FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4919, 1833 aa 1>>>pF1KB4919 1833 - 1833 aa - 1833 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.4961+/-0.00124; mu= -11.7206+/- 0.074 mean_var=641.3856+/-163.724, 0's: 0 Z-trim(113.7): 5 B-trim: 810 in 1/51 Lambda= 0.050642 statistics sampled from 14334 (14338) to 14334 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.737), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16 Scan time: 8.050 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS43510.1 HIVEP2 gene_id:3097|Hs108|chr6 (2446) 12457 927.4 0 CCDS44124.1 HIVEP3 gene_id:59269|Hs108|chr1 (2405) 1530 129.1 2e-28 CCDS463.1 HIVEP3 gene_id:59269|Hs108|chr1 (2406) 1528 128.9 2.3e-28 CCDS43426.1 HIVEP1 gene_id:3096|Hs108|chr6 (2718) 934 85.6 2.8e-15 >>CCDS43510.1 HIVEP2 gene_id:3097|Hs108|chr6 (2446 aa) initn: 12457 init1: 12457 opt: 12457 Z-score: 4938.2 bits: 927.4 E(32554): 0 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CCDS44 PYLPPPVSLFSFQHLVQHEPGQSPEFFSTQAMSSLLSSPYSMPPLPPSLFQAPPLPLQPT 1140 1150 1160 1170 1180 1190 600 610 620 630 640 pF1KB4 LF---QFQYPTVCMVH---LPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYGKPSFQTEIHSSYPLE .. :.. : . : : .: .::: . .: :. : .: . .: ..:.. :. CCDS44 VLHPGQLHLPQL-MPHPANIPFRQPP---SFLPMPY---PTSSALSSGFFLPLQSQFALQ 1200 1210 1220 1230 1240 650 660 670 680 690 700 pF1KB4 HVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSSKSTETPSEQVLQEDF : .. . : . : .:..:: :.. .. :: . :. . CCDS44 L----PGDVESHLPQIKTSLAPLATGSAGLSPST---EYSSDIRLPPVAPPASSSAP--- 1250 1260 1270 1280 1290 710 720 730 740 750 pF1KB4 ASANAGSLQSLPGT----VVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQIL---GQNSPAIV-ICKVD .:: .: . : : :::::.::..:::::.:::..:::: .:.: : : . : . 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CCDS44 GSSSTAGGSKRVLSPAGSLELTMETQQQKRVKEEEASKADEKLELVKPCSVV-LTSTE-- 1420 1430 1440 1450 1460 1470 880 890 900 910 920 930 pF1KB4 KDLSRPQKPQLVRQGCASEPKDGLQSGSSSFSSLSPSSSQDYPSVS-PSSREPFPPSKEM : .::.: .: :: . . . :.: :: .::.... : . :. . :..: CCDS44 -DGKRPEKSHLGNQGQGRRELEMLSSLSS-----DPSDTKEIPPLPHPALSHGTAPGSEA 1480 1490 1500 1510 1520 1530 940 950 960 970 980 990 pF1KB4 LSGSRAPLPGQKSSGPSESKESSDELDIDETASDMSMSPQSSSLPAGDGQLEEEGKGHKR : .. : :. : . . : . : : . :..: :: :: : : . .: CCDS44 L--KEYPQPSGKPHRRGLTPLSVKKEDSKEQPDLPSLAPPSS-LP-----LSETS---SR 1540 1550 1560 1570 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KB4 PVGMLVRMASAPSGNVADSTLLLTDMADFQQILQFPSLRTTTTVSWCFLNYTKPNYVQQA : :.. :. : ...::::::.:::.::::.::: :::..:.: CCDS44 P-------AKSQEGT------------DSKKVLQFPSLHTTTNVSWCYLNYIKPNHIQHA 1580 1590 1600 1610 1620 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KB4 TFKSSVYASWCISSCNPNPSGLNTKTTLALLRSKQKITAEIYTLAAMHRPGTGKLTSSSA .:::::.:::: ::: :..::..:.:::::::.. : ::.:. .: .:.:. ::. CCDS44 DRRSSVYAGWCISLYNPNLPGVSTKAALSLLRSKQKVSKETYTMATAPHPEAGRLVPSSS 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KB4 WK-QFTQMKPDASFLFGSKLERKLVGNILKERGKGDIHGDKDIGSKQTEPIRIKIFEGGY : ..:... . : . . .. :. .:. .:. . : .:.. :: ::::::::: CCDS44 RKPRMTEVHLPS--LVSPEGQKDLARVEKEEERRGEPEEDAP-ASQRGEPARIKIFEGGY 1690 1700 1710 1720 1730 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KB4 KSNEDYVYVRGRGRGKYICEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKLCNFAFKTKGNL ::::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::: :.::::::::: CCDS44 KSNEEYVYVRGRGRGKYVCEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKHCHFAFKTKGNL 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KB4 TKHMKSKAHMKKCLELGVSMTSVDDTETEEAENLEDLHKAAEKHSMSSISTDHQFSDAEE ::::::::: ::: : :: ... :.::. . .:: . .: . : .::::: :. CCDS44 TKHMKSKAHSKKCQETGV----LEELEAEEGTS-DDLFQDSEGREGSEAVEEHQFSDLED 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KB4 SDGEDGDDNDDDDEDEDDFDDQGDLTPKTRSRSTSPQPP---RFSSLPVNVGAVPHGVP- :: .:.. :.:::::. ..: .:. . :.. : :: : .: :. .: : .: CCDS44 SD---SDSDLDEDEDEDEEESQDELS-RPSSEAPPPGPPHALRADSSPI-LGPQPPDAPA 1860 1870 1880 1890 1900 1350 1360 1370 1380 1390 pF1KB4 --SDSSLGHSSLISYLVTLPSIRVT-QLM--------TPSDSCEDTQMTEYQRLFQSKST .... : : . .: : .. : : .: : : . . : CCDS44 SGTEATRGSSVSEAERLTASSCSMSSQSMPGLPWLGPAPLGSVEKDTGSALSYKPVSPRR 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1400 1410 1420 1430 1440 pF1KB4 DSEPDKDRLDIPSCMDEECMLPSEPSSSPRDFSPS-----SHHSSPGYDSSPCRDNSPKR :.:. . : .. . .. :::. ::. : : :: .: : . CCDS44 PWSPSKEAGSRPPLARKHSLTKND--SSPQRCSPAREPQASAPSPPGLHVDPGRGMGA-- 1970 1980 1990 2000 2010 2020 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KB4 YLIPKGDLSPRRHLSPRRDLSPM-RHLSPRKEAALRREMSQRDVSPRRHLSPRRPVSPGK .: : ::: .::: : :. :.:.:: .. . : . :: :: : :::. CCDS44 --LPCG--SPRLQLSPLT-LCPLGRELAPRAHVLSKLEGTTDPGLPRY--SPTRRWSPGQ 2030 2040 2050 2060 2070 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KB4 DITARRDLSPRRERRYMTTIRAPSPRRALYHNPPLSMGQYLQAEPIVLGPPNLRRGLPQV . :. : . .. .:. : :.: :.. . : : : .: :.. CCDS44 AESPPRSAPPGK-----WALAGPGSPSAGEHGPGLGLDPRVLFPPAPL-PHKLLSRSPET 2080 2090 2100 2110 2120 2130 1570 1580 1590 1600 1610 pF1KB4 ---PY--FSLYGDQEGAYEHPGSSLFPEGPNDY-----------VFSHLPLHSQQQVRAP :. : . . :: :: . .:. .:::::::::. .::: CCDS44 CASPWKAESRSPSCSPGPAHPLSSRPFSALHDFHGHILARTEENIFSHLPLHSQHLTRAP 2140 2150 2160 2170 2180 2190 1620 1630 1640 1650 1660 1670 pF1KB4 IPMVPVGGIQMVHSMPPALSSLHPSPTLPLPMEGFEEKKGASGESFSKDPYVLSKQHEKR :..:.::::::.. : : .: :.:: . :: . :.: . ... .... . CCDS44 CPLIPIGGIQMVQARPGAHPTLLPGPTAAW-VSGF--SGGGSDLTGARE----AQERGRW 2200 2210 2220 2230 2240 1680 1690 1700 1710 1720 1730 pF1KB4 GPHALQSSG-PPSTPSSPRLLMKQSTSEDSLNATEREQEENIQTCTKAIASLRIATEEAA .: .:.. : . : : .. . : . :: . . . .: . CCDS44 SPTESSSASVSPVAKVSKFTLSSELEGGDYPKERERTGGGPGRPPDWTPHGTGAPAEPTP 2250 2260 2270 2280 2290 2300 1740 1750 1760 1770 1780 1790 pF1KB4 LLGP-DQPARVQEPHQNPLGSAHVSIRHFSRPEPGQPCTSATHPDLHDGEKDNFGTSQTP .: : . .: :. .. : : : : .: ::: : CCDS44 THSPCTPPDTLPRPPQGRRAAQSWSPRLESPRAPTNPEPSATPPLDRSSSVGCLAEASAR 2310 2320 2330 2340 2350 2360 1800 1810 1820 1830 pF1KB4 LAHSTFYSKSCVDDKQLDFHSSKELSSSTEESKDPSSEKSQLH CCDS44 FPARTRNLSGEPRTRQDSPKPSGSGEPRAHPHQPEDRVPPNA 2370 2380 2390 2400 >>CCDS463.1 HIVEP3 gene_id:59269|Hs108|chr1 (2406 aa) initn: 1696 init1: 614 opt: 1528 Z-score: 622.9 bits: 128.9 E(32554): 2.3e-28 Smith-Waterman score: 2686; 36.2% identity (56.2% similar) in 1880 aa overlap (11-1774:631-2348) 10 20 30 40 pF1KB4 MLKGISSSSLKEKKLSPGDRVGYDYDVCRKPYKKWEDSET : :: : :. ..: ::: .. :. 