Result of FASTA (ccds) for pF1KB4815
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4815, 1474 aa
  1>>>pF1KB4815 1474 - 1474 aa - 1474 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1070+/-0.00128; mu= 18.6435+/- 0.077
 mean_var=69.3564+/-13.995, 0's: 0 Z-trim(100.4): 28  B-trim: 0 in 0/48
 Lambda= 0.154004
 statistics sampled from 6078 (6092) to 6078 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.525), E-opt: 0.2 (0.187), width:  16
 Scan time:  5.500

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS44827.1 A2M gene_id:2|Hs108|chr12              (1474) 9657 2155.9       0
CCDS8600.1 PZP gene_id:5858|Hs108|chr12            (1482) 5205 1166.7       0
CCDS8596.2 A2ML1 gene_id:144568|Hs108|chr12        (1454) 2928 660.8 8.4e-189
CCDS73439.1 A2ML1 gene_id:144568|Hs108|chr12       ( 963) 2058 467.5 8.8e-131
CCDS55039.1 CD109 gene_id:135228|Hs108|chr6        (1368)  970 225.8 7.1e-58
CCDS55038.1 CD109 gene_id:135228|Hs108|chr6        (1428)  970 225.8 7.4e-58
CCDS4982.1 CD109 gene_id:135228|Hs108|chr6         (1445)  970 225.8 7.5e-58
CCDS42519.1 CPAMD8 gene_id:27151|Hs108|chr19       (1932)  971 226.0 8.5e-58
CCDS6826.1 C5 gene_id:727|Hs108|chr9               (1676)  554 133.4 5.8e-30
CCDS32883.1 C3 gene_id:718|Hs108|chr19             (1663)  540 130.2 4.9e-29
CCDS47405.1 C4B gene_id:721|Hs108|chr6             (1744)  540 130.3 5.2e-29
CCDS59005.1 C4A gene_id:720|Hs108|chr6             (1698)  536 129.4 9.3e-29
CCDS47404.1 C4A gene_id:720|Hs108|chr6             (1744)  536 129.4 9.6e-29


>>CCDS44827.1 A2M gene_id:2|Hs108|chr12                   (1474 aa)
 initn: 9657 init1: 9657 opt: 9657  Z-score: 11582.9  bits: 2155.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 9657; 99.9% identity (100.0% similar) in 1474 aa overlap (1-1474:1-1474)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MGKNKLLHPSLVLLLLVLLPTDASVSGKPQYMVLVPSLLHTETTEKGCVLLSYLNETVTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MGKNKLLHPSLVLLLLVLLPTDASVSGKPQYMVLVPSLLHTETTEKGCVLLSYLNETVTV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 SASLESVRGNRSLFTDLEAENDVLHCVAFAVPKSSSNEEVMFLTVQVKGPTQEFKKRTTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SASLESVRGNRSLFTDLEAENDVLHCVAFAVPKSSSNEEVMFLTVQVKGPTQEFKKRTTV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 MVKNEDSLVFVQTDKSIYKPGQTVKFRVVSMDENFHPLNELIPLVYIQDPKGNRIAQWQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MVKNEDSLVFVQTDKSIYKPGQTVKFRVVSMDENFHPLNELIPLVYIQDPKGNRIAQWQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 FQLEGGLKQFSFPLSSEPFQGSYKVVVQKKSGGRTEHPFTVEEFVLPKFEVQVTVPKIIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FQLEGGLKQFSFPLSSEPFQGSYKVVVQKKSGGRTEHPFTVEEFVLPKFEVQVTVPKIIT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 ILEEEMNVSVCGLYTYGKPVPGHVTVSICRKYSDASDCHGEDSQAFCEKFSGQLNSHGCF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ILEEEMNVSVCGLYTYGKPVPGHVTVSICRKYSDASDCHGEDSQAFCEKFSGQLNSHGCF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 YQQVKTKVFQLKRKEYEMKLHTEAQIQEEGTVVELTGRQSSEITRTITKLSFVKVDSHFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YQQVKTKVFQLKRKEYEMKLHTEAQIQEEGTVVELTGRQSSEITRTITKLSFVKVDSHFR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 QGIPFFGQVRLVDGKGVPIPNKVIFIRGNEANYYSNATTDEHGLVQFSINTTNVMGTSLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 QGIPFFGQVRLVDGKGVPIPNKVIFIRGNEANYYSNATTDEHGLVQFSINTTNVMGTSLT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 VRVNYKDRSPCYGYQWVSEEHEEAHHTAYLVFSPSKSFVHLEPMSHELPCGHTQTVQAHY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VRVNYKDRSPCYGYQWVSEEHEEAHHTAYLVFSPSKSFVHLEPMSHELPCGHTQTVQAHY
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 ILNGGTLLGLKKLSFYYLIMAKGGIVRTGTHGLLVKQEDMKGHFSISIPVKSDIAPVARL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ILNGGTLLGLKKLSFYYLIMAKGGIVRTGTHGLLVKQEDMKGHFSISIPVKSDIAPVARL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 LIYAVLPTGDVIGDSAKYDVENCLANKVDLSFSPSQSLPASHAHLRVTAAPQSVCALRAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LIYAVLPTGDVIGDSAKYDVENCLANKVDLSFSPSQSLPASHAHLRVTAAPQSVCALRAV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 DQSVLLMKPDAELSASSVYNLLPEKDLTGFPGPLNDQDDEDCINRHNVYINGITYTPVSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS44 DQSVLLMKPDAELSASSVYNLLPEKDLTGFPGPLNDQDNEDCINRHNVYINGITYTPVSS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 TNEKDMYSFLEDMGLKAFTNSKIRKPKMCPQLQQYEMHGPEGLRVGFYESDVMGRGHARL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TNEKDMYSFLEDMGLKAFTNSKIRKPKMCPQLQQYEMHGPEGLRVGFYESDVMGRGHARL
              670       680       690       700       710       720

