Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4877
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4877, 806 aa
1>>>pF1KB4877 806 - 806 aa - 806 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6206+/-0.00103; mu= 2.7408+/- 0.062
mean_var=275.4150+/-54.581, 0's: 0 Z-trim(113.6): 44 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.077282
statistics sampled from 14141 (14176) to 14141 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.741), E-opt: 0.2 (0.435), width: 16
Scan time: 4.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31081.1 HNRNPU gene_id:3192|Hs108|chr1 ( 806) 5525 629.9 5.2e-180
CCDS41479.1 HNRNPU gene_id:3192|Hs108|chr1 ( 825) 4236 486.2 9.7e-137
CCDS12576.1 HNRNPUL1 gene_id:11100|Hs108|chr19 ( 856) 1966 233.1 1.5e-60
CCDS12577.1 HNRNPUL1 gene_id:11100|Hs108|chr19 ( 756) 1944 230.6 7.7e-60
CCDS82351.1 HNRNPUL1 gene_id:11100|Hs108|chr19 ( 767) 1944 230.6 7.8e-60
CCDS41659.1 HNRNPUL2 gene_id:221092|Hs108|chr11 ( 747) 1802 214.7 4.4e-55
>>CCDS31081.1 HNRNPU gene_id:3192|Hs108|chr1 (806 aa)
initn: 5525 init1: 5525 opt: 5525 Z-score: 3345.2 bits: 629.9 E(32554): 5.2e-180
Smith-Waterman score: 5525; 100.0% identity (100.0% similar) in 806 aa overlap (1-806:1-806)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSSSPVNVKKLKVSELKEELKKRRLSDKGLKAELMERLQAALDDEEAGGRPAMEPGNGSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MSSSPVNVKKLKVSELKEELKKRRLSDKGLKAELMERLQAALDDEEAGGRPAMEPGNGSL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DLGGDSAGRSGAGLEQEAAAGGDEEEEEEEEEEEGISALDGDQMELGEENGAAGAADSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DLGGDSAGRSGAGLEQEAAAGGDEEEEEEEEEEEGISALDGDQMELGEENGAAGAADSGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MEEEEAASEDENGDDQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQQRGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MEEEEAASEDENGDDQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQQRGAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KEAAGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGGDGKTEQKGGDKKRGVKRPREDHGRGYFE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KEAAGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGGDGKTEQKGGDKKRGVKRPREDHGRGYFE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 YIEENKYSRAKSPQPPVEEEDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFKISRDRLSASSLTMESFAFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YIEENKYSRAKSPQPPVEEEDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFKISRDRLSASSLTMESFAFL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 WAGGRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVRIGWSLTTSGMLLGEEEFSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 WAGGRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVRIGWSLTTSGMLLGEEEFSY
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 GYSLKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFESDEVELSYAKNGQDLGVAFKISKEVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GYSLKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFESDEVELSYAKNGQDLGVAFKISKEVL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 AGRPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVPLEDRVRGPKGPEEKKDCEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AGRPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVPLEDRVRGPKGPEEKKDCEV
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 VMMIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGKYNILGTNTIMDKMMVAGFKKQMADTGKLNTLLQRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VMMIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGKYNILGTNTIMDKMMVAGFKKQMADTGKLNTLLQRA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 PQCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQRKAVVVCPKDEDYKQRTQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PQCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQRKAVVVCPKDEDYKQRTQK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 KAEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKEEAQKLLEQYKEESKKALPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 KAEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKEEAQKLLEQYKEESKKALPP
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 EKKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRGRGGFNMRGGNFRGGAPGNRGGYNRRGNMPQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EKKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRGRGGFNMRGGNFRGGAPGNRGGYNRRGNMPQR
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 GGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRGNYNQNFRGRGNNRGYKNQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRGNYNQNFRGRGNNRGYKNQS
730 740 750 760 770 780
790 800
pF1KB4 QGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
790 800
>>CCDS41479.1 HNRNPU gene_id:3192|Hs108|chr1 (825 aa)
initn: 4147 init1: 4147 opt: 4236 Z-score: 2568.4 bits: 486.2 E(32554): 9.7e-137
Smith-Waterman score: 5477; 97.7% identity (97.7% similar) in 825 aa overlap (1-806:1-825)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSSSPVNVKKLKVSELKEELKKRRLSDKGLKAELMERLQAALDDEEAGGRPAMEPGNGSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MSSSPVNVKKLKVSELKEELKKRRLSDKGLKAELMERLQAALDDEEAGGRPAMEPGNGSL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DLGGDSAGRSGAGLEQEAAAGGDEEEEEEEEEEEGISALDGDQMELGEENGAAGAADSGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DLGGDSAGRSGAGLEQEAAAGGDEEEEEEEEEEEGISALDGDQMELGEENGAAGAADSGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MEEEEAASEDENGDDQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQQRGAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MEEEEAASEDENGDDQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQQRGAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB4 KEAAGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGG-------------------DGKTEQKGG
:::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
CCDS41 KEAAGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGGKKKAEGGGGGGRPGAPAAGDGKTEQKGG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 DKKRGVKRPREDHGRGYFEYIEENKYSRAKSPQPPVEEEDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DKKRGVKRPREDHGRGYFEYIEENKYSRAKSPQPPVEEEDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFK
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 ISRDRLSASSLTMESFAFLWAGGRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ISRDRLSASSLTMESFAFLWAGGRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVR
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 IGWSLTTSGMLLGEEEFSYGYSLKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFESDEVELS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IGWSLTTSGMLLGEEEFSYGYSLKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFESDEVELS
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 YAKNGQDLGVAFKISKEVLAGRPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 YAKNGQDLGVAFKISKEVLAGRPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVP
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 LEDRVRGPKGPEEKKDCEVVMMIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGKYNILGTNTIMDKMMVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LEDRVRGPKGPEEKKDCEVVMMIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGKYNILGTNTIMDKMMVA
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB4 GFKKQMADTGKLNTLLQRAPQCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GFKKQMADTGKLNTLLQRAPQCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQ
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KB4 RKAVVVCPKDEDYKQRTQKKAEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 RKAVVVCPKDEDYKQRTQKKAEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKE
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KB4 EAQKLLEQYKEESKKALPPEKKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRGRGGFNMRGGNFR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EAQKLLEQYKEESKKALPPEKKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRGRGGFNMRGGNFR
