Result of FASTA (ccds) for pF1KB4959
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4959, 568 aa
  1>>>pF1KB4959 568 - 568 aa - 568 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2234+/-0.00133; mu= 7.0874+/- 0.079
 mean_var=244.2687+/-50.992, 0's: 0 Z-trim(107.5): 30  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.082062
 statistics sampled from 9579 (9598) to 9579 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.295), width:  16
 Scan time:  3.510

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14          ( 568) 3862 471.1 1.6e-132
CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14          ( 543) 2248 280.0 5.2e-75
CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14         ( 485) 1972 247.3 3.3e-65
CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1           ( 557) 1579 200.8 3.7e-51
CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9           ( 416)  788 107.0 4.7e-23
CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9           ( 501)  729 100.1 6.7e-21
CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9          ( 294)  671 93.0 5.4e-19
CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11          ( 522)  504 73.5 7.2e-13


>>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14               (568 aa)
 initn: 3862 init1: 3862 opt: 3862  Z-score: 2492.7  bits: 471.1 E(32554): 1.6e-132
Smith-Waterman score: 3862; 100.0% identity (100.0% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-568)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560        
pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
              550       560        

>>CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14               (543 aa)
 initn: 2135 init1: 2135 opt: 2248  Z-score: 1460.2  bits: 280.0 E(32554): 5.2e-75
Smith-Waterman score: 3623; 95.6% identity (95.6% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-543)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::                       
CCDS99 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSE-----------------------
              190       200       210                              

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
         ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 --GTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
         220       230       240       250       260       270     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
         280       290       300       310       320       330     

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
         340       350       360       370       380       390     

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
         400       410       420       430       440       450     

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
         460       470       480       490       500       510     

              550       560        
pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS99 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
         520       530       540   

>>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14              (485 aa)
 initn: 1938 init1: 1938 opt: 1972  Z-score: 1284.2  bits: 247.3 E(32554): 3.3e-65
Smith-Waterman score: 3109; 85.4% identity (85.4% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-485)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV
       ::::::::::                                                  
CCDS55 KSQVPMIALQ--------------------------------------------------
              190                                                  

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
                                        :::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ---------------------------------VSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI
                                               200       210       

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR
       220       230       240       250       260       270       

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW
       280       290       300       310       320       330       

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG
       340       350       360       370       380       390       

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ
       400       410       420       430       440       450       

              550       560        
pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
       ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
       460       470       480     

>>CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1                (557 aa)
 initn: 1250 init1: 526 opt: 1579  Z-score: 1032.0  bits: 200.8 E(32554): 3.7e-51
Smith-Waterman score: 1579; 42.0% identity (72.6% similar) in 552 aa overlap (25-567:17-556)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL
                               ...:. . .  . . . .::. .:..:::  :: ::
CCDS14         MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVL
                       10        20        30        40        50  

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pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLS-SSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRN
        .:.:: ::::::. :. .:   .. : : . .: : ...::::::::::.: : .:: :
CCDS14 HNPHQTGCGHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSN
             60        70        80        90       100       110  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB4 ESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSH
        . ::  ...::.   ::.. : :. . :    :.: ::::::..:.  .:..:.  : .
CCDS14 -APGCNAKVILGRYQDHLQQ-CLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLY
             120       130        140       150       160       170

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB4 CKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGC
       ::..: .: ::.::.. ::   : ::..:. . .:..:.. ::. : .: . : ::.:::
CCDS14 CKKDVVVINLQNHEENLCPEYPVFCPNNCA-KIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGC
              180       190       200        210       220         

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pF1KB4 VFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFE
       .     .... :: :.  .:. :. : . .::...: :..   .:...::.: . : ..:
CCDS14 AVTDKRRNLQQHEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLE
     230       240       250       260       270       280         

     300       310       320       330       340             350   
pF1KB4 IEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPF------RQNWEEADSMKSS
        :...  ... .: : . ..: :. :. .:   :. ... .      .::  .   .  .
CCDS14 KEFKQFAQLFGKNGSFLPNIQ-VFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEA
     290       300       310        320       330       340        

           360       370       380       390       400       410   
pF1KB4 VESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETAS
       :.......: ::. :.         ..:: . ..::  ...:  .:.  . ::..:: . 
CCDS14 VDTVKQKITLLENNDQR-------LAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTC
      350       360              370       380       390       400 

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pF1KB4 YNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSL
       ::: ::::. ::: .:.::: :.:.:..:: :::.  ::..:::.:::::: :.:.::::
CCDS14 YNGKLIWKVTDYKMKKREAVDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSL
             410       420       430       440       450       460 

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pF1KB4 FFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASG
       .::.::::.:.:: :::.:.:::::.:: :..... ..:::::::::::.: ::::::::
CCDS14 YFVVMRGEFDSLLQWPFRQRVTLMLLDQ-SGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASG
             470       480        490       500       510       520

           540         550       560        
pF1KB4 CPVFVAQTVLENG--TYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
       :: :::..::::.  .::::::.:.:: :: .:: : 
CCDS14 CPRFVAHSVLENAKNAYIKDDTLFLKVAVDLTDLEDL
              530       540       550       

>>CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9                (416 aa)
 initn: 747 init1: 425 opt: 788  Z-score: 527.4  bits: 107.0 E(32554): 4.7e-23
Smith-Waterman score: 816; 37.5% identity (67.2% similar) in 400 aa overlap (173-563:34-415)

            150       160       170       180       190       200  
pF1KB4 FEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVV
                                     :   :. : :. :    .. ::  ::    
CCDS68 SSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENP----RNGEDQICPKCRG
            10        20        30        40            50         

