Result of FASTA (ccds) for
pF1KB4983
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4983, 509 aa
1>>>pF1KB4983 509 - 509 aa - 509 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9258+/-0.00108; mu= 13.9286+/- 0.064
mean_var=61.2009+/-12.337, 0's: 0 Z-trim(101.6): 41 B-trim: 337 in 1/47
Lambda= 0.163944
statistics sampled from 6561 (6591) to 6561 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.562), E-opt: 0.2 (0.202), width: 16
Scan time: 2.910
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5749.1 DLD gene_id:1738|Hs108|chr7 ( 509) 3324 795.3 0
CCDS78269.1 DLD gene_id:1738|Hs108|chr7 ( 486) 2725 653.6 1.4e-187
CCDS78268.1 DLD gene_id:1738|Hs108|chr7 ( 461) 2052 494.4 1.1e-139
CCDS34877.1 GSR gene_id:2936|Hs108|chr8 ( 522) 644 161.4 2.2e-39
CCDS58274.1 TXNRD1 gene_id:7296|Hs108|chr12 ( 461) 601 151.2 2.3e-36
CCDS53823.1 TXNRD1 gene_id:7296|Hs108|chr12 ( 499) 601 151.2 2.5e-36
CCDS53821.1 TXNRD1 gene_id:7296|Hs108|chr12 ( 551) 601 151.2 2.7e-36
CCDS53820.1 TXNRD1 gene_id:7296|Hs108|chr12 ( 649) 601 151.2 3.2e-36
CCDS42981.1 TXNRD2 gene_id:10587|Hs108|chr22 ( 524) 569 143.7 4.9e-34
CCDS77811.1 TXNRD3 gene_id:114112|Hs108|chr3 ( 643) 563 142.3 1.6e-33
CCDS56531.1 GSR gene_id:2936|Hs108|chr8 ( 493) 356 93.3 6.7e-19
CCDS63402.1 TXNRD2 gene_id:10587|Hs108|chr22 ( 338) 326 86.2 6.4e-17
CCDS56530.1 GSR gene_id:2936|Hs108|chr8 ( 440) 311 82.6 9.7e-16
CCDS56532.1 GSR gene_id:2936|Hs108|chr8 ( 469) 307 81.7 2e-15
>>CCDS5749.1 DLD gene_id:1738|Hs108|chr7 (509 aa)
initn: 3324 init1: 3324 opt: 3324 Z-score: 4246.4 bits: 795.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3324; 99.8% identity (100.0% similar) in 509 aa overlap (1-509:1-509)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MQSWSRVYCSLAKRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKA
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CCDS57 MQSWSRVYCSLAKRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AQLGFKTVCIEKNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 AQLGFKTVCIEKNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVIDTKNIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 DKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVIDTKNIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSFKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVT
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSLKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 AVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AEVITCDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 AEVITCDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MLAHKAEDEGIICVEGMAGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSEEQLKEEGIEYKVGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MLAHKAEDEGIICVEGMAGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSEEQLKEEGIEYKVGK
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 FPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 FPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDI
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KB4 ARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 ARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
490 500
>>CCDS78269.1 DLD gene_id:1738|Hs108|chr7 (486 aa)
initn: 2725 init1: 2725 opt: 2725 Z-score: 3481.1 bits: 653.6 E(32554): 1.4e-187
Smith-Waterman score: 3107; 95.3% identity (95.5% similar) in 509 aa overlap (1-509:1-486)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MQSWSRVYCSLAKRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MQSWSRVYCSLAKRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AQLGFKTVCIEKNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNL
:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AQLGFK-----------------------ALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNL
70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVIDTKNIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 DKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVIDTKNIL
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSFKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVT
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 IATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSLKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVT
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGK
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AEVITCDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AEVITCDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGP
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MLAHKAEDEGIICVEGMAGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSEEQLKEEGIEYKVGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MLAHKAEDEGIICVEGMAGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSEEQLKEEGIEYKVGK
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 FPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDI
400 410 420 430 440 450
490 500
pF1KB4 ARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 ARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
460 470 480
>>CCDS78268.1 DLD gene_id:1738|Hs108|chr7 (461 aa)
initn: 2052 init1: 2052 opt: 2052 Z-score: 2621.2 bits: 494.4 E(32554): 1.1e-139
Smith-Waterman score: 2915; 90.4% identity (90.6% similar) in 509 aa overlap (1-509:1-461)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MQSWSRVYCSLAKRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MQSWSRVYCSLAKRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AQLGFKTVCIEKNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AQLGFKTVCIEKNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 DKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVIDTKNIL
::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 DKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNK----------------------------------
130 140
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 IATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSFKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVT
::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 --------------IDEDTIVSSTGALSLKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVT
150 160 170 180 190
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 AVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGK
200 210 220 230 240 250
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 AEVITCDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 AEVITCDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGP
260 270 280 290 300 310
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 MLAHKAEDEGIICVEGMAGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSEEQLKEEGIEYKVGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 MLAHKAEDEGIICVEGMAGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSEEQLKEEGIEYKVGK
320 330 340 350 360 370
430 440 450 460 470 480
pF1KB4 FPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 FPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDI
380 390 400 410 420 430
490 500
pF1KB4 ARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS78 ARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
440 450 460
>>CCDS34877.1 GSR gene_id:2936|Hs108|chr8 (522 aa)
initn: 519 init1: 146 opt: 644 Z-score: 820.5 bits: 161.4 E(32554): 2.2e-39
Smith-Waterman score: 644; 30.5% identity (63.3% similar) in 463 aa overlap (43-492:66-516)
20 30 40 50 60 70
pF1KB4 KRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQPIDADVTVIGSGPGGYVAAIKAAQLGFKTVCIEK
: :::.: :: ..: .::.:: ... .:.
