Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5101
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5101, 1049 aa
1>>>pF1KB5101 1049 - 1049 aa - 1049 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3551+/-0.000911; mu= 17.3955+/- 0.055
mean_var=99.4746+/-19.798, 0's: 0 Z-trim(108.9): 31 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.128593
statistics sampled from 10502 (10533) to 10502 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.324), width: 16
Scan time: 5.150
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8880.1 ITGA5 gene_id:3678|Hs108|chr12 (1049) 7138 1335.4 0
CCDS31155.1 ITGA8 gene_id:8516|Hs108|chr10 (1063) 2840 538.0 4.1e-152
CCDS46471.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1002) 2582 490.1 1e-137
CCDS2292.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1048) 2582 490.1 1e-137
CCDS46470.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1012) 2133 406.8 1.2e-112
CCDS32665.1 ITGA2B gene_id:3674|Hs108|chr17 (1039) 2058 392.9 1.9e-108
CCDS42788.1 ITGA4 gene_id:3676|Hs108|chr2 (1032) 837 166.4 2.9e-40
CCDS2669.1 ITGA9 gene_id:3680|Hs108|chr3 (1035) 716 143.9 1.7e-33
CCDS11558.1 ITGA3 gene_id:3675|Hs108|chr17 (1051) 669 135.2 7.1e-31
CCDS45461.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16 (1086) 576 118.0 1.1e-25
CCDS32433.1 ITGAL gene_id:3683|Hs108|chr16 (1170) 574 117.6 1.6e-25
CCDS45291.1 ITGA11 gene_id:22801|Hs108|chr15 (1188) 566 116.1 4.4e-25
CCDS32438.1 ITGAD gene_id:3681|Hs108|chr16 (1161) 564 115.8 5.6e-25
CCDS45470.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1152) 526 108.7 7.4e-23
CCDS54004.1 ITGAM gene_id:3684|Hs108|chr16 (1153) 525 108.5 8.4e-23
CCDS10711.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1163) 519 107.4 1.8e-22
CCDS67014.1 ITGAX gene_id:3687|Hs108|chr16 (1169) 519 107.4 1.8e-22
CCDS32531.1 ITGAE gene_id:3682|Hs108|chr17 (1179) 506 105.0 9.9e-22
CCDS76204.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs108|chr1 (1024) 491 102.2 6.1e-21
CCDS72869.1 ITGA10 gene_id:8515|Hs108|chr1 (1167) 491 102.2 6.7e-21
CCDS3957.1 ITGA2 gene_id:3673|Hs108|chr5 (1181) 408 86.8 2.9e-16
>>CCDS8880.1 ITGA5 gene_id:3678|Hs108|chr12 (1049 aa)
initn: 7138 init1: 7138 opt: 7138 Z-score: 7153.9 bits: 1335.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7138; 100.0% identity (100.0% similar) in 1049 aa overlap (1-1049:1-1049)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGSRTPESPLHAVQLRWGPRRRPPLLPLLLLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLSGPPGSFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 MGSRTPESPLHAVQLRWGPRRRPPLLPLLLLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLSGPPGSFF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 GFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPTQCTPIEFDSKGSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPTQCTPIEFDSKGSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 LESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKEPLSDPVGTCYLST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 LESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKEPLSDPVGTCYLST
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 DNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQGQILSATQEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 DNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQGQILSATQEQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 IAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDDTEDFVAGVPKGNLTY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 IAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDDTEDFVAGVPKGNLTY
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 GYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLMDRTPDGRPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLMDRTPDGRPQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 EVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVAIGAPFGGET
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 EVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVAIGAPFGGET
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 QQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGYPDLIVGSFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 QQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGYPDLIVGSFG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB5 VDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNPVACINLSFCLNASGKHVADSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 VDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNPVACINLSFCLNASGKHVADSI
