Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5050
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5050, 627 aa
1>>>pF1KB5050 627 - 627 aa - 627 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7961+/-0.00135; mu= 6.1209+/- 0.078
mean_var=164.9890+/-36.133, 0's: 0 Z-trim(104.5): 196 B-trim: 448 in 1/51
Lambda= 0.099850
statistics sampled from 7712 (7941) to 7712 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.244), width: 16
Scan time: 3.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3778.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 627) 4285 630.6 1.9e-180
CCDS3777.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 707) 3694 545.5 8.8e-155
CCDS34078.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 ( 589) 3691 545.0 1e-154
CCDS10461.1 TRAF7 gene_id:84231|Hs108|chr16 ( 670) 487 83.5 9.9e-16
CCDS7511.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 569) 450 78.1 3.5e-14
CCDS73183.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 579) 450 78.1 3.6e-14
CCDS7512.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 ( 605) 450 78.1 3.7e-14
CCDS3012.1 WDR5B gene_id:54554|Hs108|chr3 ( 330) 441 76.7 5.6e-14
CCDS6981.1 WDR5 gene_id:11091|Hs108|chr9 ( 334) 432 75.4 1.4e-13
CCDS7547.1 TAF5 gene_id:6877|Hs108|chr10 ( 800) 432 75.6 2.8e-13
CCDS10788.1 KATNB1 gene_id:10300|Hs108|chr16 ( 655) 415 73.1 1.3e-12
CCDS47340.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 508) 411 72.5 1.6e-12
CCDS47341.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 529) 411 72.5 1.6e-12
CCDS34289.1 FBXW11 gene_id:23291|Hs108|chr5 ( 542) 411 72.5 1.7e-12
CCDS11199.3 FBXW10 gene_id:10517|Hs108|chr17 (1052) 410 72.6 3.1e-12
CCDS45619.1 CDRT1 gene_id:374286|Hs108|chr17 ( 752) 396 70.4 9.6e-12
CCDS73996.1 CDRT1 gene_id:374286|Hs108|chr17 ( 714) 395 70.3 1e-11
CCDS56341.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 505) 390 69.4 1.3e-11
CCDS34083.1 PLRG1 gene_id:5356|Hs108|chr4 ( 514) 390 69.5 1.3e-11
>>CCDS3778.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 (627 aa)
initn: 4285 init1: 4285 opt: 4285 Z-score: 3353.1 bits: 630.6 E(32554): 1.9e-180
Smith-Waterman score: 4285; 100.0% identity (100.0% similar) in 627 aa overlap (1-627:1-627)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MCVPRSGLILSCICLYCGVLLPVLLPNLPFLTCLSMSTLESVTYLPEKGLYCQRLPSSRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 MCVPRSGLILSCICLYCGVLLPVLLPNLPFLTCLSMSTLESVTYLPEKGLYCQRLPSSRT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 HGGTESLKGKNTENMGFYGTLKMIFYKMKRKLDHGSEVRSFSLGKKPCKVSEYTSTTGLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 HGGTESLKGKNTENMGFYGTLKMIFYKMKRKLDHGSEVRSFSLGKKPCKVSEYTSTTGLV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PCSATPTTFGDLRAANGQGQQRRRITSVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEKLLALDELIDSC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 PCSATPTTFGDLRAANGQGQQRRRITSVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEKLLALDELIDSC
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 EPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKELALYVLSFLEPKDLLQAAQTCRYWRILAEDNLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 EPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKELALYVLSFLEPKDLLQAAQTCRYWRILAEDNLL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 WREKCKEEGIDEPLHIKRRKVIKPGFIHSPWKSAYIRQHRIDTNWRRGELKSPKVLKGHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 WREKCKEEGIDEPLHIKRRKVIKPGFIHSPWKSAYIRQHRIDTNWRRGELKSPKVLKGHD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 DHVITCLQFCGNRIVSGSDDNTLKVWSAVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIISGSTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 DHVITCLQFCGNRIVSGSDDNTLKVWSAVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIISGSTD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 RTLKVWNAETGECIHTLYGHTSTVRCMHLHEKRVVSGSRDATLRVWDIETGQCLHVLMGH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 RTLKVWNAETGECIHTLYGHTSTVRCMHLHEKRVVSGSRDATLRVWDIETGQCLHVLMGH
