Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5121
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5121, 474 aa
1>>>pF1KB5121 474 - 474 aa - 474 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7759+/-0.00114; mu= 14.5208+/- 0.068
mean_var=67.0997+/-13.117, 0's: 0 Z-trim(101.3): 72 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.156572
statistics sampled from 6370 (6443) to 6370 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.557), E-opt: 0.2 (0.198), width: 16
Scan time: 2.830
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 ( 474) 3135 717.8 6.2e-207
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 474) 2518 578.4 5.6e-165
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 2461 565.5 4.2e-161
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 473) 2373 545.7 4e-155
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 402) 2060 474.9 6.7e-134
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 ( 512) 2046 471.8 7.4e-133
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 ( 388) 2029 467.9 8.3e-132
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX ( 632) 1225 286.4 6e-77
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 ( 452) 1088 255.4 9.2e-68
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 462) 1024 240.9 2.1e-63
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 479) 1024 240.9 2.2e-63
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 440) 1023 240.7 2.4e-63
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 ( 392) 1014 238.7 8.7e-63
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3 ( 467) 1001 235.7 7.8e-62
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6 ( 465) 999 235.3 1.1e-61
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 963 227.2 2.9e-59
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 452) 961 226.7 4e-59
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 497) 957 225.8 8.1e-59
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 449) 935 220.8 2.3e-57
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5 ( 457) 935 220.8 2.4e-57
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 467) 930 219.7 5.3e-57
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 449) 929 219.5 5.9e-57
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4 ( 464) 928 219.2 7.2e-57
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX ( 417) 925 218.6 1e-56
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 475) 925 218.6 1.2e-56
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 451) 894 211.6 1.4e-54
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4 ( 511) 893 211.4 1.9e-54
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4 ( 465) 884 209.3 7e-54
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15 ( 462) 865 205.0 1.4e-52
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4 ( 554) 854 202.6 9e-52
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5 ( 289) 849 201.3 1.1e-51
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX ( 506) 852 202.1 1.1e-51
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5 ( 456) 850 201.6 1.4e-51
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 467) 849 201.4 1.7e-51
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX ( 492) 845 200.5 3.3e-51
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5 ( 453) 837 198.7 1.1e-50
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX ( 363) 833 197.8 1.7e-50
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4 ( 303) 663 159.3 5.1e-39
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5 ( 515) 488 119.9 6.5e-27
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15 ( 253) 454 112.1 7e-25
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4 ( 479) 334 85.1 1.8e-16
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8 ( 494) 319 81.7 2e-15
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 529) 309 79.4 9.9e-15
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 484) 303 78.1 2.3e-14
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11 ( 463) 300 77.4 3.6e-14
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 489) 299 77.2 4.4e-14
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15 ( 505) 299 77.2 4.6e-14
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20 ( 627) 290 75.2 2.3e-13
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8 ( 458) 284 73.8 4.4e-13
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8 ( 514) 281 73.1 7.8e-13
>>CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4 (474 aa)
initn: 3135 init1: 3135 opt: 3135 Z-score: 3828.6 bits: 717.8 E(32554): 6.2e-207
Smith-Waterman score: 3135; 100.0% identity (100.0% similar) in 474 aa overlap (1-474:1-474)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 VDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 HGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 HGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
430 440 450 460 470
>>CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 (474 aa)
initn: 2446 init1: 2152 opt: 2518 Z-score: 3075.4 bits: 578.4 E(32554): 5.6e-165
Smith-Waterman score: 2518; 78.8% identity (92.2% similar) in 477 aa overlap (1-474:1-474)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
:: :..: .:. :::..:. :: :.:.:.::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
: ::: ::.:::::::::::::::::::::.:.::::::. :::::::::::::::::::
CCDS43 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
::::::::::::: : ..:::::.:::::::::::::...::: :.::.::::::::.::
CCDS43 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
:::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS43 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
:::::::.::::::::::.::::::.:::::::.::: ::.: : .. ::: .:..::
CCDS43 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGR-A
.: : :::::::::.:: . ::.. ...::..:: .::..:::::: :...:: :
CCDS43 --MDPHENILLSTLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNA
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 LDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
:.:: . .:.:.::::::::. ::::::::.::.:::.:::..::.::.:::::::.
