Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4802
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4802, 1172 aa
1>>>pF1KB4802 1172 - 1172 aa - 1172 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3178+/-0.00121; mu= 15.0189+/- 0.072
mean_var=224.0279+/-43.790, 0's: 0 Z-trim(109.6): 111 B-trim: 77 in 2/50
Lambda= 0.085689
statistics sampled from 10910 (11017) to 10910 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.681), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 4.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1 (1172) 8180 1025.8 0
CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798) 1258 170.3 3.8e-41
CCDS83218.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 ( 772) 1251 169.0 4e-41
CCDS34732.1 LAMB4 gene_id:22798|Hs108|chr7 (1761) 1251 169.4 6.8e-41
CCDS5750.1 LAMB1 gene_id:3912|Hs108|chr7 (1786) 1119 153.1 5.6e-36
CCDS9054.1 NTN4 gene_id:59277|Hs108|chr12 ( 628) 1007 138.7 4.3e-32
CCDS6938.1 LAMC3 gene_id:10319|Hs108|chr9 (1575) 827 116.9 3.8e-25
CCDS33502.1 LAMA5 gene_id:3911|Hs108|chr20 (3695) 823 116.9 9.1e-25
CCDS45838.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3277) 771 110.4 7.3e-23
CCDS42419.1 LAMA3 gene_id:3909|Hs108|chr18 (3333) 771 110.4 7.4e-23
CCDS11148.1 NTN1 gene_id:9423|Hs108|chr17 ( 604) 755 107.5 9.9e-23
CCDS1516.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (1546) 671 97.6 2.4e-19
CCDS1351.1 LAMC1 gene_id:3915|Hs108|chr1 (1609) 669 97.4 2.9e-19
CCDS31025.1 USH2A gene_id:7399|Hs108|chr1 (5202) 671 98.3 5.1e-19
CCDS10469.1 NTN3 gene_id:4917|Hs108|chr16 ( 580) 638 93.0 2.2e-18
CCDS32787.1 LAMA1 gene_id:284217|Hs108|chr18 (3075) 580 86.8 9e-16
CCDS5138.1 LAMA2 gene_id:3908|Hs108|chr6 (3122) 542 82.1 2.4e-14
CCDS33068.1 NTN5 gene_id:126147|Hs108|chr19 ( 489) 514 77.6 8.1e-14
CCDS44180.1 NTNG1 gene_id:22854|Hs108|chr1 ( 539) 477 73.1 2.1e-12
CCDS48010.2 MEGF9 gene_id:1955|Hs108|chr9 ( 602) 464 71.5 6.7e-12
CCDS6946.1 NTNG2 gene_id:84628|Hs108|chr9 ( 530) 456 70.5 1.2e-11
>>CCDS1487.1 LAMB3 gene_id:3914|Hs108|chr1 (1172 aa)
initn: 8180 init1: 8180 opt: 8180 Z-score: 5479.0 bits: 1025.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 8180; 100.0% identity (100.0% similar) in 1172 aa overlap (1-1172:1-1172)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MRPFFLLCFALPGLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCGLTKPETYCTQYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MRPFFLLCFALPGLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCGLTKPETYCTQYG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 EWQMKCCKCDSRQPHNYYSHRVENVASSSGPMRWWQSQNDVNPVSLQLDLDRRFQLQEVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 EWQMKCCKCDSRQPHNYYSHRVENVASSSGPMRWWQSQNDVNPVSLQLDLDRRFQLQEVM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTFPRVRQGRPQSWQDVRCQSLPQRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTFPRVRQGRPQSWQDVRCQSLPQRP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLRVNFTRLAPVPQRGYHPPSAYYA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 NARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLRVNFTRLAPVPQRGYHPPSAYYA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 VSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHDVCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHDVCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 PWRPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAVFAASQGAYGGVCDNCRDHTEGKNCERCQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 PWRPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAVFAASQGAYGGVCDNCRDHTEGKNCERCQL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 HYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKPGFTGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 HYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCDPVTGQCVCKEHVQGERCDLCKPGFTGL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 TYANPQGCHRCDCNILGSRRDMPCDEESGRCLCLPNVVGPKCDQCAPYHWKLASGQGCEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TYANPQGCHRCDCNILGSRRDMPCDEESGRCLCLPNVVGPKCDQCAPYHWKLASGQGCEP
