FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5093, 951 aa 1>>>pF1KB5093 951 - 951 aa - 951 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6962+/-0.00049; mu= 20.3752+/- 0.030 mean_var=140.9593+/-31.933, 0's: 0 Z-trim(112.0): 497 B-trim: 1935 in 2/50 Lambda= 0.108026 statistics sampled from 20125 (20758) to 20125 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16 Scan time: 9.850 The best scores are: opt bits E(85289) NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repea ( 951) 6343 1001.9 0 NP_001333361 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich re ( 927) 5770 912.6 0 NP_003658 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-conta ( 907) 1748 285.8 6.8e-76 NP_001017403 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 967) 1676 274.6 1.7e-72 XP_011508141 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 1665 272.9 5.3e-72 NP_067649 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-conta ( 915) 1558 256.2 5.6e-67 XP_005245461 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 924) 1556 255.9 7e-67 XP_011508143 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 1314 218.1 1.5e-55 XP_016857486 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 833) 1314 218.1 1.5e-55 XP_016857485 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 876) 1256 209.1 8.1e-53 NP_001264156 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-co ( 835) 1171 195.8 7.6e-49 XP_011508140 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 900) 1084 182.3 9.6e-45 XP_011508144 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 777) 1082 181.9 1.1e-44 XP_011508148 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 777) 1082 181.9 1.1e-44 XP_011508145 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 777) 1082 181.9 1.1e-44 XP_011508142 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 852) 1071 180.2 3.8e-44 NP_001264155 (OMIM: 606667) leucine-rich repeat-co ( 883) 1041 175.6 9.9e-43 XP_016857487 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 609) 1003 169.5 4.8e-41 NP_001017404 (OMIM: 606653) leucine-rich repeat-co ( 828) 969 164.3 2.3e-39 XP_011508146 (OMIM: 606653) PREDICTED: leucine-ric ( 708) 760 131.7 1.3e-29 XP_005268094 (OMIM: 275200,603372,603373,609152) P ( 764) 685 120.0 4.6e-26 NP_000360 (OMIM: 275200,603372,603373,609152) thyr ( 764) 685 120.0 4.6e-26 NP_852111 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) foll ( 669) 682 119.5 5.8e-26 NP_000136 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) foll ( 695) 651 114.7 1.7e-24 XP_011535421 (OMIM: 275200,603372,603373,609152) P ( 671) 611 108.4 1.2e-22 NP_004961 (OMIM: 601489,615961) insulin-like growt ( 605) 592 105.4 9.1e-22 NP_001139478 (OMIM: 601489,615961) insulin-like gr ( 643) 592 105.4 9.5e-22 XP_011531036 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 618) 557 100.0 4.1e-20 XP_011531035 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 729) 557 100.1 4.5e-20 XP_011531037 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 431) 542 97.4 1.6e-19 XP_011531038 (OMIM: 136435,233300,276400,608115) P ( 431) 542 97.4 1.6e-19 XP_011531136 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 380) 531 95.6 5e-19 XP_005264366 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 380) 531 95.6 5e-19 XP_006712078 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 389) 531 95.7 5.1e-19 NP_001288115 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288129 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288123 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288126 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288127 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288118 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288124 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288120 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288121 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 XP_011520420 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 533 96.2 5.4e-19 XP_016878171 (OMIM: 609791) PREDICTED: leucine-ric ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288116 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_001288128 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat an ( 614) 533 96.2 5.4e-19 NP_116197 (OMIM: 609791) leucine-rich repeat and i ( 620) 533 96.2 5.4e-19 XP_016859579 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 487) 531 95.8 5.8e-19 XP_011531133 (OMIM: 152790,176410,238320) PREDICTE ( 487) 531 95.8 5.8e-19 >>NP_060960 (OMIM: 606666,615311) leucine-rich repeat-co (951 aa) initn: 6343 init1: 6343 opt: 6343 Z-score: 5353.5 bits: 1001.9 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6343; 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NP_003 CSPSPGPFKPCEHLLDGWLIRIGVWTIAVLALTCNALVTSTVFRSPLYISPIKLLIGVIA 550 560 570 580 590 600 590 600 610 620 630 640 pF1KB5 VSNLFMGIYTGILTFLDAVSWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATV . :.. :. ...:. .:: ..: ::. : :::.: ::.: :::..:.:::..::: ::.. NP_003 AVNMLTGVSSAVLAGVDAFTFGSFARHGAWWENGVGCHVIGFLSIFASESSVFLLTLAAL 610 620 630 640 650 660 650 660 670 680 690 700 pF1KB5 ERSLSAKDIMKNGKSNHLKQFRVAALLAFLGATVAGCFPLFHRGEYSASPLCLPFPTGET ::..:.: : . .....: :: : : . . ::. ..:.:::::::.: :: NP_003 ERGFSVKYSAKFETKAPFSSLKVIILLCALLALTMAAVPLLGGSKYGASPLCLPLPFGEP 670 680 690 700 710 720 710 720 730 740 750 760 pF1KB5 PSLGFTVTLVLLNSLAFLLMAVIYTKLYCNLEKEDLSENSQSSMIKHVAWLIFTNCIFFC ..:. :.:.::::: ::.:.. ::::::::.: :: . . ::.::.: :.:::::. : NP_003 STMGYMVALILLNSLCFLMMTIAYTKLYCNLDKGDLENIWDCSMVKHIALLLFTNCILNC 730 740 750 760 770 780 770 780 790 800 810 pF1KB5 PVAFFSFAPLITAISISPEIMKSVTLIFFPLPACLNPVLYVFFNPKFKEDWKLLKRRV-- ::::.::. ::. ::::..: . :. ::::::::.::..:::.:::: :.... 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XP_011 TTLPLAGLGGLMHLKLKGNLALSQAFSKDSFPKLRILEVPYAYQCCPYGMCASFFKASGQ 370 380 390 400 410 420 490 500 510 520 530 pF1KB5 LNTEDNSLQDHSVA---------QEKGTADAANVTSTLENEEHS-QIIIHCTPSTGAFKP ..:: :.:. . : .. : :: :. . . ..:.:. : ::: XP_011 WEAEDLHLDDEESSKRPLGLLARQAENHYDQDLDELQLEMEDSKPHPSVQCSPTPGPFKP 430 440 450 460 470 480 540 550 560 570 580 590 pF1KB5 CEYLLGSWMIRLTVWFIFLVALFFNLLVILTTFASC-TSLPSSKLFIGLISVSNLFMGIY ::::. :: :::.:: : :.... : ::.::.::. . :: :. .: :. .: . :: XP_011 CEYLFESWGIRLAVWAIVLLSVLCNGLVLLTVFAGGPVPLPPVKFVVGAIAGANTLTGIS 490 500 510 520 530 540 600 610 620 630 640 650 pF1KB5 TGILTFLDAVSWGRFAEFGIWWETGSGCKVAGFLAVFSSESAIFLLMLATVERSLSAKDI :.:. .::...:.:.:.: :::: ::...:::::..::....:: ::.:. :.:.. . 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