Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4895
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4895, 449 aa
1>>>pF1KB4895 449 - 449 aa - 449 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2545+/- 0.001; mu= 14.6726+/- 0.060
mean_var=137.9667+/-29.351, 0's: 0 Z-trim(108.5): 68 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.109191
statistics sampled from 10228 (10282) to 10228 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.665), E-opt: 0.2 (0.316), width: 16
Scan time: 2.380
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS14485.1 HNRNPH2 gene_id:3188|Hs108|chrX ( 449) 3075 496.2 2.8e-140
CCDS4446.1 HNRNPH1 gene_id:3187|Hs108|chr5 ( 449) 2985 482.0 5.2e-136
CCDS7204.1 HNRNPF gene_id:3185|Hs108|chr10 ( 415) 2073 338.3 8.7e-93
CCDS7278.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 ( 346) 1420 235.4 7.1e-62
CCDS7279.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 ( 331) 762 131.7 1.1e-30
CCDS47069.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 ( 480) 666 116.7 5.1e-26
CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 ( 318) 591 104.7 1.4e-22
>>CCDS14485.1 HNRNPH2 gene_id:3188|Hs108|chrX (449 aa)
initn: 3075 init1: 3075 opt: 3075 Z-score: 2631.9 bits: 496.2 E(32554): 2.8e-140
Smith-Waterman score: 3075; 100.0% identity (100.0% similar) in 449 aa overlap (1-449:1-449)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFSDCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVE
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CCDS14 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFSDCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
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CCDS14 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVELF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 TENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVELF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 LNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 LNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB4 GGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 GGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
430 440
>>CCDS4446.1 HNRNPH1 gene_id:3187|Hs108|chr5 (449 aa)
initn: 3493 init1: 2985 opt: 2985 Z-score: 2555.3 bits: 482.0 E(32554): 5.2e-136
Smith-Waterman score: 2985; 96.2% identity (99.6% similar) in 449 aa overlap (1-449:1-449)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFSDCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVE
:::.::: :::::::::::::::::::.:::::::::::..:::::::::::::::::::
CCDS44 MMLGTEGGEGFVVKVRGLPWSCSADEVQRFFSDCKIQNGAQGIRFIYTREGRPSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
::::.::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LESEDEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNNVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYRA
::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS44 GGYDDYNGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSTFQSTTGHCVHMRGLPYRA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVELF
::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS44 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMSKDKANMQHRYVELF
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 LNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
::::::.:::::.: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LNSTAGASGGAYEHRYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGY
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB4 GGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
:::::::::::::::::::::::.:::.:
CCDS44 GGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDFQSNIA
430 440
>>CCDS7204.1 HNRNPF gene_id:3185|Hs108|chr10 (415 aa)
initn: 2309 init1: 2049 opt: 2073 Z-score: 1779.3 bits: 338.3 E(32554): 8.7e-93
Smith-Waterman score: 2149; 72.0% identity (87.8% similar) in 435 aa overlap (1-434:1-415)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFSDCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVE
:::. :: ::::::.::::::::...:. :.::: :..:..:..:::::::: :::::::
CCDS72 MMLGPEGGEGFVVKLRGLPWSCSVEDVQNFLSDCTIHDGAAGVHFIYTREGRQSGEAFVE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
: ::..::.:::::::.:::::.:::::. .::::::::.:::: :.:::::::::::::
CCDS72 LGSEDDVKMALKKDRESMGHRYIEVFKSHRTEMDWVLKHSGPNSADSANDGFVRLRGLPF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRY
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CCDS72 GCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGY
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CCDS72 IEVFKSSQEEVRSYSDPPLKFMSVQRPGPYDRPGTARRYIGIVKQAGLERMRPGAYSTGY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 GGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYGDGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYRA
:::..:.: .::::: .: :::::.::.::: ::::::. . :::::::::::::::.:
CCDS72 GGYEEYSGLSDGYGFTTDLFGRDLSYCLSGMYDHRYGDSEFTVQSTTGHCVHMRGLPYKA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 TENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVELF