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 CACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREGFGGLMCSAAAIRQCPDRTYGDVATGCRACDCDFRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 CACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREGFGGLMCSAAAIRQCPDRTYGDVATGCRACDCDFRG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 TEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCDQCQRGYCNRYPVCVACHPCFQTYDADLREQALRFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCDQCQRGYCNRYPVCVACHPCFQTYDADLREQALRFG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 RLRNATASLWSGPGLEDRGLASRILDAKSKIEQIRAVLSSPAVTEQEVAQVASAILSLRR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RLRNATASLWSGPGLEDRGLASRILDAKSKIEQIRAVLSSPAVTEQEVAQVASAILSLRR
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 TLQGLQLDLPLEEETLSLPRDLESLDRSFNGLLTMYQRKREQFEKISSADPSGAFRMLST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TLQGLQLDLPLEEETLSLPRDLESLDRSFNGLLTMYQRKREQFEKISSADPSGAFRMLST
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 AYEQSAQAAQQVSDSSRLLDQLRDSRREAERLVRQAGGGGGTGSPKLVALRLEMSSLPDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 AYEQSAQAAQQVSDSSRLLDQLRDSRREAERLVRQAGGGGGTGSPKLVALRLEMSSLPDL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 TPTFNKLCGNSRQMACTPISCPGELCPQDNGTACGSRCRGVLPRAGGAFLMAGQVAEQLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TPTFNKLCGNSRQMACTPISCPGELCPQDNGTACGSRCRGVLPRAGGAFLMAGQVAEQLR
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 GFNAQLQRTRQMIRAAEESASQIQSSAQRLETQVSASRSQMEEDVRRTRLLIQQVRDFLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GFNAQLQRTRQMIRAAEESASQIQSSAQRLETQVSASRSQMEEDVRRTRLLIQQVRDFLT
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 DPDTDAATIQEVSEAVLALWLPTDSATVLQKMNEIQAIAARLPNVDLVLSQTKQDIARAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 DPDTDAATIQEVSEAVLALWLPTDSATVLQKMNEIQAIAARLPNVDLVLSQTKQDIARAR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 RLQAEAEEARSRAHAVEGQVEDVVGNLRQGTVALQEAQDTMQGTSRSLRLIQDRVAEVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 RLQAEAEEARSRAHAVEGQVEDVVGNLRQGTVALQEAQDTMQGTSRSLRLIQDRVAEVQQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 VLRPAEKLVTSMTKQLGDFWTRMEELRHQARQQGAEAVQAQQLAEGASEQALSAQEGFER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 VLRPAEKLVTSMTKQLGDFWTRMEELRHQARQQGAEAVQAQQLAEGASEQALSAQEGFER
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 IKQKYAELKDRLGQSSMLGEQGARIQSVKTEAEELFGETMEMMDRMKDMELELLRGSQAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 IKQKYAELKDRLGQSSMLGEQGARIQSVKTEAEELFGETMEMMDRMKDMELELLRGSQAI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170
pF1KB4 MLRSADLTGLEKRVEQIRDHINGRVLYYATCK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MLRSADLTGLEKRVEQIRDHINGRVLYYATCK
1150 1160 1170
>>CCDS2789.1 LAMB2 gene_id:3913|Hs108|chr3 (1798 aa)
initn: 1824 init1: 489 opt: 1258 Z-score: 852.3 bits: 170.3 E(32554): 3.8e-41
Smith-Waterman score: 1669; 45.1% identity (68.7% similar) in 514 aa overlap (21-511:42-552)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MRPFFLLCFALPGLLHAQQACSRGACYPPVGDLLVGRTRFLRASSTCGLT
::::.::: .:::::::. : :::::::.
CCDS27 QPLPWELRLGLLLSVLAATLAQAPAPDVPGCSRGSCYPATGDLLVGRADRLTASSTCGLN
20 30 40 50 60 70
60 70 80 90 100
pF1KB4 KPETYC-TQYGEWQMKCCKCDSRQPH----NYYSHRVENVASSSGPMR---WWQSQNDVN
:. :: ... . . :: ::::.: : .:::..::..: .:.: ::::.: .
CCDS27 GPQPYCIVSHLQDEKKCFLCDSRRPFSARDNPHSHRIQNVVTSFAPQRRAAWWQSENGIP
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 PVSLQLDLDRRFQLQEVMMEFQGPMPAGMLIERSSDFGKTWRVYQYLAADCTSTFPRVRQ
:..::::. .:.. ...: :. ::.::.:::.:::.::.::.:.. :: . :: :
CCDS27 AVTIQLDLEAEFHFTHLIMTFKTFRPAAMLVERSADFGRTWHVYRYFSYDCGADFPGVPL
140 150 160 170 180 190
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 GRPQSWQDVRCQSLPQRPNARLNGGKVQLNLMDLVSGIPATQSQKIQEVGEITNLRVNFT
. :. :.:: :.: .. . .: .: ..: . :: :..::.. .:::::::.:
CCDS27 APPRHWDDVVCESRYSEIEPSTEG-EVIYRVLDPAIPIPDPYSSRIQNLLKITNLRVNLT
200 210 220 230 240 250
230 240 250 260 270
pF1KB4 RLAPVPQRGYHP-----PSAYYAVSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHD
:: . . : . :::. .: ..:.:::.:::..::: ::: : . .::
CCDS27 RLHTLGDNLLDPRREIREKYYYALYELVVRGNCFCYGHASECAPAPGAPA--HAEGMVHG
260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 VCVCQHNTAGPNCERCAPFYNNRPWRPAEGQDAHECQRCDCNGHSETCHFDPAVFAASQG
.:.:.::: : :::.: :: . :::::: .: :..:.:.::...:::: ::. :: .
