FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB4959, 568 aa 1>>>pF1KB4959 568 - 568 aa - 568 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2234+/-0.00133; mu= 7.0874+/- 0.079 mean_var=244.2687+/-50.992, 0's: 0 Z-trim(107.5): 30 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.082062 statistics sampled from 9579 (9598) to 9579 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.295), width: 16 Scan time: 3.510 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 568) 3862 471.1 1.6e-132 CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 543) 2248 280.0 5.2e-75 CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 ( 485) 1972 247.3 3.3e-65 CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 ( 557) 1579 200.8 3.7e-51 CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 416) 788 107.0 4.7e-23 CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 ( 501) 729 100.1 6.7e-21 CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 ( 294) 671 93.0 5.4e-19 CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 ( 522) 504 73.5 7.2e-13 >>CCDS9975.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (568 aa) initn: 3862 init1: 3862 opt: 3862 Z-score: 2492.7 bits: 471.1 E(32554): 1.6e-132 Smith-Waterman score: 3862; 100.0% identity (100.0% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-568) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP :::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP 550 560 >>CCDS9976.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (543 aa) initn: 2135 init1: 2135 opt: 2248 Z-score: 1460.2 bits: 280.0 E(32554): 5.2e-75 Smith-Waterman score: 3623; 95.6% identity (95.6% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-543) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSE----------------------- 190 200 210 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 --GTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG 400 410 420 430 440 450 490 500 510 520 530 540 pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ 460 470 480 490 500 510 550 560 pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP :::::::::::::::::::::::::::: CCDS99 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP 520 530 540 >>CCDS55946.1 TRAF3 gene_id:7187|Hs108|chr14 (485 aa) initn: 1938 init1: 1938 opt: 1972 Z-score: 1284.2 bits: 247.3 E(32554): 3.3e-65 Smith-Waterman score: 3109; 85.4% identity (85.4% similar) in 568 aa overlap (1-568:1-485) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 CSPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 SRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHC 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 KSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCV :::::::::: CCDS55 KSQVPMIALQ-------------------------------------------------- 190 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI ::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 ---------------------------------VSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI 200 210 310 320 330 340 350 360 pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR 220 230 240 250 260 270 370 380 390 400 410 420 pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW 280 290 300 310 320 330 430 440 450 460 470 480 pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRG 340 350 360 370 380 390 490 500 510 520 530 540 pF1KB4 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 EYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQ 400 410 420 430 440 450 550 560 pF1KB4 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP :::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 TVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP 460 470 480 >>CCDS1497.1 TRAF5 gene_id:7188|Hs108|chr1 (557 aa) initn: 1250 init1: 526 opt: 1579 Z-score: 1032.0 bits: 200.8 E(32554): 3.7e-51 Smith-Waterman