::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::.::.:::::::.::
CCDS72 TENDIYNFFSPLNPVRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEEAVAAMSKDRANMQHRYIEL-
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410
pF1KB4 LNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSN-QSSYGGPASQQLSGG
:::::.:::.:::.::.: :::.: :..:.: ::..::
CCDS72 -------------------FLNSTTGASNGAYSSQVMQGMGVSAAQATYSGLESQSVSGC
360 370 380 390 400
420 430 440
pF1KB4 YGGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
::.::.::.::.:::
CCDS72 YGAGYSGQNSMGGYD
410
>>CCDS7278.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 (346 aa)
initn: 1130 init1: 615 opt: 1420 Z-score: 1224.3 bits: 235.4 E(32554): 7.1e-62
Smith-Waterman score: 1420; 64.5% identity (80.7% similar) in 352 aa overlap (93-432:1-339)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPFGC
::::.::.:::. :.:: ::::::::::
CCDS72 MDWVMKHNGPND---ASDGTVRLRGLPFGC
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRYIE
:::::::::.::::::::.:: .:.::::::::::::::.::::.:: ::::::::::::
CCDS72 SKEEIVQFFQGLEIVPNGITLTMDYQGRSTGEAFVQFASKEIAENALGKHKERIGHRYIE
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230
pF1KB4 IFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRG-YNSIGRGAGFERMRRGA--YGGG
::.:::.:.. :::::.:.. ::::::::: .::: : . :::. ..:::::. : ::
CCDS72 IFRSSRSEIKGFYDPPRRLLG-QRPGPYDRPIGGRGGYYGAGRGSMYDRMRRGGDGYDGG
90 100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 YGGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYG---DGGSSFQSTTGHCVHMRGL
:::.:::::::. ::.:.: : : ::. : :: :..:.:.. :: ::::::
CCDS72 YGGFDDYGGYNN-YGYGNDGFD-DRMRDGRGMGGHGYGGAGDASSGFHG--GHFVHMRGL
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 PYRATENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRY
:.::::::: ::::::::.::::.:: :::.::::::::.:::::::::.::: ::::::
CCDS72 PFRATENDIANFFSPLNPIRVHIDIGADGRATGEADVEFVTHEDAVAAMSKDKNNMQHRY
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 VELFLNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQL
.::::::: : .:... : . . . .:: ::: .: ::..:. : :: .. .
CCDS72 IELFLNSTPG-GGSGMGGSGMGGYGRDGMDNQGG-YGS--VGRMGMGNNYS-GGYGTPDG
270 280 290 300 310
420 430 440
pF1KB4 SGGYG------GGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
:::: ::: ::..:::
CCDS72 LGGYGRGGGGSGGYYGQGGMSGGGWRGMY
320 330 340
>>CCDS7279.1 HNRNPH3 gene_id:3189|Hs108|chr10 (331 aa)
initn: 1109 init1: 574 opt: 762 Z-score: 664.3 bits: 131.7 E(32554): 1.1e-30
Smith-Waterman score: 1337; 62.8% identity (78.2% similar) in 349 aa overlap (93-432:1-324)
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 SEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPFGC
::::.::.:::. :.:: ::::::::::
CCDS72 MDWVMKHNGPND---ASDGTVRLRGLPFGC
10 20
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGRSTGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRYIE
:::::::::.::::::::.:: .:.::::::::::::::.::::.:: ::::::::::::
CCDS72 SKEEIVQFFQGLEIVPNGITLTMDYQGRSTGEAFVQFASKEIAENALGKHKERIGHRYIE
30 40 50 60 70 80
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYDRPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGYGG
::.:::.:.. :::::.:.. ::::::::: .::: :. :: :.:::
CCDS72 IFRSSRSEIKGFYDPPRRLLG-QRPGPYDRPIGGRG--------GY----YGAGRGSYGG
90 100 110 120 130
250 260 270 280 290
pF1KB4 YDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGMSDHRYG---DGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYR
.:::::::. ::.:.: : : ::. : :: :..:.:.. :: :::::::.:
CCDS72 FDDYGGYNN-YGYGNDGFD-DRMRDGRGMGGHGYGGAGDASSGFHG--GHFVHMRGLPFR
140 150 160 170 180 190
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 ATENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEADVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVEL
:::::: ::::::::.::::.:: :::.::::::::.:::::::::.::: ::::::.::
CCDS72 ATENDIANFFSPLNPIRVHIDIGADGRATGEADVEFVTHEDAVAAMSKDKNNMQHRYIEL
200 210 220 230 240 250
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 FLNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGAYGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGG
::::: : .:... : . . . .:: ::: .: ::..:. : :: .. . ::
CCDS72 FLNSTPG-GGSGMGGSGMGGYGRDGMDNQGG-YGS--VGRMGMGNNYS-GGYGTPDGLGG
260 270 280 290 300
420 430 440
pF1KB4 YG------GGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
:: ::: ::..:::
CCDS72 YGRGGGGSGGYYGQGGMSGGGWRGMY
310 320 330
>>CCDS47069.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 (480 aa)
initn: 980 init1: 471 opt: 666 Z-score: 580.6 bits: 116.7 E(32554): 5.1e-26
Smith-Waterman score: 914; 41.4% identity (70.2% similar) in 362 aa overlap (3-363:142-475)
10 20 30
pF1KB4 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFS
: : . :.....::::::. ..:. :::
CCDS47 VPTRSYSQESKTTYLEDLPPPPEYELAPSKLEEEVDDVFLIRAQGLPWSCTMEDVLNFFS
120 130 140 150 160 170
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 DCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVELESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVE
::.:.:: .::.:. .:.:. :.:..:.:::..:. ::.: : ::.:::::.. :. .
