKQDICLKPSP
: : ::::. :: .: . . . .: .:. . ... .:..... ::
CCDS42 E--TEAPYISIACDLIKETKLSAE-PAPDFSDYSEM-----AKVEQPVPDHSELVEDSSP
690 700 710 720 730 740
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pF1KB4 DTVPTVTVSEPE-DDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGKGSISED--ELITAIKEAKGLSYE
:. :. :. : : . .. : .:.. .. : . : ..:. : :
CCDS42 DSEPVDLFSDDSIPDVPQKQDETVMLVKESLTETSFESMIEYENKEKLSALPPEGGKPYL
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pF1KB4 TA-----ENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDPMAAE
. .: . . : : ::.. : :: ... .... :.:. ..:.. . :
CCDS42 ESFKLSLDNTKDT-LLPD--EVSTLSKKEKIPLQMEELSTAVYSNDDL--FISKEAQIRE
810 820 830 840 850
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pF1KB4 DALPSGYVSFGHVGGPPPSPASPSIQYSILREEREAELDSELIIESCDASSASEESPKRE
: . . : .: . ..: : .: ..:. : .: ... : :
CCDS42 TETFSDSSPIEIIDEFPTLISSKTDSFSKLAREY-TDLEVSHKSEIANAPDGAGSLPCTE
860 870 880 890 900 910
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pF1KB4 QDSPPMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGDGALE
: : : :. ..::. ... :: . : :.. :
CCDS42 L---PHDLS-LKNIQP----KVEEKISFSDDFSKNGSATSKVLLLP---PDVSALATQAE
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pF1KB4 PETPMLPR---KPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQT
:. . :. : : . ... ..:. . . :.: ...:::::::::.:
CCDS42 IESIVKPKVLVKEAEKKLPSDTEKEDRSPSAIFSAE------LSKTSVVDLLYWRDIKKT
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pF1KB4 GIVFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYL
:.:::. :.::.::: ::.:::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::
CCDS42 GVVFGASLFLLLSLTVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYL
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pF1KB4 ELEITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNG
: :...:.: .:::.. .:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::
CCDS42 ESEVAISEELVQKYSNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNG
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pF1KB4 LTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::::..:..:.:..::.: .::::::.::::. ... ..::::::::: ::.::
CCDS42 LTLLILALISLFSVPVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
1140 1150 1160 1170 1180 1190
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:.:..:::::::::.::.:::. :.::.::
CCDS42 MDGQKKNWKDKVVDLLYWRDIKKTGVVFGASLFLLLSL
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pF1KB4 TQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLELEITLSQEQIQKY
: ::.:::.::.::: ::.::::::::.:.::.::.::::::.:::: :...:.: .:::
CCDS42 TVFSIVSVTAYIALALLSVTISFRIYKGVIQAIQKSDEGHPFRAYLESEVAISEELVQKY
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pF1KB4 TDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTL
.. .:: :.:::::::::.:::::::::::::..:::::::::::::..:..:.:..
CCDS42 SNSALGHVNCTIKELRRLFLVDDLVDSLKFAVLMWVFTYVGALFNGLTLLILALISLFSV
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pF1KB4 PVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPGAKRHAE
::.: .::::::.::::. ... ..::::::::: ::.::
CCDS42 PVIYERHQAQIDHYLGLANKNVKDAMAKIQAKIPGLKRKAE
160 170 180 190
>>CCDS8049.1 RTN3 gene_id:10313|Hs108|chr11 (236 aa)
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CCDS80 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGG--SPGACPALGTKSCS
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.. :. ::..:::.:.::.:::. :..:.::. :::.:::.:: :: ::.::::::::::
CCDS80 SSCAVHDLIFWRDVKKTGFVFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSV
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.:::::..:::::::::...::::.: ...: . . ..: .:: . :::::.:::::::
CCDS80 IQAVQKSEEGHPFKAYLDVDITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLK
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pF1KB4 FAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKI
.::.:::.:::::.:::.:::..: . .:..:.:: :...:::.:.:..: . ...: ::
CCDS80 LAVFMWLMTYVGAVFNGITLLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKI
170 180 190 200 210 220
770
pF1KB4 QAKIPG-AKRHAE
:::.:: ::..::
CCDS80 QAKLPGIAKKKAE
230
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CCDS41 MAEPSAATQSHSISSSSFGAEPSAPGGGGS
10 20 30
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pF1KB4 EPETPMLPRKPEEDSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQTGI
: : : .:: .: ..... :.. :: ..: . ::..:::.:.::.
