Result of FASTA (omim) for
pF1KB4967
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4967, 2414 aa
1>>>pF1KB4967 2414 - 2414 aa - 2414 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 18.5611+/-0.000545; mu= -35.2392+/- 0.034
mean_var=935.3053+/-194.677, 0's: 0 Z-trim(123.7): 94 B-trim: 0 in 0/61
Lambda= 0.041937
statistics sampled from 43989 (44107) to 43989 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.773), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16
Scan time: 24.060
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001420 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) hist (2414) 16836 1036.3 0
XP_006724228 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) P (2388) 12193 755.3 2e-216
XP_005255181 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2427) 8641 540.4 1e-151
NP_001073315 (OMIM: 180849,600140) CREB-binding pr (2404) 7025 442.7 2.7e-122
NP_004371 (OMIM: 180849,600140) CREB-binding prote (2442) 6812 429.8 2.1e-118
XP_016878433 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2440) 6810 429.7 2.3e-118
XP_011520683 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2191) 6715 423.9 1.1e-116
XP_005255182 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2303) 6510 411.5 6.3e-113
XP_006720911 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (2355) 3919 254.7 1e-65
XP_011520684 (OMIM: 180849,600140) PREDICTED: CREB (1286) 1881 131.2 8.2e-29
>>NP_001420 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) histone (2414 aa)
initn: 16836 init1: 16836 opt: 16836 Z-score: 5524.5 bits: 1036.3 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 16836; 100.0% identity (100.0% similar) in 2414 aa overlap (1-2414:1-2414)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGD
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NP_001 MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 INQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 INQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 GNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 PLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GDKRNQQPILTGAPVGLGNPSSLGVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GDKRNQQPILTGAPVGLGNPSSLGVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB4 PTQPQVQAKNQQNQQPGQSPQGMRPMSNMSASPMGVNGGVGVQTPSLLSDSMLHSAINSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTQPQVQAKNQQNQQPGQSPQGMRPMSNMSASPMGVNGGVGVQTPSLLSDSMLHSAINSQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB4 NPMMSENASVPSLGPMPTAAQPSTTGIRKQWHEDITQDLRNHLVHKLVQAIFPTPDPAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NPMMSENASVPSLGPMPTAAQPSTTGIRKQWHEDITQDLRNHLVHKLVQAIFPTPDPAAL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB4 KDRRMENLVAYARKVEGDMYESANNRAEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRTRLQKQNMLPN
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NP_001 KDRRMENLVAYARKVEGDMYESANNRAEYYHLLAEKIYKIQKELEEKRRTRLQKQNMLPN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB4 AAGMVPVSMNPGPNMGQPQPGMTSNGPLPDPSMIRGSVPNQMMPRITPQSGLNQFGQMSM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AAGMVPVSMNPGPNMGQPQPGMTSNGPLPDPSMIRGSVPNQMMPRITPQSGLNQFGQMSM
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB4 AQPPIVPRQTPPLQHHGQLAQPGALNPPMGYGPRMQQPSNQGQFLPQTQFPSQGMNVTNI
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NP_001 AQPPIVPRQTPPLQHHGQLAQPGALNPPMGYGPRMQQPSNQGQFLPQTQFPSQGMNVTNI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB4 PLAPSSGQAPVSQAQMSSSSCPVNSPIMPPGSQGSHIHCPQLPQPALHQNSPSPVPSRTP
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NP_001 PLAPSSGQAPVSQAQMSSSSCPVNSPIMPPGSQGSHIHCPQLPQPALHQNSPSPVPSRTP
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB4 TPHHTPPSIGAQQPPATTIPAPVPTPPAMPPGPQSQALHPPPRQTPTPPTTQLPQQVQPS
