FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB5181, 656 aa 1>>>pF1KB5181 656 - 656 aa - 656 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8326+/-0.000855; mu= -0.0839+/- 0.052 mean_var=235.7488+/-49.174, 0's: 0 Z-trim(114.9): 25 B-trim: 160 in 2/52 Lambda= 0.083531 statistics sampled from 15440 (15461) to 15440 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.475), width: 16 Scan time: 3.320 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13951.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 ( 639) 3756 465.6 9.6e-131 CCDS54526.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 ( 566) 3722 461.4 1.5e-129 CCDS33643.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 ( 552) 1858 236.8 6.1e-62 CCDS11717.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 723) 1091 144.4 5.1e-34 CCDS10611.1 GGA2 gene_id:23062|Hs108|chr16 ( 613) 1016 135.4 2.3e-31 CCDS54164.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 651) 742 102.4 2.1e-21 CCDS11716.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 690) 742 102.4 2.2e-21 CCDS58597.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 592) 569 81.5 3.7e-15 >>CCDS13951.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 (639 aa) initn: 3756 init1: 3756 opt: 3756 Z-score: 2460.7 bits: 465.6 E(32554): 9.6e-131 Smith-Waterman score: 4173; 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CCDS11 PPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLALGNSALHHLDALDQ 470 480 490 500 510 520 480 490 500 510 pF1KB5 LQNKSSSCSSPSSSATS-LLHTVSPE---------PPRPPQQPV-------PT---ELSL : .... :. . .:: :. :..: : : ::. : :::: CCDS11 LLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSFQSQGSPPKGPELSL 530 540 550 560 570 580 520 530 540 550 560 570 pF1KB5 ASITVPLESIKPSNILPVTVYDQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRN ::: :::::::::. ::::.::..:::::::::.. ::: ::::::::::.::: :... CCDS11 ASIHVPLESIKPSSALPVTAYDKNGFRILFHFAKECPPGRPDVLVVVVSMLNTAPLPVKS 590 600 610 620 630 640 580 590 600 610 620 630 pF1KB5 IVFQSAVPKVMKVKLQPPSGTELPAFNPIVHPSAITQVLLLANPQKEKVRLRYKLTFTMG ::.:.:::: ::::::::::::: :.:: CCDS11 IVLQAAVPKSMKVKLQPPSGTELSPFSPIQPPAAITQVMLLANPLKEKVRLRYKLTFALG 650 660 670 680 690 700 >>CCDS10611.1 GGA2 gene_id:23062|Hs108|chr16 (613 aa) initn: 1276 init1: 706 opt: 1016 Z-score: 676.5 bits: 135.4 E(32554): 2.3e-31 Smith-Waterman score: 1735; 46.4% identity (70.5% similar) in 657 aa overlap (3-655:19-612) 10 20 30 40 pF1KB5 MEPAMEPETLEARINRATNPLNKELDWASINGFCEQLNEDFEGP : .:: .:.::.: .: ::..:..::::.: : .:: CCDS10 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KB5 PLATRLLAHKIQSPQEWEAIQALTVRRGEATIRPPPCDDTKVLETCMKSCGKRFHDEVGK : ::::::::::: ::. :::: :: ::. ::..::.::.: CCDS10 THAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTV-----------------LEMCMNHCGEKFHSEVAK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KB5 FRFLNELIKVVSPKYLGSRTSEKVKNKILELLYSWTVGLPEEVKIAEAYQMLKKQGIVKS ::::::::::.::::::: .. :::....:.:.:::: .::..:: .::::::::::.:. CCDS10 FRFLNELIKVLSPKYLGSWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQ 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KB5 DPKLPDDTTFPLPPPRPKNVIFE-DEEKSKMLARLLKSSHPEDLRAANKLIKEMVQEDQK ::::: : .: : : ::. ::. ::::::.:.:::::.:::::.:::.:::..:.:.:. CCDS10 DPKLPVDKILPPPSPWPKSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQE 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 RMEKISKRVNAIEEVNNNVKLLTEMVMSHSQGGAAAGSSEDLMKELYQRCERMRPTLFRL . ::.::::.:.::: ..::.: ::. . . : : ..: : . .:.:::..::::::: CCDS10 KSEKVSKRVSAVEEVRSHVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEAL-QVVYERCEKLRPTLFRL 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 ASDTEDNDEALAEILQANDNLTQVINLYKQLVRGEEVNGDATAGSIPGSTSALLDLSGLD :::: :.:.:::::::::: ::: . ::::...:. . :. ...:. :. . .: . CCDS10 ASDTTDDDDALAEILQANDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSL-GD----IPVSRVF 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KB5 LPPAGT--TYPAMPTRPGEQASPEQPSASV-SLLDDELMSLGLSDPTPPSGPSLDGTGWN ::: : : . . . .: : .. : ::: ..: .::.:: .: .: .: : CCDS10 QNPAGCMKTCPLIDLEVDN--GPAQMGTVVPSLLHQDLAALGISD-APVTGMV---SGQN 340 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 460 pF1KB5 SFQSSDATEPPAPALAQAPSMESRPPAQTSLPASSGLDDLDLLGKTLLQQSLPPESQQVR . . . :: . : . .. : :. . :::: : : . CCDS10 CCEEK-----------RNPSSSTLPGGGVQNP-SADRNLLDLL-------SAQPAPCPLN 400 410 420 430 470 480 490 500 510 520 pF1KB5 WEKQQPTPRLTLRDLQNKSSSCSSPSSSATSLLHTVSPEPPRPPQQPVPTELSLASITVP . .:. .:. . .. :::. : . .: : : .: .: ::.. :: CCDS10 YVSQKSVPK------EVPPGTKSSPGWSWEA-----GPLAPSPSSQNTP----LAQVFVP 440 450 460 470 530 540 550 560 570 580 pF1KB5 LESIKPSNILPVTVYDQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRNIVFQSA :::.:::.. :. :::..:::::.::.. ::. .: :....:.::::::. .:.:: : CCDS10 LESVKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAPQPVWDIMFQVA 480 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 pF1KB5 VPKVMKVKLQPPSGTELPAFNPIVHPSAITQVLLLANPQKEKVRLRYKLTFTMGDQTYNE ::: :.::::: :...::::.:.. :..:.:.::: ::.:: .::::::::..: : ..: CCDS10 VPKSMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKLTFNQGGQPFSE 540 550 560 570 580 590 650 pF1KB5 MGDVDQFPPPETWGSL .:.: .:: . :. CCDS10 VGEVKDFPDLAVLGAA 600 610 >>CCDS54164.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 (651 aa) initn: 1453 init1: 715 opt: 742 Z-score: 497.6 bits: 102.4 E(32554): 2.1e-21 Smith-Waterman score: 1795; 49.8% identity (70.7% similar) in 652 aa overlap (91-656:1-651) 70 80 90 100 110 120 pF1KB5 WEAIQALTVRRGEATIRPPPCDDTKVLETCMKSCGKRFHDEVGKFRFLNELIKVVSPKYL ::.::.:::.:::::::::::::::::::: CCDS54 MKNCGRRFHNEVGKFRFLNELIKVVSPKYL 10 20 30 130 140 150 160 170 pF1KB5 GSRTSEKVKNKILELLYSWTVGLPEEVKIAEAYQMLKKQGIVKSDPKLP-DDTTFPLPPP :.:.:::::.:..:::::::..::::.:: .::.:::.::::.::: .: : : .: ::: CCDS54 GDRVSEKVKTKVIELLYSWTMALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDRTLIPSPPP 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 230 pF1KB5 RPKNVIFEDEEKSKMLARLLKSSHPEDLRAANKLIKEMVQEDQKRMEKISKRVNAIEEVN :::: .:.::::::.::.::::..:.::. :::::: ::.::. :..:..::....:::: CCDS54 RPKNPVFDDEEKSKLLAKLLKSKNPDDLQEANKLIKSMVKEDEARIQKVTKRLHTLEEVN 100 110 120 130 140 150 240 250 260 270 280 290 pF1KB5 NNVKLLTEMVMSHSQGGAAAGSSEDLMKELYQRCERMRPTLFRLASDTEDNDEALAEILQ :::.::.::.. .:: .. :. : :::::...:: : :::.:::.:::::..:..::: CCDS54 NNVRLLSEMLLHYSQEDSSDGDRE-LMKELFDQCENKRRTLFKLASETEDNDNSLGDILQ 160 170 180 190 200 300 310 320 330 340 pF1KB5 ANDNLTQVINLYKQLVRGEEVNGDATAGSIPGSTS--------ALLDLSGLD-------- :.:::..::: :: ...:. .::.... ..: : . .:.::. :: CCDS54 ASDNLSRVINSYKTIIEGQVINGEVATLTLPDSEGNSQCSNQGTLIDLAELDTTNSLSSV 210 220 230 240 250 260 350 360 370 380 pF1KB5 LPPAGTT----YPAMP----------TRPGEQA----SPEQPSASVSLLDDELMSLGLSD : :: : : .: .: . :: .: . : ..: ::.::. :::.: CCDS54 LAPAPTPPSSGIPILPPPPQASGPPRSRSSSQAEATLGPSSTSNALSWLDEELLCLGLAD 270 280 290 300 310 320 390 400 410 420 pF1KB5 PTP--PSGPSLDGTGWNSFQ-------------------SSDAT--EPPAPALA--QAPS :.: : : .. :. .: .::: .: ::. . ::: CCDS54 PAPNVPPKESAGNSQWHLLQREQSDLDFFSPRPGTAACGASDAPLLQPSAPSSSSSQAPL 330 340 350 