CCDS41 PGACPALGTKSC-SSSCADSFVSSSSSQPVS-------LFSTSQ-VHDLIFWRDVKKTGF
40 50 60 70 80
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pF1KB4 VFGSFLLLLFSLTQFSVVSVVAYLALAALSATISFRIYKSVLQAVQKTDEGHPFKAYLEL
:::. :..:.::. :::.:::.:: :: ::.::::::::::.:::::..:::::::::..
CCDS41 VFGTTLIMLLSLAAFSVISVVSYLILALLSVTISFRIYKSVIQAVQKSEEGHPFKAYLDV
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pF1KB4 EITLSQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLT
.::::.: ...: . . ..: .:: . :::::.:::::::.::.:::.:::::.:::.:
CCDS41 DITLSSEAFHNYMNAAMVHINRALKLIIRLFLVEDLVDSLKLAVFMWLMTYVGAVFNGIT
150 160 170 180 190 200
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pF1KB4 LLLMAVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPG-AKRHAE
::..: . .:..:.:: :...:::.:.:..: . ...: :::::.:: ::..::
CCDS41 LLILAELLIFSVPIVYEKYKTQIDHYVGIARDQTKSIVEKIQAKLPGIAKKKAE
210 220 230 240 250
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pF1KB4 SKDGEGSCYTSLISDICYPPQEDSTYFTGILQKENGHVTISESPEELGTPGPSLPDVPGI
::.::. .: . :. :.. .. :.
CCDS58 KTSTHQKTPVCSIDGSTPITKSTGDWAEASLQQENA-ITGKPVPDSLNSTKEF--SIKGV
270 280 290 300 310 320
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pF1KB4 ESRGLFSSDSGIEM--TPAESTE--------VNKILADPL--DQMKAEAYKYIDITRPEE
.. ..:. :. .: :. . :. .: : :.: .. .::. .
CCDS58 QGNMQKQDDTLAELPGSPPEKCDSLGSGVATVKVVLPDDHLKDEMDWQSSALGEITEAD-
330 340 350 360 370 380
210 220 230 240 250
pF1KB4 VKHQEQHHPELED--KDLDFKNKDTDISIKPEGVREPD---KPAPVEGKIIKDHLLEEST
. :. .:: : .:.:. . :: .. :. : . : : : . ::.:
CCDS58 -SSGESDDTVIEDITADTSFENNKIQAE-KPVSI--PSAVVKTGEREIKEIPSCEREEKT
390 400 410 420 430
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pF1KB4 ---FAPYIDDLSEEQRRAPQIT--TPVKITLTEIEPSVETTTQ---EKTPEKQDICLKPS
: ..: :: .. :.: .:.. . :..... . : .::: .:.
CCDS58 SKNFEELVSD-SELHQDQPDILGRSPASEAACSKVPDTNVSLEDVSEVAPEKPITTENPK
440 450 460 470 480 490
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pF1KB4 -PDTVPTVTVSEPEDDSPGSITPPSSGTEPSAAESQGK--GSISEDELITAIKEAKGLSY
:.:: . .: : :.. .:. : .. : . : ..::.:. :.. .
CCDS58 LPSTVSPNVFNETE----FSLNVTTSAYLESLHGKNVKHIDDSSPEDLIAAFTETRDKGI
500 510 520 530 540 550
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pF1KB4 ETAENPRPVGQLADRPEVKARSGPPTIPSPLDHEASSAESGDSEIELVSEDPMAAEDALP
.: : . . .. . .. ::. . :: ::: :::. .. . .. ..
CCDS58 VDSE--RNAFKAISEKMTDFKTTPPV---EVLHEN---ESGGSEIKDIG-SKYSEQSKET
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.: .: :. ..: . .. .:. . .:: .. . :. : .:. . :
CCDS58 NGSEPLGVF----PTQGTPVASLDLEQEQLTIKALKELGERQVEKST----SAQRDAELP
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pF1KB4 PMKPSALDAIREETGVRAEERAPSRRGLAEPGSFLDYPSTEPQPGPELPPGDGALEPETP
. . ..: . : : :.: :. : . . : .: : . :
CCDS58 S------EEVLKQTFTFAPESWPQR-------SY-DILERNVKNGSDL----GI--SQKP
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pF1KB4 MLPRKPEE-DSSSNQSPAATKGPGPLGPGAPPPLLFLNKQKAIDLLYWRDIKQTGIVFGS
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CCDS58 ITIRETTRVDAVSSLSKTELVKKHVLAR-------LLTDFSVHDLIFWRDVKKTGFVFGT
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pF1KB4 SQEQIQKYTDCLQFYVNSTLKELRRLFLVQDLVDSLKFAVLMWLLTYVGALFNGLTLLLM
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pF1KB4 AVVSMFTLPVVYVKHQAQIDQYLGLVRTHINAVVAKIQAKIPG-AKRHAE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]