Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4959
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4959, 568 aa
1>>>pF1KB4959 568 - 568 aa - 568 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2234+/-0.00133; mu= 7.0874+/- 0.079
mean_var=244.2687+/-50.992, 0's: 0 Z-trim(107.5): 30 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.082062
statistics sampled from 9579 (9598) to 9579 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16
Scan time: 3.510
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 568) 3862 471.1 1.6e-132
CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 543) 2248 280.0 5.2e-75
CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 485) 1972 247.3 3.3e-65
CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 ( 557) 1579 200.8 3.7e-51
CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 416) 788 107.0 4.7e-23
CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 ( 501) 729 100.1 6.7e-21
CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 294) 671 93.0 5.4e-19
CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 ( 522) 504 73.5 7.2e-13
>>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (568 aa)
initn: 3862 init1: 3862 opt: 3862 Z-score: 2492.7 bits: 471.1 E(32554): 1.6e-132
Smith-Waterman score: 3862; 100.0% identity (100.0% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-568)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
490 500 510 520 530 540
550 560
pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
550 560
>>CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (543 aa)
initn: 2135 init1: 2135 opt: 2248 Z-score: 1460.2 bits: 280.0 E(32554): 5.2e-75
Smith-Waterman score: 3623; 95.6% identity (95.6% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-543)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSE-----------------------
190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 --GTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
460 470 480 490 500 510
550 560
pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
520 530 540
>>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (485 aa)
initn: 1938 init1: 1938 opt: 1972 Z-score: 1284.2 bits: 247.3 E(32554): 3.3e-65
Smith-Waterman score: 3109; 85.4% identity (85.4% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-485)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV
::::::::::
CCDS55 KSQVPMIALQ--------------------------------------------------
190
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ---------------------------------VSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
280 290 300 310 320 330
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
340 350 360 370 380 390
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
400 410 420 430 440 450
550 560
pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
460 470 480
>>CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 (557 aa)
initn: 1250 init1: 526 opt: 1579 Z-score: 1032.0 bits: 200.8 E(32554): 3.7e-51
Smith-Waterman score: 1579; 42.0% identity (72.6% similar) in 552 aa overlap (25-567:17-556)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
...:. . . . . . .::. .:..::: :: ::
CCDS14 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLS-SSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRN
.:.:: ::::::. :. .: .. : : . .: : ...::::::::::.: : .:: :
CCDS14 HNPHQTGCGHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 ESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSH
. :: ...::. ::.. : :. . : :.: ::::::..:. .:..:. : .
CCDS14 -APGCNAKVILGRYQDHLQQ-CLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLY
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 CKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGC
::..: .: ::.::.. :: : ::..:. . .:..:.. ::. : .: . : ::.:::
CCDS14 CKKDVVVINLQNHEENLCPEYPVFCPNNCA-KIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGC
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 VFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFE
. .... :: :. .:. :. : . .::...: :.. .:...::.: . : ..:
CCDS14 AVTDKRRNLQQHEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLE
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 IEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPF------RQNWEEADSMKSS
:... ... .: : . ..: :. :. .: :. ... . .:: . . .
CCDS14 KEFKQFAQLFGKNGSFLPNIQ-VFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 VESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETAS
:.......: ::. :. ..:: . ..:: ...: .:. . ::..:: .
CCDS14 VDTVKQKITLLENNDQR-------LAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTC
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 YNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSL
::: ::::. ::: .:.::: :.:.:..:: :::. ::..:::.:::::: :.:.::::
CCDS14 YNGKLIWKVTDYKMKKREAVDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB4 FFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASG
.::.::::.:.:: :::.:.:::::.:: :..... ..:::::::::::.: ::::::::
CCDS14 YFVVMRGEFDSLLQWPFRQRVTLMLLDQ-SGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASG
470 480 490 500 510 520
540 550 560
pF1KB4 CPVFVAQTVLENG--TYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
:: :::..::::. .::::::.:.:: :: .:: :
CCDS14 CPRFVAHSVLENAKNAYIKDDTLFLKVAVDLTDLEDL
530 540 550
>>CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (416 aa)
initn: 747 init1: 425 opt: 788 Z-score: 527.4 bits: 107.0 E(32554): 4.7e-23
Smith-Waterman score: 816; 37.5% identity (67.2% similar) in 400 aa overlap (173-563:34-415)
150 160 170 180 190 200
pF1KB4 FEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVV
: :. : :. : .. :: ::
CCDS68 SSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENP----RNGEDQICPKCRG
10 20 30 40 50
210 220 230 240 250 260
pF1KB4 SCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNL
.. : . ::.. .:: : ..: : : :: :.:. :... ::..: ..:.::
CCDS68 EDLQSISPGSRLRTQEKAH-PEVAEAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNL
60 70 80 90 100 110
270 280 290 300 310
pF1KB4 L----KEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSLHNQI-CSFEIEIERQKEMLRNNESKI
: :.:. : .: .. ..:.: : .:. . . ..:.. . ... .
CCDS68 LLGFMKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEE-
120 130 140 150 160 170
320 330 340 350 360 370
pF1KB4 LHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVAR
: ::. . . . : ::. ..: :.. . ... ::. .... :. .: :. :
CCDS68 LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVLNKEVEA--SHLALATSIHQS--QLDR
180 190 200 210 220
380 390 400 410 420 430
pF1KB4 NTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMG
. : ::... . .: :. .: :. .. ....: ::..:...::: . :: .:.. :
CCDS68 ERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACG
230 240 250 260 270 280
440 450 460 470 480 490
pF1KB4 KTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVT
.:.::.: :::. .:::.: :.:::::: :: ::::::.:::::::::::::::..:::
CCDS68 RTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVT
290 300 310 320 330 340
500 510 520 530 540 550
pF1KB4 LMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLENG--TYIKDDT
.::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: .: :.:::::.: . :.. .:.::::
CCDS68 FMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDT
350 360 370 380 390 400
560
pF1KB4 IFIKVIVDTSDLPDP
.:.: ::.::
CCDS68 MFLKCIVETST
410
>>CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 (501 aa)
initn: 876 init1: 495 opt: 729 Z-score: 488.7 bits: 100.1 E(32554): 6.7e-21
Smith-Waterman score: 1043; 34.4% identity (60.6% similar) in 541 aa overlap (36-565:16-501)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 KMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKT-VEDKYKCEKCHLVLCSPK
: :... .. : .: :: : :. :: :
CCDS70 MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPF
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KB4 QTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTAC-QESIVKDKV--------FKDNCCKREILALQI
:..::::.: :.:..:::. .:.:: .:.: .. . : :: .::. .:
CCDS70 QAQCGHRYCSFCLASILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPA
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]