Result of FASTA (ccds) for
pF1KB5236
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5236, 354 aa
1>>>pF1KB5236 354 - 354 aa - 354 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6604+/-0.000894; mu= 14.1713+/- 0.053
mean_var=71.8134+/-15.081, 0's: 0 Z-trim(106.0): 43 B-trim: 253 in 1/50
Lambda= 0.151346
statistics sampled from 8711 (8751) to 8711 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.644), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 2.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4061.1 HAPLN1 gene_id:1404|Hs108|chr5 ( 354) 2486 552.1 2.5e-157
CCDS10346.1 HAPLN3 gene_id:145864|Hs108|chr15 ( 360) 1285 289.9 2.2e-78
CCDS76790.1 HAPLN3 gene_id:145864|Hs108|chr15 ( 422) 1285 289.9 2.6e-78
CCDS1148.1 HAPLN2 gene_id:60484|Hs108|chr1 ( 340) 1093 248.0 8.9e-66
CCDS1150.1 BCAN gene_id:63827|Hs108|chr1 ( 671) 804 185.0 1.6e-46
CCDS1149.1 BCAN gene_id:63827|Hs108|chr1 ( 911) 804 185.1 2.1e-46
CCDS12398.1 HAPLN4 gene_id:404037|Hs108|chr19 ( 402) 779 179.4 4.5e-45
CCDS47242.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 ( 655) 780 179.8 5.8e-45
CCDS54875.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (1642) 780 179.9 1.3e-44
CCDS54876.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (2409) 780 180.0 1.8e-44
CCDS4060.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (3396) 780 180.1 2.4e-44
CCDS12397.1 NCAN gene_id:1463|Hs108|chr19 (1321) 759 175.3 2.6e-43
CCDS53971.1 ACAN gene_id:176|Hs108|chr15 (2431) 760 175.7 3.7e-43
CCDS53970.1 ACAN gene_id:176|Hs108|chr15 (2530) 760 175.7 3.8e-43
>>CCDS4061.1 HAPLN1 gene_id:1404|Hs108|chr5 (354 aa)
initn: 2486 init1: 2486 opt: 2486 Z-score: 2937.9 bits: 552.1 E(32554): 2.5e-157
Smith-Waterman score: 2486; 100.0% identity (100.0% similar) in 354 aa overlap (1-354:1-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MKSLLLLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHIQAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGNVTLP
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CCDS40 MKSLLLLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHIQAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGNVTLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 CKFYRDPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKGGSDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 CKFYRDPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKGGSDS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 DASLVITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHEAQQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 DASLVITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHEAQQA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 CLDQDAVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCGGQNTVPGVRNYGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS40 CLDQDAVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCGGQNTVPGVRNYGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 WDKDKSRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQIAKVGQIFAAWKILG
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CCDS40 WDKDKSRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQIAKVGQIFAAWKILG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB5 YDRCDAGWLADGSVRYPISRPRRRCSPTEAAVRFVGFPDKKHKLYGVYCFRAYN
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CCDS40 YDRCDAGWLADGSVRYPISRPRRRCSPTEAAVRFVGFPDKKHKLYGVYCFRAYN
310 320 330 340 350
>>CCDS10346.1 HAPLN3 gene_id:145864|Hs108|chr15 (360 aa)
initn: 1518 init1: 1185 opt: 1285 Z-score: 1520.6 bits: 289.9 E(32554): 2.2e-78
Smith-Waterman score: 1285; 55.0% identity (78.3% similar) in 318 aa overlap (36-353:45-360)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 LLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHIQAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGNVTLPCKFYR
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CCDS10 SYGLPFYNGFYYSNSANDQNLGNGHGKDLLNGVKLVVETPEETLFTYQGASVILPCRYRY
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKGGSDSDASLV
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CCDS10 EPALVSP--RRVRVKWWKLSENGAPEKDVLVAIGLRHRSFGDYQGRVHLRQDKEHDVSLE
80 90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHEAQQACLDQD
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CCDS10 IQDLRLEDYGRYRCEVIDGLEDESGLVELELRGVVFPYQSPNGRYQFNFHEGQQVCAEQA
140 150 160 170 180 190
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCGGQNTVPGVRNYGFWDKDK
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CCDS10 AVVASFEQLFRAWEEGLDWCNAGWLQDATVQYPIMLPRQPCGGPGLAPGVRSYGPRHRRL
200 210 220 230 240 250
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQIAKVGQIFAAWKILGYDRCD
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CCDS10 HRYDVFCFATALKGRVYYLEHPEKLTLTEAREACQEDDATIAKVGQLFAAWKFHGLDRCD
260 270 280 290 300 310
310 320 330 340 350
pF1KB5 AGWLADGSVRYPISRPRRRCSPTEAAVRFVGFPDKKHKLYGVYCFRAYN
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CCDS10 AGWLADGSVRYPVVHPHPNCGPPEPGVRSFGFPDPQSRLYGVYCYRQH
320 330 340 350 360
>>CCDS76790.1 HAPLN3 gene_id:145864|Hs108|chr15 (422 aa)
initn: 1518 init1: 1185 opt: 1285 Z-score: 1519.5 bits: 289.9 E(32554): 2.6e-78
Smith-Waterman score: 1285; 55.0% identity (78.3% similar) in 318 aa overlap (36-353:107-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 LLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHIQAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGNVTLPCKFYR
:: .:.::. . .:...:..: :::..