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KB4 GGAPGNRGGYNRRGNMPQRGGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GGAPGNRGGYNRRGNMPQRGGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRG
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800
pF1KB4 NYNQNFRGRGNNRGYKNQSQGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NYNQNFRGRGNNRGYKNQSQGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
790 800 810 820
>>CCDS12576.1 HNRNPUL1 gene_id:11100|Hs108|chr19 (856 aa)
initn: 1505 init1: 715 opt: 1966 Z-score: 1200.3 bits: 233.1 E(32554): 1.5e-60
Smith-Waterman score: 2136; 47.2% identity (70.0% similar) in 781 aa overlap (6-779:1-695)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MSSSPVNVKKLKVSELKEELKKRRLSDKGLKAELMERLQAALDDEEAGGRPAMEPGNGSL
..:..:::.::.:::..: :. .:::::: :::::::. :: : : :
CCDS12 MDVRRLKVNELREELQRRGLDTRGLKAELAERLQAALEAEE----PDDER---EL
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 DLGGDSAGRSGAGLEQEAAAGGDEEEEEEEEEEEGISALDGDQMELGEENGAAGAADSGP
: . : :: : :. . ::.: : . :.. .: .: .: .:
CCDS12 D-ADDEPGRPGHINEEVETEGGSELEGTAQPPPPGLQPH-------AEPGGYSG--PDGH
50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MEEEEAASEDENGDDQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQQRGAA
. .. . ... : : ... :.: : :.. : ..:: : :
CCDS12 YAMDNITRQNQFYDTQVIKQ-ENESGYERR---------------PLEMEQQ-QAYRPEM
100 110 120 130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KEAAGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGGDGKTEQKGGDKKRGVKRPREDHGRGYFE
: :...:::.. :: : : . . .:. ..:: . :..::::::
CCDS12 KTEM-KQGAPTSFL-----PPEASQLKPD-------RQQFQSRKRPYE---ENRGRGYFE
150 160 170 180
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 YIEENKYSRAKSPQPPVEEEDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFKISRDRLSASSLTMESFAFL
. :. :..:::::.::... ::::.: .::::::::::..::: :. ::.:.::.:
CCDS12 HRED---RRGRSPQPPAEEDEDDFDDTLVAIDTYNCDLHFKVARDRSSGYPLTIEGFAYL
190 200 210 220 230 240
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 WAGGRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVRIGWSLTTSGMLLGEEEFSY
:.:.:::::: .:.::::::..:.: :.:: . . : : ::::::: . . :::: :::
CCDS12 WSGARASYGVRRGRVCFEMKINEEISVKHLPSTEPDPHVVRIGWSLDSCSTQLGEEPFSY
250 260 270 280 290 300
370 380 390 400 410
pF1KB4 GYSLKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFE-SDEVELSYAKNGQDLGVAFKISKEV
::. : :. : . :.::.:: ::::: :::.:: ...::::..:::. .:.::.:.::.
CCDS12 GYGGTGKKSTNSRFENYGDKFAENDVIGCFADFECGNDVELSFTKNGKWMGIAFRIQKEA
310 320 330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 LAGRPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVPLEDRVRGPKGPEEKKDCE
:.:. :.:::: .::::::::::. .:: . .::::..:: .:.:: ::. : .::
CCDS12 LGGQALYPHVLVKNCAVEFNFGQRAEPYCSVLPGFTFIQHLPLSERIRGTVGPKSKAECE
370 380 390 400 410 420
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 VVMMIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGK-YNILGTNTIMDKMMVAGFKKQMADTGKLNTLLQ
..::.:::.::::::. :::: ::.: :::::::.::::: : :...: .:. ..:.:
CCDS12 ILMMVGLPAAGKTTWAIKHAASNPSKKYNILGTNAIMDKMRVMGLRRQRNYAGRWDVLIQ
430 440 450 460 470 480
540 550 560 570 580 590
pF1KB4 RAPQCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQRKAVVVCPKDEDYKQRT
.: :::...:.::::::::.::::::: ..:::::: : ::::::.:.:: ::: :.::
CCDS12 QATQCLNRLIQIAARKKRNYILDQTNVYGSAQRRKMRPFEGFQRKAIVICPTDEDLKDRT
490 500 510 520 530 540
600 610 620 630 640 650
pF1KB4 QKKAEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKEEAQKLLEQYKEESKKAL
:... ::::.:.::::.::.:::::.:.. .::. ..:::.:::.::..::.::..::
CCDS12 IKRTDEEGKDVPDHAVLEMKANFTLPDVGDFLDEVLFIELQREEADKLVRQYNEEGRKAG
550 560 570 580 590 600
660 670 680 690 700 710
pF1KB4 PPEKKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRGRGGFNMRGGNF-----RGGAPGNRGGYNR
:: .: . .:.. ::: ::::: ::.: :: :::::..
