Result of FASTA (omim) for
pF1KB4757
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4757, 544 aa
1>>>pF1KB4757 544 - 544 aa - 544 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4519+/-0.00091; mu= 4.2495+/- 0.055
mean_var=347.4988+/-74.511, 0's: 0 Z-trim(110.9): 2036 B-trim: 451 in 3/46
Lambda= 0.068801
statistics sampled from 17057 (19360) to 17057 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.537), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 8.990
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1979 212.0 4.5e-54
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1979 212.0 4.5e-54
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1979 212.0 4.5e-54
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1979 212.0 4.7e-54
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1979 212.0 4.7e-54
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1979 212.0 4.7e-54
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1979 212.0 4.7e-54
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1979 212.0 4.7e-54
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1979 212.0 4.7e-54
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1979 212.0 4.8e-54
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1907 204.9 6.7e-52
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 1907 204.9 6.7e-52
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1907 204.9 7.1e-52
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 1907 204.9 7.1e-52
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 1907 204.9 7.1e-52
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1888 203.1 2.7e-51
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1888 203.1 2.7e-51
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 1888 203.1 2.7e-51
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 1888 203.1 2.8e-51
XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 1888 203.1 2.8e-51
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 1876 201.7 5.3e-51
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518) 1872 201.2 6.4e-51
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531) 1872 201.2 6.5e-51
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536) 1872 201.2 6.5e-51
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 1872 201.3 7.1e-51
XP_011526565 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 640) 1872 201.4 7.2e-51
NP_001291423 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1858 199.9 1.8e-50
NP_001291422 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 585) 1858 199.9 1.8e-50
NP_001291421 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 ( 643) 1858 200.0 1.9e-50
NP_666016 (OMIM: 194527) zinc finger protein 23 is ( 643) 1858 200.0 1.9e-50
NP_001099021 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
NP_001099020 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
XP_016882440 (OMIM: 194558) PREDICTED: zinc finger ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
NP_001264876 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
NP_001264880 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
NP_001264877 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
NP_001264875 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
NP_001099019 (OMIM: 194558) zinc finger protein 83 ( 516) 1853 199.3 2.4e-50
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
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Smith-Waterman score: 1979; 59.5% identity (79.7% similar) in 454 aa overlap (91-543:168-616)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 CEGMKENSPREIAESCLFQEGGFGRITFIHKEAPPEIISQGYNFEKSLLLTSSLVTRLRV
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pF1KB4 STEESLHQWETSNIQTNDISDQSKCPTLCTQKKSWKCNECGKTFTQSSSLTQHQRTHTGE
: : .. . . : .: . : .: .::..::.::.: . : :::::::::
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pF1KB4 RPYTCEECGKAFS-RSSFLVQHQRIHTGVKPYGCEQCGKTFRCRSFLTQHQRIHTGEKPY
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NP_001 KPYECSECGKSFSFRSSF-SQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPY
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pF1KB4 KCNECGNSFRNHSHLTEHQRIHTGEKPYKCNRCGKAFNQNTHLIHHQRIHTGEKPYICSE
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NP_001 QCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGE
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pF1KB4 CGSSFRKHSNLTQHQRIHTGEKPHKCDECGKTFQTKANLSQHQRIHSGEKPYKCKECGKA
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NP_001 CGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKA
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pF1KB4 FCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCKECGKAFTQSTPLTKHQRIHTGERPYKCSECGKAFIQS
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NP_001 FRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQL
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pF1KB4 ICLIRHQRSHTGEKPYKCNECGKGFNQNTCLTQHMRIHTGEKPYKCKECGKAFAHSSSLT
::.::: :::::::.::.::..:.:.. : .:.:::: :::: :.::::.:.:::::.