CCDS43 LERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
420 430 440 450 460 470
>>CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (473 aa)
initn: 2454 init1: 2090 opt: 2461 Z-score: 3005.8 bits: 565.5 E(32554): 4.2e-161
Smith-Waterman score: 2461; 76.9% identity (91.2% similar) in 477 aa overlap (1-474:1-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
:: . . . .:..: ::....::::.:.:.:.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
: ::: ::.::::::::::::::::::::: :.::::.::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.::::::::::::::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
:::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
:::::::.:::::::::::::::::::::::::.::: :: : : .. :...: : :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRAL
:::::::::..::..:: .:: ...: . . :.:...::::: ::..:: :
CCDS10 --VDAHGNILLTSLEVHNEM--NEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFL
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 DRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.:::::::.
CCDS10 GDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
420 430 440 450 460 470
>>CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (473 aa)
initn: 2366 init1: 2002 opt: 2373 Z-score: 2898.4 bits: 545.7 E(32554): 4e-155
Smith-Waterman score: 2373; 79.2% identity (91.8% similar) in 451 aa overlap (27-474:27-473)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
:.:.:.:::.::::::.:::::::::::::::::
CCDS10 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGNMSFVKETVDKLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
: ::: ::.::::::::::::::::::::: :.::::.::::::::::::::::::::::
CCDS10 VCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.::::::::::::::
CCDS10 SYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
:::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS10 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
:::::::.:::::::::::::::::::::::::.::: :: : : .. :...: : :.
CCDS10 PYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNR
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 VQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRAL
:::::::::..::..:: . :: ...: . . :.:...::::: ::..:: :
CCDS10 --VDAHGNILLTSLEVHNEMN--EVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREGHGRFL
370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 DRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.:::::::.
CCDS10 GDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN
420 430 440 450 460 470
>>CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (402 aa)
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60 70 80 90 100 110
pF1KB5 RLRPDFGGPPVDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDN
:::::::::: :.::::.::::::::::::
CCDS53 MWATYQTEEDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDN
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 RVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPL
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAY
::::::::::::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.::::
CCDS53 DEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAY
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
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:::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS53 PRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTIN
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340
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:::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.::: :: : : ..
CCDS53 THLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAK
220 230 240 250 260 270
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 NEKNKLEMNKVQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPL
:...: : :.: ::::::::..::..:: . :: ...: . . :.:...:::::
CCDS53 NDRSKSESNRV--DAHGNILLTSLEVHNEMN--EVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQS
280 290 300 310 320 330
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 SSREAYGRALDRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVV
::..:: : ...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.:
CCDS53 MPREGHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLV
340 350 360 370 380 390
470
pF1KB5 YWLYYVH
::::::.