score: 1579; 42.0% identity (72.6% similar) in 552 aa overlap (25-567:17-556) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 MESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVL ...:. . . . . . .::. .:..::: :: :: CCDS14 MAYSEEHKGMPCGFIRQNSGNSISLDFEPSIEYQFVERLEERYKCAFCHSVL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KB4 CSPKQTECGHRFCESCMAALLS-SSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRN .:.:: ::::::. :. .: .. : : . .: : ...::::::::::.: : .:: : CCDS14 HNPHQTGCGHRFCQHCILSLRELNTVPICPVDKEVIKSQEVFKDNCCKREVLNLYVYCSN 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 ESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSH . :: ...::. ::.. : :. . : :.: ::::::..:. .:..:. : . CCDS14 -APGCNAKVILGRYQDHLQQ-CLFQPVQCSNEKCREPVLRKDLKEHLSASCQFRKEKCLY 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 CKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGC ::..: .: ::.::.. :: : ::..:. . .:..:.. ::. : .: . : ::.::: CCDS14 CKKDVVVINLQNHEENLCPEYPVFCPNNCA-KIILKTEVDEHLAVCPEAEQDCPFKHYGC 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 VFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFE . .... :: :. .:. :. : . .::...: :.. .:...::.: . : ..: CCDS14 AVTDKRRNLQQHEHSALREHMRLVLEKNVQLEEQISDLHKSLEQKESKIQQLAETIKKLE 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 IEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPF------RQNWEEADSMKSS :... ... .: : . ..: :. :. .: :. ... . .:: . . . CCDS14 KEFKQFAQLFGKNGSFLPNIQ-VFASHIDKSAWLEAQVHQLLQMVNQQQNKFDLRPLMEA 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KB4 VESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETAS :.......: ::. :. ..:: . ..:: ...: .:. . ::..:: . CCDS14 VDTVKQKITLLENNDQR-------LAVLEEETNKHDTHINIHKAQLSKNEERFKLLEGTC 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KB4 YNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSL ::: ::::. ::: .:.::: :.:.:..:: :::. ::..:::.:::::: :.:.:::: CCDS14 YNGKLIWKVTDYKMKKREAVDGHTVSIFSQSFYTSRCGYRLCARAYLNGDGSGRGSHLSL 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 FFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASG .::.::::.:.:: :::.:.:::::.:: :..... ..:::::::::::.: :::::::: CCDS14 YFVVMRGEFDSLLQWPFRQRVTLMLLDQ-SGKKNIMETFKPDPNSSSFKRPDGEMNIASG 470 480 490 500 510 520 540 550 560 pF1KB4 CPVFVAQTVLENG--TYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP :: :::..::::. .::::::.:.:: :: .:: : CCDS14 CPRFVAHSVLENAKNAYIKDDTLFLKVAVDLTDLEDL 530 540 550 >>CCDS6825.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (416 aa) initn: 747 init1: 425 opt: 788 Z-score: 527.4 bits: 107.0 E(32554): 4.7e-23 Smith-Waterman score: 816; 37.5% identity (67.2% similar) in 400 aa overlap (173-563:34-415) 150 160 170 180 190 200 pF1KB4 FEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVV : :. : :. : .. :: :: CCDS68 SSGSSPRPAPDENEFPFGCPPTVCQDPKEPRALCCAGCLSENP----RNGEDQICPKCRG 10 20 30 40 50 210 220 230 240 250 260 pF1KB4 SCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFKRYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNL .. : . ::.. .:: : ..: : : :: :.:. :... ::..: ..:.:: CCDS68 EDLQSISPGSRLRTQEKAH-PEVAEAGIGCPFAGVGCSFKGSPQSVQEHEVTSQTSHLNL 60 70 80 90 100 110 270 280 290 300 310 pF1KB4 L----KEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSLHNQI-CSFEIEIERQKEMLRNNESKI : :.:. : .: .. ..:.: : .:. . . ..:.. . ... . CCDS68 LLGFMKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQLQAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEE- 120 130 140 150 160 170 320 330 340 350 360 370 pF1KB4 LHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVAR : ::. . . . : ::. ..: :.. . ... ::. .... :. .: :. : CCDS68 LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVLNKEVEA--SHLALATSIHQS--QLDR 180 190 200 210 220 380 390 400 410 420 430 pF1KB4 NTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMG . : ::... . .: :. .: :. .. ....: ::..:...::: . :: .:.. : CCDS68 ERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLMEEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACG 230 240 250 260 270 280 440 450 460 470 480 490 pF1KB4 KTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVT .:.::.: :::. .:::.: :.:::::: :: ::::::.:::::::::::::::..::: CCDS68 RTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRTHLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVT 290 300 310 320 330 340 500 510 520 530 540 550 pF1KB4 LMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCPVFVAQTVLENG--TYIKDDT .::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: .: :.:::::.: . :.. .:.:::: CCDS68 FMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETNVASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDT 350 360 370 380 390 400 560 pF1KB4 IFIKVIVDTSDLPDP .:.: ::.:: CCDS68 MFLKCIVETST 410 >>CCDS7013.1 TRAF2 gene_id:7186|Hs108|chr9 (501 aa) initn: 876 init1: 495 opt: 729 Z-score: 488.7 bits: 100.1 E(32554): 6.7e-21 Smith-Waterman score: 1043; 34.4% identity (60.6% similar) in 541 aa overlap (36-565:16-501) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 KMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKT-VEDKYKCEKCHLVLCSPK : :... .. : .: :: : :. :: : CCDS70 MAAASVTPPGSLELLQPGFSKTLLGTKLEAKYLCSACRNVLRRPF 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KB4 QTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTAC-QESIVKDKV--------FKDNCCKREILALQI :..::::.: :.:..:::. .:.:: .:.: .. . : :: .::. .: CCDS70 QAQCGHRYCSFCLASILSSGPQNCAACVHEGIYEEGISILESSSAFPDNAARREVESLPA 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KB4 YCRNESRGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREA : : ::. . : . .. : . : : :: : . . :.:. : : CCDS70 VC--PSDGCTWKGTLKEYESCHEGRCPLMLTEC--PACKGLVRLGEKERHLEHECPERSL 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KB4 TCSHCKSQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLSECVNAPSTCSFK .: ::.. .. :... :: ..: :. . . : ... :.. : . : :. CCDS70 SCRHCRAPCCGADVKAHHEV-CPKFPLTCDG-CGKKKIPREKFQDHVKTCGKCRVPCRFH 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 RYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQI ::. ... . ::.. .:. .: :. :: : :: ..: .. .: CCDS70 AIGCLETVEGEKQQEHEVQWLREHLAML--LSSVLEAK-PLLGDQSHAGSELLQR----- 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 CSFEIEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVE : .:.. ..: . :.. ..:.. . ::. . : ..: CCDS70 CE---SLEKKTATFEN-------IVCVLNREVERVAMTAEACS--RQHRLDQD----KIE 280 290 300 310 360 370 380 390 400 410 pF1KB4 SLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYN .:...: .:: :. :: .:. .::.. . .:...:. CCDS70 ALSSKVQQLE----------RSIGL--------------KDLAMADLEQKVLEMEASTYD 320 330 340 350 420 430 440 450 460 470 pF1KB4 GVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGTHLSLFF ::.:::: :. :..:::: :. ...: :::. .::::: :.:::::: :.:::::::: CCDS70 GVFIWKISDFARKRQEAVAGRIPAIFSPAFYTSRYGYKMCLRIYLNGDGTGRGTHLSLFF 360 370 380 390 400 410 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 VIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIASGCP :.:.: :::: :::.:::::::.:: ..:.:. :::.:: .::::..:...:::::::: CCDS70 VVMKGPNDALLRWPFNQKVTLMLLDQ-NNREHVIDAFRPDVTSSSFQRPVNDMNIASGCP 420 430 440 450 460 470 540 550 560 pF1KB4 VFVAQTVLE-NGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP .: . .: ...:..::.::::.::: . : CCDS70 LFCPVSKMEAKNSYVRDDAIFIKAIVDLTGL 480 490 500 >>CCDS55335.1 TRAF1 gene_id:7185|Hs108|chr9 (294 aa) initn: 638 init1: 425 opt: 671 Z-score: 454.4 bits: 93.0 E(32554): 5.4e-19 Smith-Waterman score: 675; 39.2% identity (71.2% similar) in 306 aa overlap (263-563:1-293) 240 250 260 270 280 290 pF1KB4 SFKRYGCVFQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNE-SVEKNKSIQSL .:.:. : .: .. ..:.: : .: CCDS55 MKQWKARL--GCGLESGPMALEQNLSDLQL 10 20 300 310 320 