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pF1KB4 VHVEEPHTETVRKYFPETWIWDLVVVNSAGVAEVGVTVPDTITEWKAGAFCLSEDAGLGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VHVEEPHTETVRKYFPETWIWDLVVVNSAGVAEVGVTVPDTITEWKAGAFCLSEDAGLGI
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 SSTASLRAFQPFFVELTMPYSVIRGEAFTLKATVLNYLPKCIRVSVQLEASPAFLAVPVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SSTASLRAFQPFFVELTMPYSVIRGEAFTLKATVLNYLPKCIRVSVQLEASPAFLAVPVE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 KEQVPHCICANGRQTVSWAVTPKSLGNVNFTVSAEALESQELCGTEVPSVPEHGRKDTVI
       :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KEQAPHCICANGRQTVSWAVTPKSLGNVNFTVSAEALESQELCGTEVPSVPEHGRKDTVI
              850       860       870       880       890       900

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pF1KB4 KPLLVEPEGLEKETTFNSLLCPSGGEVSEELSLKLPPNVVEESARASVSVLGDILGSAMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KPLLVEPEGLEKETTFNSLLCPSGGEVSEELSLKLPPNVVEESARASVSVLGDILGSAMQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 NTQNLLQMPYGCGEQNMVLFAPNIYVLDYLNETQQLTPEIKSKAIGYLNTGYQRQLNYKH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 NTQNLLQMPYGCGEQNMVLFAPNIYVLDYLNETQQLTPEIKSKAIGYLNTGYQRQLNYKH
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 YDGSYSTFGERYGRNQGNTWLTAFVLKTFAQARAYIFIDEAHITQALIWLSQRQKDNGCF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YDGSYSTFGERYGRNQGNTWLTAFVLKTFAQARAYIFIDEAHITQALIWLSQRQKDNGCF
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             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB4 RSSGSLLNNAIKGGVEDEVTLSAYITIALLEIPLTVTHPVVRNALFCLESAWKTAQEGDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RSSGSLLNNAIKGGVEDEVTLSAYITIALLEIPLTVTHPVVRNALFCLESAWKTAQEGDH
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