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 VAAVRCVQYDGRRVVSGAYDFMVKVWDPETETCLHTLQGHTNRVYSLQFDGIHVVSGSLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 VAAVRCVQYDGRRVVSGAYDFMVKVWDPETETCLHTLQGHTNRVYSLQFDGIHVVSGSLD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 TSIRVWDVETGNCIHTLTGHQSLTSGMELKDNILVSGNADSTVKIWDIKTGQCLQTLQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 TSIRVWDVETGNCIHTLTGHQSLTSGMELKDNILVSGNADSTVKIWDIKTGQCLQTLQGP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 NKHQSAVTCLQFNKNFVITSSDDGTVKLWDLKTGEFIRNLVTLESGGSGGVVWRIRASNT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 NKHQSAVTCLQFNKNFVITSSDDGTVKLWDLKTGEFIRNLVTLESGGSGGVVWRIRASNT
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KB5 KLVCAVGSRNGTEETKLLVLDFDVDMK
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KLVCAVGSRNGTEETKLLVLDFDVDMK
610 620
>>CCDS3777.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 (707 aa)
initn: 3694 init1: 3694 opt: 3694 Z-score: 2892.3 bits: 545.5 E(32554): 8.8e-155
Smith-Waterman score: 3694; 100.0% identity (100.0% similar) in 541 aa overlap (87-627:167-707)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SSRTHGGTESLKGKNTENMGFYGTLKMIFYKMKRKLDHGSEVRSFSLGKKPCKVSEYTST
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 HTHTNSVTNSSSIVDLPVHQLSSPFYTKTTKMKRKLDHGSEVRSFSLGKKPCKVSEYTST
140 150 160 170 180 190
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TGLVPCSATPTTFGDLRAANGQGQQRRRITSVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEKLLALDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 TGLVPCSATPTTFGDLRAANGQGQQRRRITSVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEKLLALDEL
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 IDSCEPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKELALYVLSFLEPKDLLQAAQTCRYWRILAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 IDSCEPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKELALYVLSFLEPKDLLQAAQTCRYWRILAE
260 270 280 290 300 310
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DNLLWREKCKEEGIDEPLHIKRRKVIKPGFIHSPWKSAYIRQHRIDTNWRRGELKSPKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 DNLLWREKCKEEGIDEPLHIKRRKVIKPGFIHSPWKSAYIRQHRIDTNWRRGELKSPKVL
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 KGHDDHVITCLQFCGNRIVSGSDDNTLKVWSAVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KGHDDHVITCLQFCGNRIVSGSDDNTLKVWSAVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIIS
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 GSTDRTLKVWNAETGECIHTLYGHTSTVRCMHLHEKRVVSGSRDATLRVWDIETGQCLHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 GSTDRTLKVWNAETGECIHTLYGHTSTVRCMHLHEKRVVSGSRDATLRVWDIETGQCLHV
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LMGHVAAVRCVQYDGRRVVSGAYDFMVKVWDPETETCLHTLQGHTNRVYSLQFDGIHVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 LMGHVAAVRCVQYDGRRVVSGAYDFMVKVWDPETETCLHTLQGHTNRVYSLQFDGIHVVS
500 510 520 530 540 550
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 GSLDTSIRVWDVETGNCIHTLTGHQSLTSGMELKDNILVSGNADSTVKIWDIKTGQCLQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 GSLDTSIRVWDVETGNCIHTLTGHQSLTSGMELKDNILVSGNADSTVKIWDIKTGQCLQT
560 570 580 590 600 610
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 LQGPNKHQSAVTCLQFNKNFVITSSDDGTVKLWDLKTGEFIRNLVTLESGGSGGVVWRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 LQGPNKHQSAVTCLQFNKNFVITSSDDGTVKLWDLKTGEFIRNLVTLESGGSGGVVWRIR
620 630 640 650 660 670
600 610 620
pF1KB5 ASNTKLVCAVGSRNGTEETKLLVLDFDVDMK
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 ASNTKLVCAVGSRNGTEETKLLVLDFDVDMK
680 690 700
>>CCDS34078.1 FBXW7 gene_id:55294|Hs108|chr4 (589 aa)
initn: 3691 init1: 3691 opt: 3691 Z-score: 2891.1 bits: 545.0 E(32554): 1e-154