CCDS53 YWLYYVN
400
>>CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5 (512 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
:: :..: .:. :::..:. :: :.:.:.::::: ::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVC-AQSVNDPSNMSLVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 VDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPD
: ::: ::.:::::::::::::::::::::.:.::::::. :::::::::::::::::::
CCDS43 VAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLDNRVADQLWVPD
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130 140 150 160 170 180
pF1KB5 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIE
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 SYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSLSFRLK
::::::::::::: : ..:::::.:::::::::::::...::: :.::.::::::::.::
CCDS43 SYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVFSTGSYPRLSLSFKLK
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250 260 270 280 290 300
pF1KB5 RNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKI
:::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS43 RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKI
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB5 PYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNKLEMNK
:::::::.::::::::::.::::::.:::::::.::: ::.: : .. ::: .:..::
CCDS43 PYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAASANNEKMRLDVNK
300 310 320 330 340 350
360 370 380
pF1KB5 V------------------------------------QVDAHGNILLSTLEIRNETSGSE
. .: : :::::::::.:: . ::
CCDS43 IFYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILLSTLEIKNEMATSE
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 VLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGR-ALDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIP
.. ...::..:: .::..:::::: :...:: ::.:: . .:.:.::::::::. ::
CCDS43 AVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIP
420 430 440 450 460 470
450 460 470
pF1KB5 DLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
::::::.::.:::.:::..::.::.:
CCDS43 DLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
480 490 500 510
>>CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15 (388 aa)
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Smith-Waterman score: 2029; 78.1% identity (91.1% similar) in 392 aa overlap (86-474:1-388)
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 FGGPPVDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQ
::::: :.::::.:::::::::::::::::
CCDS53 MYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQ
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS53 LWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNC
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 TLEIESYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFTTGAYPRLSL
:::::::::::::::::: ::. :::::..:::::::::....::..: :.:::::::::
CCDS53 TLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSL
100 110 120 130 140 150
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SFRLKRNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRE
::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS53 SFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRE
160 170 180 190 200 210
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 TLPKIPYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQ--KKGASKQDQSANEKNK
::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.::: :: : : .. :...:
CCDS53 TLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSK
220 230 240 250 260 270
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LEMNKVQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREA
: :. :::::::::..::..:: . :: ...: . . :.:...::::: ::.
CCDS53 SESNR--VDAHGNILLTSLEVHNEMN--EVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPREG
280 290 300 310 320
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 YGRALDRHGVP-SKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYY
.:: : ...: .: ..:::.::::.:::::::::.::.:::. ::.::::::.::::::
CCDS53 HGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYY
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 VH
:.
CCDS53 VN
>>CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX (632 aa)
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Smith-Waterman score: 1225; 45.0% identity (78.4% similar) in 398 aa overlap (17-413:43-431)
10 20 30 40
pF1KB5 MWTVQNRESLGLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLK
:.... : . .:: . :.. .::.:.
CCDS14 LLLIRTWLAEGNYPSPIPKFHFEFSSAVPEVVLNLFNCKNCANE----AVVQKILDRVLS
20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 GYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDVASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNL
::.::::.::: :: : . : :.::...::.:::::.::.:.:.:::.::.: :::
CCDS14 RYDVRLRPNFGGAPVPVRISIYVTSIEQISEMNMDYTITMFFHQTWKDSRLAYYETTLNL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 TLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLR
::: :. ..::::: ::::.: .::: :::.::...::::::: ::.:.:::::: .::.
CCDS14 TLDYRMHEKLWVPDCYFLNSKDAFVHDVTVENRVFQLHPDGTVRYGIRLTTTAACSLDLH
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 RYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFT
..:.:.: :.: .::::::..:: ..:. . .:. ......:::... ..::.: :
CCDS14 KFPMDKQACNLVVESYGYTVEDIILFWDDNGNAIHMTEELHIPQFTFLGRTITSKEVYFY
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
::.: :: :.:...:... ...:.: :..: :: ::.:::.:::.:::::..:.:..: .
CCDS14 TGSYIRLILKFQVQREVNSYLVQVYWPTVLTTITSWISFWMNYDSSAARVTIGLTSMLIL
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 TTISTHLRETLPKIPYVKAIDIYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQ
:::..:::. ::.: .::::::.. :. ::::.::::...::.:...::... .. .
CCDS14 TTIDSHLRDKLPNISCIKAIDIYILVCLFFVFLSLLEYVYINYLFYSRGPRRQ-PRRHRR
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 SANEKNKLEMNKVQVDAHGNILLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDS-ASIQYR
. ....: : ::. . ..... .: : .: .. : :. : : .: . .
CCDS14 PRRVIARYRYQQVVV---GNVQDGLINVEDGVS-SLPITPAQAPLASPESLGSLTSTSEQ
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB5 KPLSSREAYGRALDRHGVPSKGRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFN
:.. :.