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB5 GFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKIYLRNESEFRDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKIYLRNESEFRDK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB5 LSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDNICVPDLQLEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 LSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDNICVPDLQLEVF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB5 GEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRHPGNFSSLSCDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRHPGNFSSLSCDY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB5 FAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTIQFDFQILSKNLNNSQSDVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 FAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTIQFDFQILSKNLNNSQSDVV
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB5 SFRLSVEAQAQVTLNGVSKPEAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHVYELINQGPSSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 SFRLSVEAQAQVTLNGVSKPEAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHVYELINQGPSSI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB5 SQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLNCTTNHPINPKGLELDPEGSLHHQQKREAPSRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 SQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLNCTTNHPINPKGLELDPEGSLHHQQKREAPSRS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB5 SASSGPQILKCPEAECFRLRCELGPLHQQESQSLQLHFRVWAKTFLQREHQPFSLQCEAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 SASSGPQILKCPEAECFRLRCELGPLHQQESQSLQLHFRVWAKTFLQREHQPFSLQCEAV
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB5 YKALKMPYRILPRQLPQKERQVATAVQWTKAEGSYGVPLWIIILAILFGLLLLGLLIYIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 YKALKMPYRILPRQLPQKERQVATAVQWTKAEGSYGVPLWIIILAILFGLLLLGLLIYIL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KB5 YKLGFFKRSLPYGTAMEKAQLKPPATSDA
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 YKLGFFKRSLPYGTAMEKAQLKPPATSDA
1030 1040
>>CCDS31155.1 ITGA8 gene_id:8516|Hs108|chr10 (1063 aa)
initn: 2256 init1: 986 opt: 2840 Z-score: 2844.4 bits: 538.0 E(32554): 4.1e-152
Smith-Waterman score: 3187; 45.5% identity (73.7% similar) in 1062 aa overlap (18-1049:8-1063)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MGSRTPESPLHAVQLRWGPR-RRPPLL-PLL-----LLLLPPPPRVGGFNLDAEAPAVLS
::: . ::. :: : .: : .::::.: .: :
CCDS31 MSPGASRGPRGSQAPLIAPLCCAAAALGMLLWSPACQAFNLDVEKLTVYS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 GPPGSFFGFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPT-QCTPIE
:: ::.::..:.:. : . .:::::::::::::: ...::::: ::: : . :: :
CCDS31 GPKGSYFGYAVDFHIPDARTASVLVGAPKANTSQPDIVEGGAVYYCPWPAEGSAQCRQIP
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 FDSKGSRLLESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKE-PLSD
::. ..: .. . . .::.:.:: :::::::.:: ....:::::: ::: : : .:
CCDS31 FDTTNNRKIRVNGT----KEPIEFKSNQWFGATVKAHKGKVVACAPLYHWRTLKPTPEKD
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 PVGTCYLSTDNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQG
::::::.. .::. :..:::.. . ::::::.::: .: :.: ...:::::..:::
CCDS31 PVGTCYVAIQNFSAYAEFSPCRNSNADPEGQGYCQAGFSLDFYKNGDLIVGGPGSFYWQG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 QILSATQEQIAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDDTEDFVA
:...:. .: .: . .. . :. ::. : . :::::::::::.:::.::. ...::
CCDS31 QVITASVADIIANYSFKDILRKLAGEKQTEVAPASYDDSYLGYSVAAGEFTGDSQQELVA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 GVPKGNLTYGYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLM
:.:.: ..:::.:.:..:. . ::.::::::::::.:...:::.:::::.::::::.:
CCDS31 GIPRGAQNFGYVSIINSTDMTFIQNFTGEQMASYFGYTVVVSDVNSDGLDDVLVGAPLFM
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 DRTPDGRPQEVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVA
.: .. :.:::..:.::: . . : . ::: . ::::::... ::::.::::::.:
CCDS31 EREFESNPREVGQIYLYLQVSSLLFRDPQI-LTGTETFGRFGSAMAHLGDLNQDGYNDIA
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 IGAPFGGETQQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGY
::.::.:. :.: :... :. ::..::::::: .::. .:. :: .::: :.: : :
CCDS31 IGVPFAGKDQRGKVLIYNGNKDGLNTKPSQVLQGVWASHAVPSGFGFTLRGDSDIDKNDY
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520
pF1KB5 PDLIVGSFGVDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGN--PVACINLSFCL
::::::.::. :..:::.::.:...:.: . : ..: :...:.. . .::..: :
CCDS31 PDLIVGAFGTGKVAVYRARPVVTVDAQLLLHPMIINLENKTCQVPDSMTSAACFSLRVCA
470 480 490 500 510 520
530 540 550 560 570 580
pF1KB5 NASGKHVADSIGFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKI
...:. .:..: . .:.::: ::::...:.::: ..:: . :.:. ..:... .