Smith-Waterman score: 3691; 99.8% identity (100.0% similar) in 541 aa overlap (87-627:49-589)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 SSRTHGGTESLKGKNTENMGFYGTLKMIFYKMKRKLDHGSEVRSFSLGKKPCKVSEYTST
.:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KSAKEPLPHQTVMKIFSISIIAQGLPFCRRRMKRKLDHGSEVRSFSLGKKPCKVSEYTST
20 30 40 50 60 70
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 TGLVPCSATPTTFGDLRAANGQGQQRRRITSVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEKLLALDEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TGLVPCSATPTTFGDLRAANGQGQQRRRITSVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEKLLALDEL
80 90 100 110 120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 IDSCEPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKELALYVLSFLEPKDLLQAAQTCRYWRILAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 IDSCEPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKELALYVLSFLEPKDLLQAAQTCRYWRILAE
140 150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 DNLLWREKCKEEGIDEPLHIKRRKVIKPGFIHSPWKSAYIRQHRIDTNWRRGELKSPKVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DNLLWREKCKEEGIDEPLHIKRRKVIKPGFIHSPWKSAYIRQHRIDTNWRRGELKSPKVL
200 210 220 230 240 250
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 KGHDDHVITCLQFCGNRIVSGSDDNTLKVWSAVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KGHDDHVITCLQFCGNRIVSGSDDNTLKVWSAVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIIS
260 270 280 290 300 310
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 GSTDRTLKVWNAETGECIHTLYGHTSTVRCMHLHEKRVVSGSRDATLRVWDIETGQCLHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GSTDRTLKVWNAETGECIHTLYGHTSTVRCMHLHEKRVVSGSRDATLRVWDIETGQCLHV
320 330 340 350 360 370
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LMGHVAAVRCVQYDGRRVVSGAYDFMVKVWDPETETCLHTLQGHTNRVYSLQFDGIHVVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LMGHVAAVRCVQYDGRRVVSGAYDFMVKVWDPETETCLHTLQGHTNRVYSLQFDGIHVVS
380 390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KB5 GSLDTSIRVWDVETGNCIHTLTGHQSLTSGMELKDNILVSGNADSTVKIWDIKTGQCLQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GSLDTSIRVWDVETGNCIHTLTGHQSLTSGMELKDNILVSGNADSTVKIWDIKTGQCLQT
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 LQGPNKHQSAVTCLQFNKNFVITSSDDGTVKLWDLKTGEFIRNLVTLESGGSGGVVWRIR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LQGPNKHQSAVTCLQFNKNFVITSSDDGTVKLWDLKTGEFIRNLVTLESGGSGGVVWRIR
500 510 520 530 540 550
600 610 620
pF1KB5 ASNTKLVCAVGSRNGTEETKLLVLDFDVDMK
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ASNTKLVCAVGSRNGTEETKLLVLDFDVDMK
560 570 580
>>CCDS10461.1 TRAF7 gene_id:84231|Hs108|chr16 (670 aa)
initn: 358 init1: 252 opt: 487 Z-score: 395.9 bits: 83.5 E(32554): 9.9e-16
Smith-Waterman score: 491; 29.0% identity (57.7% similar) in 414 aa overlap (177-569:279-668)
150 160 170 180 190 200
pF1KB5 SVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEKLLALDELIDSCEPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPK
...:. .:...: . .:.. ..: :
CCDS10 AHLKECEHIKCPHSKYGCTFIGNQDTYETHLETCRFEGLKEFLQQTDDRFHEMHVALAQK
250 260 270 280 290 300
210 220 230 240 250
pF1KB5 ELALYVL-SFL----EPKDLLQAAQTCRY------WRILAEDNLLWREKCKEEGIDEPLH
. . : :.: : : :. . .. :.:: . .:. . . :: :
CCDS10 DQEIAFLRSMLGKLSEKIDQLEKSLELKFDVLDENQSKLSEDLMEFRRDASMLN-DELSH
310 320 330 340 350 360
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 IKRRKVIKPGFIHSPWKSAYIRQHRIDTNWRRGELKSPKVLKGHDDHV-ITCLQFCGNRI
:. : .. :.. : : :. .: .. ::. : :. :. .
CCDS10 INAR--LNMGILGS-----YDPQQI---------FKCKGTFVGHQGPVWCLCVYSMGDLL
370 380 390 400 410
320 330 340 350 360 370
pF1KB5 VSGSDDNTLKVW-SAVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIISGSTDRTLKVWNAETGEC
:::.:.:.::: . .: :: .:: :: : : . .. . :::.: :. ::. .. .
CCDS10 FSGSSDKTIKVWDTCTTYKCQKTLEGHDGIVLALCIQGCKLYSGSADCTIIVWDIQNLQK
420 430 440 450 460 470
380 390 400 410 420
pF1KB5 IHTLYGHTSTVRCMHLHEKRVV-SGSRDATLRVWDIETGQCLHV---LMGHVAAVRCVQY
..:. .: . : : . . :. ::: : ..:::: .: :.. : : :: .
