Result of FASTA (omim) for
pF1KB4783
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4783, 652 aa
1>>>pF1KB4783 652 - 652 aa - 652 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1354+/-0.000363; mu= 8.8859+/- 0.023
mean_var=219.2343+/-45.532, 0's: 0 Z-trim(120.8): 146 B-trim: 575 in 1/59
Lambda= 0.086620
statistics sampled from 36255 (36412) to 36255 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.427), width: 16
Scan time: 10.840
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001091974 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent ( 731) 4482 573.2 1.1e-162
NP_006377 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RN ( 729) 4454 569.7 1.3e-161
NP_001307525 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 2676 347.4 8.7e-95
NP_004387 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RN ( 614) 2676 347.4 8.7e-95
NP_001307524 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 2676 347.4 8.7e-95
NP_001307526 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent ( 614) 2639 342.8 2.2e-93
XP_016879601 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 775) 1253 169.7 3.5e-41
NP_031398 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938) 1253 169.8 4e-41
NP_987095 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicas ( 938) 1253 169.8 4e-41
XP_016879600 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 938) 1253 169.8 4e-41
XP_006721720 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 938) 1253 169.8 4e-41
XP_011534230 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 1145 156.1 3.1e-37
XP_011534229 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 529) 1145 156.1 3.1e-37
NP_061135 (OMIM: 606286) probable ATP-dependent RN ( 648) 1145 156.1 3.6e-37
XP_011534228 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 604) 1125 153.6 1.9e-36
XP_011522561 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-depende ( 674) 1092 149.5 3.6e-35
XP_016866492 (OMIM: 606286) PREDICTED: probable AT ( 439) 1079 147.7 8.2e-35
XP_016884802 (OMIM: 300160,300958) PREDICTED: ATP- ( 476) 989 136.5 2.1e-31
NP_001180346 (OMIM: 300160,300958) ATP-dependent R ( 646) 989 136.6 2.6e-31
NP_001347 (OMIM: 300160,300958) ATP-dependent RNA ( 662) 989 136.7 2.7e-31
XP_016884803 (OMIM: 300160,300958) PREDICTED: ATP- ( 475) 983 135.8 3.6e-31
NP_001180345 (OMIM: 300160,300958) ATP-dependent R ( 661) 983 135.9 4.5e-31
NP_001160006 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent ( 575) 971 134.3 1.2e-30
XP_011542194 (OMIM: 300160,300958) PREDICTED: ATP- ( 598) 968 134.0 1.5e-30
NP_001289481 (OMIM: 400010,415000) ATP-dependent R ( 657) 966 133.8 2e-30
NP_004651 (OMIM: 400010,415000) ATP-dependent RNA ( 660) 966 133.8 2e-30
NP_001116137 (OMIM: 400010,415000) ATP-dependent R ( 660) 966 133.8 2e-30
XP_011541799 (OMIM: 605281) PREDICTED: probable AT ( 678) 965 133.7 2.2e-30
NP_001136021 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent ( 690) 965 133.7 2.2e-30
XP_011541797 (OMIM: 605281) PREDICTED: probable AT ( 698) 965 133.7 2.2e-30
NP_001160005 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent ( 704) 965 133.7 2.2e-30
NP_077726 (OMIM: 605281) probable ATP-dependent RN ( 724) 965 133.7 2.3e-30
NP_001308759 (OMIM: 608170,616871) probable ATP-de ( 496) 932 129.4 3e-29
NP_001308661 (OMIM: 608170,616871) probable ATP-de ( 496) 932 129.4 3e-29
NP_057306 (OMIM: 608170,616871) probable ATP-depen ( 622) 932 129.5 3.6e-29
NP_001311124 (OMIM: 400010,415000) ATP-dependent R ( 637) 861 120.6 1.7e-26
XP_016857920 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 825 116.1 3.8e-25
XP_016857921 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 825 116.1 3.8e-25
XP_011508337 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 619) 825 116.1 3.8e-25
NP_001026895 (OMIM: 174300,615464) probable ATP-de ( 619) 825 116.1 3.8e-25
NP_001307110 (OMIM: 174300,615464) probable ATP-de ( 567) 758 107.7 1.2e-22
XP_006711625 (OMIM: 174300,615464) PREDICTED: prob ( 557) 756 107.5 1.4e-22
NP_057439 (OMIM: 615428) probable ATP-dependent RN ( 455) 748 106.4 2.4e-22
XP_005270205 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 731 104.4 1.4e-21
XP_011538446 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 731 104.4 1.4e-21