CCDS34 LTRALSRAMACRQEPQPQGPPPAAGAVASYDYLVIGGGSGGLASARRAAELGARAAVVES
40 50 60 70 80 90
80 90 100 110 120 130
pF1KB4 NETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSEVRLNLDKMMEQKSTAVK
.. :::::.::::.:.:.. :.. . .. : : :. :. : ..: . :.... :.
CCDS34 HK-LGGTCVNVGCVPKKVMWNTAVHSEFMH--DHADYGFPSCEGKFNWRVIKEKRDAYVS
100 110 120 130 140 150
140 150 160 170 180
pF1KB4 ALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVIDTKNILIATGS-EVTP--
:.. . . .... . :.. .:. . : ...: . . .::::::. ::
CCDS34 RLNAIYQNNLTKSHIEIIRGHAAFTSDPKPTI-EVSG--KKYTAPHILIATGGMPSTPHE
160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 --FPGITIDEDTIVSSTGALSFKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRLGADVTAVEFLGH
.:: .. ..: : ......: . :..::: :.::.... . ::. .. . .
CCDS34 SQIPGASLG----ITSDGFFQLEELPGRSVIVGAGYIAVEMAGILSALGSKTSLMIRHDK
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 VGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFKLNTKVTGATKKSDGKIDVSIEAASGGKAEVIT--
: ..: :: : . :.. : . :. . . .::. . ..::. .: :. :.:
CCDS34 VLR-SFDSMISTNCTEELENAGVEV-LKFSQVKEVKKTLSGLEVSMVTAVPGRLPVMTMI
270 280 290 300 310 320
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 --CDVLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPRGRIPVNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGPMLA
: :: ::: : ::.:.:..:::. : .:.: :. .:.. .:::.::: . .:.
CCDS34 PDVDCLLWAIGRVPNTKDLSLNKLGIQTDDKGHIIVDEFQNTNVKGIYAVGDVCGKALLT
330 340 350 360 370 380
370 380 390 400 410
pF1KB4 HKAEDEGIICVEGM--AGGAVHIDYNCVPSVIYTHPEVAWVGKSE-EQLKEEGIE-YKVG
: : .. . ..::: .:.:...:: .. :: .: : ... ::: :.
CCDS34 PVAIAAGRKLAHRLFEYKEDSKLDYNNIPTVVFSHPPIGTVGLTEDEAIHKYGIENVKTY
390 400 410 420 430 440
420 430 440 450 460 470
pF1KB4 KFPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVLGAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCED
. :. .: :. : ..:.. .. ..:.: :. : : ::.. :.:...::. :
CCDS34 STSFTPMYHAVTKRKTKCVMKMVCANKEEKVVGIHMQGLGCDEMLQGFAVAVKMGATKAD
450 460 470 480 490 500
480 490 500
pF1KB4 IARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
. . ::: ::
CCDS34 FDNTVAIHPTSSEELVTLR
510 520
>>CCDS58274.1 TXNRD1 gene_id:7296|Hs108|chr12 (461 aa)
initn: 515 init1: 133 opt: 601 Z-score: 766.4 bits: 151.2 E(32554): 2.3e-36
Smith-Waterman score: 628; 30.3% identity (63.5% similar) in 446 aa overlap (76-507:17-454)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 VIGSGPGGYVAAIKAAQLGFKTVCIEKNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKD
:::::.::::::.: :.... .: .:
CCDS58 MVLDFVTPTPLGTRWGLGGTCVNVGCIPKK-LMHQAALLGQAL-QD
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 FASRGIEMSE-VRLNLDKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTA
. : .. : :. . :.:.: .. . .:. : ....:::. :.::.. : ... :
CCDS58 SRNYGWKVEETVKHDWDRMIEAVQNHIGSLNWGYRVALREKKVVYENAYGQFIGPHRIKA
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 TKADGGTQVIDTKNILIATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSFKKVPEKMVVIGAGVI
:. : .. ... .::::: : . :: :.. .:: .:. : : .:.::. .