CCDS12 PPPEK-----RFDNRG---------GGGFRGRGG----GGGFQRYENRGPPGGNRGGFQ-
610 620 630 640
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 RGNMPQRGGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRGNYNQNFRGRGNN
.::::.::.:. . :. : :.::. :: : :: : :.: :: . :
CCDS12 -----NRGGGSGGGGNYRGGFNRS----GGGGYSQ----NRWGNNNRDNNNSNNRG-SYN
650 660 670 680
780 790 800
pF1KB4 RGYKNQSQGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
:. ..:
CCDS12 RAPQQQPPPQQPPPPQPPPQQPPPPPSYSPARNPPGASTYNKNSNIPGSSANTSTPTVSS
690 700 710 720 730 740
>>CCDS12577.1 HNRNPUL1 gene_id:11100|Hs108|chr19 (756 aa)
initn: 1430 init1: 715 opt: 1944 Z-score: 1187.8 bits: 230.6 E(32554): 7.7e-60
Smith-Waterman score: 1993; 50.7% identity (74.2% similar) in 633 aa overlap (154-779:20-595)
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EEAASEDENGDDQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQQRGAAKEA
.:.:. :..: ...: : : :
CCDS12 MDNITRQNQFYDTQVIKQENESGY-ERRP----LEMEQQQAYRPEMKTE
10 20 30 40
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGGDGKTEQKGGDKKRGVKRPREDHGRGYFEYIE
:...:::.. :: : : . . .:. ..:: . :..::::::. :
CCDS12 M-KQGAPTSFL-----PPEASQLKPD-------RQQFQSRKRPYE---ENRGRGYFEHRE
50 60 70 80
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 ENKYSRAKSPQPPVEEEDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFKISRDRLSASSLTMESFAFLWAG
. :..:::::.::... ::::.: .::::::::::..::: :. ::.:.::.::.:
CCDS12 DR---RGRSPQPPAEEDEDDFDDTLVAIDTYNCDLHFKVARDRSSGYPLTIEGFAYLWSG
90 100 110 120 130 140
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVRIGWSLTTSGMLLGEEEFSYGYS
.:::::: .:.::::::..:.: :.:: . . : : ::::::: . . :::: :::::.
CCDS12 ARASYGVRRGRVCFEMKINEEISVKHLPSTEPDPHVVRIGWSLDSCSTQLGEEPFSYGYG
150 160 170 180 190 200
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 LKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFE-SDEVELSYAKNGQDLGVAFKISKEVLAG
: :. : . :.::.:: ::::: :::.:: ...::::..:::. .:.::.:.::.:.:
CCDS12 GTGKKSTNSRFENYGDKFAENDVIGCFADFECGNDVELSFTKNGKWMGIAFRIQKEALGG
210 220 230 240 250 260
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVPLEDRVRGPKGPEEKKDCEVVM
. :.:::: .::::::::::. .:: . .::::..:: .:.:: ::. : .::..:
CCDS12 QALYPHVLVKNCAVEFNFGQRAEPYCSVLPGFTFIQHLPLSERIRGTVGPKSKAECEILM
270 280 290 300 310 320
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 MIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGK-YNILGTNTIMDKMMVAGFKKQMADTGKLNTLLQRAP
:.:::.::::::. :::: ::.: :::::::.::::: : :...: .:. ..:.:.:
CCDS12 MVGLPAAGKTTWAIKHAASNPSKKYNILGTNAIMDKMRVMGLRRQRNYAGRWDVLIQQAT
330 340 350 360 370 380
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 QCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQRKAVVVCPKDEDYKQRTQKK
:::...:.::::::::.::::::: ..:::::: : ::::::.:.:: ::: :.:: :.
CCDS12 QCLNRLIQIAARKKRNYILDQTNVYGSAQRRKMRPFEGFQRKAIVICPTDEDLKDRTIKR
390 400 410 420 430 440
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 AEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKEEAQKLLEQYKEESKKALPPE
.. ::::.:.::::.::.:::::.:.. .::. ..:::.:::.::..::.::..:: ::
CCDS12 TDEEGKDVPDHAVLEMKANFTLPDVGDFLDEVLFIELQREEADKLVRQYNEEGRKAGPPP
450 460 470 480 490 500
670 680 690 700 710
pF1KB4 KKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRGRGGFNMRGGNF-----RGGAPGNRGGYNRRGN
.: . .:.. ::: ::::: ::.: :: :::::..