XP_016872118 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 731 104.4 1.4e-21
XP_016872117 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 731 104.4 1.4e-21
XP_016872116 (OMIM: 610373) PREDICTED: ATP-depende ( 672) 731 104.4 1.4e-21
NP_001243839 (OMIM: 606357) nucleolar RNA helicase ( 715) 731 104.4 1.4e-21
NP_076950 (OMIM: 610373) ATP-dependent RNA helicas ( 737) 731 104.5 1.5e-21
>>NP_001091974 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RNA (731 aa)
initn: 4482 init1: 4482 opt: 4482 Z-score: 3041.4 bits: 573.2 E(85289): 1.1e-162
Smith-Waterman score: 4482; 100.0% identity (100.0% similar) in 652 aa overlap (1-652:80-731)
10 20 30
pF1KB4 MRGGGFGDRDRDRDRGGFGARGGGGLPPKK
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPSVVTRPEPQALPSPAIRAPLPDLYPFGTMRGGGFGDRDRDRDRGGFGARGGGGLPPKK
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 FGNPGERLRKKKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FGNPGERLRKKKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKP
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 VFAFHHANFPQYVMDVLMDQHFTEPTPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VFAFHHANFPQYVMDVLMDQHFTEPTPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPA
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 IVHINHQPYLERGDGPICLVLAPTRELAQQVQQVADDYGKCSRLKSTCIYGGAPKGPQIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IVHINHQPYLERGDGPICLVLAPTRELAQQVQQVADDYGKCSRLKSTCIYGGAPKGPQIR
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 DLERGVEICIATPGRLIDFLESGKTNLRRCTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DLERGVEICIATPGRLIDFLESGKTNLRRCTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPD
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 RQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDYTQINVGNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDYTQINVGNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQL
350 360 370 380 390 400
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 MEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDLTRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDLTRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKA
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 PILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLKQ
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 ARELIKVLEEANQAINPKLMQLVDHRGGGGGGGKGGRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ARELIKVLEEANQAINPKLMQLVDHRGGGGGGGKGGRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRR
530 540 550 560 570 580
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 LRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAGYANGSGYGSPNSAFGAQAGQYTYGQGTYGAAAYGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAGYANGSGYGSPNSAFGAQAGQYTYGQGTYGAAAYGT
590 600 610 620 630 640
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 SSYTAQEYGAGTYGASSTTSTGRSSQSSSQQFSGIGRSGQQPQPLMSQQFAQPPGATNMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSYTAQEYGAGTYGASSTTSTGRSSQSSSQQFSGIGRSGQQPQPLMSQQFAQPPGATNMI
650 660 670 680 690 700
640 650
pF1KB4 GYMGQTAYQYPPPPPPPPPSRK
::::::::::::::::::::::
NP_001 GYMGQTAYQYPPPPPPPPPSRK
710 720 730
>>NP_006377 (OMIM: 608469) probable ATP-dependent RNA he (729 aa)
initn: 3482 init1: 3348 opt: 4454 Z-score: 3022.5 bits: 569.7 E(85289): 1.3e-161
Smith-Waterman score: 4454; 99.7% identity (99.7% similar) in 652 aa overlap (1-652:80-729)
10 20 30
pF1KB4 MRGGGFGDRDRDRDRGGFGARGGGGLPPKK
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PPSVVTRPEPQALPSPAIRAPLPDLYPFGTMRGGGFGDRDRDRDRGGFGARGGGGLPPKK
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 FGNPGERLRKKKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 FGNPGERLRKKKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKP
110 120 130 140 150 160
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 VFAFHHANFPQYVMDVLMDQHFTEPTPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VFAFHHANFPQYVMDVLMDQHFTEPTPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPA
170 180 190 200 210 220
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 IVHINHQPYLERGDGPICLVLAPTRELAQQVQQVADDYGKCSRLKSTCIYGGAPKGPQIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IVHINHQPYLERGDGPICLVLAPTRELAQQVQQVADDYGKCSRLKSTCIYGGAPKGPQIR