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pF1KB4 GSHVYTKALLAYAFALAGNQDKRKEVLKSLNEEAVKKDNSVHWERPQKPKAPVGHFYEPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GSHVYTKALLAYAFALAGNQDKRKEVLKSLNEEAVKKDNSVHWERPQKPKAPVGHFYEPQ
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KB4 APSAEVEMTSYVLLAYLTAQPAPTSEDLTSATNIVKWITKQQNAQGGFSSTQDTVVALHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 APSAEVEMTSYVLLAYLTAQPAPTSEDLTSATNIVKWITKQQNAQGGFSSTQDTVVALHA
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KB4 LSKYGAATFTRTGKAAQVTIQSSGTFSSKFQVDNNNRLLLQQVSLPELPGEYSMKVTGEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LSKYGAATFTRTGKAAQVTIQSSGTFSSKFQVDNNNRLLLQQVSLPELPGEYSMKVTGEG
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KB4 CVYLQTSLKYNILPEKEEFPFALGVQTLPQTCDEPKAHTSFQISLSVSYTGSRSASNMAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 CVYLQTSLKYNILPEKEEFPFALGVQTLPQTCDEPKAHTSFQISLSVSYTGSRSASNMAI
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KB4 VDVKMVSGFIPLKPTVKMLERSNHVSRTEVSSNHVLIYLDKVSNQTLSLFFTVLQDVPVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VDVKMVSGFIPLKPTVKMLERSNHVSRTEVSSNHVLIYLDKVSNQTLSLFFTVLQDVPVR
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470    
pF1KB4 DLKPAIVKVYDYYETDEFAIAEYNAPCSKDLGNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 DLKPAIVKVYDYYETDEFAIAEYNAPCSKDLGNA
             1450      1460      1470    

>>CCDS8600.1 PZP gene_id:5858|Hs108|chr12                 (1482 aa)
 initn: 5688 init1: 4044 opt: 5205  Z-score: 6237.1  bits: 1166.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6991; 72.5% identity (88.2% similar) in 1481 aa overlap (1-1470:1-1476)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MGKNKLLHPSLVLLLLVLLPTDASVSGKPQYMVLVPSLLHTETTEKGCVLLSYLNETVTV
       : :..:::  :::::..:  .:.. : .::::::::::::::. .:::::::.:::::::
CCDS86 MRKDRLLHLCLVLLLILLSASDSN-STEPQYMVLVPSLLHTEAPKKGCVLLSHLNETVTV
               10        20         30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 SASLESVRGNRSLFTDLEAENDVLHCVAFAVPKSSSNEEVMFLTVQVKGPTQEFKKRTTV
       :::::: : :::::::: ::.:..:::.:..:. :.. :: ::..:.:::::.:.::.::
CCDS86 SASLESGRENRSLFTDLVAEKDLFHCVSFTLPRISASSEVAFLSIQIKGPTQDFRKRNTV
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 MVKNEDSLVFVQTDKSIYKPGQTVKFRVVSMDENFHPLNELIPLVYIQDPKGNRIAQWQS
       .: : .::::::::: .:::::::.:::::.::::.: ::::::.:...:. ::::::::
CCDS86 LVLNTQSLVFVQTDKPMYKPGQTVRFRVVSVDENFRPRNELIPLIYLENPRRNRIAQWQS
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 FQLEGGLKQFSFPLSSEPFQGSYKVVVQKKSGGRTEHPFTVEEFVLPKFEVQVTVPKIIT
       ..::.:..:.::::::::.::::.:::: .:::: .:::::::::::::::.: :::::.
CCDS86 LKLEAGINQLSFPLSSEPIQGSYRVVVQTESGGRIQHPFTVEEFVLPKFEVKVQVPKIIS
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CCDS32 LQEAKDICEEQV--NSL-----PGSITKAGDFLEANYMNLQRSYTVAIAGYALAQMGRLK
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CCDS32 SSKITHRIHWESASLLRSEETKENEG-FTVTAEGKGQGTLSVVTMYHAKAKDQLTCNKFD
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