CCDS14 AQLATSESLSPLTSLSGQAPLATGESLSDLPSTSEQARHSYGVRFNGFQADDSIIPTEIR
430 440 450 460 470 480
>>CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1 (452 aa)
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20 30 40 50 60 70
pF1KB5 GLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDVA
.: :. :: .:: .:::::.:.. ..::
CCDS36 LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVA
20 30 40 50 60 70
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pF1KB5 SIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSF
::: .::.::.::.:....:::.:.::::. .: ::.: .:.::.:::...: :...
CCDS36 SIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAW
80 90 100 110 120 130
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pF1KB5 VHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIE
: :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::.:::.: :..:::::...::
CCDS36 FHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIV
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240
pF1KB5 FYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEF-TTGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQ
.::. .. . :..:..: ::.:..:..... ..: ..: .::::: :.:.:: : .:.:
CCDS36 YYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQ
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 TYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKIPYVKAIDIY
.::::.:.. .:::::::. : :::.:::::::::::. . : .::. .::.:.:
CCDS36 SYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVY
260 270 280 290 300 310
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pF1KB5 LMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQVDAHGNILL
. :.:::: ::.::::.. :. .:: :.: : :. ....:... :.:
CCDS36 FWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKK------QKA--KVKVSRPRAEMDVRNAIVL
320 330 340 350 360
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pF1KB5 STLE---IRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDRHGVPSK
.: . .: . :. : : : :: :.... . ...:. .:. . :. .
CCDS36 FSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSYRSVGVETGE--TKKEGAARSGGQGGI--R
370 380 390 400 410
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pF1KB5 GRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
.:.: : :...:: ..: :: .:. ::.:: :
CCDS36 ARLR----------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
420 430 440 450
>>CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6 (462 aa)
initn: 1114 init1: 410 opt: 1024 Z-score: 1251.7 bits: 240.9 E(32554): 2.1e-63
Smith-Waterman score: 1063; 41.0% identity (69.4% similar) in 432 aa overlap (42-469:59-458)
20 30 40 50 60
pF1KB5 LLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLK--GYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDV
..::. .:. .:: :::: . ::. ..:
CCDS59 PGREVHEMSKKGSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQV
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 ASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSY-SGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKK
:.: .:::.::.:.:.:... :::.:::. : :..:.:.:.. ..:::: .:...:.
CCDS59 ESLDSISEVDMDFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKR
90 100 110 120 130 140
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 SFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDD
::.: .:. : :.:..::: :::.::.:.:: : ::. :.::: :.:.::::::.:: ::
CCDS59 SFIHDTTTDNVMLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDD
150 160 170 180 190 200
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 IEFYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEFT-TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFI
. .::. :. .. ..: : :: : ... ..: . .. :: : :: ..: :.:.: .:.
CCDS59 LMLYWKKGNDSLKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFL
210 220 230 240 250 260
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 LQTYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKIPYVKAID
::::.:.::...::::::::. : ::: :::::::::.:: : . ..:.. :.::.:
CCDS59 LQTYFPATLMVMLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVD
270 280 290 300 310 320
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pF1KB5 IYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQVDAHGNI
::: ::::::..:::: :::. ...:... .. . . :
CCDS59 IYLWVSFVFVFLSVLEYAAVNYL---------------TTVQERKEQKLREKLPCTSGLP
330 340 350 360 370
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pF1KB5 LLSTLEIRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDRHGVPSKG
: . .. : .:: .: . .: . . :: : .: :
CCDS59 PPRTAMLDGNYSDGEV----ND----LDNYMPENGE--KPDRMMVQLTLASERS---SPQ
380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 RIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
: .:.: ....: :...:::.::..:: .. :::..::
CCDS59 RKSQRSSYVSMRI----DTHAIDKYSRIIFPAAYILFNLIYWSIFS
430 440 450 460
474 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 22:19:33 2016 done: Thu Nov 3 22:19:34 2016
Total Scan time: 2.830 Total Display time: 0.080
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]