230 240 250 260 270 280
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 DLERGVEICIATPGRLIDFLESGKTNLRRCTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 DLERGVEICIATPGRLIDFLESGKTNLRRCTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPD
290 300 310 320 330 340
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 RQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDYTQINVGNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDYTQINVGNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQL
350 360 370 380 390 400
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 MEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDLTRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDLTRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKA
410 420 430 440 450 460
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 PILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 PILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYPNSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLKQ
470 480 490 500 510 520
460 470 480 490 500 510
pF1KB4 ARELIKVLEEANQAINPKLMQLVDHRGGGGGGGKGGRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRR
::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::
NP_006 ARELIKVLEEANQAINPKLMQLVDHRGGGGGGG--GRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRR
530 540 550 560 570 580
520 530 540 550 560 570
pF1KB4 LRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAGYANGSGYGSPNSAFGAQAGQYTYGQGTYGAAAYGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAGYANGSGYGSPNSAFGAQAGQYTYGQGTYGAAAYGT
590 600 610 620 630 640
580 590 600 610 620 630
pF1KB4 SSYTAQEYGAGTYGASSTTSTGRSSQSSSQQFSGIGRSGQQPQPLMSQQFAQPPGATNMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 SSYTAQEYGAGTYGASSTTSTGRSSQSSSQQFSGIGRSGQQPQPLMSQQFAQPPGATNMI
650 660 670 680 690 700
640 650
pF1KB4 GYMGQTAYQYPPPPPPPPPSRK
::::::::::::::::::::::
NP_006 GYMGQTAYQYPPPPPPPPPSRK
710 720
>>NP_001307525 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RNA (614 aa)
initn: 2426 init1: 2305 opt: 2676 Z-score: 1822.7 bits: 347.4 E(85289): 8.7e-95
Smith-Waterman score: 2721; 68.1% identity (81.1% similar) in 646 aa overlap (4-638:3-612)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MRGGGFGDRDRDRDRGGFGA-RGGGG----LPPKKFGNPGERLRKKKWDLSELPKFEKNF
: .:::: :::: ::: : ::. : ::::::::.: ::::.:.:::::::::
NP_001 MSGYSSDRDRGRDRG-FGAPRFGGSRAGPLSGKKFGNPGEKLVKKKWNLDELPKFEKNF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 YVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKPVFAFHHANFPQYVMDVLMDQHFTEP
: :::..:: : ::. ::.::::::: . :::::. :..:::: ::::. :.::::
NP_001 YQEHPDLARRTAQEVETYRRSKEITVRGHN-CPKPVLNFYEANFPANVMDVIARQNFTEP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 TPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPAIVHINHQPYLERGDGPICLVLAPTR
: :: ::.:.:::: ::::.:::::::::.:::::::::::::.::::::::::::::::
NP_001 TAIQAQGWPVALSGLDMVGVAQTGSGKTLSYLLPAIVHINHQPFLERGDGPICLVLAPTR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 ELAQQVQQVADDYGKCSRLKSTCIYGGAPKGPQIRDLERGVEICIATPGRLIDFLESGKT
:::::::::: .: . ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
NP_001 ELAQQVQQVAAEYCRACRLKSTCIYGGAPKGPQIRDLERGVEICIATPGRLIDFLECGKT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 NLRRCTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPDRQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLRDY
:::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::
NP_001 NLRRTTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPDRQTLMWSATWPKEVRQLAEDFLKDY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 TQINVGNLELSANHNILQIVDVCMESEKDHKLIQLMEEIMAEKENKTIIFVETKRRCDDL
.::.: :::::::::::::::: . :::.:::.::::::.:::::::.:::::::::.:
NP_001 IHINIGALELSANHNILQIVDVCHDVEKDEKLIRLMEEIMSEKENKTIVFVETKRRCDEL
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 TRRMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKAPILIATDVASRGLDVEDVKFVINYD
::.::::::::: ::::::: :::::::::. ::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRKMRRDGWPAMGIHGDKSQQERDWVLNEFKHGKAPILIATDVASRGLDVEDVKFVINYD
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 YPNSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLKQARELIKVLEEANQAINPKLMQLVDH
::::::::.::::::::::. :::::::::.:.::. .::.::.::::::::::.:::.