CCDS12 EK-----RFDNRG---------GGGFRGRGG----GGGFQRYENRGPPGGNRGGFQ----
510 520 530 540
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 MPQRGGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRGNYNQNFRGRGNNRGY
.::::.::.:. . :. : :.::. :: : :: : :.: :: . ::.
CCDS12 --NRGGGSGGGGNYRGGFNRS----GGGGYSQ----NRWGNNNRDNNNSNNRG-SYNRAP
550 560 570 580 590
780 790 800
pF1KB4 KNQSQGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
..:
CCDS12 QQQPPPQQPPPPQPPPQQPPPPPSYSPARNPPGASTYNKNSNIPGSSANTSTPTVSSYSP
600 610 620 630 640 650
>>CCDS82351.1 HNRNPUL1 gene_id:11100|Hs108|chr19 (767 aa)
initn: 1430 init1: 715 opt: 1944 Z-score: 1187.7 bits: 230.6 E(32554): 7.8e-60
Smith-Waterman score: 1993; 50.7% identity (74.2% similar) in 633 aa overlap (154-779:31-606)
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EEAASEDENGDDQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQQRGAAKEA
.:.:. :..: ...: : : :
CCDS82 MRSWAFSYLDAMDNITRQNQFYDTQVIKQENESGY-ERRP----LEMEQQQAYRPEMKTE
10 20 30 40 50
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 AGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGGDGKTEQKGGDKKRGVKRPREDHGRGYFEYIE
:...:::.. :: : : . . .:. ..:: . :..::::::. :
CCDS82 M-KQGAPTSFL-----PPEASQLKPD-------RQQFQSRKRPYE---ENRGRGYFEHRE
60 70 80 90
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 ENKYSRAKSPQPPVEEEDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFKISRDRLSASSLTMESFAFLWAG
. :..:::::.::... ::::.: .::::::::::..::: :. ::.:.::.::.:
CCDS82 DR---RGRSPQPPAEEDEDDFDDTLVAIDTYNCDLHFKVARDRSSGYPLTIEGFAYLWSG
100 110 120 130 140 150
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 GRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVRIGWSLTTSGMLLGEEEFSYGYS
.:::::: .:.::::::..:.: :.:: . . : : ::::::: . . :::: :::::.
CCDS82 ARASYGVRRGRVCFEMKINEEISVKHLPSTEPDPHVVRIGWSLDSCSTQLGEEPFSYGYG
160 170 180 190 200 210
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 LKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFE-SDEVELSYAKNGQDLGVAFKISKEVLAG
: :. : . :.::.:: ::::: :::.:: ...::::..:::. .:.::.:.::.:.:
CCDS82 GTGKKSTNSRFENYGDKFAENDVIGCFADFECGNDVELSFTKNGKWMGIAFRIQKEALGG
220 230 240 250 260 270
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 RPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVPLEDRVRGPKGPEEKKDCEVVM
. :.:::: .::::::::::. .:: . .::::..:: .:.:: ::. : .::..:
CCDS82 QALYPHVLVKNCAVEFNFGQRAEPYCSVLPGFTFIQHLPLSERIRGTVGPKSKAECEILM
280 290 300 310 320 330
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 MIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGK-YNILGTNTIMDKMMVAGFKKQMADTGKLNTLLQRAP
:.:::.::::::. :::: ::.: :::::::.::::: : :...: .:. ..:.:.:
CCDS82 MVGLPAAGKTTWAIKHAASNPSKKYNILGTNAIMDKMRVMGLRRQRNYAGRWDVLIQQAT
340 350 360 370 380 390
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 QCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQRKAVVVCPKDEDYKQRTQKK
:::...:.::::::::.::::::: ..:::::: : ::::::.:.:: ::: :.:: :.