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pF1KB4 EHHRTHTGEKLYKCSECEKTFRKYAHLSEHYRIHTGEKPYECIECGKFFRHSSVLFRHQK
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NP_001 QHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQR
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540
pF1KB4 LHSGD
:.:
NP_001 THTG
>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
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Smith-Waterman score: 1979; 59.5% identity (79.7% similar) in 454 aa overlap (91-543:173-621)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 CEGMKENSPREIAESCLFQEGGFGRITFIHKEAPPEIISQGYNFEKSLLLTSSLVTRLRV
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pF1KB4 STEESLHQWETSNIQTNDISDQSKCPTLCTQKKSWKCNECGKTFTQSSSLTQHQRTHTGE
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XP_016 HTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGE
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pF1KB4 RPYTCEECGKAFS-RSSFLVQHQRIHTGVKPYGCEQCGKTFRCRSFLTQHQRIHTGEKPY
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pF1KB4 KCNECGNSFRNHSHLTEHQRIHTGEKPYKCNRCGKAFNQNTHLIHHQRIHTGEKPYICSE
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pF1KB4 FCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCKECGKAFTQSTPLTKHQRIHTGERPYKCSECGKAFIQS
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XP_016 FRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQL
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pF1KB4 ICLIRHQRSHTGEKPYKCNECGKGFNQNTCLTQHMRIHTGEKPYKCKECGKAFAHSSSLT
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pF1KB4 EHHRTHTGEKLYKCSECEKTFRKYAHLSEHYRIHTGEKPYECIECGKFFRHSSVLFRHQK
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XP_016 QHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQR
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540
pF1KB4 LHSGD
:.:
XP_016 THTG
620
>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (628 aa)
initn: 7382 init1: 1950 opt: 1979 Z-score: 1091.7 bits: 212.0 E(85289): 4.5e-54
Smith-Waterman score: 1979; 59.5% identity (79.7% similar) in 454 aa overlap (91-543:180-628)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 CEGMKENSPREIAESCLFQEGGFGRITFIHKEAPPEIISQGYNFEKSLLLTSSLVTRLRV
:: : . : : .: :.:. . :.
XP_016 MTPERQSPHTWGTRGKREKPDLNVLQKTCVKEKPYKCQECGKAFSHS----SALIEHHRT
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pF1KB4 STEESLHQWETSNIQTNDISDQSKCPTLCTQKKSWKCNECGKTFTQSSSLTQHQRTHTGE
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XP_016 HTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGE
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pF1KB4 RPYTCEECGKAFS-RSSFLVQHQRIHTGVKPYGCEQCGKTFRCRSFLTQHQRIHTGEKPY
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XP_016 KPYECSECGKSFSFRSSF-SQHERTHTGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQHLRIHTGEKPY
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pF1KB4 KCNECGNSFRNHSHLTEHQRIHTGEKPYKCNRCGKAFNQNTHLIHHQRIHTGEKPYICSE
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XP_016 QCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGE
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pF1KB4 CGSSFRKHSNLTQHQRIHTGEKPHKCDECGKTFQTKANLSQHQRIHSGEKPYKCKECGKA
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XP_016 CGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECSQCGKA
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pF1KB4 FCQSPSLIKHQRIHTGEKPYKCKECGKAFTQSTPLTKHQRIHTGERPYKCSECGKAFIQS
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XP_016 FRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQL
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pF1KB4 ICLIRHQRSHTGEKPYKCNECGKGFNQNTCLTQHMRIHTGEKPYKCKECGKAFAHSSSLT
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XP_016 APLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECGKSFSHSSSLS
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pF1KB4 EHHRTHTGEKLYKCSECEKTFRKYAHLSEHYRIHTGEKPYECIECGKFFRHSSVLFRHQK
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XP_016 QHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFTHSSSLTKHQR
570 580 590 600 610 620
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pF1KB4 LHSGD
:.:
XP_016 THTG
>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (658 aa)
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Smith-Waterman score: 1979; 59.5% identity (79.7% similar) in 454 aa overlap (91-543:210-658)
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pF1KB4 CEGMKENSPREIAESCLFQEGGFGRITFIHKEAPPEIISQGYNFEKSLLLTSSLVTRLRV
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XP_016 HTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEKPYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQRTHTGE
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XP_016 QCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTHTGEKPYECGE
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