NP_001 YPNSSEDYIHRIGRTARSTKTGTAYTFFTPNNIKQVSDLISVLREANQAINPKLLQLVED
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 RGGGGGGGKGGRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRRLRGVKDGGRRDSASYRDRSETDRAG
::.: . :.:: : .:. :: : : :: ..::: . ::
NP_001 RGSGRSRGRGG---------------MKDDRRDRYSAG-KRGGF---NTFRDRENYDR--
480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 YANGSGYGSP-NSAFGAQAGQYTYGQGTYGAAAYGTSSYTAQEYGAG---TYGASSTTST
::.: . :::.. .:.:.:: : ..:. .. .:: .. ... :.:
NP_001 -----GYSSLLKRDFGAKT-----QNGVYSAANYTNGSFGSNFVSAGIQTSFRTGNPTGT
520 530 540 550 560
600 610 620 630 640
pF1KB4 GRSSQSSSQQFSGIGRSGQQPQPLMSQQ-FAQPP-GATNMIGYMGQTAYQYPPPPPPPPP
... .:.::. : . . . :.:: .: : .:. :::: :.:
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pF1KB4 SRK
>>NP_001307524 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RNA (614 aa)
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650
pF1KB4 SRK
>>NP_001307526 (OMIM: 180630) probable ATP-dependent RNA (614 aa)
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pF1KB4 K
>>XP_016879601 (OMIM: 613369) PREDICTED: ATP-dependent R (775 aa)
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::.. .:: :.:. .:::. : . :..:.:: . ::::::: ... :::.
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:.. ::... :::.. . : . : . . :. . .....:: : ..:.
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pF1KB4 RMRRDGWPAMCIHGDKSQPERDWVLNEFRSGKAPILIATDVASRGLDVEDVKFVINYDYP
....: .::: .: ::. :...:.. :.:.:::::.::::. ..: :::::
XP_016 NLKQEGHNLGLLHGDMDQSERNKVISDFKKKDIPVLVATDVAARGLDIPSIKTVINYDVA
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pF1KB4 NSSEDYVHRIGRTARSTNKGTAYTFFTPGNLKQARELIKVLEEANQAINPKLMQLV----
. . ..::::::.:. .::.:::..:: . . : .:.. :: ::: .. .:..:.
XP_016 RDIDTHTHRIGRTGRAGEKGVAYTLLTPKDSNFAGDLVRNLEGANQHVSKELLDLAMQNA
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pF1KB4 ---DHRGGGGGGGK----GGRSRYRTTSSANNPNLMYQDECDRRLRGVKDGGRRDSASYR
: :: : : :: :: . .. :. :. . . . .. . .....
XP_016 WFRKSRFKGGKGKKLNIGGGGLGYRERPGLGSENM---DRGNNNVMSNYEAYKPSTGAMG
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pF1KB4 DRSETDRAGYANGSGYGSPNSAFGAQAGQYTYGQGTYGAAAYGTSSYTAQEYGAGTYGAS
:: . .:.. : : .: : : . .. :..: :.:..:. ::. ..