330 340 350 pF1KB4 HNQI-CSFEIEIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSM . . . ..:.. . ... . : ::. . . . : ::. ..: :.. . . CCDS55 QAAVEVAGDLEVDCYRAPCSESQEE-LALQHFM--KEKLLAELEGKLRVFENI---VAVL 30 40 50 60 70 80 360 370 380 390 400 pF1KB4 KSSVESLQNRVTELESVDKSAGQVARNTGL-LESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVL .. ::. .... :. .: :. :. : ::... . .: :. .: :. .. .... CCDS55 NKEVEA--SHLALATSIHQS--QLDRERILSLEQRVVELQQTLAQKDQALGKLEQSLRLM 90 100 110 120 130 410 420 430 440 450 460 pF1KB4 ETASYNGVLIWKIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGKGT : ::..:...::: . :: .:.. :.:.::.: :::. .:::.: :.:::::: :: : CCDS55 EEASFDGTFLWKITNVTRRCHESACGRTVSLFSPAFYTAKYGYKLCLRLYLNGDGTGKRT 140 150 160 170 180 190 470 480 490 500 510 520 pF1KB4 HLSLFFVIMRGEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSSRRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMN :::::.:::::::::::::::..:::.::.:: ..:.: :::.:: .:.::..: .: : CCDS55 HLSLFIVIMRGEYDALLPWPFRNKVTFMLLDQ-NNREHAIDAFRPDLSSASFQRPQSETN 200 210 220 230 240 250 530 540 550 560 pF1KB4 IASGCPVFVAQTVLENG--TYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP .:::::.: . :.. .:.::::.:.: ::.:: CCDS55 VASGCPLFFPLSKLQSPKHAYVKDDTMFLKCIVETST 260 270 280 290 >>CCDS7901.1 TRAF6 gene_id:7189|Hs108|chr11 (522 aa) initn: 506 init1: 242 opt: 504 Z-score: 344.5 bits: 73.5 E(32554): 7.2e-13 Smith-Waterman score: 686; 26.7% identity (54.9% similar) in 536 aa overlap (32-562:49-501) 10 20 30 40 50 60 pF1KB4 ESSKKMDSPGALQTNPPLKLHTDRSAGTPVFVPEQGGYKEKFVKTVEDKYKCEKCHLVLC :. : :: .: .:.::.: : ..: CCDS79 CCVAMASSCSAVTKDDSVGGTASTGNLSSSFMEEIQGYDVEFDPPLESKYECPICLMALR 20 30 40 50 60 70 70 80 90 100 110 120 pF1KB4 SPKQTECGHRFCESCMAALLSSSSPKCTACQESIVKDKVFKDNCCKREILALQIYCRNES :: ::::::..:. . ... :: . .: ......: :: :::::.:.. : :: CCDS79 EAVQTPCGHRFCKACIIKSIRDAGHKCPVDNEILLENQLFPDNFAKREILSLMVKCPNE- 80 90 100 110 120 130 130 140 150 160 170 180 pF1KB4 RGCAEQLMLGHLLVHLKNDCHFEELPCVRPDCKEKVLRKDLRDHVEKACKYREATCSHCK :: ... : :: : . :.: . : :.:.. . . :. : : :...:..: CCDS79 -GCLHKMELRHLEDH-QAHCEFALMDC--PQCQRPFQKFHINIHILKDCPRRQVSCDNCA 140 150 160 170 180 190 190 200 210 220 230 240 pF1KB4 SQVPMIALQKHEDTDCPCVVVSCPHKCSVQTLLRSELSAHLS-ECVNAPSTCSFKRYGCV ... . . : : .:: . : : . :.. :.: .. : . .: .:: :.:. .:: CCDS79 ASMAFEDKEIH-DQNCPLANVICEY-CNT-ILIREQMPNHYDLDCPTAPIPCTFSTFGCH 200 210 220 230 240 250 250 260 270 280 290 300 pF1KB4 FQGTNQQIKAHEASSAVQHVNLLKEWSNSLEKKVSLLQNESVEKNKSIQSLHNQICSFEI . ... : .. .:. .: . .:: :.. . . .. ...... : ..: CCDS79 EKMQRNHLARHLQENTQSHMRMLAQAVHSL----SVIPDSGYISE--VRNFQETIHQLEG 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KB4 EIERQKEMLRNNESKILHLQRVIDSQAEKLKELDKEIRPFRQNWEEADSMKSSVESLQNR .. :: ...:. .:. ..:. ..:: . :: .:... CCDS79 RLVRQDHQIRELTAKM-------ETQSMYVSELKRTIR-----------------TLEDK 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 pF1KB4 VTELESVDKSAGQVARNTGLLESQLSRHDQMLSVHDIRLADMDLRFQVLETASYNGVLIW :.:.: : : ::. :: CCDS79 VAEIE-----AQQC----------------------------------------NGIYIW 350 430 440 450 460 470 pF1KB4 KIRDYKRRKQEAVMGKTLSLYSQPFYTGYFGYKMCARVYLNGDGMGK-GTHLSLFFVIMR :: .. . . : . ..: :::: :::.: :..:. . ....::: :. CCDS79 KIGNFGMHLKCQEEEKPVVIHSPGFYTGKPGYKLCMRLHLQLPTAQRCANYISLFVHTMQ 360 370 380 390 400 410 480 490 500 510 520 530 pF1KB4 GEYDALLPWPFKQKVTLMLMDQGSS--RRHLGDAFKPDPNSSSFKKPTGEMNIAS-GCPV ::::. :::::. . : ..::. . :.. . . :. .:..:: : . : . CCDS79 GEYDSHLPWPFQGTIRLTILDQSEAPVRQNHEEIMDAKPELLAFQRPTIPRNPKGFGYVT 420 430 440 450 460 470 540 550 560 pF1KB4 FVAQTVLENGTYIKDDTIFIKVIVDTSDLPDP :. .:.. :.:::::.... :.: CCDS79 FMHLEALRQRTFIKDDTLLVRCEVSTRFDMGSLRREGFQPRSTDAGV 480 490 500 510 520 568 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sat Nov 5 12:20:32 2016 done: Sat Nov 5 12:20:33 2016 Total Scan time: 3.510 Total Display time: 0.080 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]