CCDS31 SVTGQSIANTIVLMAEVQLDSLKQKGAIKRTLFLDNHQAHRVFPLVIKRQKSHQCQDFIV
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB5 YLRNESEFRDKLSPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDN
:::.:.:::::::::.:.::.::: .. .. ..: :.: .. . ..:.::.::::::
CCDS31 YLRDETEFRDKLSPINISLNYSLDESTFKEGLEVKPILNYYRENIVSEQAHILVDCGEDN
590 600 610 620 630 640
650 660 670 680 690 700
pF1KB5 ICVPDLQLEVFGEQNHVYLGDKNALNLTFHAQNVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRH
.:::::.: . ....: .::.: : : ..:.: ::: :::::: : : ::.: :. :.
CCDS31 LCVPDLKLSARPDKHQVIIGDENHLMLIINARNEGEG-AYEAELFVMIPEEADYVGIERN
650 660 670 680 690 700
710 720 730 740 750 760
pF1KB5 PGNFSSLSCDYFAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTIQFDFQILS
.: :::.: : .:..:::::::: .:.. ::::.::.:. :. .:.::.:: :
CCDS31 NKGFRPLSCEYKMENVTRMVVCDLGNPMVSGTNYSLGLRFAVPRLEKTNMSINFDLQIRS
710 720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KB5 KNLNNSQSDVVSFRLSVEAQAQVTLNGVSKPEAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHV
.: .: .:. ::..... : ::: . :::.: ...:. .:.:...:.:::..:: :.:.
CCDS31 SNKDNPDSNFVSLQINITAVAQVEIRGVSHPPQIVLPIHNWEPEEEPHKEEEVGPLVEHI
770 780 790 800 810 820
830 840 850 860 870 880
pF1KB5 YELINQGPSSISQGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLN---CTTNHPINPKGL------
::: : :::.::. .::.. : . . . :::. .. :. : : :::. .
CCDS31 YELHNIGPSTISDTILEVGWPFSARDEFLLYIFHIQTLGPLQCQPNPNINPQDIKPAASP
830 840 850 860 870 880
890 900 910 920 930
pF1KB5 ELDPEGSL--------HHQQKREAPSRSSASSGP-QILKCPEAECFRLRCELGPLHQQES
: :: : : .::.. ..: .::.: . ::... : .: :. ::
CCDS31 EDTPELSAFLRNSTIPHLVRKRDVHVVEFHRQSPAKILNCTNIECLQISCAVGRLEGGES
890 900 910 920 930 940
940 950 960 970 980 990
pF1KB5 QSLQLHFRVWAKTFLQREHQPFSLQCEAVYKALKMPYRILPRQLPQKERQVATAVQWTKA
:... :.::.:::::...:..: . ... :::: : .::. . :.: :.