            210       220       230       240       250       260  
pF1KB4 SCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNL
          .. :  . ::.. .::  : ..:   : :   :: :.:. :... ::..: ..:.::
CCDS68 EDLQSISPGSRLRTQEKAH-PEVAEAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNL
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pF1KB4 L----KEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSLHNQI-CSFEIEIERQKEMLRNNESKI
       :    :.:.  :    .: ..  ..:.: :  .:.  .  . ..:..  .    ... . 
CCDS68 LLGFMKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEE-
      120       130         140       150       160       170      

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pF1KB4 LHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVAR
       : ::. .  . . : ::. ..: :..    .  ... ::.  ....   :. .:  :. :
CCDS68 LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVLNKEVEA--SHLALATSIHQS--QLDR
         180         190       200          210         220        

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pF1KB4 NTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMG
       .  : ::... . .: :. .:  :. ..  ....: ::..:...::: .  :: .:.. :
CCDS68 ERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACG
        230       240       250       260       270       280      

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pF1KB4 KTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVT
       .:.::.:  :::. .:::.: :.:::::: :: ::::::.:::::::::::::::..:::
CCDS68 RTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVT
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pF1KB4 LMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLENG--TYIKDDT
       .::.:: ..:.:  :::.:: .:.::..: .: :.:::::.:   . :..   .:.::::
CCDS68 FMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDT
        350        360       370       380       390       400     

           560        
pF1KB4 IFIKVIVDTSDLPDP
       .:.: ::.::     
CCDS68 MFLKCIVETST    
         410          

>>CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9                (501 aa)
 initn: 876 init1: 495 opt: 729  Z-score: 488.7  bits: 100.1 E(32554): 6.7e-21
Smith-Waterman score: 1043; 34.4% identity (60.6% similar) in 541 aa overlap (36-565:16-501)

          10        20        30        40         50        60    
pF1KB4 KMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKT-VEDKYKCEKCHLVLCSPK
                                     : :... .. : .: :: :  :. ::  : 
CCDS70                MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPF
                              10        20        30        40     

           70        80        90        100               110     
pF1KB4 QTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTAC-QESIVKDKV--------FKDNCCKREILALQI
       :..::::.:  :.:..:::.  .:.:: .:.: .. .        : ::  .::. .:  
CCDS70 QAQCGHRYCSFCLASILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPA
          50        60        70        80        90       100     

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB4 YCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREA
        :   : ::. .  : .     .. : .    :  : ::  :   . . :.:. :  :  
CCDS70 VC--PSDGCTWKGTLKEYESCHEGRCPLMLTEC--PACKGLVRLGEKERHLEHECPERSL
           110       120       130         140       150       160 

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB4 TCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFK
       .: ::..      .. :... ::   ..:   :. . . : ... :.. : .    : :.
CCDS70 SCRHCRAPCCGADVKAHHEV-CPKFPLTCDG-CGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFH
             170       180        190        200       210         

         240       250       260       270       280       290     
pF1KB4 RYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQI
         ::.    ... . ::..   .:. .:   :. :: :  :: ..:   .. .:      
CCDS70 AIGCLETVEGEKQQEHEVQWLREHLAML--LSSVLEAK-PLLGDQSHAGSELLQR-----
     220       230       240         250        260       270      

         300       310       320       330       340       350     
pF1KB4 CSFEIEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVE
       :     .:..   ..:       .  :.. ..:..    .     ::.  . :    ..:
CCDS70 CE---SLEKKTATFEN-------IVCVLNREVERVAMTAEACS--RQHRLDQD----KIE
                280              290       300         310         

         360       370       380       390       400       410     
pF1KB4 SLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYN
       .:...: .::          :. ::              .:. .::.. .   .:...:.
CCDS70 ALSSKVQQLE----------RSIGL--------------KDLAMADLEQKVLEMEASTYD
         320                 330                     340       350 

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB4 GVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFF
       ::.:::: :. :..:::: :.  ...:  :::. .::::: :.:::::: :.::::::::
CCDS70 GVFIWKISDFARKRQEAVAGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFF
             360       370       380       390       400       410 

         480       490       500       510       520       530     
pF1KB4 VIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCP
       :.:.:  :::: :::.:::::::.:: ..:.:. :::.:: .::::..:...::::::::
CCDS70 VVMKGPNDALLRWPFNQKVTLMLLDQ-NNREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCP
             420       430        440       450       460       470

         540        550       560        
pF1KB4 VFVAQTVLE-NGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP
       .:   . .: ...:..::.::::.::: . :   
CCDS70 LFCPVSKMEAKNSYVRDDAIFIKAIVDLTGL   
              480       490       500    

>>CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9               (294 aa)
 initn: 638 init1: 425 opt: 671  Z-score: 454.4  bits: 93.0 E(32554): 5.4e-19
Smith-Waterman score: 675; 39.2% identity (71.2% similar) in 306 aa overlap (263-563:1-293)

            240       250       260       270       280        290 
pF1KB4 SFKRYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSL
                                     .:.:.  :    .: ..  ..:.: :  .:
CCDS55                               MKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQL
                                               10        20        

              300       310       320       330       340       350
pF1KB4 HNQI-CSFEIEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSM
       .  .  . ..:..  .    ... . : ::. .  . . : ::. ..: :..    .  .
CCDS55 QAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEE-LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVL
       30        40        50         60          70           80  

              360       370       380        390       400         
pF1KB4 KSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVL
       .. ::.  ....   :. .:  :. :.  : ::... . .: :. .:  :. ..  ....
CCDS55 NKEVEA--SHLALATSIHQS--QLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLM
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