CCDS27 ACICKHNTRGLNCEQCQDFYRDLPWRPAEDGHSHACRKCECHGHTHSCHFDMAVYLASGN
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 AYGGVCDNCRDHTEGKNCERCQLHYFRNRRPGASIQETCISCECDPDGAVPGAPCD----
. :::::.:. .: :..:: :. ..:. .: ::.::: :. :. ::
CCDS27 VSGGVCDGCQHNTAGRHCELCRPFFYRDPTKDLRDPAVCRSCDCDPMGSQDGGRCDSHDD
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440
pF1KB4 P----VTGQCVCKEHVQGERCDLCKPGFTGLTYANPQGCHRCDCNILGSRR-DMPCDEES
: :.::: ::::: : ::. :. :: ::. .. ::.::.:: :. . ::: .:
CCDS27 PALGLVSGQCRCKEHVVGTRCQQCRDGFFGLSISDRLGCRRCQCNARGTVPGSTPCDPNS
430 440 450 460 470 480
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 GRCLCLPNVVGPKCDQCAPYHWKLASGQ-GCEPCACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREGFG
: : : :.: ::.: : :: :. ::.:: :: ..:.:::.. :::: ::. .
CCDS27 GSCYCKRLVTGRGCDRCLPGHWGLSHDLLGCRPCDCDVGGALDPQCDEGTGQCHCRQHMV
490 500 510 520 530 540
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 GLMCSAAAIRQCPDRTYGDVATGCRACDCDFRGTEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCDQC
: :
CCDS27 GRRCEQVQPGYFRPFLDHLIWEAEDTRGQVLDVVERLVTPGETPSWTGSGFVRLQEGQTL
550 560 570 580 590 600
>--
initn: 1115 init1: 382 opt: 1563 Z-score: 1056.0 bits: 208.0 E(32554): 1.7e-52
Smith-Waterman score: 1563; 32.1% identity (58.4% similar) in 967 aa overlap (250-1172:877-1798)
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 NFTRLAPVPQRGYHPPSAYYAVSQLRLQGSCFCHGHADRCAPKPGASAGPSTAVQVHDVC
: :.::::.: . :: :
CCDS27 SGQCLCRTGAFGLRCDRCQRGQWGFPSCRPCVCNGHADECNTHTGACLG-----------
850 860 870 880 890
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 VCQHNTAGPNCERCAPFYNNRPWRPAEGQDAHECQRCDC-NGHSETCHFDPAVFAASQGA
:. .:.: .:::: ... : : :: :. : : .: . :: . . :
CCDS27 -CRDHTGGEHCERCIAGFHGDPRLPYGGQ----CRPCPCPEGPGSQRHF---ATSCHQDE
900 910 920 930 940
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 YGG--VCDNCRDHTEGKNCERCQLHYFRN-RRPGASIQETCISCEC--DPDGAVPGAPCD
:. :: .:: : :: : .: . :::. : ::: . : : : ::
CCDS27 YSQQIVC-HCRAGYTGLRCEACAPGHFGDPSRPGGR----CQLCECSGNIDPMDPDA-CD
950 960 970 980 990 1000
400 410 420 430 440
pF1KB4 PVTGQCV-CKEHVQGERCDLCKPGFTGLTYANPQGCHRCDCNILGSR-RDMP------CD
: ::::. : .:..: .: ::::: : : :.:::: ::.::. .. : ::
CCDS27 PHTGQCLRCLHHTEGPHCAHCKPGFHG--QAARQSCHRCTCNLLGTNPQQCPSPDQCHCD
1010 1020 1030 1040 1050
450 460 470 480 490 500
pF1KB4 EESGRCLCLPNVVGPKCDQCAPYHWKLASGQGCEPCACDPHNSLSPQCNQFTGQCPCREG
::.: ::::: ::.::.::: :.:.::.::.:::: : . .: ::.::::: :: :
CCDS27 PSSGQCPCLPNVQGPSCDRCAPNFWNLTSGHGCQPCACHPSRARGPTCNEFTGQCHCRAG
1060 1070 1080 1090 1100 1110
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 FGGLMCSAAAIRQCPDRTYGDVATGCRACDCDFRGTEGPGCDKASGRCLCRPGLTGPRCD
::: :: .: . .:: . :.::::: :: . : : . .:.: ::::..: :::
CCDS27 FGGRTCS-----ECQELHWGDPGLQCHACDCDSRGIDTPQCHRFTGHCSCRPGVSGVRCD
1120 1130 1140 1150 1160 1170
570 580 590 600 610 620
pF1KB4 QCQRGYCNRYPVCVACHPCFQTYDADLREQALRFGRLRNATASLWSGPGLEDRGLASRIL
:: ::. . .:.: :: :: .: ... : : ::.. . : . : .. : .