CCDS82 QCLNRLIQIAARKKRNYILDQTNVYGSAQRRKMRPFEGFQRKAIVICPTDEDLKDRTIKR
400 410 420 430 440 450
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 AEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKEEAQKLLEQYKEESKKALPPE
.. ::::.:.::::.::.:::::.:.. .::. ..:::.:::.::..::.::..:: ::
CCDS82 TDEEGKDVPDHAVLEMKANFTLPDVGDFLDEVLFIELQREEADKLVRQYNEEGRKAGPPP
460 470 480 490 500 510
670 680 690 700 710
pF1KB4 KKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRGRGGFNMRGGNF-----RGGAPGNRGGYNRRGN
.: . .:.. ::: ::::: ::.: :: :::::..
CCDS82 EK-----RFDNRG---------GGGFRGRGG----GGGFQRYENRGPPGGNRGGFQ----
520 530 540 550
720 730 740 750 760 770
pF1KB4 MPQRGGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRGNYNQNFRGRGNNRGY
.::::.::.:. . :. : :.::. :: : :: : :.: :: . ::.
CCDS82 --NRGGGSGGGGNYRGGFNRS----GGGGYSQ----NRWGNNNRDNNNSNNRG-SYNRAP
560 570 580 590 600
780 790 800
pF1KB4 KNQSQGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
..:
CCDS82 QQQPPPQQPPPPQPPPQQPPPPPSYSPARNPPGASTYNKNSNIPGSSANTSTPTVSSYSP
610 620 630 640 650 660
>>CCDS41659.1 HNRNPUL2 gene_id:221092|Hs108|chr11 (747 aa)
initn: 1364 init1: 724 opt: 1802 Z-score: 1102.3 bits: 214.7 E(32554): 4.4e-55
Smith-Waterman score: 2028; 44.1% identity (69.3% similar) in 789 aa overlap (6-777:1-747)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MSSSPVNVKKLKVSELKEELKKRRLSDKGLKAELMERLQAALDDE----EAGGRPAMEPG
..::.:::.::. ::..: :...:::..: .::: ::: : :::: : ::
CCDS41 MEVKRLKVTELRSELQRRGLDSRGLKVDLAQRLQEALDAEMLEDEAGGGGAG-PG
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 NGSLDLGGDSAGRSGAGLEQEAAAGGDEEEEEEEEEEEGISALDGDQMELGEENGAAGAA
:. .. ::.: ::::::.::::::. :: :. : : : :
CCDS41 -GACKAEPRPVAASGGG------PGGDEEEDEEEEEEDE-EALLEDEDEEPPPAQALGQA
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 DSGPMEEEEAASEDENGD-DQGFQEGEDELGDEEEGAGDENGHGEQQPQPPATQQQQPQQ
. : : :::. . .. : . . .: :. ..:.:.: :... ...:..
CCDS41 AQPPPEPPEAAAMEAAAEPDASEKPAEATAGSGGVNGGEEQGLGKRE-------EDEPEE
110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 QRGAAKEAAGKSSGPTSLFAVTVAPPGARQGQQQAGGDGKTEQK---GGD-KKRGVKRPR
. : :. :. :: . ...: : : .:.. :.: ..::::: :
CCDS41 RSG--DETPGSEV------------PGDKAAEEQ-GDDQDSEKSKPAGSDGERRGVKRQR
160 170 180 190 200
240 250 260 270 280
pF1KB4 ED---HGRGYFEYIEENKYSRAKSPQPPVEE-EDEHFDDTVVCLDTYNCDLHFKISRDRL
.. :::.:.:. :: .::.::: :: :: .::. :.:.: ::::. ::::..:.::
CCDS41 DEKDEHGRAYYEFREEAYHSRSKSPLPPEEEAKDEEEDQTLVNLDTYTSDLHFQVSKDRY
210 220 230 240 250 260
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 SASSLTMESFAFLWAGGRASYGVSKGKVCFEMKVTEKIPVRHLYTKDIDIHEVRIGWSLT
... : :.: ::.:.:..:::.::::::: :::...:... : .. .:.:::.