CCDS10 VNTIRAHDNPV-CTLVSSHNVLFSGSLKA-IKVWDI-VGTELKLKKELTGLNHWVRALVA
480 490 500 510 520
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 DGRRVVSGAYDFMVKVWDPETETCLHTLQGHTNRVYSLQFDGIHVVSGSLDTSIRVWDVE
. ::.:. .:.:: .: :.:.:: . :::. . :.: :. .. :.:::.:
CCDS10 AQSYLYSGSYQ-TIKIWDIRTLDCIHVLQTSGGSVYSIAVTNHHIVCGTYENLIHVWDIE
530 540 550 560 570 580
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 TGNCIHTLTGHQSLTSGMEL---KDNILV-SGNADSTVKIWDIKTGQCLQTLQGPNKHQS
. . ..::::: . . .. . :. : :.. : ....:.. . : ::: .::.
CCDS10 SKEQVRTLTGHVGTVYALAVISTPDQTKVFSASYDRSLRVWSMDNMICTQTLL---RHQG
590 600 610 620 630 640
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 AVTCLQFNKNFVITSSDDGTVKLWDLKTGEFIRNLVTLESGGSGGVVWRIRASNTKLVCA
.:: : ... ..... :.:::.:
CCDS10 SVTALAVSRGRLFSGAVDSTVKVWTC
650 660 670
>>CCDS7511.1 BTRC gene_id:8945|Hs108|chr10 (569 aa)
initn: 721 init1: 413 opt: 450 Z-score: 368.1 bits: 78.1 E(32554): 3.5e-14
Smith-Waterman score: 829; 32.6% identity (62.9% similar) in 466 aa overlap (140-571:86-546)
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 VSEYTSTTGLVPCSATPTTFGDLRAANGQGQQRRRITSVQPPTGLQEWLKMFQSWSGPEK
.::. .: . : .:.:..:: ..
CCDS75 TVCLASTAMKTENCVAKTKLANGTSSMIVPKQRKLSASYEKEKELC--VKYFEQWSESDQ
60 70 80 90 100 110
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 LLALDELIDSCEPTQVKHMMQVIEPQFQRDFISLLPKE----LALYVLSFLEPKDLLQAA
. ...::.. : :. . ..:..:::::. :: . .: .::.:. :.: :
CCDS75 VEFVEHLISQMCHYQHGHINSYLKPMLQRDFITALPARGLDHIAENILSYLDAKSLCAAE
120 130 140 150 160 170
230 240 250 260 270
pF1KB5 QTCRYWRILAEDNLLWREKCKEEGIDEPLH---IKRR---KVI---KPGFIHSPWKSAY-
.:. : .. :..::.. .. . : .:: . . :: ..: .: :
CCDS75 LVCKEWYRVTSDGMLWKKLIERMVRTDSLWRGLAERRGWGQYLFKNKPPDGNAPPNSFYR
180 190 200 210 220 230
280 290 300 310 320
pF1KB5 -----IRQ--HRIDTNWRRGELKSPKV-LKGHDDHVITCLQFCGNRIVSGSDDNTLKVWS
: : . :..::: :. . .. ... .. . :::. ..:::: :::.:.:.
CCDS75 ALYPKIIQDIETIESNWRCGRHSLQRIHCRSETSKGVYCLQYDDQKIVSGLRDNTIKIWD
240 250 260 270 280 290
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 AVTGKCLRTLVGHTGGVWSSQMRDNIIISGSTDRTLKVWNAETGECIHTLYGHTSTVRCM
: .: : :.::::.: :. . .::.::.: :..::...::: ..:: : .: .
CCDS75 KNTLECKRILTGHTGSVLCLQYDERVIITGSSDSTVRVWDVNTGEMLNTLIHHCEAVLHL
300 310 320 330 340 350
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 HLHEKRVVSGSRDATLRVWDIETGQCL---HVLMGHVAAVRCVQYDGRRVVSGAYDFMVK
.... .:. :.: .. :::. . . .::.:: ::: :..: . .::.. : .:
CCDS75 RFNNGMMVTCSKDRSIAVWDMASPTDITLRRVLVGHRAAVNVVDFDDKYIVSASGDRTIK
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CCDS75 ---KQASDLSLIDKESDDVLERIMDEKTASELKILYGHSGPVYGASFSPDRNYLLSSSED
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CCDS75 GHLADVNCTRFHPNSNYVATGSADRTVRLWDVLNGNCVRIFTGHKGPIHSLTFSPNGRFL
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CCDS75 ATGATDGRVLLWDIGHGLMVGELKG---HTDTVCSLRFSRDGEILASGSMDNTVRLWDAI
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CCDS75 KAFEDLETDDFTTATGHINLPENSQELLLGTYMTKSTPVVHLHFTRRNLVLAAGAYSPQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]