CCDS27 QCARGFSGIFPACHPCHACFGDWDRVVQDLAARTQRLEQRAQELQQTGVL--GAFESSFW
1180 1190 1200 1210 1220 1230
630 640 650 660 670
pF1KB4 DAKSKIEQIRAVLSSPAVTEQEVAQVASAILSLRRT-------LQGLQLDLP-LEEETLS
. :. ....... .. .::.. : ::: : :. :: ...:...
CCDS27 HMQEKLGIVQGIVGARNTSAASTAQLVEATEELRREIGEATEHLTQLEADLTDVQDENFN
1240 1250 1260 1270 1280 1290
680 690 700 710 720 730
pF1KB4 LPRDLESLDRSFNGL-LTMYQRKREQFEKISSADPSGAFRMLSTAYEQSAQAAQQVSDSS
. : .:.:. .: ::. : .... .. .. ::. . :. :::.: .... :.
CCDS27 ANHALSGLERDRLALNLTLRQLD-QHLDLLKHSNFLGAYDSIRHAHSQSAEAERRANTSA
1300 1310 1320 1330 1340 1350
740 750 760 770 780
pF1KB4 RLLDQ-LRDSRREAERLVRQAGGGGGTGSPKLVALRLEMSSLPDLTPTF-----NKL-CG
. . . .: .: . . : .: . ...: : :. :.: ::
CCDS27 LAVPSPVSNSASARHRTEALMDAQKEDFNSKHMANQRALGKLSAHTHTLSLTDINELVCG
1360 1370 1380 1390 1400 1410
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 NSRQMACTPISCPGELCPQDNGTACGSRCRGVLPRAGGAFLMAGQVAEQLRGFNAQLQRT
. :. : : : ...: :: :. .:: : . . : .:.:::.
CCDS27 APGDAPCATSPCGGAGCRDEDGQP---RCGGL--SCNGAAATADLALGRARHTQAELQRA
1420 1430 1440 1450 1460
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 RQ-----MIRAAE--ESASQIQSSAQRLETQVSASRSQMEEDVRRTRLLIQQVRDFLTDP
. :.:: ..::. :. :: ...:::.:.:. .. . :::.:.:::..
CCDS27 LAEGGSILSRVAETRRQASEAQQRAQAALDKANASRGQVEQANQELQELIQSVKDFLNQE
1470 1480 1490 1500 1510 1520
910 920 930 940 950
pF1KB4 DTDAATIQEVSEAVLALWLPTDSATVLQKMNEIQAIAAR---LPNVDLVLSQTKQDIARA
.: .:. :. :: : .:. :: .:.. ::: : : .:: .:..: :. ::
CCDS27 GADPDSIEMVATRVLELSIPA-SAEQIQHLA--GAIAERVRSLADVDAILARTVGDVRRA
1530 1540 1550 1560 1570 1580
960 970 980 990 1000 1010
pF1KB4 RRLQAEAEEARSRAHAVEGQVEDVVGNLRQGTVALQEAQDTMQGTSRSLRLIQDRVAEVQ
..: .:..::: :. . ..: : . :... : :: ...:. . : .. . .::
CCDS27 EQLLQDARRARSWAEDEKQKAETVQAALEEAQRAQGIAQGAIRGAVADTRDTEQTLYQVQ
1590 1600 1610 1620 1630 1640
1020 1030 1040 1050 1060 1070
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. . ::. ..: .. .. . .: :. . .. : :.. : .:. .: :.. ..
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CCDS42 NAI--DGSERWWQSPPLSSGTQYNRVNLTLDLGQLFHVAYILIKFANSPRPDLWVLERSV
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CCDS42 SLINGRPGAKNFTFSHTLREFTKATNIRLRFLRTNTLLGHLISKAQRDPTVTRRYYYSIK
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CCDS42 DISIGGQCVCNGHAEVCNIN-----NPEKLFR----CECQHHTCGETCDRCCTGYNQRRW
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420 430 440 450
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CCDS42 LSGAYDFPHCQGSSSACDPAGT----INSNLGYCQCKLHVEGPTCSRCKLLYWNLDKENP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]