360 370 380 430 440 450 460 470 pF1KB5 MESRP-PA-QTSLPASSGLDDLDLLG--KTLLQQSLP--PESQQVRWEKQQPTPRLTLRD : :. .:.:: :. ..: : .: . : : . . .. .: . CCDS54 PPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLALGNSALHHLDALDQ 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 pF1KB5 LQNKSSSCSSPSSSATS-LLHTVSPE---------PPRPPQQPV-------PT---ELSL : .... :. . .:: :. :..: : : ::. : :::: CCDS54 LLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSFQSQGSPPKGPELSL 450 460 470 480 490 500 520 530 540 550 560 570 pF1KB5 ASITVPLESIKPSNILPVTVYDQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRN ::: :::::::::. ::::.::..:::::::::.. ::: ::::::::::.::: :... 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CCDS11 PPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLALGNSALHHLDALDQ 430 440 450 460 470 480 480 490 500 510 pF1KB5 LQNKSSSCSSPSSSATS-LLHTVSPE---------PPRPPQQPV-------PT---ELSL : .... :. . .:: :. :..: : : ::. : :::: CCDS11 LLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSFQSQGSPPKGPELSL 490 500 510 520 530 540 520 530 540 550 560 570 pF1KB5 ASITVPLESIKPSNILPVTVYDQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRN ::: :::::::::. ::::.::..:::::::::.. ::: ::::::::::.::: :... 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CCDS58 DRTLIPSPPPRPKNPVFDDEEKSKLLAKLLKSKNPDDLQEANKLIKSMVKEDEARIQKVT 40 50 60 70 80 90 230 240 250 260 270 280 pF1KB5 KRVNAIEEVNNNVKLLTEMVMSHSQGGAAAGSSEDLMKELYQRCERMRPTLFRLASDTED ::....:::::::.::.::.. .:: .. :. : :::::...:: : :::.:::.::: CCDS58 KRLHTLEEVNNNVRLLSEMLLHYSQEDSSDGDRE-LMKELFDQCENKRRTLFKLASETED 100 110 120 130 140 290 300 310 320 330 340 pF1KB5 NDEALAEILQANDNLTQVINLYKQLVRGEEVNGDATAGSIPGSTS--------ALLDLSG ::..:..::::.:::..::: :: ...:. .::.... ..: : . .:.::. CCDS58 NDNSLGDILQASDNLSRVINSYKTIIEGQVINGEVATLTLPDSEGNSQCSNQGTLIDLAE 150 160 170 180 190 200 350 360 370 pF1KB5 LD--------LPPAGTT----YPAMP----------TRPGEQA----SPEQPSASVSLLD :: : :: : : .: .: . :: .: . : ..: :: CCDS58 LDTTNSLSSVLAPAPTPPSSGIPILPPPPQASGPPRSRSSSQAEATLGPSSTSNALSWLD 210 220 230 240 250 260 380 390 400 410 pF1KB5 DELMSLGLSDPTP--PSGPSLDGTGWNSFQ-------------------SSDAT--EPPA .::. :::.::.: : : .. :. .: .::: .: : CCDS58 EELLCLGLADPAPNVPPKESAGNSQWHLLQREQSDLDFFSPRPGTAACGASDAPLLQPSA 270 280 290 300 310 320 420 430 440 450 460 pF1KB5 PALA--QAPSMESRP-PA-QTSLPASSGLDDLDLLG--KTLLQQSLP--PESQQVRWEKQ :. . ::: : :. .:.:: :. ..: : .: . : : . . .. CCDS58 PSSSSSQAPLPPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLALGNS 330 340 350 360 370 380 470 480 490 500 pF1KB5 QPTPRLTLRDLQNKSSSCSSPSSSATS-LLHTVSPE---------PPRPPQQPV------ .: .: .... :. . .:: :. :..: : : ::. CCDS58 ALHHLDALDQLLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSFQSQG 390 400 410 420 430 440 510 520 530 540 550 560 pF1KB5 -PT---ELSLASITVPLESIKPSNILPVTVYDQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSM : ::::::: :::::::::. ::::.::..:::::::::.. ::: ::::::::: CCDS58 SPPKGPELSLASIHVPLESIKPSSALPVTAYDKNGFRILFHFAKECPPGRPDVLVVVVSM 450 460 470 480 490 500 570 580 590 600 610 620 pF1KB5 LSTAPQPIRNIVFQSAVPKVMKVKLQPPSGTELPAFNPIVHPSAITQVLLLANPQKEKVR :.::: :...::.:.:::: ::::::::::::: :.:: :.:::::.::::: :..: CCDS58 LNTAPLPVKSIVLQAAVPKSMKVKLQPPSGTELSPFSPIQPPAAITQVMLLANPLKKQVL 510 520 530 540 550 560 630 640 650 pF1KB5 LRYKLTFTMGDQTYNEMGDVDQFPPPETWGSL CCDS58 SFLGKACLQPWGQAILLTTSCLA 570 580 590 656 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Nov 4 03:23:40 2016 done: Fri Nov 4 03:23:41 2016 Total Scan time: 3.320 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]