CCDS76 SYGLPFYNGFYYSNSANDQNLGNGHGKDLLNGVKLVVETPEETLFTYQGASVILPCRYRY
80 90 100 110 120 130
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 DPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKGGSDSDASLV
.:. . ...:.:: ::. . : ::.:..: .....: ::::: :. .. :.::
CCDS76 EPALVSP--RRVRVKWWKLSENGAPEKDVLVAIGLRHRSFGDYQGRVHLRQDKEHDVSLE
140 150 160 170 180 190
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 ITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHEAQQACLDQD
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CCDS76 IQDLRLEDYGRYRCEVIDGLEDESGLVELELRGVVFPYQSPNGRYQFNFHEGQQVCAEQA
200 210 220 230 240 250
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 AVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCGGQNTVPGVRNYGFWDKDK
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CCDS76 AVVASFEQLFRAWEEGLDWCNAGWLQDATVQYPIMLPRQPCGGPGLAPGVRSYGPRHRRL
260 270 280 290 300 310
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 SRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQIAKVGQIFAAWKILGYDRCD
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CCDS76 HRYDVFCFATALKGRVYYLEHPEKLTLTEAREACQEDDATIAKVGQLFAAWKFHGLDRCD
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350
pF1KB5 AGWLADGSVRYPISRPRRRCSPTEAAVRFVGFPDKKHKLYGVYCFRAYN
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CCDS76 AGWLADGSVRYPVVHPHPNCGPPEPGVRSFGFPDPQSRLYGVYCYRQH
380 390 400 410 420
>>CCDS1148.1 HAPLN2 gene_id:60484|Hs108|chr1 (340 aa)
initn: 1028 init1: 527 opt: 1093 Z-score: 1294.4 bits: 248.0 E(32554): 8.9e-66
Smith-Waterman score: 1097; 44.7% identity (70.5% similar) in 349 aa overlap (7-350:5-337)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKSLLLLVLISIC----WADHLSDNYTLDHDRAIHIQAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGN
:.: ..: :: .:. : .. ::: :. . . ::::..
CCDS11 MPGWLTLPTLCRFLLWA------FTIFHKAQGDPASHPGPHYLLPPIHEVIHSHRGAT
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 VTLPCKFYRDPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKG
.:::: . : .. ...:.:. :.:. .... : : . :: ::. ..
CCDS11 ATLPCVLGTTPPSY-------KVRWSKVEPGELRETLILITNGLHARGYGPLGGRARMRR
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GSDSDASLVITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHE
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CCDS11 GHRLDASLVIAGVRLEDEGRYRCELINGIEDESVALTLSLEGVVFPYQPSRGRYQFNYYE
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 AQQACLDQDAVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCGGQNTVPGVR
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CCDS11 AKQACEEQDGRLATYSQLYQAWTEGLDWCNAGWLLEGSVRYPVLTARAPCGGRGR-PGIR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 NYGFWDKDKSRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQIAKVGQIFAAW
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CCDS11 SYGPRDRMRDRYDAFCFTSALAGQVFFV--PGRLTLSEAHAACRRRGAVVAKVGHLYAAW
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 KILGYDRCDAGWLADGSVRYPISRPRRRCSPT-EAAVRFVGFPDKKHKLYGVYCFRAYN
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CCDS11 KFSGLDQCDGGWLADGSVRFPITTPRPRCGGLPDPGVRSFGFPRPQQAAYGTYCYAEN
290 300 310 320 330 340
>>CCDS1150.1 BCAN gene_id:63827|Hs108|chr1 (671 aa)
initn: 675 init1: 469 opt: 804 Z-score: 948.8 bits: 185.0 E(32554): 1.6e-46
Smith-Waterman score: 804; 42.6% identity (67.4% similar) in 310 aa overlap (54-351:50-354)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 LDHDRAIHIQAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGNVTLPCK--FYRDPTAFGSGIHKIRIKW
:: .:.::. . : : . . . . :.::
CCDS11 ALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVHYLRPPPSRRAVLGSPRVKW
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130
pF1KB5 TKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKG--GSDSDASLVITDLTLEDYGRYKC
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CCDS11 TFLSRG--REAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDVSLALSELRPNDSGIYRC
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 EVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHEAQQACLDQDAVIASFDQLYDAWR
:: .:..:.. .: . ..:::: : .:: ..: ::.:: : ::. .::: :.