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NP_001 TPHHTPPSIGAQQPPATTIPAPVPTPPAMPPGPQSQALHPPPRQTPTPPTTQLPQQVQPS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB4 LPAAPSADQPQQQPRSQQSTAASVPTPTAPLLPPQPATPLSQPAVSIEGQVSNPPSTSST
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NP_001 LPAAPSADQPQQQPRSQQSTAASVPTPTAPLLPPQPATPLSQPAVSIEGQVSNPPSTSST
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB4 EVNSQAIAEKQPSQEVKMEAKMEVDQPEPADTQPEDISESKVEDCKMESTETEERSTELK
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NP_001 EVNSQAIAEKQPSQEVKMEAKMEVDQPEPADTQPEDISESKVEDCKMESTETEERSTELK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB4 TEIKEEEDQPSTSATQSSPAPGQSKKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TEIKEEEDQPSTSATQSSPAPGQSKKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVD
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KB4 PQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYK
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NP_001 PQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYK
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KB4 YCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHF
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NP_001 YCSKLSEVFEQEIDPVMQSLGYCCGRKLEFSPQTLCCYGKQLCTIPRDATYYSYQNRYHF
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KB4 CEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CEKCFNEIQGESVSLGDDPSQPQTTINKEQFSKRKNDTLDPELFVECTECGRKMHQICVL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KB4 HHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGE
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NP_001 HHEIIWPAGFVCDGCLKKSARTRKENKFSAKRLPSTRLGTFLENRVNDFLRRQNHPESGE
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KB4 VTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTVRVVHASDKTVEVKPGMKARFVDSGEMAESFPYRTKALFAFEEIDGVDLCFFGMHVQE
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KB4 YGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPP
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NP_001 YGSDCPPPNQRRVYISYLDSVHFFRPKCLRTAVYHEILIGYLEYVKKLGYTTGHIWACPP
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1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KB4 SEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SEGDDYIFHCHPPDQKIPKPKRLQEWYKKMLDKAVSERIVHDYKDIFKQATEDRLTSAKE
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KB4 LPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPYFEGDFWPNVLEESIKELEQEEEERKREENTSNESTDVTKGDSKNAKKKNNKKTSKNK
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KB4 SSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSLSRGNKKKPGMPNVSNDLSQKLYATMEKHKEVFFVIRLIAGPAANSLPPIVDPDPLIP
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KB4 CDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQDRFVYTCNECKHHVETR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CDLMDGRDAFLTLARDKHLEFSSLRRAQWSTMCMLVELHTQSQDRFVYTCNECKHHVETR
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KB4 WHCTVCEDYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAAATQSPGDSRRLSIQRCIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WHCTVCEDYDLCITCYNTKNHDHKMEKLGLGLDDESNNQQAAATQSPGDSRRLSIQRCIQ
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1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KB4 SLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQHTKGCKRKTNGGCPICKQLIALCCYHAKHCQENK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLVHACQCRNANCSLPSCQKMKRVVQHTKGCKRKTNGGCPICKQLIALCCYHAKHCQENK
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KB4 CPVPFCLNIKQKLRQQQLQHRLQQAQMLRRRMASMQRTGVVGQQQGLPSPTPATPTTPTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CPVPFCLNIKQKLRQQQLQHRLQQAQMLRRRMASMQRTGVVGQQQGLPSPTPATPTTPTG