CCDS58 TNNKGKEKIYSAERFLIATG-ERPRYLGIPGDKEYCISSDDLFSLPYCPGKTLVVGASYV
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 GVELGSVWQRLGADVTAVEFLGHVGGVGIDMEISKNFQRILQKQGFKFK---LNTKVTGA
..: .. .: :::.. . . :.:....... . ....:.:: . ::
CCDS58 ALECAGFLAGIGLDVTVM--VRSILLRGFDQDMANKIGEHMEEHGIKFIRQFVPIKVEQI
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320 330
pF1KB4 TKKSDGKIDVSIEAASGGKAEVITCD--VLLVCIGRRPFTKNLGLEELGIELDPR-GRIP
. :.. : : : .. :.: . .... ::: :...::: .:.... . :.::
CCDS58 EAGTPGRLRVV--AQSTNSEEIIEGEYNTVMLAIGRDACTRKIGLETVGVKINEKTGKIP
230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 VNTRFQTKIPNIYAIGDVVAGPM-LAHKAEDEGIICVEGM-AGGAVHIDYNCVPSVIYTH
:. . ::..: ::::::.. . :. : . : . .. . ::..:. ::. ::....:
CCDS58 VTDEEQTNVPYIYAIGDILEDKVELTPVAIQAGRLLAQRLYAGSTVKCDYENVPTTVFTP
280 290 300 310 320 330
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 PEVAWVGKSEEQ----LKEEGIE-YKVGKFPFAANSRAKTNADTDGMVKILGQKSTDRVL
: . : :::. . ::.:: :. .:. . .. : . . : . :...::.
CCDS58 LEYGACGLSEEKAVEKFGEENIEVYHSYFWPLEWTIPSRDNNKCYAKI-ICNTKDNERVV
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500
pF1KB4 GAHILGPGAGEMVNEAALALEYGASCEDIARVCHAHPTLSEAFREANLAASFGKSINF
: :.:::.:::... : ::. : . ... . ::. .:.: ... : ::
CCDS58 GFHVLGPNAGEVTQGFAAALKCGLTKKQLDSTIGIHPVCAEVFTTLSVTKRSGASILQAG
400 410 420 430 440 450
CCDS58 CCG
460
>>CCDS53823.1 TXNRD1 gene_id:7296|Hs108|chr12 (499 aa)
initn: 574 init1: 133 opt: 601 Z-score: 765.8 bits: 151.2 E(32554): 2.5e-36
Smith-Waterman score: 687; 30.5% identity (62.2% similar) in 495 aa overlap (37-507:6-492)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 VYCSLAKRGHFNRISHGLQGLSAVPLRTYADQP--IDADVTVIGSGPGGYVAAIKAAQLG
: : : :. .::.: :: .:: .::: :
CCDS53 MNGPEDLPKSYDYDLIIIGGGSGGLAAAKEAAQYG
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB4 FKTVCIE--------KNETLGGTCLNVGCIPSKALLNNSHYYHMAHGKDFASRGIEMSE-
:.. .. :::::.::::::.: :.... .: .: . : .. :
CCDS53 KKVMVLDFVTPTPLGTRWGLGGTCVNVGCIPKK-LMHQAALLGQAL-QDSRNYGWKVEET
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 VRLNLDKMMEQKSTAVKALTGGIAHLFKQNKVVHVNGYGKITGKNQVTATKADGGTQVID
:. . :.:.: .. . .:. : ....:::. :.::.. : ... ::. : .. .
CCDS53 VKHDWDRMIEAVQNHIGSLNWGYRVALREKKVVYENAYGQFIGPHRIKATNNKGKEKIYS
100 110 120 130 140 150
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pF1KB4 TKNILIATGSEVTPFPGITIDEDTIVSSTGALSFKKVPEKMVVIGAGVIGVELGSVWQRL
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CCDS77 GFAAAMKCGLTKQLLDDTIGIHPTCGEVFTTLEITKSSGLDITQKGCCG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]