CCDS11 EVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACARIGAHIATPEQLYAAYL
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 GGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPC-GGQNTVPGVRNYGFWDKDKSRYDVFCFTSNFN
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CCDS11 GGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVVDPD-DLYDVYCYAEDLN
200 210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 GRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQIAKVGQIFAAWKILGYDRCDAGWLADGSVRYPI
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CCDS11 GELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDG-GLDHCSPGWLADGSVRYPI
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350
pF1KB5 SRPRRRCSPTEAAVRFV-------GFPDKKHKLYGVYCFRAYN
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CCDS11 VTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNK-HSRFNVYCFRDSAQPSAIPEASNPASNPAS
320 330 340 350 360 370
CCDS11 DGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSSTPEDPAEAPRTLLEF
380 390 400 410 420 430
>>CCDS1149.1 BCAN gene_id:63827|Hs108|chr1 (911 aa)
initn: 675 init1: 469 opt: 804 Z-score: 946.8 bits: 185.1 E(32554): 2.1e-46
Smith-Waterman score: 804; 42.6% identity (67.4% similar) in 310 aa overlap (54-351:50-354)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 LDHDRAIHIQAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGNVTLPCK--FYRDPTAFGSGIHKIRIKW
:: .:.::. . : : . . . . :.::
CCDS11 ALADVLEGDSSEDRAFRVRIAGDAPLQGVLGGALTIPCHVHYLRPPPSRRAVLGSPRVKW
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130
pF1KB5 TKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKG--GSDSDASLVITDLTLEDYGRYKC
: :. .:..:.:. : . :. .:. :: : . .: .:.::....: .: : :.:
CCDS11 TFLSRG--REAEVLVARGVRVKVNEAYRFRVALPAYPASLTDVSLALSELRPNDSGIYRC
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KB5 EVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHEAQQACLDQDAVIASFDQLYDAWR
:: .:..:.. .: . ..:::: : .:: ..: ::.:: : ::. .::: :.
CCDS11 EVQHGIDDSSDAVEVKVKGVVFLYREGSARYAFSFSGAQEACARIGAHIATPEQLYAAYL
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KB5 GGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPC-GGQNTVPGVRNYGFWDKDKSRYDVFCFTSNFN
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CCDS11 GGYEQCDAGWLSDQTVRYPIQTPREACYGDMDGFPGVRNYGVVDPD-DLYDVYCYAEDLN
200 210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KB5 GRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQIAKVGQIFAAWKILGYDRCDAGWLADGSVRYPI
:... : ::: .:: : . ::.:: .::..::: : :.:. ::::::::::::
CCDS11 GELFLGDPPEKLTLEEARAYCQERGAEIATTGQLYAAWDG-GLDHCSPGWLADGSVRYPI
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350
pF1KB5 SRPRRRCSPTEAAVRFV-------GFPDKKHKLYGVYCFRAYN
: .::. .:. . :::.: :. ..:::::
CCDS11 VTPSQRCGGGLPGVKTLFLFPNQTGFPNK-HSRFNVYCFRDSAQPSAIPEASNPASNPAS
320 330 340 350 360 370
CCDS11 DGLEAIVTVTETLEELQLPQEATESESRGAIYSIPIMEDGGGGSSTPEDPAEAPRTLLEF
380 390 400 410 420 430
>>CCDS12398.1 HAPLN4 gene_id:404037|Hs108|chr19 (402 aa)
initn: 916 init1: 646 opt: 779 Z-score: 922.7 bits: 179.4 E(32554): 4.5e-45
Smith-Waterman score: 1216; 50.9% identity (76.8% similar) in 336 aa overlap (28-352:35-366)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MKSLLLLVLISICWADHLSDNYTLDHDRAIHI-QAENGPHLLVEAEQAKVFSHRGGN
...:. ..:.: ..:.. ..: :::::.
CCDS12 RAALGPGALWAAAWGVLLLTAPAGAQRGRKKVVHVLEGESGS-VVVQTAPGQVVSHRGGT
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 VTLPCKFYRDPTAFGSGIHKIRIKWTKLTSDYLKEVDVFVSMGYHKKTYGGYQGRVFLKG
..:::... . .: : .:.::::.. : : .::::..: .....:.:.::. :.:
CCDS12 IVLPCRYHYEAAAHGH--DGVRLKWTKVV-DPLAFTDVFVALGPQHRAFGSYRGRAELQG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 GSDSDASLVITDLTLEDYGRYKCEVIEGLEDDTVVVALDLQGVVFPYFPRLGRYNLNFHE
. .:::::. ..::.:::::.::: . ::::. .: :::.:::::: :: :::.:.: :
CCDS12 DGPGDASLVLRNVTLQDYGRYECEVTNELEDDAGMVKLDLEGVVFPYHPRGGRYKLTFAE
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220
pF1KB5 AQQACLDQDAVIASFDQLYDAWRGGLDWCNAGWLSDGSVQYPITKPREPCGGQ-------
::.:: .::...:: .::. ::: :::::::::: :::::::...:::::::
CCDS12 AQRACAEQDGILASAEQLHAAWRDGLDWCNAGWLRDGSVQYPVNRPREPCGGLGGTGSAG
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 ---NTVPGVRNYGFWDKDKSRYDVFCFTSNFNGRFYYLIHPTKLTYDEAVQACLNDGAQI
.. :.::::. . . :::.::::::. :: ..: . .. :..:: :: .
CCDS12 GGGDANGGLRNYGYRHNAEERYDAFCFTSNLPGRVFFLKPLRPVPFSGAARACAARGAAV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]