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KB4 QQPTTPQTPQPTSQPQPTPPNSMPPYLPRTQAAGPVSQGKAAGQVTPPTPPQTAQPPLPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQPTTPQTPQPTSQPQPTPPNSMPPYLPRTQAAGPVSQGKAAGQVTPPTPPQTAQPPLPG
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KB4 PPPAAVEMAMQIQRAAETQRQMAHVQIFQRPIQHQMPPMTPMAPMGMNPPPMTRGPSGHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPPAAVEMAMQIQRAAETQRQMAHVQIFQRPIQHQMPPMTPMAPMGMNPPPMTRGPSGHL
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KB4 EPGMGPTGMQQQPPWSQGGLPQPQQLQSGMPRPAMMSVAQHGQPLNMAPQPGLGQVGISP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EPGMGPTGMQQQPPWSQGGLPQPQQLQSGMPRPAMMSVAQHGQPLNMAPQPGLGQVGISP
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KB4 LKPGTVSQQALQNLLRTLRSPSSPLQQQQVLSILHANPQLLAAFIKQRAAKYANSNPQPI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LKPGTVSQQALQNLLRTLRSPSSPLQQQQVLSILHANPQLLAAFIKQRAAKYANSNPQPI
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KB4 PGQPGMPQGQPGLQPPTMPGQQGVHSNPAMQNMNPMQAGVQRAGLPQQQPQQQLQPPMGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGQPGMPQGQPGLQPPTMPGQQGVHSNPAMQNMNPMQAGVQRAGLPQQQPQQQLQPPMGG
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2170 2180 2190 2200 2210 2220
pF1KB4 MSPQAQQMNMNHNTMPSQFRDILRRQQMMQQQQQQGAGPGIGPGMANHNQFQQPQGVGYP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSPQAQQMNMNHNTMPSQFRDILRRQQMMQQQQQQGAGPGIGPGMANHNQFQQPQGVGYP
2170 2180 2190 2200 2210 2220
2230 2240 2250 2260 2270 2280
pF1KB4 PQQQQRMQHHMQQMQQGNMGQIGQLPQALGAEAGASLQAYQQRLLQQQMGSPVQPNPMSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PQQQQRMQHHMQQMQQGNMGQIGQLPQALGAEAGASLQAYQQRLLQQQMGSPVQPNPMSP
2230 2240 2250 2260 2270 2280
2290 2300 2310 2320 2330 2340
pF1KB4 QQHMLPNQAQSPHLQGQQIPNSLSNQVRSPQPVPSPRPQSQPPHSSPSPRMQPQPSPHHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQHMLPNQAQSPHLQGQQIPNSLSNQVRSPQPVPSPRPQSQPPHSSPSPRMQPQPSPHHV
2290 2300 2310 2320 2330 2340
2350 2360 2370 2380 2390 2400
pF1KB4 SPQTSSPHPGLVAAQANPMEQGHFASPDQNSMLSQLASNPGMANLHGASATDLGLSTDNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SPQTSSPHPGLVAAQANPMEQGHFASPDQNSMLSQLASNPGMANLHGASATDLGLSTDNS
2350 2360 2370 2380 2390 2400
2410
pF1KB4 DLNSNLSQSTLDIH
::::::::::::::
NP_001 DLNSNLSQSTLDIH
2410
>>XP_006724228 (OMIM: 114500,180849,602700,613684) PREDI (2388 aa)
initn: 11998 init1: 11998 opt: 12193 Z-score: 4006.3 bits: 755.3 E(85289): 2e-216
Smith-Waterman score: 16580; 98.9% identity (98.9% similar) in 2414 aa overlap (1-2414:1-2388)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSLFDLEHDLPDELINSTELGLTNGGD
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 INQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 INQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGLINS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 MVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MVKSPMTQAGLTSPNMGMGTSGPNQGPTQSTGMMNSPVNQPAMGMNTGMNAGMNPGMLAA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 GNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GNGQGIMPNQVMNGSIGAGRGRQNMQYPNPGMGSAGNLLTEPLQQGSPQMGGQTGLRGPQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 PLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PLKMGMMNNPNPYGSPYTQNPGQQIGASGLGLQIQTKTVLSNNLSPFAMDKKAVPGGGMP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 NMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 NMGQQPAPQVQQPGLVTPVAQGMGSGAHTADPEKRKLIQQQLVLLLHAHKCQRREQANGE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 VRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 VRQCNLPHCRTMKNVLNHMTHCQSGKSCQVAHCASSRQIISHWKNCTRHDCPVCLPLKNA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 GDKRNQQPILTGAPVGLGNPSSLGVGQQSAPNLSTVSQIDPSSIERAYAALGLPYQVNQM
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