CCDS31 AVLKVRSRLWAHTFLQRKNDPYALASLVSFEVKKMPYTDQPAKLPEGSIVIKTSVIWATP
950 960 970 980 990 1000
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KB5 EGSYGVPLWIIILAILFGLLLLGLLIYILYKLGFFKRSLPYGTAM-EKAQLKPPATSDA
. :...:::.::::::.:::.:..: :.: ::: :. : : .. :: : .:
CCDS31 NVSFSIPLWVIILAILLGLLVLAILTLALWKCGFFDRARPPQEDMTDREQLTNDKTPEA
1010 1020 1030 1040 1050 1060
>>CCDS46471.1 ITGAV gene_id:3685|Hs108|chr2 (1002 aa)
initn: 1766 init1: 1007 opt: 2582 Z-score: 2586.1 bits: 490.1 E(32554): 1e-137
Smith-Waterman score: 3063; 46.3% identity (74.6% similar) in 986 aa overlap (76-1043:20-992)
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 AEAPAVLSGPPGSFFGFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASP
.:::::::::.:::...:: : : : .:
CCDS46 MLLGTLLLILYILMLCRMFLLVGAPKANTTQPGIVEGGQVLKCDW-SST
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TQCTPIEFDSKGSRLLESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTE
.: :::::. :.: . ..:.:.:: :::::.::.. ..:::::::: ::::
CCDS46 RRCQPIEFDATGNR-------DYAKDDPLEFKSHQWFGASVRSKQDKILACAPLYHWRTE
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 KEPLSDPVGTCYLSTDNFTRILEYAPCRSDFSWAAGQGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPG
. .:::::.: .. :. .:::::::. : :::.:::::: .:::. ::.:::::
CCDS46 MKQEREPVGTCFL--QDGTKTVEYAPCRSQDIDADGQGFCQGGFSIDFTKADRVLLGGPG
110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 SYFWQGQILSATQEQIAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEFSGDD
:..::::..: .:. .: :. ..:: :: :..:.::::::::::::.:.::
CCDS46 SFYWQGQLISDQVAEIVSKYDPNVYSIKYNNQLATRTAQAIFDDSYLGYSVAVGDFNGDG
160 170 180 190 200 210
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 TEDFVAGVPKGNLTYGYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLV
.:::.:::.. : :.: : .:... :::::.:::::.:::..:::::.::: :...
CCDS46 IDDFVSGVPRAARTLGMVYIYDGKNMSSLYNFTGEQMAAYFGFSVAATDINGDDYADVFI
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 GAPLLMDRTPDGRPQEVGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQD
::::.::: ::. ::::.: : ::. .: : :.: . :.::::...::::::::
CCDS46 GAPLFMDRGSDGKLQEVGQVSVSLQRASG--DFQTTKLNGFEVFARFGSAIAPLGDLDQD
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 GYNDVAIGAPFGGETQQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQVLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRD
:.::.::.::.::: ..:.:..: : ::.. :::.:. ::: : :: ...:. :
CCDS46 GFNDIAIAAPYGGEDKKGIVYIFNGRSTGLNAVPSQILEGQWAARSMPPSFGYSMKGATD
340 350 360 370 380 390
470 480 490 500 510 520
pF1KB5 LDGNGYPDLIVGSFGVDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNP--VACI
.: :::::::::.::::.:..::.::.....:.: ..:...: ....::: :. :.:.
CCDS46 IDKNGYPDLIVGAFGVDRAILYRARPVITVNAGLEVYPSILNQDNKTCSLPGTALKVSCF
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CCDS32 E
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CCDS26 GISCLTAHCNFSALAKEESRTIDIYMLL--NTEILKKDSSSVIQFMSRAKVKVDPALRVV
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CCDS11 NPGSLFGYSVALHRQTERQQRYLLLAGAPRELAVPDGYTNRTGAVYLCPLTAHKDDCERM
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CCDS11 NITVK----------NDPGHHIIED---MWLGVTVASQGPAGRVLVCAHRYTQVLW-SGS
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CCDS11 EDQRRMVGKCYVRGNDLELDSSDDW-QTYHNEMCNSNTDYLE-TGMCQLGTSGGFTQN-T
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CCDS11 VYFGAPGAYNWKGNSYMIQRKEWDLSEYS-YKDPEDQGNL------------YIGYTMQV
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