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CCDS46 PYLPPPVSLFSFQHLVQHEPGQSPEFFSTQAMSSLLSSPYSMPPLPPSLFQAPPLPLQPT 1140 1150 1160 1170 1180 1190 600 610 620 630 640 pF1KB4 LF---QFQYPTVCMVH---LPAQQPPWWQAHFPHPFAQHPQKSYGKPSFQTEIHSSYPLE .. :.. : . : : .: .::: . .: :. : .: . .: ..:.. :. CCDS46 VLHPGQLHLPQL-MPHPANIPFRQPP---SFLPMPY---PTSSALSSGFFLPLQSQFALQ 1200 1210 1220 1230 1240 650 660 670 680 690 700 pF1KB4 HVAEHTGKKPAEYAHTKEQTYPCYSGASGLHPKNLLPKFPSDQSSKSTETPSEQVLQEDF : .. . : . : .:..:: :.. .. :: . :. . CCDS46 L----PGDVESHLPQIKTSLAPLATGSAGLSPST---EYSSDIRLPPVAPPASSSAP--- 1250 1260 1270 1280 1290 710 720 730 740 750 pF1KB4 ASANAGSLQSLPGT----VVPVRIQTHVPSYGSVMYTSISQIL---GQNSPAIV-ICKVD .:: .: . : : :::::.::..:::::.:::..:::: .:.: : : . : . 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CCDS46 DRRSSVYAGWCISLYNPNLPGVSTKAALSLLRSKQKVSKETYTMATAPHPEAGRLVPSSS 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KB4 WK-QFTQMKPDASFLFGSKLERKLVGNILKERGKGDIHGDKDIGSKQTEPIRIKIFEGGY : ..:... . : . . .. :. .:. .:. . : .:.. :: ::::::::: CCDS46 RKPRMTEVHLPS--LVSPEGQKDLARVEKEEERRGEPEEDAP-ASQRGEPARIKIFEGGY 1690 1700 1710 1720 1730 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KB4 KSNEDYVYVRGRGRGKYICEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKLCNFAFKTKGNL ::::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::: :.::::::::: CCDS46 KSNEEYVYVRGRGRGKYVCEECGIRCKKPSMLKKHIRTHTDVRPYVCKHCHFAFKTKGNL 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KB4 TKHMKSKAHMKKCLELGVSMTSVDDTETEEAENLEDLHKAAEKHSMSSISTDHQFSDAEE ::::::::: ::: : :: ... :.::. . .:: . .: . : .::::: :. 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CCDS46 --LPCG--SPRLQLSPLT-LCPLGRELAPRAHVLSKLEGTTDPGLPRY--SPTRRWSPGQ 2030 2040 2050 2060 2070 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KB4 DITARRDLSPRRERRYMTTIRAPSPRRALYHNPPLSMGQYLQAEPIVLGPPNL--RRGLP . :. : . .. .:. : :.: :.. .: :: :: .. : CCDS46 AESPPRSAPPGK-----WALAGPGSPSAGEHGPGLGL------DPRVLFPPAPLPHKLLS 2080 2090 2100 2110 2120 1570 1580 1590 1600 pF1KB4 QVPYFSLYGDQEGAYEHPGSSLFPEGP---------NDY-----------VFSHLPLHSQ . : :.. . :. : : : .:. .::::::::: CCDS46 RSPETCASPWQKAESRSPSCSPGPAHPLSSRPFSALHDFHGHILARTEENIFSHLPLHSQ 2130 2140 2150 2160 2170 2180 1610 1620 1630 1640 1650 1660 pF1KB4 QQVRAPIPMVPVGGIQMVHSMPPALSSLHPSPTLPLPMEGFEEKKGASGESFSKDPYVLS . .::: :..:.::::::.. : : .: :.:: . :: . :.: . ... . CCDS46 HLTRAPCPLIPIGGIQMVQARPGAHPTLLPGPTAAW-VSGF--SGGGSDLTGARE----A 2190 2200 2210 2220 2230 1670 1680 1690 1700 1710 1720 pF1KB4 KQHEKRGPHALQSSG-PPSTPSSPRLLMKQSTSEDSLNATEREQEENIQTCTKAIASLRI ... . .: .:.. : . : : .. . : . :: . . . 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