CCDS47 DCRIRNGENGIHFLLNRDGKRRGDALIEMESEQDVQKALEKHRMYMGQRYVEVYEINNED
180 190 200 210 220 230
100 110 120 130 140 150
pF1KB4 MDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPFGCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGR-S
.: ..: .: ..::: :::::::..:....::.::.::.:: .:. .:..:: .
CCDS47 VDALMKSLQVKSSPVVNDGVVRLRGLPYSCNEKDIVDFFAGLNIV--DITFVMDYRGRRK
240 250 260 270 280
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 TGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHRYIEIFKSSRAEVRTHYDPPRKLMAMQRPGPYD
::::.::: :.:..:: ::.:.::.:::::: : : :::::
CCDS47 TGEAYVQFEEPEMANQALLKHREEIGNRYIEIFPSRRNEVRTHV----------------
290 300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KB4 RPGAGRGYNSIGRGAGFERMRRGAYGGGYGGYDDYGGYNDGYGFGSDRFGRDLNYCFSGM
:. .: . :.: . . .... .: . . : . . .
CCDS47 --GSYKGK----KIASFPTAKYITEPEMV--FEEHEVNEDIQPMTA--FESEKEIELPKE
340 350 360 370 380
280 290 300 310 320 330
pF1KB4 SDHRYGDGGSSFQSTTGHCVHMRGLPYRATENDIYNFFSPLNPMRVHIEIGPDGRVTGEA
.. .... ... : :::::::..:. .:: :::.::.:.:. .: . .:..::::
CCDS47 VPEKLPEAADFGTTSSLHFVHMRGLPFQANAQDIINFFAPLKPVRITMEYSSSGKATGEA
390 400 410 420 430 440
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 DVEFATHEDAVAAMAKDKANMQHRYVELFLNSTAGTSGGAYDHSYVELFLNSTAGASGGA
::.: ::::::::: ::.....:::.::::::
CCDS47 DVHFETHEDAVAAMLKDRSHVHHRYIELFLNSCPKGK
450 460 470 480
400 410 420 430 440
pF1KB4 YGSQMMGGMGLSNQSSYGGPASQQLSGGYGGGYGGQSSMSGYDQVLQENSSDYQSNLA
>>CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 (318 aa)
initn: 906 init1: 397 opt: 591 Z-score: 519.0 bits: 104.7 E(32554): 1.4e-22
Smith-Waterman score: 839; 41.5% identity (70.0% similar) in 340 aa overlap (25-363:2-313)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MMLSTEGREGFVVKVRGLPWSCSADEVMRFFSDCKIQNGTSGIRFIYTREGRPSGEAFVE
..:. :::::.:.:: .::.:. .:.:. :.:..:
CCDS47 MEDVLNFFSDCRIRNGENGIHFLLNRDGKRRGDALIE
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 LESEEEVKLALKKDRETMGHRYVEVFKSNSVEMDWVLKHTGPNSPDTANDGFVRLRGLPF
.:::..:. ::.: : ::.:::::.. :. ..: ..: .: ..::: :::::::.
CCDS47 MESEQDVQKALEKHRMYMGQRYVEVYEINNEDVDALMKSLQVKSSPVVNDGVVRLRGLPY
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170
pF1KB4 GCSKEEIVQFFSGLEIVPNGMTLPVDFQGR-STGEAFVQFASQEIAEKALKKHKERIGHR
.:....::.::.::.:: .:. .:..:: .::::.::: :.:..:: ::.:.::.:
CCDS47 SCNEKDIVDFFAGLNIV--DITFVMDYRGRRKTGEAYVQFEEPEMANQALLKHREEIGNR
100 110 120 130 140 150
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