CCDS41 GGQPLFSEKFPTLWSGARSTYGVTKGKVCFEAKVTQNLPMKEGCT---EVSLLRVGWSVD
270 280 290 300 310 320
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 TSGMLLGEEEFSYGYSLKGIKTCNCETEDYGEKFDENDVITCFANFESDEVELSYAKNGQ
: :::.:::::.. .:.:. : . :..:. : ::::: ::::::..:::::..:::.
CCDS41 FSRPQLGEDEFSYGFDGRGLKAENGQFEEFGQTFGENDVIGCFANFETEEVELSFSKNGE
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB4 DLGVAFKISKEVLAGRPLFPHVLCHNCAVEFNFGQKEKPYFPIPEEYTFIQNVPLEDRVR
:::::: :::. :: : :.:::::.::.::.::::::.:.:: :::..::. ::.:.:::
CCDS41 DLGVAFWISKDSLADRALLPHVLCKNCVVELNFGQKEEPFFPPPEEFVFIHAVPVEERVR
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510 520
pF1KB4 GPKGPEEKKDCEVVMMIGLPGAGKTTWVTKHAAENPGK-YNILGTNTIMDKMMVAGFKKQ
:. ..:::..:.::::.::: :. :.: ::: : ::.::..:....: . :...
CCDS41 TAVPPKTIEECEVILMVGLPGSGKTQWALKYAKENPEKRYNVLGAETVLNQMRMKGLEEP
450 460 470 480 490 500
530 540 550 560 570 580
pF1KB4 MADTGKLNTLLQRAPQCLGKFIEIAARKKRNFILDQTNVSAAAQRRKMCLFAGFQRKAVV
: . . :.:.: :::.:...::.: :::::::: :: ..::::. :: :.::.::
CCDS41 EMDPKSRDLLVQQASQCLSKLVQIASRTKRNFILDQCNVYNSGQRRKLLLFKTFSRKVVV
510 520 530 540 550 560
590 600 610 620 630 640
pF1KB4 VCPKDEDYKQRTQKKAEVEGKDLPEHAVLKMKGNFTLPEVAECFDEITYVELQKEEAQKL
: :..::.:.: . . :::: :.:: .:.::.::.::: . .::.:: ::.::::: .
CCDS41 VVPNEEDWKKRLELRKEVEGDDVPESIMLEMKANFSLPEKCDYMDEVTYGELEKEEAQPI
570 580 590 600 610 620
650 660 670 680 690 700
pF1KB4 LEQYKEESKKALPPEKKQNTGSKKSNKNKSGKNQFNRGGGHRG--RGGFNMRG-GNFRGG
. .::::..: ::: .:.. ....:.:: .... .:: :. : : :.. :. :. :
CCDS41 VTKYKEEARKLLPPSEKRT--NRRNNRNKRNRQNRSRGQGYVGGQRRGYDNRAYGQQYWG
630 640 650 660 670
710 720 730 740 750 760
pF1KB4 APGNRGGYNRRGNMPQRGGGGGGSGGIGYPYPRAPVFPGRGSYSNRGNYNRGGMPNRGNY
::::::: :. . . : : : : : . : . .: .: :
CCDS41 QPGNRGGY--RNFYDRYRGDYDRFYGRDYEYNRYRDYY-RQYNRDWQSYYYHHPQDRDRY
680 690 700 710 720 730
770 780 790 800
pF1KB4 NQNFRGRGNNRGYKNQSQGYNQWQQGQFWGQKPWSQHYHQGYY
.:. : .::.
CCDS41 YRNYYGY---QGYR
740
806 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 15:34:05 2016 done: Thu Nov 3 15:34:06 2016
Total Scan time: 4.810 Total Display time: 0.150
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]