XP_016 DRLTAMKAAFQ--SQY---KSHFVAA----SLSNQKAGSSAAGASGWTS----AGSLNSV
540 550 560 570
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pF1KB4 STTST--GRSSQ-----SSSQQFSGIGRSGQQPQPLMSQQFAQPPGATNMIGYMGQTAYQ
:.:. :..: :... . :.: .:. .. : :..:
XP_016 PTNSAQQGHNSPDSPVTSAAKGIPGFGNTGNISGAPVTYPSAGAQGVNNTASGNNSREGT
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pF1KB4 YPPPPPPPPPSRK
XP_016 GGSNGKRERYTENRGSSRHSHGETGNRHSDSPRHGDGGRHGDGYRHPESSSRHTDGHRHG
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>>NP_031398 (OMIM: 613369) ATP-dependent RNA helicase DD (938 aa)
initn: 1200 init1: 714 opt: 1253 Z-score: 859.3 bits: 169.8 E(85289): 4e-41
Smith-Waterman score: 1264; 36.2% identity (65.6% similar) in 639 aa overlap (9-628:174-789)
10 20 30
pF1KB4 MRGGGFGDRDRDRDRGGFGARGGGGLPPKKFGNPGERL
.....: . . :. : ::. .: .
NP_031 VKGIRDDIEEEDDQEAYFRYMAENPTAGVVQEEEEDNLEYDSDGNPIAPTKKIIDPLPPI
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pF1KB4 RKKKWDLSELPKFEKNFYVEHPEVARLTPYEVDELRRKKEITVRGGDVCPKPVFAFHHAN
... : : :::::: :: :.. ::: .. .::.: .. : :. . :.: .: : .
NP_031 DHSEIDY---PPFEKNFYNEHEEITNLTPQQLIDLRHKLNLRVSGA-APPRPGSSFAHFG
210 220 230 240 250
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pF1KB4 FPQYVMDVLMDQHFTEPTPIQCQGFPLALSGRDMVGIAQTGSGKTLAYLLPAIVHINHQP
: . .: . ...:.:::::::: :.:::::::.:::.:::::: :.. : ..:: :
NP_031 FDEQLMHQIRKSEYTQPTPIQCQGVPVALSGRDMIGIAKTGSGKTAAFIWPMLIHIMDQK
260 270 280 290 300 310
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pF1KB4 YLERGDGPICLVLAPTRELAQQVQQVADDYGKCSRLKSTCIYGGAPKGPQIRDLERGVEI
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NP_031 ELEPGDGPIAVIVCPTRELCQQIHAECKRFGKAYNLRSVAVYGGGSMWEQAKALQEGAEI
320 330 340 350 360 370
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pF1KB4 CIATPGRLIDFLESGKTNLRRCTYLVLDEADRMLDMGFEPQIRKIVDQIRPDRQTLMWSA
. ::::::: ... :::.: .:::.::::::.::::: :.:.:....:::::::..::
NP_031 VVCTPGRLIDHVKKKATNLQRVSYLVFDEADRMFDMGFEYQVRSIASHVRPDRQTLLFSA
380 390 400 410 420 430
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:. :....::.:.: : .. :.. ::... :::.. . : . : . . :. .
NP_031 TFRKKIEKLARDILIDPIRVVQGDIG-EANEDVTQIVEILHSGPSKWNWLTRRLVEFTSS
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XP_016 GNNNVMSNYEAYKPSTGAMGDRLTAMKAAFQ--SQY---KSHFVAA----SLSNQKAGSS
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XP_016 AAGASGWTS----AGSLNSVPTNSAQQGHNSPDSPVTSAAKGIPGFGNTGNISGAPVTYP
730 740 750 760 770 780
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XP_016 SAGAQGVNNTASGNNSREGTGGSNGKRERYTENRGSSRHSHGETGNRHSDSPRHGDGGRH
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]